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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00261

RNA: TMR_00261
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((...........))))))..............((((.(.((.........((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................)))))))))).......)).).))))(((((((((......))))))))).(..((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).))))......)......))))))...)))))..)).)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((..((..((((.((((((........................................................(((((.((((((((.......)))))))).............)))))........................................................................................................................................................))))))....))))..))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((.(((((.((((((...........))))))................................((((((((((((((.......))))))))............)))))).((((((((((((..((((((......................))))))...(((((((((......)))))))))..........................(((((........))))).....))))))))))))...............)))))....)))))..)).)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((..(((((((((((((((..(((((((((((.((((((...........))))))...(((........((((.(.((..((((...((((((((((((((.......))))))))............))))))(((((((((((.............).))))))))))..)))).)).).))))(((((((((......)))))))))((((((((..((..((((((((...((((((.(....).)))))).))))))))..)).))))....))))..)))))))))...)))))..)).))))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((...........(((..[[[[[[)))........]]]]]]..................(((...........[[[[[[((((((((.......)))))))).......)))..]]]]]]((((((((((................))))))))))((((((.[[[[.....(((((((((......)))))))))..))))))..]]]]((((((((...((((((........)))))).)))))))).....(((.....[[[[[[)))....]]]]]].........)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.......(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.((......)))))))).((...........))................((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................)))))))))).......((((((((.(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).))))))))).))))...))))))...)))))..)).)))))))))))))....((((.....))))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((...........))))))..............((((..............((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................))))))))))............))))(((((((((......)))))))))..........((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..))..................))))))...)))))..)).)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.((......)))))))).((...........))................((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................)))))))))).......((.(((((.(((((((((......)))))))))....((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).)))).)))))..))...))))))...)))))..)).)))))))))))))....((((.......)))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((((((.(((((....((((((((.........(((((............((((.................((((((((((((((.......)))))))))............)))))..[[[[[[[[[[[.....................)))).....)))))....(((((((((......)))))))))...........))))))))))))).........((((((((((......]]]]]]]]]]].)))))))))).)))))).................)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(((...........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))...................((((((..(((.............)))...))))))..................(((((((......)))))))..................((((((((((..(((........)))))))))))))....................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((...........)))..........((...(........................((.((((.......)))).))...................((((((..(((.............)))...))))))..................(((((((......)))))))..................((((((((((..(((........)))))))))))))....................))))))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.((......))))))))..............((((...((.........((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................)))))))))).......)).(((((.(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).))))))))))))))...))))))...)))))..)).)))))))))))))....((((......))))..)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....)))(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.(((...).)))))))).(((((...).)).))................((((((((((((((.......))))))))............))))))(((((((((((.............).))))))))))..........(((((.(((((((((......)))))))))...(((((......((((((((...((((((.((...)))))))).)))))))).....)))))))))).......))))))...)))))..)).)))))))))))))....((((.......)))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((....((((((((((((....)))))...)))))))...(((((((................(((((..........(((((((((.......)))))))))........)))))....((((((((((................))))))))))........))))))).(((((((((......)))))))))....(((((.....((((((((...((((((........)))))).)))))))).............((((((.......))))))...))))).)))))))))))))....((((......))))..)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.((......))))))))..............((((...((.........((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................)))))))))).......)).(((((.(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).))))))))))))))...))))))...)))))..)).)))))))))))))....((((......))))..)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((.....)))......(((((((((((((((..(((((((((((.((((((...........)))))).((.........(((.(((.(((.........((((((((((((((.......))))))))............)))))).(((((((((................)))))))))))).)))))).(((((.(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).))))))))))..))...))))))...)))))..)).)))))))))))))...(((((.......)))))........)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.((......))))))))(((.........(((.(((.(((.........((((((((((((((.......))))))))............)))))).(((((((((................)))))))))))).))))))((((((.(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).))))))))))).)))..))))))...)))))..)).)))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...))......(((((.(...(((......)))((..))(((((....))))).).))))).))))))((((((.(.((..(((((((((((((((((((..(((((((.......)))))))..............)))).))))))))))).(.((((((((((((((.(.......).)))))))))....(((((((((((..)))))))))))..))))).)(((...))....(((((..)))))(((((((((..((((..........)))))))))))))(((..((..)))))....))))))).).)))))).((((..(((((...)..)))).....))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((((((((((..(((((((((((.((((((.((......))))))))................................((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................))))))))))...........((((.(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).)))))))))........))))))...)))))..)).)))))))))))))....................)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((..(((((((((((..(((((((((((.((((((.((......))))))))..............(((((((((.........((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((................))))))))))...........)))).(((((((((......)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((........)))))).))))))))..)).)))))....)))))...))))))...)))))..)).)))))))))..))....((((......))))..)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.(((....)))..((((((.....)).))))...(((((....))))).......))).(((..((((................))))..(((..(((((((((.......)))))))))...((((.....)))).((((((((((................)))))))))).......((((((...(((((((((......)))))))))......(((....)))))))))....(((((........))))).))).)))..........((((.((((((.......))))))....((((....))))....))))..((((.......)))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.(((....))).(((((((((..[[[[[[[..)).))).((((....]]]]]]])))).....................)))).......((((((.....(((.......))).(((......)))....))))))..{{{{{{{{))).(((((..<<<<.)))))}}}.>>>>...(((.....)))..((((((......))))))((((.}}}}}....)))).((((((...((((((........)))))).))))))..........((((.((((((.......))))))....((((....))))....))))..((((.......)))).)))))))....

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