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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00262



RNA: TMR_00262
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((((((((((........((((((((((((......(((.....((....((((.......)))).))..)))..(((((((((.......)))))))))...((((....)))).((((..(((((((((.......)))))))))..))))......))))).)).)))))((((((((((...))))))))))........((((....((((((.......)))))).(((((((((((((........(((((....))))).........)))))))))))))..))))....))))))))....)))))))..))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((((.....))))))...................((((.........))))............((.........))......(((...((((((((.......))))))))......((....)))))((((.((((((((((.......)))))))))).)))).........(.......).(((((((((((...)))))))))))....................................((((((((((((........(((((....))))).........)))))))))))).......................................(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((.(((((((..(((((.((((((((.........)))................................(.((((((((.....((((.................))))..)))))))).)..........((((((........................)))))))))))(((((((((.....)))))))))..............(.((((((.......)))))).)((((((((((((.....((((..(....)))))..........))))))))))))))).)).....))))))).....)))))))..))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((....((((((.....)))))).............))))).((((.........))))..(((((....((((.......))))(((.......(((((((((.......))))))))))))((((....)))).((((.((((((((((.......)))))))))).))))..((....(((.....)))(((((((((((...)))))))))))................(((((.......))))))).((((((((((((........((((((..)))))).........))))))))))))((((...........))))............)))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((...[[[[[)))..]]]]]((((((((.......((((.[[[[)))).....]]]]...........((((.......)))).....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.[[[[[[)))))))))).)))).........]]]]]]....((((((((((.[[[[))))))))))...........]]]].((((((((((.........[[[[[[[[[[[[[........)))))))))).............]]]]]]]]]]]]]..........))))))))....................(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((....((((((.....)))))).............))))).((((.((....))))))..(((((((...(((....(((((((((...((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).))).........(((.....))).((((((((((...)))))))))).........((((....))))......((((((.((((.((((((((((.....((((........))))..........)))))))))))))).))).))).)))))))))....)))..)))))))....((((.......)))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(.((((((((((((.............((((.........))))...........((((.......)))).....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).))))........(((.....))).((((((((((...)))))))))).........((((....))))...(..((((((.((.((((((((((((........((((......)))).........)))))))))))))).))).))).))))))))....))))).)..))))....((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((....((((((.....)))))).............))))).((((.........))))..(((((((..........((((((((((..((((((((((((((.......)))))))...........)))))))((((.((((((((((..[[[[[)))))))))).)))).((((((.(((.....)))(((((((((((...)))))))))))........(((((..)))))..........))))))((((((((((((......]]]]]....................))))))))))))..........)))))))))).........)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(((.........)))..........(...(.......................................((.(((........))).))....((((((.(((.((((.......)))).))).))))))....................((((((((.......)))))))).................................((((((((((.(((.......)))...))))))))))..................))..)))).))....))).)))).........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((..((((..((((.((.....))))))(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((....(((((....{{{)))))[[[[[[.......))))).((((.((....))))))..((((((...((((.......)))).....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).))))........(((.....)))(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...((.((((((.((.((((((((((((.........(((......)))..........)))))))))))))).))).)))))]]]]]].........}}}))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((...((((((.....)))))).((((.((((.........)))).))))....((((..(((((....((((.......))))..........(((((((((.......))))))))).......)))))..))))...((((((((((.......)))))))))).))))...(((((((((((((...(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...((((........(((((((((((((.....((((........))))..........)))))))))))))....))))..))))).))))))))...............((((......))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((..((((..((((.((.....))))))(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))....((((.......)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....)).(((......((((..(((((((..((((...(((.((.....))))).(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))...(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((..((((...((.......))((((.((....))))))...........))))....((((((((((.(((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).)))).((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))........).))))))))))...)))))))..))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((..(((..))).....((((......)..)))).))))).(((((......).))))..(((((((..((((((..)).))))(..((..((((((((.(.((((((((.(.((((((.((((((....))))(((((...((((((((.......))))))))...)))).)))((......))(..).(((((((((((...)))))))))))...((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))))))))..))..)((((......)))).((((........))))(((((((((........).))))))))......)))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((((((((..............................................................((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).))))....................((((((((((...)))))))))).........((((....))))................((((((((((((...............................)))))))))))).............))))))....)))))))..))))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((..(((((((..((((..((((.((.....))))))(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((..(((((((((.......)))))))))..)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))....((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((...((((((.....))))))........(((.((.....))))).(((......)))..........((((.......)))).......))).((((((((.......))))))))....((((....)))).(((......(((.....)))(((.......))).)))....(((.(((.....))).(((((((((.....)))))))))...)))...((((....))))............(((((.........)))))..((((........))))..........((((..(((((.......))))).(((((.......)))))....))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((.((......)).....((((.....)))).....))).(((.(((.((.....)))))..........((((.......))))....)))...(((((.{{{..)))))}}}.(((.....((((....)))).((((.....(((.....)))(((.......)))))))....(((.(((.....))).(((((((((.....)))))))))...)))...((((....)))).......)))..(((((.........)))))..((((.[[[[[..))))..]]]]]...(((...(((((<<<<<..)))))....>>>>>..............)))..(((((.......))))).))))))....