|
|
|
GGGGCUGACUUGGAUUUCGACAGAUUUCUUGUCGCACAGAUAGCAUGCCAAGCGCUGCUUGUAAAACAGCAACAAAAAUAACUGUAAACAACACAGAUUACGCUCCAGCUUACGCUAAAGCUGCGUGAGUUAAUCUCCUUUUGGAGCUGGACUGAUUAGAAUUUCUAGCGUUUUAAUCGCUCCAUAACCUUAAGCUAGACGCUUUUAAAAGGUGGUUCGCCUUUUAAACUAAGAAACAAGAACUCUUGAAACUAUCUCAAGGUUUUAGAAAGUUGGACCAGAGCUAGUUUUAAGGCUAAAAAACCAACCAAUUUUCUAAGCAUUGUAGAAGUUUGUGUUUAGGGCAAGAUUUUUGGACUGGGGUUCGAUUCCCCACAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..((((((((.((((((...((((((((([[[)))))......]]].....................................((((.....((((.................))))..))))((((.((((((((((.aaaaaa)))))))))).)))).........AAAAAA....(((((((((({{{{{))))))))))...........}}}}}.(((((..(...(...(((....<<<<<<<<<)))...)...).)))))..............>>>>>>>>>...)))).......))))..)).)..)))))))..))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((((((((((........((((((((((((......(((.....((....((((.......)))).))..)))..(((((((((.......)))))))))...((((....)))).((((..(((((((((.......)))))))))..))))......))))).)).)))))((((((((((...))))))))))........((((....((((((.......)))))).(((((((((((((........(((((....))))).........)))))))))))))..))))....))))))))....)))))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((.....))))))...................((((.........))))............((.........))......(((...((((((((.......))))))))......((....)))))((((.((((((((((.......)))))))))).)))).........(.......).(((((((((((...)))))))))))....................................((((((((((((........(((((....))))).........)))))))))))).......................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((........(((.(.....).)))..................................(((((((....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).)))).........((.....)).(((((((((((...)))))))))))................((((((((((.(((..(((((.........))))).))).)))))))))).....................................)))))))....)))))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((.(((((((..(((((.((((((((.........)))................................(.((((((((.....((((.................))))..)))))))).)..........((((((........................)))))))))))(((((((((.....)))))))))..............(.((((((.......)))))).)((((((((((((.....((((..(....)))))..........))))))))))))))).)).....))))))).....)))))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((((((.....)))))).............))))).((((.........))))..(((((....((((.......))))(((.......(((((((((.......))))))))))))((((....)))).((((.((((((((((.......)))))))))).))))..((....(((.....)))(((((((((((...)))))))))))................(((((.......))))))).((((((((((((........((((((..)))))).........))))))))))))((((...........))))............)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((...[[[[[)))..]]]]]((((((((.......((((.[[[[)))).....]]]]...........((((.......)))).....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.[[[[[[)))))))))).)))).........]]]]]]....((((((((((.[[[[))))))))))...........]]]].((((((((((.........[[[[[[[[[[[[[........)))))))))).............]]]]]]]]]]]]]..........))))))))....................(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((((((.....)))))).............))))).((((.((....))))))..(((((((...(((....(((((((((...((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).))).........(((.....))).((((((((((...)))))))))).........((((....))))......((((((.((((.((((((((((.....((((........))))..........)))))))))))))).))).))).)))))))))....)))..)))))))....((((.......)))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((......................................................................(((([[((<<<...))..))>>>))]]...............((aaaa..(((((((((.......)))))))))))AAAA...................((((((((((.....))))))))))................((((((((((.(((..(((({{{{{{{{{{{)))).))).))))))))))..............}}}}}}}}}}}.......................)))))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(.((((((((((((.............((((.........))))...........((((.......)))).....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).))))........(((.....))).((((((((((...)))))))))).........((((....))))...(..((((((.((.((((((((((((........((((......)))).........)))))))))))))).))).))).))))))))....))))).)..))))....((((.......)))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((((((.....)))))).............))))).((((.........))))..(((((((..........((((((((((..((((((((((((((.......)))))))...........)))))))((((.((((((((((..[[[[[)))))))))).)))).((((((.(((.....)))(((((((((((...)))))))))))........(((((..)))))..........))))))((((((((((((......]]]]]....................))))))))))))..........)))))))))).........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(((.........)))..........(...(.......................................((.(((........))).))....((((((.(((.((((.......)))).))).))))))....................((((((((.......)))))))).................................((((((((((.(((.......)))...))))))))))..................))..)))).))....))).)))).........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((.........)))..........(...(.......................................((.(((........))).))....((((((.(((.((((.......)))).))).))))))....................((((((((.......)))))))).................................(((((((((..(((.......)))....)))))))))..................)).))))).))....))).)))).........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((..((((..((((.((.....))))))(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....(((((....{{{)))))[[[[[[.......))))).((((.((....))))))..((((((...((((.......)))).....((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).))))........(((.....)))(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...((.((((((.((.((((((((((((.........(((......)))..........)))))))))))))).))).)))))]]]]]].........}}}))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((...((((((.....)))))).((((.((((.........)))).))))....((((..(((((....((((.......))))..........(((((((((.......))))))))).......)))))..))))...((((((((((.......)))))))))).))))...(((((((((((((...(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...((((........(((((((((((((.....((((........))))..........)))))))))))))....))))..))))).))))))))...............((((......))))..))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((..((((..((((.((.....))))))(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))....((((.......)))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....)).(((......((((..(((((((..((((...(((.((.....))))).(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((.((((((((((.......)))))))))).)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))...(((((.......)))))....))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((..((((...((.......))((((.((....))))))...........))))....((((((((((.(((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).)))).((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))........).))))))))))...)))))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((..(((..))).....((((......)..)))).))))).(((((......).))))..(((((((..((((((..)).))))(..((..((((((((.(.((((((((.(.((((((.((((((....))))(((((...((((((((.......))))))))...)))).)))((......))(..).(((((((((((...)))))))))))...((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))))))))..))..)((((......)))).((((........))))(((((((((........).))))))))......)))))))...((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((((((((..............................................................((((((((((((((.......))))))))...........))))))((((.((((((((((.......)))))))))).))))....................((((((((((...)))))))))).........((((....))))................((((((((((((...............................)))))))))))).............))))))....)))))))..))))....((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(((((((..((((..((((.((.....))))))(((......)))..........))))....((((((((((..((((((((((((((.......))))))))...........)))))).(((..(((((((((.......)))))))))..)))..((((((.((.(((.....(((((((((((...)))))))))))........((((....))))...))).)).))))))((((((((((((.....((((........))))..........))))))))))))..........))))))))))...)))))))..))))....((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((...((((((.....))))))........(((.((.....))))).(((......)))..........((((.......)))).......))).((((((((.......))))))))....((((....)))).(((......(((.....)))(((.......))).)))....(((.(((.....))).(((((((((.....)))))))))...)))...((((....))))............(((((.........)))))..((((........))))..........((((..(((((.......))))).(((((.......)))))....))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((.((......)).....((((.....)))).....))).(((.(((.((.....)))))..........((((.......))))....)))...(((((.{{{..)))))}}}.(((.....((((....)))).((((.....(((.....)))(((.......)))))))....(((.(((.....))).(((((((((.....)))))))))...)))...((((....)))).......)))..(((((.........)))))..((((.[[[[[..))))..]]]]]...(((...(((((<<<<<..)))))....>>>>>..............)))..(((((.......))))).)))))).... |