|
|
|
GGGGAUGACAGGUUUCGACGUUGGUCGUCGAGCCAGGGGAAGCGGGUCGAGGAUGCAUGGUCAUCUCGUCAACGAUCCAUGCAAACCAAUAGGUGCCGAUUCCAAGCGCACCGAGUUCGCCCUCGCCGCCUGAGCGAGCGCGACUCUGUCAGCCCGGGUGAGCUCCCGCCCCGGGUCCUGGCAUCGACUAGGGGGCUCACCUCUCACCGAGGUCGCGUAGGUGAGAGGGACAAUCAACGCGGCUGGGCCCGGCGAUGACAUGCCUGUAUGAGCAUCGGGGCCGAGCAGACCGCUGAACAGGAUGCACCCGGAGAAGCCCUGGUACCACGCUGACGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCAUCUCCACUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((....(.(((((((....((((((((((.aaaaaa....))))).........AAAAAA.............................(((.((((.(((((.......))))).)))))))((((((.(((((...{{{{{{..)))))...)))))).......}}}}}}...(((((((((..[[[[[[[..))))))))).........]]]]]]].(((((..(((((.....<<<<<.<<..))))))))))...........>>.>>>>>....)))))......))))))).)...)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......((((.(((((.....))))))))).(((((.((((((((((..(((((((.....(((....))).)))))))..((....((((((........).)))))....((((.(((((.......))))).)))).((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....)))))))))...)).)))))..)))))..))))).))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((.....)))))))))..(((((.((((((((((.(((((((..(((........))))))))))........(((((...........)))))........)))))..)))))..((((((((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........))))))))).....(((..((((((((((((..(((((..(((....)))...))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....))))))))))))..))))).)))))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((.....))))))(((((((............((.(((((((..(((..(....)))))))))))..))....(((((...........)))))(((.((((.(((((.......))))).))))))).......((((((((((((((......((((........)))).)))))))))(((((((((..(....)...)))))))))......(...((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))).)...........))))).....)))))))...............(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((.(((.(.(((((((.....((........(((((((................)))))))........((((((........).)))))(((..((..(((((.......)))))..)).)))((((((.(((((...........)))))...))))))................(((((((((.(.......).)))))))))...............(.(((((..(((((.(((......)))..)))))))))).).......................)).......))))))).).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((....(.(((((((....(((((......(((((((................)))))))........(((((...........)))))(((.((((.(((((.......))))).))))))).....(((((((...........)))))))....(((((..............(((((((((...........)))))))))..........((((((((((((........(((((........)))).))))))...))).)))).......))))))))))......))))))).)...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((.....))))))(((((((.......(....((.(((((((..(((..(....)))))))))))..))....((((((........).)))))(((.((((.(((((.......))))).)))))))......)((((((((((((((......((((........)))).)))))))).(((((((((..(....)...))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).))))))).........)))))).....)))))))...............(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.((((....))))...))))........(((.....[[[(((((((.....(((....))).))))))).(((....))).)))..]]]..(((....[[[[.[[[.[[[[[)))....]]]]].]]]]]]]((((((.......[[[[[[[[......[[[[))))))..]]]].]]]]]]]].(((((((((..[[[[[[[[.)))))))))........]]]]]]]].(((((..(((((.((((....))))..)))))))))).(((.....)))...((((......[[[.......))))............]]]..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((((.....)))))))))..((...((((((((..((((...((....))))))..))))))..))...))....(((((.(........))))))....((((.(((((.......))))).)))).((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..))))))).................))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......(((.[[[[[[.[[[)))(((((((.......((((.((.(((((((..(((........))))))))))..))....(((((...........)))))(((.((((.(((((.......))))).)))))))((((((((((((...{{......))))))..)))))).))))......}}...(((((((((...........)))))))))..........((((((((((((..(((((.(((......)))..))))))))))...))).)))).......................)))))))...]]]]]]]]]...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((.....)))))))))..((((..(.(..(((((.(((((((...((........)).)))))))........(((((.(........))))))........)))))).)......(((((.((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..))))))).................)))))))))..)).)))))..))))..))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((.....)))))))....(((((((((..(((((.(((((((.....((((..)))).)))))))........(((((...........)))))........))))))))).(((((...((((..((((((((((((((((.((((..(((((((.......(((((......((((((((((((((((...[[[[[[[.)))))))))........]]]]]]])))))))..))))).(((((..)))))....))))))).))))......(((..)))....)))))))........(((..))).))))))))))))).))))).)))))..))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(...........................((.((((.........)))).)).....((((((.(((((..........)).)))...))))))..................((((((((.........))))))))...................(((((.((((..(((........))).)))).)))))....................)..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...........................((.((((.........)))).)).....((((((.(((((..........)).)))...))))))..................((((((((.........))))))))...................(((((.(((...(((........)))..))).)))))....................).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.(((((((.....)))))))))..(((((.((((((((((.(((((((.....(((....))).)))))))........((((.((........))))))........)))))..)))))..(((((.((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....)))))))))..)).))))).)))))..))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((.....)))))))))..(((((..(((.(((((.(((((((..(((........))))))))))........(((((.(.((...))))))))........)))))...)))...(((((.....((((((((((((((((..((((.(((((.((((........))))..)))))((.(((((((((...........)))))))))))...(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...))).)))))))).................))))))))).....))))).)))))..))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((......(((((((...(((((.......(((((((................)))))))........(((((...........)))))....((((.(((((.......))))).)))).)))))....(((((((.......(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........)))))))))..........((((...(((((..(((((.((((....))))..)))))))))).......))))...........))))))).....))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((((.....)))))))))..(((((.((((((((((.(((((((.....(((....))).)))))))........((((((........).)))))........)))))..)))))..(((((.((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((..(....)...))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....)))))))))..)).))))).)))))..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((...(((((.....))))).((((((((....(((.((((..(((((((.....(((....))).)))))))........(((((...........)))))...)))))))...)).)))).)).........))))))).))).(((((((((((....(((((....)).)))....))))))))))).......((((((((((.((((..((((....((...((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).))))......((......)).))....))))..)))))))).)))....(((((.......)))))...)))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(.((.(((((((.....)))))))))..(((((.((((((((((.(((((((.....(((....))).)))))))........((((((........).)))))........)))))..)))))..(((((.((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))((((((((((((..(....)...)))))))))..........((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....)))))))))..)).))))).)))))).))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((.(((((((...)))))))))((((((.(..(((.(((((((((((((((...........)).)))))))).)).(.((((((((......)).)))))).).))))))..))).))))(.(.......))(((((((((((((((((...((((...))))((((((..(..(........)..((((((((((.(........)))))))))))...).(.(.((((((((((((..((((((((........))).))))))))))...))).)))).)))))))).))))))))(((..)))(((..))).))))))))).((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((.....)))))))))..((((..((((((((((.(((((((......((....))..)))))))........((((((........).)))))........)))))..)))))..(((((.((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..))))).(.(((((((((...........))))))))))....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....)))))))))..)).)))))..))))..))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((((.....)))))))))..(((((.((((((((((.(((((((.....(((....))).)))))))........(((((...........)))))........)))))..)))))..(((((.((..((((((((((((((((...(((.(((((.((((........))))..)))))...(((((((((...........))))))))).....(((..((((((((((((..(((((.((((....))))..))))))))))...))).)))))))...)))..)))))))....((....)).....)))))))))..)).))))).)))))..))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((....(((....))).((((.((..........))))))...(((((((................)))))))........((((.((........))))))....((((.(((((.......))))).)))).)))))).(((((((((......))).))))))(((((......)))))..((((.(((((((((...........))))))))).............((((....))))......(((....))))))).((((((.........)).)))).............(((((......(((.....))).......(((((.......)))))..))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |