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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00278

RNA: TMR_00278
Rfam family: tmRNA

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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((((...(..((((((((.(((((((((((.....))))))........((.((((........)))).))...............(((((...((((.......))))...))))).(((((..........((((((....((((..........))))...))))))....((((((((...........)))))))).)))))............(((((((((.....(((.........)))....)))))))))......................)))))....))))))))..)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))((((((((......(((((((((((((.(((((.(((((....)))))....(((((((((((((.(((((...(((.......)))...((((((.....(((......)))..))))))(((((..((((((((.......))))))))...)))))............))))).))))))))...((((.....(((((((((...(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...))).)))).))))))))).......)))))....))))))))))...))))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((((....(((((((((((((((.(((((.(((((....)))))...(((((((((((....))))))..................((((((..((.(((......))))))))))).((((..((((((((.......))))))))...))))........))))).(((((....((((...((((.....(((((..((((.(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...))).)))).)))))))))))))...)))))....))))))))))...)))))))).))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((((....(((((((((((((((.(((((........................((((((((.(((((((.................((((((..((((.......))))..))))))(((((..((((((((.......))))))))...))))).........)).))))).))))))))............((((........(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...))).....[[)))).......]]...........))))))))))...)))))))).))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(.....)..((((((((....((((((((((((((.((((((.(((((....)))))..(((((.((((((....))))))..................((((((..((.(((......))))))))))).((((..((((((((.......))))))))...))))...(((((....)))))....(((((((..((....)).))))))).........(((((((...((((((....)))))))))))))...))))).(((((((.....))))))).........))))))))))...)))))))).))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((((......((((((((((((.((((((.((((((..)))))).(((((((((((((....))))))..................((((((..((((.......))))..)))))).((((((((((((((..[[[[[))))))))((((..............)))).....((((((((...........))))))))))))))..(((((((...((((((....)))))))))))))..)))))))(((((((.....))))))).........)))))))))))...)))))))]]]]].))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...))))((((((((....((((((((((((((.((((((.(((((....))))).(((((((((((((....))))))..............((((((((((..((.(((......)))))))))))(((((..((((((((....[[[))))))))...)))))..(((((....)))))]]]((((((((...........))))))))))))....(((((((...((((((....)))))))))))))..)))))))(((((((.....))))))).........))))))))))...)))))))).))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((........)))))))...))).(((((((((((((.(((((.(((((....)))))....(((((.((((((..(((((((.................((((((..((.(((......)))))))))))(((((..((((((((.......))))))))...))))).........)).)))))..)))))).((.((((.....(((((.((((..(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...))).)))).))))))))).))....)))))....))))))))))...))))))))..((((((.........(((((.......))))))))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((((..(.((((((((((((((.((((((.(((((....)))))....((((((((((((..(((((((.................((((((..((.(((......)))))))))))(((((..((((((((.......))))))))...))))).........)).)))))..)))))))((.((((.....(((((.((((..(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...))).)))).))))))))).))....)))))....))))))))))...)))))))).)).).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((..))((((((((((......)................).))))))))..((((((..(((((((..))))))).......(((((...(((((.(((((((((((((((..(((((..)))))((((((.(((((.(........))))))((..))..(((((((......)))))))((((((((.(.((..))).))))))))))))))..((((((((((((((...))).)))).))))))).((.(((((...))).))...)))))))))....................)))))))))))))....))))).)).))))...))))))...)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((((....(((((((((((((((.(((((.(((((....)))))....(((((.((((((..(((((((.................((((((..((.(((......)))))))))))(((((..((((((((.......))))))))...))))).........)).)))))..))))))....((((.....(((((..((...(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...)))..))..))))))))).......)))))....))))))))))...)))))))).))...))))))))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((..((((....(((((((((((((((.(((((.(((((....)))))....(((((.((((((..(((((((.................((((((..((.(((......)))))))))))(((((..((((((((.......))))))))...))))).........)).)))))..)))))).((.((((.....(((((.((((..(((.(((((((...((((((....)))))))))))))...))).)))).))))))))).))....)))))....))))))))))...)))))))).))...))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((((.(((.((..((....)).))))).......((((.....))))..((((....)))).))))....((((((....))))))..............))).((((((..((((.......))))..)))))).(((...((((((((.......))))))))...((((....)))).))).(((((....)))))...((((.......(((((........))))).((((.((((((....))))))..((((....)))).....)))).)))).(((..........)))..(((((.....)))))..((((.....)))).(((.(((((.......)))))....)))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((.(((.[[[[[..)))....(((..((((..{{{))))....((..}}})).))).(((....)))...((((((....))))))......))).........((((((..((((.......))))..)))))).(((...((((((((.......))))))))...((((....)))).))).(((((....))))).)))).(((.....(((((...]]]]])))))..(((.((((((....))))))..((((....))))..(((((((.....)))))))..)))....((((....))))))).....((((.....)))).(((.(((((.......)))))....)))....

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