RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00279

RNA: TMR_00279
Rfam family: tmRNA

			GGGGCCGUUCUGGAUUCGACUGGUAUAGGUUGCGCCCCAACUGCACUCCGUAGCGGCAUCUACGUUAAAAGGUCCAGUUUAAUUAUAACUGCAAAAAAUAAUAACAAUUCUUACGCUUUAGCUGCUUAAUAGGCGCUUAACGUAGAUCCUCCUAGGCUUGUCCGUGGUCUAGAUCUGGGUCCUAAAUUUAACGGACUUACGCUAACGACUCCCACCUGAAGUACGUUAGAAGAGAAAAAUCAGGUUAGCUGUUCAUGUGGGCCCUGACAGGCGGCAAGUUGGGCAGUGAAACCUUAAGUAGUCUGAAUAUGAGUGUAGACGUUGGGGUGGCAAUAUGCUAGGACGCGGGUUCGAUCCCCGCCGGCUCCAUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((((((..((((((((((..[[.[))))).....].].].........................................(.((((.(((.......))).)))).)..(((((..(((((((.aaaaaa)))))))....))))).........AAAAAA.......(...(((...<<<<<<)))...).............>>>>>>..(((((.(..((..(((....{{{{{))).).)..)))))).............}}}}}.....))))).....)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((.(((..((.(((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).)))))))))))))..(((((((.......)))))))...................((((((.((.(((((((((.(.....).))).))))))............(((((.((((((((.....(((((....)).)))....))))))))..)))))...))))))))..))))))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))...).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((((......(((((.......)))))......................((((((((....))))..)))).)))))))))))....(((((((.......)))))))...(((((((..........))))))))))))..((((...((((((....................))))))..((((((((.....(((.........)))....))))))))............)))).......)))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((((((((((......((.(((((((((((......(((((.......))))).............................................)))))))))))))..(((((((.......)))))))....((((((..........))))))...(((((((((.........))).))))))............(((((.((((((((.....(((.........)))....))))))))..)))))................)))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.((((((((((((((.(((..........)))..........(((((.......)))))....................((((.(..((.(((.......))).))).))))(((((..(((((((.......)))))))....)))))....................(((...((...........))....)))..................((((((((.....(((.........)))....))))))))........................))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((...(((..((((((((..(((((...(((((.((((((((.........(((((.......))))).............................(((........))).....))))))))))..(((((((.......)))))))....((((((..........))))))..))).......(((((.((((...............................)))).))))).((((((.........)))))).........(....)............))))).....)))))))))))....))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((..((((((((..(((((((((((((((((((..(((.((.(((((((((((..(((((((((.......)))))........................................))).)))))))))))))).)(((((((.......)))))))().(((((((..........)))))))..(((((((((.(.....).))).))))))..(........)(((((.((((((((..(..(((((....)).)))..).))))))))..))))).............)).)))))))...)))))))).)))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((((((.......(((((.[[[..))))).......]]](((((.......)))))....................((((....(((.(((.....))))))...))))((((...(((((((.[[[[[[))))))).....)))).........]]]]]].....(((((((((...[[[[[[))).))))))..........]]]]]]..((((((((.....(((....[[[[[)))....)))))))).............]]]]]...............)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((.(((..((.(((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).)))))))))))))..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......).))).)))))).(((........(((((.((((((((.....(((((....)).)))....))))))))..))))).......)))...))))))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((.........(((((((((((......(((((.......)))))................................((.......))..)))))))))))....(((((((.......)))))))....((((((..........))))))...(((((((((.........))).))))))............(((((.((((((((..((.(((......)))..))...))))))))..)))))................)))))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((((((((((.(((..((.(((((((((((......(((((.......)))))................................(((.....)))..)))))))))))))..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......).))).))))))..((........(((((.((((((((.....(((((....)).)))....))))))))..))))).......))....))))))))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((((((((((((((((((....(((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).)))))))))))(((...)))...(((((((((((((..))))))).........)))))))))))((((((...[[[[[........))))))..........((((((((((((((((.]]]]].(((...)))........))))))))...........))))))))....)))))))...)))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......((((............)).))...........(...(...........................((.((((.......)))).))....((((((..(((((((.......)))))))....)))))).....................(((((..............)))))....................((((((((((...(((.........)))..))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....((((............)).))...........(...(...........................((.((((.......)))).))....((((((..(((((((.......)))))))....)))))).....................(((((..............)))))....................(((((((((....(((.........)))...)))))))))...................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((..(((.(((.((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).)))))))))).....(((((((.......)))))))......)))))).......(((((.(((.((((((((((......)).)).))))))............(((((.((((..((.....(((((....)).)))....))..))))..)))))...)))))))).....)))))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.((....)))((((((((..(((((((((((((((((((.(((..((.(((((((((((......(((((.(....))))))........(((....)))..............((((...))))..)))))))))))))..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......).))).)))))).(((........(((((.((((((((.....(((((....)).)))....))))))))..))))).......)))...))))))))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((..(((((..(((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).)))))))))))....(((((((.......)))))))...(((((((..........))))))))))))..(((((((((.((((....(((((...............)))))..)))).))))).((((((.........))))))................)))).......))))))))...)))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((.(((..((.(((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).))))))))))))).((((((((.(.(....).).)).))))))............((((((.((.(((((((((.(.....).))).))))))............(((((.((((((((.....(((((....)).)))....))))))))..)))))...))))))))..))))))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...))).(((..((.((((((((..(((((((((((((((((((..(((((.......)))))..((((((((.................................(((((.((.(((.(((.....)))))).)))))))......(((((((.......)))))))..))))).)))........((((((.((.((((((((((......)).)).))))))............(((((.((((((((.....(((((....)).)))....))))))))..)))))...)))))))).....)))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......)))))))..)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((...(((((......)))))((((((((((((((((..(((.((((((((((((((......(((((.......))))).............................((.(((.....))))))))))))))))((..(((((((.......)))))))....)))))))).......(((((.(((.(((((((((.(.....).))).))))))............(((((.((((..((.....(((((....)).)))....))..))))..)))))...)))))))).....)))))))...)))))))))........)))))))(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((..((...)).....((..((((((((((((..(((((((.......((((((((((((((..((((((((..)).)))))).((.(........).))))).(((((((......))).)).)).))))))))))).(((((((((.(......)))))).(((.(((((((((..)))..))))))).))((((((((.(......)))).))))).).)))(..((.(((((((((((((((....(((((((..))).))))...))))))))).)))))..).))..)...).).))))).....))))))))).))).....)))))((.((((...).))))).)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((.(....((.((((((((((.......(((((.......))))).............................(..(((.....))).).))))))))))))..........................................(((((..((.(((((((((.........))).))))))............(((((.(((((.((.....(((((....)).)))....)).)))))..)))))...)).)))))....))))))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((......((.(((((((((((......(((((.......)))))......................(((((............))))).)))))))))))))...((((((.(((((((..(((....)))..).........)))))).....((((((((((......).))).))))))............(((((.((((..((.....(((((....)).)))....))..))))..))))).....)))))).....)))))))...))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....(((....(((......))).(((.......)))..))).(((((.......)))))...))))).(((.......)))...................(((.(((.((..((.(((.....)))))..)))))........(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((................)))))).)))........(((((..(((......)))((((.(((.........))))))).....)))))......((((..((....))..))))..(((((((((.....))).....(((((.......)))))..))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....(((....(((......))).(((.......)))..))).(((((.......)))))...))))).(((..aaaaa)))........AAAAA.....(((((.(((((...[[[[[[[[.))))).]]]].]]]]......(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((......<<<<<<....))))))..)))))...>>>>>>..(((((........{{{{.{{{..)))))..}}}}}}}................((((..((....))..))))..(((((((((.....))).....(((((.......)))))..))))))...

---