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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00280



RNA: TMR_00280
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((.(((((.....))))).((((((...))))))...((((......))))(((((..((((((.........))))))))))).....((((((((.......)))))))).))))))))).........((((...(((((((((.........)))))))))....((((..((((...(((((((((((((((((.....)))))))))))...))))))....))))....))))))))..)))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((((.(((((((((((((((((....(((.....(((((.....))))).((((((...))))))..(((((......)))))(((((..(((((.........))))))))))(((((.((((((((.......))))))))...)))))((((....)))))))...(((((((((.........)))))))))....((((....((((.(((((((((((((((((.....)))))))))))...)))))).)))).......))))......))))))...))))))))).)))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((..((((.(((((((((((.((((.(((((......))))).......(....((((.......))))....)...............((.(((((((.........))))))).))(((((.((((((((.......))))))))...)))))...........((((((.(((((((((.........))))))))).................((((((.(((....(((.........)))...))).)))))).............)).))))...))))....))))))))).)).)))).))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((((.(((((((((((((((((((..(((.....(((((.....))))).((((((...))))))..(((((......)))))(((((..(((((.........))))))))))(((((.((((((((.......))))))))...)))))((((....))))))).))(((((((((.........)))))))))....((((.(((((((.(((((((((((((((((.....)))))))))))...)))))).)))))...)).))))......))))))...))))))))).)))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((((...(((((((((((((((.((((..(((..(((((.....))))).((((((...)))))).......)))...)))).......((((((.....(((((.(((((((((((((.((((((((.......))))))))...))))...............)))).....(((((((......))))...))).....))))).)))))(((((((((((((((((.....)))))))))))...))))))...............)))))).))))))...)))))))))...)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((.(((((((((((((((((....((((.((((((((.....))))).((((((...))))))...((((......)))).(((((..(((((.........))))))))))(((((.(((((((.(......))))))))...)))))..........((.((((((((..(((((((......))))...)))...)))).)))).)).(((((((((((((((((.....))))))))))))...))))).............)))))))..))))))...))))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((.(((((.....))))).((((((...))))))...((((......))))((((((..(((((.........))))))))))).....(((((((.(......)))))))).)))))))))................(((((...((((......)))))))))....((((...((((..(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..))))......))))......))))))...))))))))).))))))))))))))).((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((((...(((((((((((((((...(((((((((((.........(((((((((((...))))))................((((((..((((((.........))))))))))))...))))).....[[[[[[))))))))))).((((((......]]]]]]....(((((((((.........)))))))))..)))))).......((((((.((((((((((((.....)))))))))))).(((...))).............)))))).)))))))...))))))))...)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((............)))))..........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((....(((.........)))...))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((............)))))..........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((...........)))))))).................(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....(((..(((((.(((((((((((.......((((..(((..(((((.....))))).((((((...)))))).......)))...))))(((((((((((((((((.(((((.(((((...(((((.((((((((.......))))))))...))))).............((...(((((...((((......)))))))))...)).))))).)))))(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..........)))).)))))).)))))))..))))))))).)))))))..)))))).((((.......)))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((.(((((.....))))).((((((...))))))..(((((......)))))(((((..(((((.........))))))))))......(((((((.(......)))))))).)))))))))................(((((...((((......)))))))))....((((...(((((.(((((((((((((((((.....))))))))))))...))))).)))))......))))......))))))...))))))))).)))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((...(((((((((......(((((......)))))............((((((...))))))................((((((((((((((((((.(((((.(((((...(((((.((((((((.......))))))))...)))))..................(((((((((.........)))))))))......))))).)))))(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..........))))).))))).)))))))).)))))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....(((..(((((.(((((((((((.......((((..(((..(((((.....))))).((((((...)))))).......)))...))))(((((((((((((((((.(((((.(((((.(.(((((.((((((((.......))))))))...))))).)...........((...((((((((..(.....)..))))))))...)).))))).)))))(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..........)))).)))))).)))))))..))))))))).)))))))..)))))).((((.......)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((....)).((((((.....))).)))...)))))))).((((......(((((((((.......((((((...))))))................((((((((((((((((((.(((((.(((((...(((((.((((((((.......))))))))...))))).............((...(((((...((((......)))))))))...)).))))).)))))(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..........)))).)))))).))))))))..((((.....)))).))))))))).(((((.......)))))..)))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....(((..(((((.(((((((((((.(.....((((..(((..(((((.....))))).((((((...)))))).......)))...))))(((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((.......))))))))...)))))((((....))))...)))((((((((..(.....)..))))))))......))))).)))))(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..........)))).)))))).)))))))).))))))))).)))))))..))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((....((((((...........))))))...(((..)))...(((((((((((((((..).((((((...))))))...((((((..))))))(((((((((((((((((.((.(((....((...).)((.((((((((((((..)))))))))).))..((((......))))..((.(((((((((.(......)))))))))))).))((((((((((((((........)))))))).)))))))))(((((..)))).)..(..)..)).)))).)))))).))))))).((((((.....)))))))))))).)).))))))..))))..)))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....(((..((.((.(((((((((((((((((............(((((.....))))).((((((...)))))).........................(((((((((..((((.(((............(((((...........)))))...........................((((((((...........))))))))........))).)))).(((((((((((((((((.....))))))))))))...)))))..........)))).)))))..))))))...))))))))).)))).))..))))))(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....(((..((..(.(((((((((((((((((.((((..(((..(((((.....))))).((((((...)))))).......)))...)))).......((((((((((....(((((((((..(((((((.((....))...))))))).(((((.((.(((((....)))))))...(((((...((((......)))))))))...)))))...((((((((........)))))))).)))))))))((((....))))............)))).)))))).))))))...))))))))).)))..))..)))))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((.......)))))).....((((.....))))...((((....)))).(((((.....))))).(((((.....)))))..(((((......)))))......((((((.........)))))).((((.(((.(((((((.........)))))))...))).(((((....))))).))))........((((......)))).........((((....)))).((((..((((..(((((.....)))))..(((....))).)))).(((.....))).))))...(((((....((((....)))).((((...(((((....)))))...)))).)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))).....((((.....)))).((((((....)))..(((((..{{{))))).(((((.....)))))..(((((......))))).((((...((((.........)))).))))}}}....(((((((.........)))))))....((((((....(((((.((....))))))).((((......)))).......))))))<<<)))..(((..[[[...)))((((..]]]))))..((((....))))>>>............((((.((((....))))..((((.....))))...))))....(((((.......))))).))))))....