|
|
|
GGGGAUGUUUUGGGAUUCGACAGGCGCAGACCCGCGCUGGUUGCGAUUCGUAGGUUACGUCUACGUUAAAACGUUAAACAGUUUAAAUUAACUGCAAACGAAAACUCAUACGCUGUAGCUGCUUAGUUCAGCCCAGCUGCCAAUAGACUGCCUGCCCGUGGCGGUCUUGCGGUAUCAACAUUACGGGAUACGCUUGCCUAUCACACCUGAAUAAGCGAGAAGAGACUAACAGGUUAGCCGUGGCUGUUUGGCCCUGUCAUAUGGCGUUUUGCCCCGGUGAAGUUUAAAUAAUAUGACUAUGAUCGUAGAGAUUAGUGACGGGAUGCGUUUGGACAGGGGUUCAAUUCCCCUCAUCUCCAUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...(..((((((((.((((((((((.a.aaaa))))).....AAAA.A.....................................(...((((.......))))...).((((....(((((((..{{{{{)))))))....))))........}}}}}.....(((((.(((...<<<<<.))).)))))..........>>>>>..((((.(((.(....(((..[[[[[[[)))...).))).))))............]]]]]]]...)))))....))))))))..)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......((((((....((((((((..(((((((((((((((((.(((((.....((..((((....))))...)).(((((((((.((((((((((....(((...(((.(((((((((......)))..))))))....((((((((.......)))))))).))).....................(((((.(((((....)).))).)))))..)))....(((((...((((........))))))))).......)).)))))...)))..))))))))).......))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))).))).)))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((...(((((((((((((((((.(((((.(((.((..((((....))))...)).(((((((((.((((((..................(((((((((......)))..))))))....((((((((.......)))))))))))))).....(((..((((...(((((.....(((....)))..))))).((((.((((....)))).(((((((((....)))).......))))).))))..))))))).)))))))))....)))))))))))))...)))))))).))))..)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((.......)..........(((....(((((......)))))...)))...........((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...))).....................(((.................)))................................................................................)))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((.(((((.(((((.........................(((((......))))).......................((((.......)))).......((....(((((((.......)))))))....))................................................................((((.(((......(((.........))).....))).))))..................))))))))))....))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((..((((((((.(((((((((((.....)))))).............((((........)))).................((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...))).(.(((....((((...((((((...............))))))........(.(((((...........))))).)(((.........))).......)))).....))).)..............)))))....))))))))..))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((..((((((((..((((((((((((((((((((((((.....))))))(....)((((...(((((......)))))..))))...........((((..((((.......)))).))))((((...((((((((.......))))))))...))))....(....((((...(((((((.(((((....))).)).)))))..........(((.........((((....)))))))(......)))......)))).....)..................))))))...)))))))).)))).)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((((((((((((..(((..[[[[)))....]]]].......((((...(((((......)))))..))))...........((((.....[[[.....))))..]]]((((...((((((((..[[[[[))))))))...))))........]]]]]...((((((........[[[[[..))))))............]]]]]((((....))))....(((..[[[[[[[))).((((((....))))))........]]]]]]]............)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((.(((((....)).)))..((((...(((((......)))))..))))...........((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...)))...(((.((((.((.....(((((.(((((....)).))).))))).........(((((...((((........))))))))).....(((.....))))).)))).)))............))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((...................((....(((((......)))))...))............((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...)))...........................................................................................................................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(.....)..((((((((..(((((((((((((((((.(((((....((....))......((((...(((((......)))))..))))...........((((..((......)).))))...((((.....((((((((.......))))))))..)))).........((........(((((.(((((....))).)).))))).........(((((...((((........))))))))).....(((.....)))...))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((((((((((...))))))).......(((((((((.........((((((..................(((((((............)))))))....((((((((.......)))))))))))))).......((((((....((((((...............))))))........(((((..))))))))))))))))))))...(((((((...((((((((..)))))))).......)))))))...)))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((............))))).............(...(....................(..((((.......)))).)...((((((.(((((((.........))))))).))))))....................(((((((.........)))))))...................((((((((((....(((.........)))...))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((............))))).............(...(....................(..((((.......)))).)...((((((.(((((((.........))))))).))))))....................(((((((.........)))))))...................(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((((((((((((((((.((((((((((.((((.........((((...(((((......)))))..))))....(((....((((.((((....))))))))...(((((....((((((((.......)))))))).)))))...........))).....(((((.(((((....))).)).)))))...))))))))......((((.(((.....(((((........)).)))..))).))))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...))))((((((((..(((((((((((((((((.(((((.(.(((....))).....((((...(((((......)))))..))))......((((.((((.((((....))))))))............((((((((.(....)))))))))....((((.....[[[[...)))).(((((.(((((....))).)).))))).........(((((...((((........))))))))).....((((...))))...]]]]...........)))))))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((((((((((((.....((((((.........((((....))))......(((((((((.((((....((((.......((((((((..(((((.((((((....(((((....((((((((.......)))))))).))))).............((((........))))....)))))))))))...........(((((...((((........)))))))))..))))))))))))...))))..))))))))).......)))))).......)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((.........((((...(((((......)))))..))))....(((....((((.((((....))))))))...(((((....((((((((.......)))))))).)))))...........))).....(((((.(((((....)).))).)))))...))))))))......((((.(((.....(((((........)).)))..))).))))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).(((.....((((((((..(((((((((((((((((.(((((.....((..((((....))))...)).(((((((((.((((((((.............((((..((((.......)))).)))).((((..((((((((.......)))))))).((((..((((((((((((......(((((.(((((....)).))).)))))....((((....))))..)))))).)).))))..))))....))))..)))))...)))..))))))))).......))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))....))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((((((((((((((((.((((((((((.((((.........((((...(((((......)))))..))))....(((....((....)).((((.((((((....(((((....((((((((.......)))))))).))))).............((((.(....).))))....)))))))))))))...))))))))......((((.(((.....(((((........)).)))..))).))))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..(((((..(((.(((((((((((((.((...(.((((((((((((.(((((((((((...(((.(((...))))))..))))))))))).))))).))))))))....))))).))))).))..).).)))))))).((((........).)))...(........)..((..))....)....((.((((((.(((((((((((..(((((((.(........)))))).)).((........)).)))))..((((.................(.((((.............)))).)))))..)))))).))))))))...))))))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((..........((......)).......((((((((........................................................((((((((.......))))))))..........................((((.((((......)).)).))))...............................................................)))))))).......))))))))))...)))))))).)))).))))))))....((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((..((((((((..((((((.((((((.....((..((((....))))...)).(((((((((.((((((((((....(((...(((.(((((((((......)))..))))))....((((((((.......)))))))).)))(((((..........))))).(((((.(((((....)).))).)))))..)))....(((((...((((........))))))))).......)).)))))...)))..))))))))).......))))))))))...))..)))).)))).))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((........)))((((......))))...((((.....))))...))))).((((....))))......(((......))).(((...............((((..((((.......)))).))))........(((((((.......))))))).))).(((((..........))))).(((((.................)))))....((((....)))).((((.((((....)))).((((....))))........))))..((((..........)))).(((((.....)))))..((((.....)))).(((.(((((.......)))))....))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....{{{))))....(((((...}}})))))(((.....((((((((.....))).(((....))).....(((((......)))))...))))).........((((..((((.......)))).)))).)))....((((((....aaaa.))))))..AAAA...........((((...<<<<<<.........))))..>>>>>>......((((....)))).((((.((((....))))..[[[[[[[(((.....))).))))............]]]]]]]..(((((.....)))))..((((.....)))).(((.(((((.......)))))....))).... |