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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00283



RNA: TMR_00283
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((...(((((((((((((((((.(((((.(((.((..((((....))))...)).(((((((((.((((((..................(((((((((......)))..))))))....((((((((.......)))))))))))))).....(((..((((...(((((.....(((....)))..))))).((((.((((....)))).(((((((((....)))).......))))).))))..))))))).)))))))))....)))))))))))))...)))))))).))))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((.......)..........(((....(((((......)))))...)))...........((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...))).....................(((.................)))................................................................................)))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((.(((((.(((((.........................(((((......))))).......................((((.......)))).......((....(((((((.......)))))))....))................................................................((((.(((......(((.........))).....))).))))..................))))))))))....))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..((..((((((((.(((((((((((.....)))))).............((((........)))).................((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...))).(.(((....((((...((((((...............))))))........(.(((((...........))))).)(((.........))).......)))).....))).)..............)))))....))))))))..))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((..((((((((..((((((((((((((((((((((((.....))))))(....)((((...(((((......)))))..))))...........((((..((((.......)))).))))((((...((((((((.......))))))))...))))....(....((((...(((((((.(((((....))).)).)))))..........(((.........((((....)))))))(......)))......)))).....)..................))))))...)))))))).)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..((((((((((((..(((..[[[[)))....]]]].......((((...(((((......)))))..))))...........((((.....[[[.....))))..]]]((((...((((((((..[[[[[))))))))...))))........]]]]]...((((((........[[[[[..))))))............]]]]]((((....))))....(((..[[[[[[[))).((((((....))))))........]]]]]]]............)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((.(((((....)).)))..((((...(((((......)))))..))))...........((((..((((.......)))).)))).(((...((((((((.......))))))))...)))...(((.((((.((.....(((((.(((((....)).))).))))).........(((((...((((........))))))))).....(((.....))))).)))).)))............))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(.....)..((((((((..(((((((((((((((((.(((((....((....))......((((...(((((......)))))..))))...........((((..((......)).))))...((((.....((((((((.......))))))))..)))).........((........(((((.(((((....))).)).))))).........(((((...((((........))))))))).....(((.....)))...))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((((((((((...))))))).......(((((((((.........((((((..................(((((((............)))))))....((((((((.......)))))))))))))).......((((((....((((((...............))))))........(((((..))))))))))))))))))))...(((((((...((((((((..)))))))).......)))))))...)))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))((((((((..(((((((((((((((((.(((((.(.(((....))).....((((...(((((......)))))..))))......((((.((((.((((....))))))))............((((((((.(....)))))))))....((((.....[[[[...)))).(((((.(((((....))).)).))))).........(((((...((((........))))))))).....((((...))))...]]]]...........)))))))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..((((((((((((.....((((((.........((((....))))......(((((((((.((((....((((.......((((((((..(((((.((((((....(((((....((((((((.......)))))))).))))).............((((........))))....)))))))))))...........(((((...((((........)))))))))..))))))))))))...))))..))))))))).......)))))).......)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((.((((.........((((...(((((......)))))..))))....(((....((((.((((....))))))))...(((((....((((((((.......)))))))).)))))...........))).....(((((.(((((....)).))).)))))...))))))))......((((.(((.....(((((........)).)))..))).))))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..((((((((((((((((.((((((((((.((((.........((((...(((((......)))))..))))....(((....((....)).((((.((((((....(((((....((((((((.......)))))))).))))).............((((.(....).))))....)))))))))))))...))))))))......((((.(((.....(((((........)).)))..))).))))..................))))))))))...)))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(((((..(((.(((((((((((((.((...(.((((((((((((.(((((((((((...(((.(((...))))))..))))))))))).))))).))))))))....))))).))))).))..).).)))))))).((((........).)))...(........)..((..))....)....((.((((((.(((((((((((..(((((((.(........)))))).)).((........)).)))))..((((.................(.((((.............)))).)))))..)))))).))))))))...))))))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((..........((......)).......((((((((........................................................((((((((.......))))))))..........................((((.((((......)).)).))))...............................................................)))))))).......))))))))))...)))))))).)))).))))))))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((..((((((((..((((((.((((((.....((..((((....))))...)).(((((((((.((((((((((....(((...(((.(((((((((......)))..))))))....((((((((.......)))))))).)))(((((..........))))).(((((.(((((....)).))).)))))..)))....(((((...((((........))))))))).......)).)))))...)))..))))))))).......))))))))))...))..)))).)))).))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((........)))((((......))))...((((.....))))...))))).((((....))))......(((......))).(((...............((((..((((.......)))).))))........(((((((.......))))))).))).(((((..........))))).(((((.................)))))....((((....)))).((((.((((....)))).((((....))))........))))..((((..........)))).(((((.....)))))..((((.....)))).(((.(((((.......)))))....)))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....{{{))))....(((((...}}})))))(((.....((((((((.....))).(((....))).....(((((......)))))...))))).........((((..((((.......)))).)))).)))....((((((....aaaa.))))))..AAAA...........((((...<<<<<<.........))))..>>>>>>......((((....)))).((((.((((....))))..[[[[[[[(((.....))).))))............]]]]]]]..(((((.....)))))..((((.....)))).(((.(((((.......)))))....)))....