|
|
|
GGGGAUGUUUUGGGAUUCGACAGGCGUAGAUUCGCGUUGACUGCGAUUCGUAGGUCACGUCUACGUUAAAAACGUCACAGUUAAAUUAUAACUGCAAAUAACGAAAAUUCUUACGCAGUAGCUGCUUAGUCAGCCUGCGUGAUCCAAAGAUGGAUUGCUCGUGUCUAUCUACGGGUCUUACCAUUUAACGAGCUACGUUUAACUACUUACCUUAAUAGUUAGAAAUAAGAUUCUUAGGUUAGUUUUGAUAGUUUAGCCCUGUUAUAUGGCGUUUUAUCAAAGCGAAUUUUAAGUAAUAUAACUAUGAUCGUAGAUGUUAACGACGAAAUACGUUUGGACAGGGGUUCAAUUCCCCUCAUCUCCAUAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...(..(((((((..((((((((((<<.<<<<)))))......>>>>.>>.......................................((((.(.........).))))..(((((...(((((((.aaaaaa)))))))...)))))..........AAAAAA....(((.(.(....{.{{{{{..).).))).........}}}}}.}.((((((((((....(((..[[[[[[[)))...))))))))))............]]]]]]]...))))).....)))))))..)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...((((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..))))(((((((..........)))))))...((((((((........((((((((((....(((.........)))...))))))))))))))))))..........)))))))))))...))))))).)))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((.................(((((((............((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......................................((((((...........((((((((.((((((((((....(((.........)))...)))))))))).))).))))).....))))))....)))))))))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...((((((((((((((((.(((((........................((((((.....))))))..................(((((...((((......)))).))))).((((...(((((((.......)))))))...)))).................................................................(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..................)))))))))))...))))))).)))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((......(((((((..(((((((((((.....))))))....(((((.....(((((((..........................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..))))).....)))))))......)))))..............(((((((....((((((((........((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))))))).......)))))))))))).....)))))))......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((...))).))...((((((((.....(((((..((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..))))).................)))))...............(((((((...........((((((((.((((((((((....(((.........)))...)))))))))).))).))))).....)))))))...)))))))))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...(((((..[[[))))).......]]](((((((((.......(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.[[[[[[))))))))..)))))..........]]]]]]....((((((((..........))))))))..((((((((...[[[[[((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))))))).......]]]]].....)))))))))...........))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((.......((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).((((((..........))))))........(((((((((...((((((((((....(((.........)))...))))))))))....)))))).)))....)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((........................((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((...(((((((.......)))))))...)))))......................((((((..........))))))...........(((((....((((((((((....(((.........)))...)))))))))).....)))))........)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(.....)..((((((((..(((((((((((((((((.(((((....(((...((((..........((((((.....)))))).................(((((((..((((......)))))))))))((((..((((((((.......))))))))..))))..........))))....))).(((((((.((.....)))))))))..........(((((((..((((((((((....(((.........)))...))))))))))..).))))))........)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((...(((((((((((((((...(((((...)))))..((((((.....))))))................((((((((..((((......))))))))))))((((....)))).....))))...)))))))))))...............(((((((((((((..........))))))))..((((((((........((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))))))).................)))))..))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((.............)))))............(...(........................((((((......))))))....((((((.(((.((((.......)))).))).))))))......................(((((((........)))))))....................((((((((((....(((.........)))...))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((.............)))))............(...(........................((((((......))))))....((((((.(((.((((.......)))).))).))))))......................(((((((........)))))))....................(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((((((((((((((((.((((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...))))((((((((..(((((((((((((((((.(((((....(((..(((([[[[.))))..((((((.....)))))).................(((((((..(((((...).)))))))))))((((..((((((((.......))))))))..)))).......]]]].......)))((((((((.(((...)))))))))))......(((((((((((.((((((((((....(((.........)))...)))))))))).))).))))).)))....)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((...(((((((((((.......(((((...)))))..((((((.....))))))......((((.(((((((((((((..((((......)))))))))))).........)))))..))))....)))))))))))...............(((((((((((((..........))))))))..((((((((........((((((((((......................)))))))))))))))))).................)))))..))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........))((((((((....(((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..((((((((((((((((((.((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..))))....))))........(((((((........(((((((((...((((((((((....(((.........)))...))))))))))....)))))).))).))))))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(.((((((((.((........))(.((..((((....((...(((((((((((.(((..(((((((...))))))).....(((((........((((((..((((......)))))))))).((((......))))...))))).(((.((..(((.((((.(.(((((((......(.(((((..)))))).....)))))))).)))).)))..)).).)).((((((((....(.((........)))...)))))))))).).))))))................))))).))...)))))).).))))))))..........)))))))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((....(((((.(((((((.......((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))..(((((............)))))............((......((((((((((....(((.........)))...)))))))))).......)).........)))))))))))...))))))).)))).))))))))....((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..((((..((((((((((((((((.((((((...((((((.(((((((.......((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).)))).))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((.........))).(((((....(((((.....)))))..((((((.....))))))......))))).((((((.....)))))).............))).(((((((..((((......))))))))))).((((....))))..(((((((......)))))))..........((((.....)))).(((((..........))))).(((......)))...((((((..........))))))..((((.....(((((.....))))).................((((....))))....)))).(((.....))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.........)))).(((((...(((((.....))))).(((((((.....))).(((.....)))...((((((.....))))))......)))).......))))).(((((((......))).))))..((((((....))))))[[[[[[[)))...]]]]]]]....((((..((((.....)))).(((((..........))))).(((......)))...((((((.....<<<<<)))))).......))))(((((.....)))))................>>>>>..(((({{{{{...))))((((.....))))...(((((.......)))))}}}}}...... |