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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00289



RNA: TMR_00289
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((.................(((((((............((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......................................((((((...........((((((((.((((((((((....(((.........)))...)))))))))).))).))))).....))))))....)))))))))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...((((((((((((((((.(((((........................((((((.....))))))..................(((((...((((......)))).))))).((((...(((((((.......)))))))...)))).................................................................(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..................)))))))))))...))))))).)))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((......(((((((..(((((((((((.....))))))....(((((.....(((((((..........................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..))))).....)))))))......)))))..............(((((((....((((((((........((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))))))).......)))))))))))).....)))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((...))).))...((((((((.....(((((..((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..))))).................)))))...............(((((((...........((((((((.((((((((((....(((.........)))...)))))))))).))).))))).....)))))))...)))))))))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...(((((..[[[))))).......]]](((((((((.......(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.[[[[[[))))))))..)))))..........]]]]]]....((((((((..........))))))))..((((((((...[[[[[((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))))))).......]]]]].....)))))))))...........))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((.......((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).((((((..........))))))........(((((((((...((((((((((....(((.........)))...))))))))))....)))))).)))....)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(.....)..((((((((..(((((((((((((((((.(((((....(((...((((..........((((((.....)))))).................(((((((..((((......)))))))))))((((..((((((((.......))))))))..))))..........))))....))).(((((((.((.....)))))))))..........(((((((..((((((((((....(((.........)))...))))))))))..).))))))........)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((...(((((((((((((((...(((((...)))))..((((((.....))))))................((((((((..((((......))))))))))))((((....)))).....))))...)))))))))))...............(((((((((((((..........))))))))..((((((((........((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))))))).................)))))..))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..((((((((((((((((.((((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...))))((((((((..(((((((((((((((((.(((((....(((..(((([[[[.))))..((((((.....)))))).................(((((((..(((((...).)))))))))))((((..((((((((.......))))))))..)))).......]]]].......)))((((((((.(((...)))))))))))......(((((((((((.((((((((((....(((.........)))...)))))))))).))).))))).)))....)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((...(((((((((((.......(((((...)))))..((((((.....))))))......((((.(((((((((((((..((((......)))))))))))).........)))))..))))....)))))))))))...............(((((((((((((..........))))))))..((((((((........((((((((((......................)))))))))))))))))).................)))))..))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........))((((((((....(((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..((((((((((((((((((.((((...((((((.(((((((..(((..((((((.....))))))......))).........((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..))))....))))........(((((((........(((((((((...((((((((((....(((.........)))...))))))))))....)))))).))).))))))))))))))...))))))).)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(.((((((((.((........))(.((..((((....((...(((((((((((.(((..(((((((...))))))).....(((((........((((((..((((......)))))))))).((((......))))...))))).(((.((..(((.((((.(.(((((((......(.(((((..)))))).....)))))))).)))).)))..)).).)).((((((((....(.((........)))...)))))))))).).))))))................))))).))...)))))).).))))))))..........)))))))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((..(((((((((((((((((.(((((....(((((.(((((((.......((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))..(((((............)))))............((......((((((((((....(((.........)))...)))))))))).......)).........)))))))))))...))))))).)))).))))))))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((..((((((((((((((((.((((((...((((((.(((((((.......((((((.....))))))..................((((((..((((......))))))))))(((((..((((((((.......))))))))..)))))......)))))))))..)))).....((((((.(((((.((((........)))).)))))...((((((((((....(((.........)))...))))))))))......))))))......)))))))))))...))))))).)))).))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((.........))).(((((....(((((.....)))))..((((((.....))))))......))))).((((((.....)))))).............))).(((((((..((((......))))))))))).((((....))))..(((((((......)))))))..........((((.....)))).(((((..........))))).(((......)))...((((((..........))))))..((((.....(((((.....))))).................((((....))))....)))).(((.....))).((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.........)))).(((((...(((((.....))))).(((((((.....))).(((.....)))...((((((.....))))))......)))).......))))).(((((((......))).))))..((((((....))))))[[[[[[[)))...]]]]]]]....((((..((((.....)))).(((((..........))))).(((......)))...((((((.....<<<<<)))))).......))))(((((.....)))))................>>>>>..(((({{{{{...))))((((.....))))...(((((.......)))))}}}}}......