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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00290



RNA: TMR_00290
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((..((((((((((........(((((((....))))((((.((....)).))))....................((((.((((..((.......)).))))))))...)))...................(((((((..............))))))).......(((((.(((((....................))))))))))(((((((...................)))))))......................)))))))))...)..)))).))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((.(((((((((((....(((((((((((....))))((((.((....)).))))...................(((((.((((..((.......)).)))))))))..)))....((((.......))))(((((((..............))))))).......(((((.(((((....................))))))))))((((((((..(((.......)))..)))))))).................)))).)))))))))...)).)))).))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((......((((((......((((((........((((....((((..........))))))))..........((((((........................))))))...[[[[[[[..))))))))))))........(((((.......(((((((..............)))))))...((((((((.........)))))))).))))).........)))(((((((((]]]]]]]............)))))))))..............((((.................................))))(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................(((((.((((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)))))))))).)))...)))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((....((((((((............)))).))))...))))).((((....))))((((..........))))..........((((....((((((((((((((((......((((.....))))..(((((((..((((.((((((.(((((((..............)))))))(((((.((((((.(((((....................)))))))))))))))).)))))).)))).....(((((((...))))))).....)))))))....))))))...))))).)))))....))))......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((.......(....).......))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)))))))))).)))...)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................(((((.((((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((.......(....).......)))))))))...((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).))))))))))).))))))))..)))))))))).)))...)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(..)..((((((((((((((..((((((((..(((((((..(((((((((((......)))))(...((((.((((((((((...((((((...))))))....))))))).(((((((((.......)).....((........))..((((((.((((.(((.(((((..)))))...(((..)))(((..)))(((((..(...)..((((..)))).)))))))))))).))))))))))).)).((......))((...))))).))))....)))))))))))))).....)))))))))))))..)))))))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.((((..((((..(((.....)))...((((.....((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).)))))))))))))))..............))))....))))))))..(((..(..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)..))))))).)))...)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.((((..((((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))))))))..(((..(..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..(..(((..(((((..(((((((((..((..((....))..))..))))))....)))..)))))..)))..).)))).))))))))..)..))))))).)))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......((((.......))))........((((.....((((....))))(((....))).)))).......)))).((((........................)))).)))).....((((.....))))..(((...((((.......)))).((((((..............))))))...))).((((((.(((((....................)))))))))))......(((..........))).(((((.....))))).(((....))).....(((.(((.............))).((((.......(((((.......))))))))).)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((.....)))))........((((.....((((....))))(((....))).))))..........((((((....................<<<.))))))........((((..>>>))))........((((aaa....))))....(((..............))).(((.((((...[[[[.[[[[[))))................]]]]]]]]].....)))(((....AAA...))).(((((.....)))))..(((((...(((((((....)))...(((.....))).........)))).{{{{)))))..}}}}.)))))))....