|
|
|
GGGGGCGUUACGGAUUCGACAGGCAUUGUCGCGCAUGAACUGCAACUGCUGAGGGAUCAGGAUAAUCAUCCGCAGAUAAAUAUAACUGCUAAAAAUAAUACACAAACUUACGCAAUGGCAGCCUAAACAGCACCAUGCGUGCCUGAUUUUUGCUCUCUGAUGGCAAUUUGACGGCCUAAACUUUUAGUCAGAUACGUUGUUGUGGAGGCUUGACGCAGCAAAAGAGAUUUAAAGCCCCGCAAAAUGUCGCUGUUUGAGACUGGCUUUGGCAUUUUGUUAAAUUUGAGAAAGUCCUAUGGUUGUAGACGUUGAUGUAGCAAGGUGUUUGGACAGGGGUUCGACUCCCCUCGCCUCCAUUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.(((..(((((.(((..{{{{))).......}}}}......................................(((((.(((..............))))))))(.(((....(((((.aaaaaa))))).....))).)..........AAAAAA....((((((((<.<<<<<..))))))))..........>>>>>.>((((((((((...(.....[[[[..[.).)))))))))).........]..]]]]....))))).....))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((.....((...(((((((((((((((..........((((..........))))...................((((((.(((..............))))))))))))))).....)))))....)))).(((.((((((...((((((..((((((...((((((((.........)))))))).................(((((((((((..(((.......)))..)))))))))))...)))))))))))).....))))))))).))..)))).))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((..((((((((((........(((((((....))))((((.((....)).))))....................((((.((((..((.......)).))))))))...)))...................(((((((..............))))))).......(((((.(((((....................))))))))))(((((((...................)))))))......................)))))))))...)..)))).))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((.((((((..........................(((.((....)).))).....................(((((...(..(.........)..).)))))..............................................................................................................................................................))))))....)).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.(((..(((((.....(((((..((((....))))((((..........))))....................(((((.(((...(.......)..)))))))).............((((.((((((.(((((((..............)))))))...((((((((.........))))))))............)))..(((((((((((..(((.......)))..)))))))))))...))).))))..)))))..))))).....))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((.(((((((((((....(((((((((((....))))((((.((....)).))))...................(((((.((((..((.......)).)))))))))..)))....((((.......))))(((((((..............))))))).......(((((.(((((....................))))))))))((((((((..(((.......)))..)))))))).................)))).)))))))))...)).)))).))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((...)))))(((((((..((((...(((((((......((((....))))((((..........)))).................)))).)))...))))......[[[...)))))))..]]]................(((.[[[[[[[.)))..........]]]]]]]...((((((((..[[[[[..))))))))..........]]]]]..(((((((((((..(((...[[[[)))..)))))))))))............]]]]((((....))))..........................(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((...((((((.((((((((((....(((.((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).)))))))))))))))......((((.((((((((..((..((((.....((((((.(((..(((((.((((((.(((((....................))))))))))))))))..))).))))))..))))....))..)))))..))).))))....)))..)))))))...))).)))).))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((...(((((((((....(((((((((..........((((..........))))...................((((((.(((..((.......)).))))))))))))))))))....(((....(((((..(((({{{{....{{....))(((...((((.((((((.(((((....................)))))))))))))))[[.)))....}}...}}}}..]]))..)))))......))).........)))))))))......)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((...((((((.((((((((((.....(((((((((..........((((.((....)).))))....................(((((.(((..((.......)).)))))))).)))))))))...((((.((((((..((((((..............)))))).(((((.((((((.(((((....................)))))))))))))))).)))))).))))..((((((..((..((....))..))..))))))....))))))))...)).)))).))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((......((((((......((((((........((((....((((..........))))))))..........((((((........................))))))...[[[[[[[..))))))))))))........(((((.......(((((((..............)))))))...((((((((.........)))))))).))))).........)))(((((((((]]]]]]]............)))))))))..............((((.................................))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(((((.................)))))........(...(...........................((((((......)))).))......(((..(((..........))))))................................((((((((.........)))))))).................(((((((((((((..........)))...))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(((((.................)))))........(...(...........................((((((......)))).))......(((..(((..........))))))................................((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((..........)))....)))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................(((((.((((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)))))))))).)))...))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((...((((((((....((((((((((..........((((..........))))...................((((((.(((..((.(....))).)))))))))))))))))))..((((.((((((.(((((((..............)))))))(((((.((((((.(((((((...............)).)))))))))))))))).)))))).))))..((((((....................))))))....))))))))......)))).))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((....((((((((............)))).))))...))))).((((....))))((((..........))))..........((((....((((((((((((((((......((((.....))))..(((((((..((((.((((((.(((((((..............)))))))(((((.((((((.(((((....................)))))))))))))))).)))))).)))).....(((((((...))))))).....)))))))....))))))...))))).)))))....))))......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((.......(....).......))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)))))))))).)))...))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)))))))))).)))...)))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((.((((...(((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................(((((.((((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))).))))..((((((..((((((((.(((((((((.(((((.......(....).......)))))))))...((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).))))))))))).))))))))..)))))))))).)))...))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(..)..((((((((((((((..((((((((..(((((((..(((((((((((......)))))(...((((.((((((((((...((((((...))))))....))))))).(((((((((.......)).....((........))..((((((.((((.(((.(((((..)))))...(((..)))(((..)))(((((..(...)..((((..)))).)))))))))))).))))))))))).)).((......))((...))))).))))....)))))))))))))).....)))))))))))))..)))))))))((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((.((((..((((..(((.....)))...((((.....((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).)))))))))))))))..............))))....))))))))..(((..(..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..((((((.((((((.((((((((((..((..((....))..))..))))))....)))).)))))).)))))).)))).))))))))..)..))))))).)))...))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((.((((..((((..(((.....)))...(((((((((((((((..........((((.((....)).))))...................((((((.(((..((.......)).))))))))))))))).....)))))....))))....))))))))..(((..(..((((((((.(((((((((.(((((....................))))))))))..(..(((..(((((..(((((((((..((..((....))..))..))))))....)))..)))))..)))..).)))).))))))))..)..))))))).)))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......((((.......))))........((((.....((((....))))(((....))).)))).......)))).((((........................)))).)))).....((((.....))))..(((...((((.......)))).((((((..............))))))...))).((((((.(((((....................)))))))))))......(((..........))).(((((.....))))).(((....))).....(((.(((.............))).((((.......(((((.......))))))))).)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(((((.....)))))........((((.....((((....))))(((....))).))))..........((((((....................<<<.))))))........((((..>>>))))........((((aaa....))))....(((..............))).(((.((((...[[[[.[[[[[))))................]]]]]]]]].....)))(((....AAA...))).(((((.....)))))..(((((...(((((((....)))...(((.....))).........)))).{{{{)))))..}}}}.))))))).... |