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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00296



RNA: TMR_00296
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((........(((((..((((((..(((((.((.....(((((.........(............).....................))))).....)).)))))..))))))........(((((.....)))))((((((.....((((....))))........)))))).((((((((........((((((((((.........))))..))))))..((((((((.(((((((.........))))))))))))))).....................))))))))....))))).......))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......))).)))))))))..((((((..(((((.(......(((((.(........................................).)))))......).)))))..))))))........(((((.....)))))(((((((...(((((....))))..........(((.(((((((((...((...(((((..(((.........)))....)))))..(((((((.((((((((.........)))))))))))))))...........))........)))))))))...)))........)..))..)))))(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.......(((((((.((((((..(((((.((.....(((((.......(((((........)))))...................))))).....)).)))))..))))))........((((((...))))))(((((((((..(((((())))))..)))...))))))(((((((((.....(..((((((((((.(.....).))))..))))))(.((((((((.(((((((.........)))))))))))))))..)..............)...)))))))))..)))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......).)))))))))))..((((((..(((((.((.....(((((.......(((((........)))))...................))))).....)).)))))..))))))........(((((.....)))))(((((((((..((((....))))..)))...))))))(((((((((.((((.((....))))))..........((((...(((((.((((((((.(((((((.........)))))))))))))))..)))))...)))).......)))))))))...((((((..........)))))).(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......).)))))))))))..((((((..(((((.((.....(((((.......(((((........)))))...................))))).....)).)))))..))))))........(((((.....)))))((((((.....((((....))))........)))))).((((((((......((....))((((.........))))..........((((((((..((((((.........)))))).))))))))...((((.........)))).))))))))....((((((..........)))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((([[[[[[........)))))))))..(((((((((((((...))))))).....{{{{{{{{{{{{{{{{.....{{{{{..................{{{{{..{{{{.......))))))....((((((((((...))))))((((((.....(((((..)))))........)))))).)))).....}}}}..(((((((.............(((((((...)))))))....))))))).]]]]]]....}}}}}}}}}}.......}}}}}}}}}..........}}}}}}}.....((((((..........)))))).(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......)).))))))))))..((((((..(((((........(((((.......(((((........)))))........(((....))).)))))........)))))..))))))........((((((...))))))(((((((((..((((....))))..)))...))))))(((((((((........((((..((((.........))))....))))..((((((((.(((((((.........)))))))))))))))...(((((.......))))).)))))))))...((((((..........)))))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((..........)))))))))))..((((((..(((((........(((((.......(((((........)))))...................)))))........)))))..))))))....((((....((((..((((.((((((.....((((....))))........))))))(((((((((........((((((((((.........))))..))))))..(((((((.((((((((.........))))))))))))))).....................)))))))))..))))..))))...)))).((((((....)))))).......)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))....(((..(((....(((((.((((...((..(..(((((((.....(((((((((........))))).......................((....)).........))))....)))))))..)..)).((((.(((((((((..((((....))))..)))...)))))).((((((((........(((((((((..(.....)..)))..))))))..((((((((.(..((((.........))))..))))))))).....................))))))))...)))))))).)))))..)))..)))(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))....(((..(((....(((((.(((((......((((((((((....))((((((((........))))................((((.(((((((((((.((((....)).)).....((((((((.....)))))(((((((((..((((....))))..)))...)))))).)))))).)))))(((.(((((.(((..(.....)..)))...)))))..((((((((.(..((((.........))))..)))))))))))).........))).))))..)))))))))))).))))).)))))..)))..)))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..(...)))).....((((((((((..((((((((.(((((.((..)))))))((..(((((((((((((((((..(((........)))(((((................(((((((((((......)))))))((.((..(.(.(..(((((....((......))...((((..))))))))).....)((..(((.((((..)))))))..))))..))))..).))))))))((((((((......................))))))))...))))))))....((..)))))))))))..))....))).)))))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................................((((.....(((.....................(((((........))))).................................))).....))))...................((..(((((((((..((((....))))..)))...))))))(((((((((.........................................((((((((.(..((((.........))))..))))))))).....................)))))))))...))......................................)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((.......).)))))))))))..((((((..((((..((.....(((((.......(((((........)))))........(((....))).))))).....))..))))..))))))....((.(((..((((..((((.(((((((((..((((....))))..)))...)))))).((((((((........((((((((((.........))))..))))))..((((((((.(..((((.........))))..))))))))).....................))))))))...))))..))))........((((((....)))))).))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...((((((((((((.......)).)))))))))).((((...((((((.....))))))...((((.....))))..........))))...............))).(((.((..((.((.......))))..))))).(((((.....))))).((((.....))))....(((((..........))))).(((((((.....(((....)))..(((((.....((((((.....))))))...((((..............))))..)))))........(((((.......))))).))))))).(((.((((((..........)))))).(((((.......))))).))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))..(((((((....))))))).(((..<<<))).((((.>>>......)))).(((((...[[[[[)))))......]]]]]...........(((((....aaaaa...))))).........(((((.....))))).((((.....)))).(((.{{{{......))).}}}}.(((((((...((((((....)))...((((.....((((((.....)))))).))))..)))(((..bbbbb..)))..((...BBBBB)).(((((.......)))))..)))))))....((((((AAAAA.....)))))).(((((.......))))))))))))....