|
|
|
GGGGCCGUUACGGAUUCGACAUGUGUAGGUGAGCGUGAAUUGCACUUCGUAGGUUACGUCUGCGUUAACAACGUUACAGUUAAUUAUAACUGCAAACAAUAACAAUUCUUACGCUGUAGCUGCCUAAACACCAGCAUAGCGUGAUCCGUCUGACUUCACCCAAGGGUUAGAUCCGGGUCUCAAAUUAAUUGGGUUACGUUAAAUGCCGCCGUUUGAAGUGUUUAAAAGAGAUUUUCAAGCUAGUUAGUCCAUCCGAGCCUCUGUUGAACGGCGUUUUGGGCUAGCGAAUUUCUAAAUAGUUCGACUAUGAGUGUAGAGAUUGACGUGGCAAUGCGCAUGGACGCGGGUUCAACCCCCGCCGGCUCCAUUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.(((((((((([[.[[[[)))))......]]]].]].....................................(((.(.(((..........)))).))).(..((.((((((((.aaaaaa))))))))....))..)........AAAAAA....((((((((....{{{{{{.)))))))).........}}}}}}..(((((((((.....(((...<<<<<<<)))....))))))))).............>>>>>>>...)))))....)))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((((........((((((((..(((..(((..((((.(((...((..((((((....))))))...)).....(((((...(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..)))))).......))))).)))))))...)))..)))...))))))))............)))).(((((((((((((.....(((..........)))....))))))))).((((((((.....((((....))))..))))))))....))))..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.(((((((((((............................((((((....))))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...................................))).........((((((((........(((((((((.....(((..........)))....))))))))))))))))).................))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((.((((.(((((((((.(((((........................((((((....))))))..................(((((...((((.........))))..)))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))...................((((((((...........)))))))).................(((((((((.....(((..........)))....)))))))))...................))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.(((.((((((...((((...........))))..((((((((..........................((((....((((.........))))...))))((((((.........(((....)))......))))))....))))))))....(((...........)))..(((((....((((....)))).......(((((((((.....(((..........)))....)))))))))..)))))............)))))))))....)))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..((((((((.....((((.(((((((((.((((((...((....))......(((((.((((((....))))))..))).............(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..)))))).(.........)......)).........).................((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))...........))))))))))...)))).)))).....)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..[[[[))).((((((.((((.....)))).))))))]]]]((((((...[[[[..))))))..]]]]....................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.[[[[[[))))))))..)))))).........]]]]]]............(((.[[[[[[[))).............]]]]]]]..(((((((((.....(((...[[[[[[[)))....))))))))).............]]]]]]]..................((((.....[[[))))..]]]((((...))))....))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((.....((((.(((((((((.(((((...(((...(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....))))).)))))...))).((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.(((.((((..(((((........................(((((([[[.))))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...]]].........................(((((((................)))))))..(((((((((.....(((..........)))....)))))))))...................))))).))))....))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((.....((((.(((((((((.(((((...(((...((((.....((((..((((((....))))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..)))))).(((.....)))....))))...))))...))).((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((((.....(((((((...)))))))............((((((....))))))..........))))))..)))))...((((.........)))).((((((((((((.........((((..)))).(((((..))))).........))))))))))))..((((((.((((((((..............))))))))..(((((((((.....(((...[[[[[[[)))....))))))))).((((((((.(((((...))))).....))))))))...)))))).))))))))...((((]]]]]]]..))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((.............)))))...........(...(........................((((((.........)))).))....((((((.(((((((.......)))))))...)))))).....................((((((((.......))))))))...................((((((((((....(((..........)))...))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((.............)))))...........(...(........................((((((.........)))).))....((((((.(((((((.......)))))))...)))))).....................((((((((.......))))))))...................(((((((((.....(((..........)))....)))))))))...................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((..((((((.((((.....)))).))))))..))......(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....)))))...((((((.((((((((.((((.....))))))))))))..(((((((((.....(((((....))..)))....))))))))).((((((((.((((.....)))).....))))))))...)))))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.(((((((((.(((((.........(((((...(((((..((((((....)))))).....(((....)))...(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))((((.....))))...))))).))))).......((((.(((((...((((((((........(((((((((...(((((..........))).)).)))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((..((((...((((...))))..))))........((((((((((....)))))).......)))).....)))))))...((((.........)))).((((((((((((.........((((..((((...))))))))...........))))))))))))..((((((.((((((((..............))))))))..(((((((((.........((((...)))).....))))))))).((((((((.(((((...))))).....))))))))...)))))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((.((((.(((((((((.(((((...(((.(.(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....))))).))))).).)))..(((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))..))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((..((((((.((((.....)))).))))))..))......(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....)))))....(((((.((((((((.((((.....))))))))))))..(((((((((.....(((((....))..)))....))))))))).((((((((.((((.....)))).....))))))))...)))))..))))))))...(((((.......))))))))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((.((((.((((((((.((((((...(((.(.(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....))))).))))).).)))(((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((.((.(((..((((((((((((((((((((((.((((((..(((((((((((...)))))))))))...)))))))))).)).).)))))).((.((((..(.((.(...)))))))).)))))).(.(......)).)))))))).(((...).))((((((((.......))))..((.(((((((((........).))))))))))...((((..))))((((((((((...((..((.((..))...))))....))))))))))))))((.((((((...)))))))))).))).))...(((......)))(......).((((...))))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((.((((.(((.((((..(((((...(((.(.(((((....((((..(((((......)))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))................))))..))))).).)))(((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))))))))).))))....))).))))..)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((.((((.((((((((.((((((...(((...(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))(((((((((((((.........)))))))..))))))...)))))))))....))))).)))))...)))..(((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))..))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.........))))..(((.(((((....(((.....))).((((((....)).)))).))))).((((((....)))))).......((((.....(((((((((.((((.........))))))))))))).((((((((((.........)))))))..)))..(((((.....)))))....))))...)))...(((((((..((((.....)))).)))))))......((((((...(((((.((((....))))....)))))..((((((.......)))))).((((....)))).......(((......))).)))))).((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((....(((((....ccc.))))).((((CCC..(((..{{{)))...((((.}}}.))))..((((((....))))))....))))..........(((((((.((((.........))))))))))).))))))..((((..bbb....)))).(((....))).(((.....)))BBB....(((((((....)))))))...((((...(((<<<<...)))).....>>>>......(((((..(((....)))aaa..)))))AAA[[[[[)))....]]]]]..((((....)))).......(((.((.....)))))...(((((.......))))).)))))).... |