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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00298



RNA: TMR_00298
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.(((((((((((............................((((((....))))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...................................))).........((((((((........(((((((((.....(((..........)))....))))))))))))))))).................))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((.((((.(((((((((.(((((........................((((((....))))))..................(((((...((((.........))))..)))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))...................((((((((...........)))))))).................(((((((((.....(((..........)))....)))))))))...................))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((.(((.((((((...((((...........))))..((((((((..........................((((....((((.........))))...))))((((((.........(((....)))......))))))....))))))))....(((...........)))..(((((....((((....)))).......(((((((((.....(((..........)))....)))))))))..)))))............)))))))))....)))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..((((((((.....((((.(((((((((.((((((...((....))......(((((.((((((....))))))..))).............(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..)))))).(.........)......)).........).................((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))...........))))))))))...)))).)))).....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..[[[[))).((((((.((((.....)))).))))))]]]]((((((...[[[[..))))))..]]]]....................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.[[[[[[))))))))..)))))).........]]]]]]............(((.[[[[[[[))).............]]]]]]]..(((((((((.....(((...[[[[[[[)))....))))))))).............]]]]]]]..................((((.....[[[))))..]]]((((...))))....)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((.....((((.(((((((((.(((((...(((...(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....))))).)))))...))).((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.(((.((((..(((((........................(((((([[[.))))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...]]].........................(((((((................)))))))..(((((((((.....(((..........)))....)))))))))...................))))).))))....))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((.....((((.(((((((((.(((((...(((...((((.....((((..((((((....))))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..)))))).(((.....)))....))))...))))...))).((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((((.....(((((((...)))))))............((((((....))))))..........))))))..)))))...((((.........)))).((((((((((((.........((((..)))).(((((..))))).........))))))))))))..((((((.((((((((..............))))))))..(((((((((.....(((...[[[[[[[)))....))))))))).((((((((.(((((...))))).....))))))))...)))))).))))))))...((((]]]]]]]..)))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((.............)))))...........(...(........................((((((.........)))).))....((((((.(((((((.......)))))))...)))))).....................((((((((.......))))))))...................((((((((((....(((..........)))...))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((.............)))))...........(...(........................((((((.........)))).))....((((((.(((((((.......)))))))...)))))).....................((((((((.......))))))))...................(((((((((.....(((..........)))....)))))))))...................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((..((((((.((((.....)))).))))))..))......(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....)))))...((((((.((((((((.((((.....))))))))))))..(((((((((.....(((((....))..)))....))))))))).((((((((.((((.....)))).....))))))))...)))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.(((((((((.(((((.........(((((...(((((..((((((....)))))).....(((....)))...(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))((((.....))))...))))).))))).......((((.(((((...((((((((........(((((((((...(((((..........))).)).)))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...)))).)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((..((((...((((...))))..))))........((((((((((....)))))).......)))).....)))))))...((((.........)))).((((((((((((.........((((..((((...))))))))...........))))))))))))..((((((.((((((((..............))))))))..(((((((((.........((((...)))).....))))))))).((((((((.(((((...))))).....))))))))...)))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((.((((.(((((((((.(((((...(((.(.(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....))))).))))).).)))..(((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))..))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((..((((((.((((.....)))).))))))..))......(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....)))))....(((((.((((((((.((((.....))))))))))))..(((((((((.....(((((....))..)))....))))))))).((((((((.((((.....)))).....))))))))...)))))..))))))))...(((((.......))))))))))...)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((.((((.((((((((.((((((...(((.(.(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))))....))))).))))).).)))(((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.((.(((..((((((((((((((((((((((.((((((..(((((((((((...)))))))))))...)))))))))).)).).)))))).((.((((..(.((.(...)))))))).)))))).(.(......)).)))))))).(((...).))((((((((.......))))..((.(((((((((........).))))))))))...((((..))))((((((((((...((..((.((..))...))))....))))))))))))))((.((((((...)))))))))).))).))...(((......)))(......).((((...))))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((.((((.(((.((((..(((((...(((.(.(((((....((((..(((((......)))))..................(((((((.((((.........)))))))))))((((((((((((((.......))))))))..))))))................))))..))))).).)))(((((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))))))))).))))....))).))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((.((((.((((((((.((((((...(((...(((((...(((((..(((((((((.........................(((((((.((((.........)))))))))))(((((((((((((.........)))))))..))))))...)))))))))....))))).)))))...)))..(((.(((((...((((((((........(((((((((.....(((((....))..)))....)))))))))))))))))))))).)))..))))))))))...)))).))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.........))))..(((.(((((....(((.....))).((((((....)).)))).))))).((((((....)))))).......((((.....(((((((((.((((.........))))))))))))).((((((((((.........)))))))..)))..(((((.....)))))....))))...)))...(((((((..((((.....)))).)))))))......((((((...(((((.((((....))))....)))))..((((((.......)))))).((((....)))).......(((......))).)))))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((....(((((....ccc.))))).((((CCC..(((..{{{)))...((((.}}}.))))..((((((....))))))....))))..........(((((((.((((.........))))))))))).))))))..((((..bbb....)))).(((....))).(((.....)))BBB....(((((((....)))))))...((((...(((<<<<...)))).....>>>>......(((((..(((....)))aaa..)))))AAA[[[[[)))....]]]]]..((((....)))).......(((.((.....)))))...(((((.......))))).))))))....