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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00301



RNA: TMR_00301
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((...........)))).(((((..((....(((((..(((((........)))))...(((.............)))..))))).....)).....))))).((((((((........((((((....(((....(((((........((((((((((((.........)))))))...((((((((((.........))))..))))))..)))))...........)))))(((((((..(((.(((((((((.........))))).))))...((((((.....((((.((....))))))..))))))..........)))..)))..)))).......)))..)))))).((((((((....))))))))..))))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((((....))))............(((((........)))))...............................................(((((...(((....)))((.......))............))))).....(((((((.........))))))).................(((((((........................)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))...............((((((..((.(((........))).))..)))))).......................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........................................(((((........))))).........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((...(((.(((((..........((((((..............................................(.((((((...(((((..(.(((.......))))..)))))...)))))).)..(((((((.........))))))).((((((((((((.........))))..))))....)))).....))))))......(((((.((((((.....)))))).)))))...............((((((..((.(((........))).))..))))))......................)))))....)))...)).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((...........))(((....))).............(((((........)))))..........................(((((..........)))))((((((...(((((....(((.......)))...)))))...))))))..(.(((((((.........))))))).)...............(((((((.....((......)).........)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))..........(((..((((((..((.(((........))).))..))))))....))).........((((..((..))..)))).....................(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((..[[[[...)))....]]]]...((((...[[[.[[[))))......]]]]]]....................((((....(((.[[[...)))..]]]....(((..[[[[..)))...]]]]......)))).....(((((((.........))))))).......(((((.....[[[[[[[(((.....)))..)))))......]]]]]]]..(((((.((((((.[[[[)))))).)))))........]]]]...((((((.....(((.....[[[))).....))))))...........]]]..((((.[[[......))))....]]]..((((((((....)))))))).........)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((......((...((((((((.(((((........)))))..........................(((((..........))))).(((((...(((((..(((........)))....)))))...)))))..))))))))))......))))))......)).))))...)))).(((((((...((((......)))).......)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........(((((((((((((..((.(((........))).))..))))))..................((((....)))).(((...)))...((((((((....)))))))))))))))..)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((..........)))...........................(((((..........)))))((((((...(((((....................)))))...))))))....(((((((.........))))))).....(((.((((....{{{{{))))...)))..................}}}}}..(((((.(((((.......))))).))))).........((((((((((((........................))))))...........................................(((((.......[[[)))))))))))]]])))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((..((((....)))).(((((((.((.(((((........)))))))........................(((((..........))))).(((((.((.....)).)))))......))))))).................(((((((.........)))))))..)).))))...)))).(((((((....(((......)))........)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........(((((((((((((.....((((.((....))))))..))))))..................(..........).(((...)))...((((((((....)))))))))))))))..)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((....((((((((...........(((((((....(((((........)))))..........................(((((..........))))).(((((...........)))))......))))))).................(((((((.........))))))))))(((((..)))))..(((((((...((((......)))).......)))))))..)))))..........))))))................(((((((.............(((((.........((((.....................)))).................))))).(((((((((..))))))))))))))))..)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((((((.((((((......(((((...............))))).........(...(.......................................................................((.((((.........)))).)).((((((...(((...............)))...))))))...................((((((((.........)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))..................))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(....(((((...............))))).........(...(.......................................................................((.((((.........)))).)).((((((...(((...............)))...))))))...................((((((((.........)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))..................)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((........((.(((((((..(((((........)))))................................((((..((((.((((..((((..(((....))).))))...))))....))))....))))...)))))))..))....))))))......))).)))...)))).(((((((.((((((......)))).))....)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........(((((((.............(((((.(((.(((.(((....)))...)))....)))..((((.((....)).))))...))))).((((((((....)))))))))))))))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((..((((....)))).(((((((.((.(((((.((...)))))))))..(((.......))).........(((((..........))))).(((((...[[[[....)))))......)))))))]]]].............(((((((.........)))))))..)).))))...)))).(((((((...((((......)))).......)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........((((((((((((((....((((.........))))).))))))..................((((....)))).(((...)))...((((((((....)))))))))))))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.((......)).))........(((.((((.(.((((......(((....))).......((.(((....................((((..((((.((((..((((..(((....))).))))...))))....))))....))))...(((((.(((((......(((........((((....))))..(((((((.((((((......)))).))....)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........)))....((((((..((.(((........))).))..))))))................))))))))))...)))))...))))..).)))).)))..(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((((((.....((((((........((.(((((((..(((((........)))))................................((((..((((.((((..((((..(((....))).))))...))))....))))....))))...)))))))..))....)))))).(((.(((((.((.(((..(((.....)))..)))..)))))))..)))......))))))).)))........)))).(((...((((.((...)).(((((((.............(((((.(((.(((.(((....)))...)))....)))..((((.((....)).))))...))))).((((((((....)))))))))))))))..))))...))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((..(((((((((((....(....).......(((((........))))).........................))))...(((((.((((.((((..((((..(((....))).))))...))))....)))).......(((.(((((((((.........))))))((((((((....))))..(((((((.((((((......)))).))....)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........))))..))).)))..)))))..))))).))..)))))))...............(.((((.((.(((...((....))...))).))..)))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((...).))))))))((((.((..))((((((..((((((((..))))))))((..(((.......)))..))...))))))...((....)))))).((((((((((.....(((.((((((.((((......)))).(.(......).)(((((((......).)))))).((((...((.((.(((((((((((((((...............)))).))))))).)).)).).).))....).)))))).))))))..))(((.((((((((((((...(((((........)))))...)))))).).))))).).))(((((((((((((..........))))))))).))))(..)(((((((...)..)))).)).))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((..........)))...........................................................................................................................(((.................................))).................(((((.((((((.....)))))).)))))...............((((((..((.(((........))).))..))))))...........................................((((((((....)))))))).........)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.((((((..(((((((.........((.(((((((..(((((........)))))................................((((..((((.((((..((((..(((....))).))))...))))....))))....))))...)))))))..)).....((.((((.((((((((....))))..(((((((..(((.((........)))))...)))))))..(((((.((((((.....)))))).)))))........))))...)))).))........))))).))..))))))..................((((.((.(((...((....))...))).))..)))).))..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((...((((....)))).....)))).(((((....(((((........)))))..........................(((((..........)))))...((((...((....))..))))....))))).((((.........))))...(((((.........))))).((((((((....))))..(((((((...((((......)))).......)))))))..(((((..(((((.....)))))..)))))........))))...((((((.....((((.((....))))))..))))))................(((..((....))..)))....((((.....))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((......(((((.(((..........)))....(((((........)))))........))))).............((((({{{{{.....))))).((((((.....}}}}}...)))..(((.....))).....)))...((((((((((((.........)))))))...((((....))))..(((((((...((((......)))).......)))))))..(((...((((((..<<<))))))....((((......>>>..))))..)))....((((.((....))))))[[[)))))................]]](((....))).))))....((((.....))))....(((((.......))))))))))))....