CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00302



RNA: TMR_00302
Rfam family: tmRNA

GGGGAUGAUCGGUUUCGACAUUGUCUGCGUGAGUAUGAGAAGCGGGUCGAGGACGCAUGGUUAUCUCGUUAACGAUCCAUGCAAAAAAUAAGUGCCAAUUCCAAGAGCACUGUCUCGGCCAAGGCCGACUUCGCCCUCGCGGCGUAAGUUCACCUCAGCCAUCUGAAGAGGCCGUCAGACCGGGAACUGUUCUCUACCCGGAGCCUGGCGUCAGUGAGAGAACUCGCUUCUGCGUUGAGUAUCAGGGCGCAGAGGGACUUCAACUGAUACUAGGCCCGCCGGAACAGGUGCCAGCGACACGUUCCGGGGCCGAGAAAGCGACACACUGGCUACGCCCGUAGAAGGCAUAUGACCACAGCAGUGGACGGGGGUUCGAUUCCCCCCAUCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((...........((((((........(((((.....((((((((((..aaaaa....))))).........AAAAA.............................................(..(.((.......................)).)..)........((((((.(((((....{{{{{{{.)))))...))))))......}}}}}}}...((((((((((.<<<<<<<.)))))))))).........>>>>>>>.(((((..((((((....[[[[[.[....)))))))))))............].]]]]]...))))).......))))).......))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.(((((((.((((((.(((....)))))..)))))))))))..((((((..(((........)))))))))........(((((...........))))).((((((((..((((.((((((((.....)))).)))).....((((....))))...))))......((((((.(((((((.....(((.((((((..(((((....(((.((.((((((((((.........)))))))))))).))).)))))..)))))))))..)))))))(((.......))).))))))))))))))...)))..((((((.((.(((.......))).))...).....)))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................(((((((...((((((..(..(((....))))))))))........(((((...........)))))..)))))))..(((((((((((((.....)))).)))))....((((....))))...)))).................((((....(((.((((((.((((((....(((.((.((((((((((.........)))))))))))).))).)))))).)))))))))(((((((..(((.......))))))))))....))))...................((.......))...............(((((.(((((.......)))))....)))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((..(.....(((((.....(((((.......((((((....(........)..))))))........((((((........).))))).............................................................((((((.(((((............)))))...))))))................((((((((((.........))))))))))...............(.(((((..(((((.................)))))))))).)....................))))).......))))).....).))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((.(((.(...(((((....((((((.......((((((................))))))........(((((...........))))).((((((((..((..............(((((...((..............))......)))))....(((((............))))).((((((.((((((..(((..((..(.((((((((.........))))))))))).)))..)))))).)))))))).(((((((..((......).)..)))))))))))))))..................))))))......)))))...).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((............................(((((((.((((((((..(..((((())))))))))))........(((((...........))))))))))))))..((..(((((((((.....)))).)))))..))((((....)))).))))))))..............(((((..(((((.((((((.((((((....(((.((.((((((((((.........)))))))))))).))).)))))).)))))))))(((((((..(((.......))))))))))))..))))).................(((.......)))......((((....))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((((((((...)))(((....)))...))))).))))..(((.((((((.....(((....))).))))))........[[[[[....)))....]]]]].((((((((..(((.(((((((((.....)))).)))))..[[[[.))).......]]]](((.[[[..)))...]]].........(((.((((((.((((((....(((....((((((((((((...)))..)))))))))...))).)))))).)))))))))(((((((..(((.......)))))))))))))))))).(((......[[[)))..(((.......))).........]]]....(((.[[[[[))).....]]]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((..((.....))..))).))))).((((((((..((((((..(((........)))))))))........(((((...........))))).)))))))).(((..(((((((((.....)))).)))))..)))..(((.((((....(((.((.((.((((....(((((((..(((((.((((((.((((((..(((...((.((((((((((.........)))))))))))))))..)))))).)))))))))(((((((..((.......))..)))))))))..))))..))).....)))))))))))..)))).)))......((((....))))..(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................((....))..........((((((....((((((..(((........)))))))))........(((((...........)))))...)))))).......((((((((.....)))).))))..............................(((((............)))))..(((((.((((((...((...((.((((((((((.........))))))))))))))...)))))).)))))((..(((((((..(((.......))))))))))))...........................................((((....))))..(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((..((.....))..))).)))))...........((((((..(((........)))))))))........(((((...........))))).((((((((.(((..(((((((((.....)))).)))))..)))..(....)...................(.........).....(((.((((((.((((((..(((...((.((((((((((.........)))))))))))))))..)))))).)))))))))(((((((..((.......))..))))))))))))))).(((.........)))..(((.......)))......((((....))))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..)))).....((((((............(((((.(((((..((((((.....((((..)))).))))))........(((((...........)))))...((((((..)))))))))))..)))))((((((......((((...........)))).((((((.(((((....[[[[[[[.)))))...))))))((((((]]]]]]]((((((........((((((((......((((..))))..)))))))).((((..(((((((..(((.......))))))))))))))....))))))..)))))).))))))))))))..........((((....))))..(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((................)))))........(...(.........................................................((.((((....)))).))...((((((..((((((........))))))....))))))..................((((((((.........))))))))...................(((((.((((...(((.........)))..)))))))))..................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(......(((((................)))))........(...(.........................................................((.((((....)))).))...((((((..((((((........))))))....))))))..................((((((((.........))))))))...................(((((.(((....(((.........)))...))))))))..................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((.((.(((((....))).)).))....)))))))..((((((.....(((....))).)))))).........(((((..........((....((((((((..((((.((((((((.....)))).)))).....((((....))))...))))......((((((.(((((((.....(((.((((((..(((((....(((.((.(((((((((((.....))..))))))))))).))).)))))..)))))))))..)))))))(((.......))).))))))))))))))..)).....((.(((...))).))....)))))....((((....))))..(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((.............))).)))))...........((((((..(((........)))))))))........(((((...........))))).((((((((.(((..(((((((((.....)))).)))))..)))..(((.((....)))))..........................(((.((((((.((((((..(((...((.((((((((((.........)))))))))))))))..)))))).)))))))))(((((((...............))))))))))))))).(((.........)))..(((.......)))......((((....))))..(((((......))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((.........(((((....((((.....((((((((..((((((................))))))........(((((...........))))).))))))))......(((((((((.....)))).)))))...))))..((((((................(((((...)))))...((((.((((((.((((((...........((((((((((.........)))))))))).......)))))).))))))...))))..)))))).......)))))..)))))))))................((((....))))...........((((....))))..(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((.((.(((((....))).)).))....)))))))..((((((.....(((....))).)))))).........(((((....(((....(.((.((((((((..((((.((((((((.....)))).)))).....((((....))))...))))......((((((.(((((((.....(((.((((((..(((((....(((.((.(((((((((((.....))..))))))))))).))).)))))..)))))))))..)))))))(((.......))).)))))))))))))).)).)......)))((((....))))..)))))....((((....))))..(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.........(((((((.((.(((((....))).)).))....)))))))..((((((.....(((....))).))))))......((.(((((..........((....((((((((..((((.((((((((.....)))).)))).....((((....))))...))))......((((((.(((((((.....(((.((((((..(((((....(((.((.(((((((((((.....))..))))))))))).))).)))))..)))))))))..)))))))(((.......))).))))))))))))))..))..........((((....))))..))))).)).)).((....))...(((((........)))))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((.((.(((((....))).)).))....)))))).))((((((.....(((....))).)))))).........(((((....(((....(.((.((((((((..(((((((((((((.....)))).)))))..(.((((....)))).).))))......((((((.(((((((.....(((.((((((..(((((....(((.((.(((((((((((.....))..))))))))))).))).)))))..)))))))))..)))))))(((.......))).)))))))))))))).)).)......)))((((....))))..))))).)))((((....))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((((.(((.((.(...........))))))))))))))))((((((.............).)))))......(((...(((..((((..)((((.((((((((((..))))))((......).).((((..))))..(((((........).)))).((..))(((...))).((((((..((((((((.((.(.((((.....(((.((.((((((((((((...)))..))))))))))).)))..))))..((.((((((((..)).))).)))))..))).))))))))...))))))...).))).))))((((..)))))))))).))).(((((....))))).((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(.(((((....))).)).)..............((((((.....(((....))).))))))..............................((((((((..((((.((((((((.....)))).)))).....((((....))))...))))......(((((..(((((((.....(((.((((((..(((((..(((...((.(((((((((((.....))..))))))))))))))..)))))..)))))))))..)))))))(((.......)))..))))))))))))).....................................((((....))))..(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((.(((.....(((((....(((((.((.....((((((.....(((....))).))))))...........((((.........((....((((((((..((((.((((((((.....)))).)))).....((((....))))...))))......((((((.(((((((.....(((.((((((..(((((..(((...((.(((((((((((.....))..))))))))))))))..)))))..)))))))))..)))))))(((.......))).))))))))))))))..)).......))))..)))))))......))))).....))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...........)))).(((((.............)))))..((((..((((((................))))))........(((((...........)))))....((((....)))).(((((((.....)))).)))....)))).((((.((((........)))).(((((............)))))....)))).((((((((....))).(((((((((((.....))..))))))))).......))))).....(((((..((((((...............))))))))))).(((..............((((....))))...........((((....))))..(((((........))))).)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..{{{{)))).(((([[[...[[[[[[.))))]]]].....((((((...]]]]]}.......))))))........(((((...........)))))....((((....)))).(((((((.....)))).)))..}}}....(((((((((.<<<<<..)))))(((((....>>.>>>..)))))....))))..(((((((....)))((((((((((..aaaaaaaa.)))))))..........AAAAAAAA.((((((((......)))...(((.....)))...))))).....))).....)))).((((....))))...........((((....))))..(((((.......))))))))))))....