CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00305



RNA: TMR_00305
Rfam family: tmRNA

GGGGACGAAAUUGGUUUCGACUGUUGUUGCCAGGGGUUAUGUGGCGUGUAGAGGUUGUAGGCUCCUCUAAAAACCUUCAAACAAUAACCGCUAAUAACGAAUUAGCUUUAGCAGCUUAAUCUCUGCUACGGAACUUUAGUUUUUUCUCUCGAAUUCUAAAUGUUCUGACAAUGAUCGGGAGGCGAUUCUUUUGGUUUUUGGUUCCUAAAAGAGUUUGUAUUUGAGCCGAAUAGGAAAGAGAGUCCUGUCUGAGGGUGAACCUCUUUCCGAAAUUUUAUACACAGACUACACACGUAGAGGCUGAUCUGGGGCGCAAUAGGACGCGGGUUCGAACCCCGCCGUCUCCAAAG
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............(((((((..((..((((((..(..((((((((((..a.aaa..))))).....AAA.A..............................((((((........))))))(((((.(((((..((.<<<<<<<))..)))))..)))))........>>>>>>>..((((((((((..{{{{{{{{))))))))))........}}}}}}}}(.((((((((..((..[[[[[.[...))..)))))))).).........].]]]]]...)))))....)..))))))..)).)))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((..((((..(((((.(((((.((.(((((..((((....))))...))))).........))))))))))))..((((((((.(((((........)))))(((..............((((((((.((.....(((....)))..))))))))))..((((((((((..........)))))))))).((((((((....(((..((((((((..((((.....)))).....)))))))).....))).....)))).))))..)))..))))))))))))...)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....)))...(((((((.((((((((((((........((((((.........))))))..............))))))((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((....(((....)))..))))).))))))................(((((((((((..........))))))))))).................((((((((.(.(((......))))....))))))))....................................)))))..))))))))...((((((....).))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((....................................................................................((............))...........................................................................................................................................................................................))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.(((..((((((..(..((((((((((.........))))))....................((((((.....))))))...(((((........))))).(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).............(((.((((((((((..........)))))))))..)........))).....((((((((...(((......))).....))))))))......................))))....)..))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....)))(..(((((((.((((((((((((((((....((((((.........))))))....)).....)).))))))((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((....(((....)))..))))).)))))).........(.....)(((((((((((..........)))))))))))((...........((..((((((((.(((((......)))...))))))))))....)).......))..((((....)))).......)))))..)))))))))..(((((((())).))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((..(((...)))..))))..((((((.(((....((((((...[[[[[[)))))).......)))....))))))((((((.....))))))......]]]]]]..((((((..((((((..........[[[[[[[[.........)))))).......]]]]]]]].(((((((((((..[[[[[[[[))))))))))).......]]]]]]]]..((((((((......[[[[[.........)))))))).............]]]]].......))))))(((..[[[[.)))....]]]]..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.(((..((((((....((((((.((((((.((((....))))..))))))............((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).(((.((((((((((....)))))))))).)))...........(((((((...((((.......((((((((.(((((......)))...)))))))))).....))))...)))))))..))))))......))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.(((((.(((((.........((((((.....{{{{))))))...............)))))((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))......(((.........[[[[[[[)))...........]]]]]]]..........}}}}.....((((((((...(((......))).....)))))))).....................................)))..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.(((..((((((....((((((.((((((.(((......)))..))))))............((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).....(((((((((......))))))))).(((((((..................)))))))...((((((((.(((((.....)))....)))))))))).....................))))))......))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((...(((((((...((((((..........((((((.........))))))..))))))....))))))).((((((.....))))))..((((((........))))))))))))).........((((((((......................)))))))).(((((((((((..........)))))))))))..((((((...))))))((((((((.[[[[[[[............)))))))).............((((((((....)))).......)))).......]]]]]]](((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((............))))).......(...(..................(.((((........)))).)((((((.(((.(((.........)))..)))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))...))))))))).................))..))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((............))))).......(...(..................(.((((........)))).)((((((.(((.(((.........)))..)))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))...))))))))).................)).)))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.((((..((((((.((.((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((([[[.)))]]](((((((.(((..((((((.....(((((.((((((.((((....))))..))))))............((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).....((((((((((....))))))))))((((((((.........<<<<.....))))))))..((((((((.(((((.....)))....)))))))))).............>>>>{{{.)))))}}}....))))))..))))))))))...((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((....))))...((((((......(((((....(((((..(((((........................((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((................))))).)))))).....((((((.....(((((((((....((((((((..................)))))))).....)))))))))......((((.....))))......................((((....))))...)))))).))))))))))...)))))......))))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.(((..((((((.((.((((((..((.((((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))).))..))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((((....))))).)).((((.(((..((((((.((.((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))....))))))))..)))))))..(((((((((.......)))).)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.((((..((((((.((.((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......).(((((((.(((.(((((((((((.((((.((..((((((((((......)))).)))))))))))))))))).((((.............))))(((((..((((((....(((((((((((((((........))))))))).))))))(((((((.((((((......)))))).)))))))((((((((((.(((........)))))))))))))))))))..((((((.(((((..))).)).....((..)).).).)))).((((....)))))).)))).))))))))))))))..((.((((...).))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.((((..((((((....((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..((........))..))))).))))))..........)))))..((((((((((..........))))))))))........))))).....((((((((.(.................)))))))))............)))..))..))))))......))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.((((..((((((....((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))......))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....)))))..((((((.((((.........)))).....((((((.((((....))))..))))))...))))))...((((((.....))))))..((((((........)))))).(((((....))))).......((((.......))))..((((...(((.....))).((((((((..........))))))))..)))).....((((..((((((.......))))))..((((.....))))......................((((....)))).))))...(((........)))((((((((.......)))).)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................