|
|
|
GGGGACGAAAUUGGUUUCGACUGUUGUUGCCAGGGGUUAUGUGGCGUGUAGAGGUUGUAGGCUCCUCUAAAAACCUUCAAACAAUAACCGCUAAUAACGAAUUAGCUUUAGCAGCUUAAUCUCUGCUACGGAACUUUAGUUUUUUCUCUCGAAUUCUAAAUGUUCUGACAAUGAUCGGGAGGCGAUUCUUUUGGUUUUUGGUUCCUAAAAGAGUUUGUAUUUGAGCCGAAUAGGAAAGAGAGUCCUGUCUGAGGGUGAACCUCUUUCCGAAAUUUUAUACACAGACUACACACGUAGAGGCUGAUCUGGGGCGCAAUAGGACGCGGGUUCGAACCCCGCCGUCUCCAAAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((..((..((((((..(..((((((((((..a.aaa..))))).....AAA.A..............................((((((........))))))(((((.(((((..((.<<<<<<<))..)))))..)))))........>>>>>>>..((((((((((..{{{{{{{{))))))))))........}}}}}}}}(.((((((((..((..[[[[[.[...))..)))))))).).........].]]]]]...)))))....)..))))))..)).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((..((((..(((((.(((((.((.(((((..((((....))))...))))).........))))))))))))..((((((((.(((((........)))))(((..............((((((((.((.....(((....)))..))))))))))..((((((((((..........)))))))))).((((((((....(((..((((((((..((((.....)))).....)))))))).....))).....)))).))))..)))..))))))))))))...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))...(((((((.((((((((((((........((((((.........))))))..............))))))((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((....(((....)))..))))).))))))................(((((((((((..........))))))))))).................((((((((.(.(((......))))....))))))))....................................)))))..))))))))...((((((....).)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((....................................................................................((............))...........................................................................................................................................................................................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(((..((((((..(..((((((((((.........))))))....................((((((.....))))))...(((((........))))).(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).............(((.((((((((((..........)))))))))..)........))).....((((((((...(((......))).....))))))))......................))))....)..))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))(..(((((((.((((((((((((((((....((((((.........))))))....)).....)).))))))((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((....(((....)))..))))).)))))).........(.....)(((((((((((..........)))))))))))((...........((..((((((((.(((((......)))...))))))))))....)).......))..((((....)))).......)))))..)))))))))..(((((((())).)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((..(((...)))..))))..((((((.(((....((((((...[[[[[[)))))).......)))....))))))((((((.....))))))......]]]]]]..((((((..((((((..........[[[[[[[[.........)))))).......]]]]]]]].(((((((((((..[[[[[[[[))))))))))).......]]]]]]]]..((((((((......[[[[[.........)))))))).............]]]]].......))))))(((..[[[[.)))....]]]]..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(((..((((((....((((((.((((((.((((....))))..))))))............((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).(((.((((((((((....)))))))))).)))...........(((((((...((((.......((((((((.(((((......)))...)))))))))).....))))...)))))))..))))))......))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(((((.(((((.........((((((.....{{{{))))))...............)))))((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))......(((.........[[[[[[[)))...........]]]]]]]..........}}}}.....((((((((...(((......))).....)))))))).....................................)))..)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(((..((((((....((((((.((((((.(((......)))..))))))............((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).....(((((((((......))))))))).(((((((..................)))))))...((((((((.(((((.....)))....)))))))))).....................))))))......))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((...(((((((...((((((..........((((((.........))))))..))))))....))))))).((((((.....))))))..((((((........))))))))))))).........((((((((......................)))))))).(((((((((((..........)))))))))))..((((((...))))))((((((((.[[[[[[[............)))))))).............((((((((....)))).......)))).......]]]]]]](((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((............))))).......(...(..................(.((((........)))).)((((((.(((.(((.........)))..)))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))...))))))))).................))..))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((............))))).......(...(..................(.((((........)))).)((((((.(((.(((.........)))..)))..))))))..................((((((((............))))))))...................(((((((((.(((........)))...))))))))).................)).)))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((..((((((.((.((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((([[[.)))]]](((((((.(((..((((((.....(((((.((((((.((((....))))..))))))............((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).)))))).....((((((((((....))))))))))((((((((.........<<<<.....))))))))..((((((((.(((((.....)))....)))))))))).............>>>>{{{.)))))}}}....))))))..))))))))))...((((((....).)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((....))))...((((((......(((((....(((((..(((((........................((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((................))))).)))))).....((((((.....(((((((((....((((((((..................)))))))).....)))))))))......((((.....))))......................((((....))))...)))))).))))))))))...)))))......))))))..))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(((..((((((.((.((((((..((.((((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))).))..))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((....))))).)).((((.(((..((((((.((.((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))....))))))))..)))))))..(((((((((.......)))).)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((..((((((.((.((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......).(((((((.(((.(((((((((((.((((.((..((((((((((......)))).)))))))))))))))))).((((.............))))(((((..((((((....(((((((((((((((........))))))))).))))))(((((((.((((((......)))))).)))))))((((((((((.(((........)))))))))))))))))))..((((((.(((((..))).)).....((..)).).).)))).((((....)))))).)))).))))))))))))))..((.((((...).))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((..((((((....((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..((........))..))))).))))))..........)))))..((((((((((..........))))))))))........))))).....((((((((.(.................)))))))))............)))..))..))))))......))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((..((((((....((((((..((..(((.(((((.........(((((...........((((((.....))))))..((((((........))))))(((((((((((..(((......)))..))))).))))))..........))))).(((((((((((..........))))))))))).......))))).....((((((((.(((((......)))...))))))))))............)))..))..))))))......))))))..))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....)))))..((((((.((((.........)))).....((((((.((((....))))..))))))...))))))...((((((.....))))))..((((((........)))))).(((((....))))).......((((.......))))..((((...(((.....))).((((((((..........))))))))..)))).....((((..((((((.......))))))..((((.....))))......................((((....)))).))))...(((........)))((((((((.......)))).))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |