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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00306



RNA: TMR_00306
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.......(((((((.(((((((((((.(....).))))).......................(((((.....((((....)))).((((((((((.......))))))).)))((((((.((((((((...........))))))))))))))......))))).........((((((........)))))).........((((...((.((.((((((((((((.............)))))))))))).)).)).....)))).....)))))...).))))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((.....((((((((.((((((.....(((((((.............))))))).........(((((......(((....)))(...((((((((.......))))))))...)((((..((((((((...........)))))))).)))).......)))))....(((..((((((........))))))..)))....(((((.....((.((((((((((((.............)))))))))))).))......).)))).....)))))...).)))))).))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((...((((((((.(...((((((((.(((((((((((.(....).)))))...(((((((((......((...(((((...(.(((((()))))))((((((((((.......))))))).)))((((((.((((((((.((....))..))))))))))))))......)))))..)).))))((((((........)))))).)))))...((((...((.((.((((((((((((.(.(.....).).)))))))))))).)).)).....)))).....)))))...).))))))).)...))))))))))))(((((.......))))))))))))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..((((((((..........((((...........))))...))))))))..))))).(.(((((.((....(((((((.(((..(((((((((((((..................))))))(((((((.((((((((.((....))..))))))))))))))).....(((......))).((((.....((((.((...)).))))....))))....(((((((((((((((((.............)))))))))))).............))))).)))...))))..)))))))))).)).))))).)..(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((....((((((((..........((((...........))))...))))))))......[[[[[[[[........(((((..((((((((..)))))(((((((((((.......))))))).))))......)))..((((((((((...(((..))).))))))))))..)))))..[[[[[[[[[[.[[[[[[..[[[[[))))).....]]]]].....(((((((((((((((((.............)))))))))))).............)))))..]]]]]].....]]]]]]]]]]....]]]]]]]].(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.((((..((((((((......((..((........))...)).....))))))))..))))................(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..))))))))))))..((((((..[[[[[.))))))..((.....))....]]]]]..((((((((((((...{{{{{{....))))))))))))...........}}}}}}.........((((((((.<<<.))))))))...((..(((((.......)))))..))....>>>
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..((((((((..........((.((...))))..........))))))))..)))))...(((((.......(((((((.((((((....)))...(((((((((.......))))))).))(((((((.((((((((...........)))))))))))))))...................((((((........)))))).........((((...(((((.((((((((((((..........[[[)))))))))))).)).)))]]].))))................))))))))))....)))))....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..((((((((..........((((...........))))...))))))))..)))))...(((((.......(((((.....((((....))))...((((((((.......))))))))..(((((((.((((((((...........))))))))))))))).....)))))..((((((((((.((((((..(((((..........))))).....(((((((((((((((((.............)))))))))))).............)))))..)))))).....))))))))))....)))))....(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...((((((...(((((((((.(((..........((((..(((..((.(((((((....((....(((((((......((...(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..)).))))))).))..)))))))..)).((((......))))...)))..)))).....(((....)))))).)))))))))))))))...)).((((((..((((((.((......)).))))))...))))))..((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..((((((((..(....)..((((..(.....)..))))...))))))))..)))))((.(((((.((....(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..((((((((((.((((((...((..((.((((......))))..(((((.((..((((((((.............))))))))..)).)).))).....))..))..)))))).....)))))))))).)).))))).)).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(..((((((((((((.(((..))).(((...)).(((((.((..)).)))))((.((((((.((((((((..(....)((((((...)))))).(((((((((((((((...)..))))))).(((..))).(((((((...............))))))))))).)))..(((((...((.((..))))...))))))))))))))))))).))((......)).((.......))((((..)))))))))))))))))...).).)))..((((((...(((((..(........))))))....)))))).(..)((.((........)))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..((((((((..........((((..(.....)..))))...))))))))..)))))...(((.........(((((..(((.((((..((.(((......((((.......))))...))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..(((((((((..((((((...((.....................(((((.((..((((((((.............))))))))..)).)).))).........))..))))))......)))))))))......)))....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..(((((((((.(((..........((((..(((..((.(((((((....((....(((((((((.........(((((..(((..(((..((.((((((..................)))))).)))))..)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..)).))))))).))..)))))))..)).((((......))))...)))..)))).....(((....)))))).))))))))).....(((.((....((((..((..((.....))))..))))..)).)))..)))))..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..((((...................)))).......(((((........)))))......((((.....)))).....((((.....((((....)))).(((.((((((.......)))))).(((....))).((((((((.((....))..)))))))).)))........)))).))))))).((((.....((((((....)).))))....))))...((((..((((((((((((.............))))))))))))..........(((((((...((.....)).))))))).((((.....))))...(((((.......))))).))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......(((.....))).(((.((((..((((.......{{{{))))..(((.}}}}....))).((((..............))))...((((....)))).((((((((((.......))))))).)))..)))).((((((((.((....))..)))))))).((((......<<<<<....))))..((((((.>>>>>..))))))((((......)))).....)))aaaaaaaaaaaa..)))))).....AAAAAAAAAAAA............(((((.(((.......[[[..)))..((((]]]..))))...(((((.......))))).))))).....