|
|
|
GGGGGCGAUCGGGUUCGACGGGGAUGAGAAAGCAAGGACAGCAUGCCGAGGUCCCAGGUCCUCGUAAAACCUUUGGGAAAAAGACAACUGCCAACGAAGAGCUGGCUCUCGCUGCUUAAUCUAAACAAUUAAGUGAGCGCGCUUAUCGGAUUUUGCGCCUGCCCGGAUCCGAAGGCGUGGAGAAGGCAGGAUCGCCAAGGGAACAUGCCUGGGUUCCCGAGGUUAAACCCUUACAGGCUCGCUGAUGACGGGUACGCCCCUCUUUCCCGUCGUUGGUCAGACUUAAACAGGGGCUAAGCAUGUAGCGGUUCUUGGCGGACUGUUUCCGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((.....((((((((.(((((((((((.<<<<<<.))))).......>>>>>>...............................(...((((((((.......))))))))...)((((..((((..((((..{{{{{{)))).)))).)))).......}}}}}}...(((..((((((..[[[[[.))))))..)))..........]]]]](.((((((((((((...aaaaaa.a..)))))))))))).).......A.AAAAAA...)))))...).)))))).))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..(((((((((.((..(((.........))).....)).))..)))))))..)))))..(((((..(((((.(((((..(((..(((..((((.....(((((((.......)))))))))))..)))..)))..((((((((((............))))))))))..)))))..((((((((((.((((((...((((((..(((((....(((...)))...((((((((((((.............))))))))))))..))))).....))))))..)))))).....))))))))))..)))))..((((....))))..)))))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((.......(((((((.(((((((((((.(....).))))).......................(((((.....((((....)))).((((((((((.......))))))).)))((((((.((((((((...........))))))))))))))......))))).........((((((........)))))).........((((...((.((.((((((((((((.............)))))))))))).)).)).....)))).....)))))...).))))))).......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((........((((((.((((((.(((..........)))..........................((.............))...............................................................................................................................................................................................))))))....))))))........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((.....((((((((.((((((.....(((((((.............))))))).........(((((......(((....)))(...((((((((.......))))))))...)((((..((((((((...........)))))))).)))).......)))))....(((..((((((........))))))..)))....(((((.....((.((((((((((((.............)))))))))))).))......).)))).....)))))...).)))))).))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((...((((((((.(...((((((((.(((((((((((.(....).)))))...(((((((((......((...(((((...(.(((((()))))))((((((((((.......))))))).)))((((((.((((((((.((....))..))))))))))))))......)))))..)).))))((((((........)))))).)))))...((((...((.((.((((((((((((.(.(.....).).)))))))))))).)).)).....)))).....)))))...).))))))).)...))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((((((((......(((.[[[[....)))....]]]]...)))))))).....(((((..............[[[[.)))))...]]]].((((((..................))))))(((((((.((((((((....[[[[[[.))))))))))))))).....]]]]]]........((((((..[[[[[.))))))((((......)))).]]]]]..((((((((((((...[[[[[[....))))))))))))...........]]]]]].........((((((((.....)))))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..........((((...........))))...))))))))..))))).(.(((((.((....(((((((.(((..(((((((((((((..................))))))(((((((.((((((((.((....))..))))))))))))))).....(((......))).((((.....((((.((...)).))))....))))....(((((((((((((((((.............)))))))))))).............))))).)))...))))..)))))))))).)).))))).)..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((......(((((((.(((((((((((........)))))....(((...((((.........(((((......((((......(({{.(((((((.......)))))))))}}<<)))).((((((([[..[[[[.....)))))))]]]]>>]]....)))))...aaa...................))))..)))....((((....((((.((((((((((((.............)))))))))))).)).)).....)))).....))))))....)))))))AAA...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..........((.(.....)))..........))))))))..))))).(.((((..((....(((((((.(((..(....).....(((((((((.......))))))).))(((((((.((((((((.((....))..))))))))))))))).....(((......)))..((((((........)))))).........((((...(((((.((((((((((((.............)))))))))))).)).)))....))))................)))))))))).))..)))).)..(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....((((((((..........((((...........))))...))))))))......[[[[[[[[........(((((..((((((((..)))))(((((((((((.......))))))).))))......)))..((((((((((...(((..))).))))))))))..)))))..[[[[[[[[[[.[[[[[[..[[[[[))))).....]]]]].....(((((((((((((((((.............)))))))))))).............)))))..]]]]]].....]]]]]]]]]]....]]]]]]]].(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((...............)))))........(...(.................((.((((................)))).))..(((((..(((((((...........))))))).)))))..................((((((((..........))))))))...................((((((((((.(((........)))..))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.................((.((((................)))).))..(((((..(((((((...........))))))).)))))..................((((((((..........))))))))...................(((((((((..(((........)))...)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((((..((((((((......((..((........))...)).....))))))))..))))................(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..))))))))))))..((((((..[[[[[.))))))..((.....))....]]]]]..((((((((((((...{{{{{{....))))))))))))...........}}}}}}.........((((((((.<<<.))))))))...((..(((((.......)))))..))....>>> |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..........((.((...))))..........))))))))..)))))...(((((.......(((((((.((((((....)))...(((((((((.......))))))).))(((((((.((((((((...........)))))))))))))))...................((((((........)))))).........((((...(((((.((((((((((((..........[[[)))))))))))).)).)))]]].))))................))))))))))....)))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..........((((...........))))...))))))))..)))))...(((((.......(((((.....((((....))))...((((((((.......))))))))..(((((((.((((((((...........))))))))))))))).....)))))..((((((((((.((((((..(((((..........))))).....(((((((((((((((((.............)))))))))))).............)))))..)))))).....))))))))))....)))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..(....)..((((..(.....)..))))...))))))))..)))))((.(((((.((....(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..((((((((((.((((((...((((((.((((......))))..(((((.((..((((((((.............))))))))..)).)).))).....))))))..)))))).....)))))))))).)).))))).)).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...((((((...(((((((((.(((..........((((..(((..((.(((((((....((....(((((((......((...(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..)).))))))).))..)))))))..)).((((......))))...)))..)))).....(((....)))))).)))))))))))))))...)).((((((..((((((.((......)).))))))...))))))..((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..(....)..((((..(.....)..))))...))))))))..)))))((.(((((.((....(((((..(((.((((..((.((((((..................)))))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..((((((((((.((((((...((..((.((((......))))..(((((.((..((((((((.............))))))))..)).)).))).....))..))..)))))).....)))))))))).)).))))).)).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(..((((((((((((.(((..))).(((...)).(((((.((..)).)))))((.((((((.((((((((..(....)((((((...)))))).(((((((((((((((...)..))))))).(((..))).(((((((...............))))))))))).)))..(((((...((.((..))))...))))))))))))))))))).))((......)).((.......))((((..)))))))))))))))))...).).)))..((((((...(((((..(........))))))....)))))).(..)((.((........)))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..((((((((..........((((..(.....)..))))...))))))))..)))))...(((.........(((((..(((.((((..((.(((......((((.......))))...))).)))))).)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..(((((((((..((((((...((.....................(((((.((..((((((((.............))))))))..)).)).))).........))..))))))......)))))))))......)))....(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((..(((((((((.(((..........((((..(((..((.(((((((....((....(((((((((.........(((((..(((..(((..((.((((((..................)))))).)))))..)))..(((..(((((...((....)).)))))..)))..)))))..)).))))))).))..)))))))..)).((((......))))...)))..)))).....(((....)))))).))))))))).....(((.((....((((..((..((.....))))..))))..)).)))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((...................)))).......(((((........)))))......((((.....)))).....((((.....((((....)))).(((.((((((.......)))))).(((....))).((((((((.((....))..)))))))).)))........)))).))))))).((((.....((((((....)).))))....))))...((((..((((((((((((.............))))))))))))..........(((((((...((.....)).))))))).((((.....))))...(((((.......))))).))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((......(((.....))).(((.((((..((((.......{{{{))))..(((.}}}}....))).((((..............))))...((((....)))).((((((((((.......))))))).)))..)))).((((((((.((....))..)))))))).((((......<<<<<....))))..((((((.>>>>>..))))))((((......)))).....)))aaaaaaaaaaaa..)))))).....AAAAAAAAAAAA............(((((.(((.......[[[..)))..((((]]]..))))...(((((.......))))).)))))..... |