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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00310



RNA: TMR_00310
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((...(((((..((((((((.......(((((((.......((((.........))))......(((((....))))).((((((((.........)))))))).((((((.......))))))..))))))).(((((((((......)))).((..(((((((((((.......))..)))))))))....)).....(((..(((((((((....(((.........)))...)))))))))..)))........)))))....)))))))).....)))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........)))))(((...............(((.....(((.....))))))......((((.........)))).......((((....))))((.(((((((.........)))))))))...((((((((((((.((....)).))))))))))))(......)........(((((((((.((.......)).)))))))))...........((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........((((..........(((((....))))))))))))......(((((.......)))))...))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((.....((((((((.(((((.......................(((.........)))...................(((...(((((.........)))))..)))...................................................................................................(((((((((....(((.........)))...))))))))).......................)))))....)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((.((.((((((((((((((........)))))))....((((..........(((((................(.(((.(((((((.........)))))))))).)((((((((((((..........)))))))))))).........((((((...............))))))....)))))..................((((((((.....(((.........)))....))))))))...............)))).............)))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..........))))((((........(.......)(((((((((.....))))..))))).((((.........)))).......((((....))))((.(((((((.........)))))))))...((((((((((((.(((()))).))))))))))))(......)....(((.(((((((((.((.(....))).)))))))))...))).....((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........((((..........(((((....)))))))))))))((...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........................(((.....)))....((((..[[[)))).....]]]((((...[[[[..))))..]]]](((((....))))).((((((((.........))))))))....((((((((((((...[[[[[..))))))))))))........]]]]]...(((((((((.............)))))))))....(((....[[[[.[[[[[[[[[....[[[.))).....]]]...]]]]]]]]].]]]]..........((((..[[[[....(((((....)))))))))..]]]]...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((....))).((((.(((.((((.((((((((((.....))))..))))).((((.........))))......(((((....)))))).)))).))))))).((((...(((((((((((.......))))))..)))))...)))).((((......)))).(((.(((((((((((.......)))..))))))))...))).....((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).)))).(((((....((((.(((.((..........)).))).)))).)))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((...(((((((((([[[[.((((.....))))))....((((.................................(((.(((((((.........)))))))))).....(((((((((..........)))))))))((((......)))).....(((((((((((.......)))..))))))))...........((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........))))....]]]].....))))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((((...((((.(((.((((..((((.((((.....))))...)))).((((.........))))......(((((....)))))..)))).)))))))..(((...(((((((((((.......))))))..)))))...)))..((((......)))).(((.(((((((((((.......)))..))))))))...))).....((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........((((.(((.((..........)).))).)))).)))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((...(((((((((((((((((((.....))))......((((...........((((......(((((....))))).((((((((.........))))))))((((((((((.(((((((((((((((((((..))))))........)))))...(((((((((.............))))))))).....))))))))...................)))))))))))))).........................))))...)))))))...))))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(((.........)))...........(...(........................((.((((.......)))).))......((((((.(((((..........))))).))))))..................((((((((...........))))))))..................((((((((((...(((.........)))..))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((.((((((..(((((((((((((.....))))......((((..........(((((..............(((((((.(((((((.........))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))))))))....)))).((((((.(((........)))))))))....))))).............((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........))))...)))))))...))..)))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......................((((.(((.((((..(((((((((.[.[[))))..))))).((((.........))))......(((((....)))))..)))).))))))).((((...(((((((((((.(....)))))))..)))))]]])))).((((......)))).(((.(((((((((((.(....))))..))))))))...))).....((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).)))).((((.....((((.(((................))).))))..))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((...(((((((((((((((........((((.......((((((...((((......))))..(((((....)))))......))))))...((((...(((((((((((.......))))))..)))))...)))).((((......)))).....(((((((((.............)))))))))...........((((.(((((((((......................))))))))).))))..........))))...))))))))...)))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((((((((..(.((((..(((((((((((((.....))))......((((..........(((((..............(((((((.(((((((.........))))))))))..(((((((((..(.((....)).)..)))))))))....)))).((((((.(((........)))))))))....))))).............((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........))))...)))))))...))..)))).)..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.....))).))(((((((.((((((..(((((((((((((.....))))......((((..........(((((..............(((((((.(((((((.........))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))))))))....)))).((((((.(((........)))))))))....))))).............((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........))))...)))))))...))..)))).)))))))))......(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((((((((..(.((((..(((((((((((((.....))))......((((...........((((......(((((....))))).((((((((.........))))))))(((((((((((((..((.((((((..((((((((.((((......)))).))))(((((((((((.......)))..))))))))........))))))))))...))..).))...)))))))))))))).((......))..............))))...)))))))...))..)))).)..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......((..))((((((.(((((.(((((...(......)..(((((.((..(.(.((((..(((((((..))).))))))))))))(...(((((.(((.((((((((......).))))))))))((((.(((.((((.(((((..((((((.(.(.............)))))).))((((((((((((..)).)))).).)))))..).).))).))))))))))).....))))).((..))).)))))..(((((((......(((.......)))..((((....)))))))))))))).))))))).))))).)((((((...)..)))))))).)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((((((((..(.((((..(((((((((((((.....))))......((((..........(((((..................(((.(((((((.........))))))))))..(((((((((..(.((....)).)..))))))))).........((((((.(((........)))))))))....))))).............((((.(((((((((....(((.........)))...))))))))).))))..........))))...)))))))...))..)))).)..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((..((((...((((((..(((((((((((((.....))))......((((..........(((((..............(((((((.(((((((.........))))))))))..(((((((((..(..(....)..)..)))))))))....)))).((((((.(((........)))))))))....))))).............((((..((((((((....(((.........)))...))))))))..))))..........))))...)))))))...))..)))).))..))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..........)))))).(((((.((((.........)))).(((.....)))...))))).((((.........))))......(((((....))))).((((((((.........)))))))).((((((.......)))))).(((.......))).((((......)))).....(((((((((((.......)))..))))))))..((((.....)))).(((...((((......))))..((((........))))...)))...........(((((((....))).((((....)))).))))....((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((........))).(((..........)))..((((..((((.....))))........((((.........))))......(((((....)))))...((((((.........)))))).)))).(((..{{{..))).((((((aaaaa..))).((((......)))).AAA.(((((((((((.......)))..))))))))....(((((..[[[[)))...))AA)..]]]]......<<<<.))}}}..>>>>........(((((....(((((((....)))).(((....)))...))).)))))....((((.......)))).)))))))....