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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00317



RNA: TMR_00317
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..............(((..(((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........((((..((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))...........((((((..((((((....))))))..)))))).)))))).))))......))))...)))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))....))).).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((..(((((((((((((((..(((((....)))))((((((....((...((((........))))...))...........((((((((((......(((((((.((((.(((..((((((((((((((.......)))).))))..))))))....(((...((((((...(((..(((((((.....)))))))..)))...))))))...))))))))))......((((((....))))))..))))))))))))).))))....))))))...)))))))...))))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((.((((.......))))...............((((........))))..................((....(((((.......)))))......)).((((((((((((((.......)))).))))..))))))..((.....))(((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))).............(((((..((((((....))))))..)))))..........................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((.((((.......))))...............((((........)))).................((((...((((.........)))...)..))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).............(((...(((..(((((((.....)))))))..)))...)))............((..(((....(((((....)))))....)))...))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(.((((((((..((((((((((.......)))))..............((((.(....).))))...............((((.....(((((.......)))))(((...))).(((((((((((((.....)))...)))))..)))))((((((...)))))).....)))).....(.((((((((....................)))))...((.(((((..((((((....))))))..)))))..))............))).).....))))).....)))))))).)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(..((((((((..(((.((((((((((((((((((((.(....)))))).........((...((((........))))...))............((((..((((((.......))))).)...))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))..((.....))(((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...)))))..........((((((((..((((((....))))))..)))))).))......................)))))))...))))))))..))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.((((((((((((((....(((((...)))))((((((.........((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((((...)))))))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))(((((((((((....))))))....))))))))))).))))....))))))....))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((..(((.(((((((((((((((.(((((.....)))))((((((.........((((........))))..................(((...(((((.......)))))))).((((.((((((((((((((.......)))).))))..))))))....(((...((((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))))...)))...((((((((..((((((....))))))..)))))).)).....))))....))))))...)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((...............................((((........))))........................(((((.......))))).........((((((((((((((.......)))).))))..))))))..........((((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))))............(((((..((((((....))))))..)))))..........................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))..............((((........))))................((((((((((.((.......))............((((((((((((((.......)))).))))..)))))).((((...)))).(((...(((.((((((((.....)))))))).)))...)))....((((.....)))).(...((((((....))))))...).....)))))).)))).............)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........((((..((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((((...)))))))))).....((((((((.....))))))))........))))).((((.....)))).....((((((....)))))).........)))))).))))......))))...)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((............)))))............(...(........................((.((((..........)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.........))))))))....................(((((((((..(((........)))..))))))).))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((............)))))............(...(........................((.((((..........)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.........))))))))....................((((((((...(((........)))...)))))).))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..(((.((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((..((...(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))..)).((((((....)))))).........)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((((((((.....)))))).(((..........((((........))))................(((((((((((((.(....))))...........((((((((((((((.(....))))).))))..)))))).((((...))))((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))...((((.....))))(((..((((((....))))))..)))....)))))).)))).....))).....)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((((((((((..(((((....)))))((((((.........((((........))))................((((((((((......(((((((.((((..............((((((.....))))))..((((((((((.....((((..((((((.......((((((((.....)))))))).......)))))).((((.....)))).)))).)))).)))))).)))).))))))))))))).))))....))))))...))))))))...))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..(((.((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))...........((((((..((((((....))))))..)))))).)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((((((..........)))))).((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))...........((((((..((((((....))))))..)))))).)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))...)))))))).(((.(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..(((.((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((..((...(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..))))))((((.....))))))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))..)).((((((....)))))).........)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))((((((((...(((((((((..((((((((.((((((((((....((((.(((.((((.(......).)))).)))(((.((((..))))(...).)))..((((......).)))))))...)).)))))))))......((((.(...((..))..))))).(((((.((((((.....(.((((((((((((.....)))))))))))))..))))))((((((.((((.............))))...).)))))....((...........))..)))))....))))))).(..)))))))).)).))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........(((...((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).((((...)))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))............(((((..((((((....))))))..)))))..)))))).)))).......)))...)))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........(((...((((........)))).............(((((((((((((..((...(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))..)).((((((....)))))).........)))))).))))....))))))...)))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((.....))))....(((.((((.....))))))).((((.....))))......))))))...((((........)))).(((...............)))..(((((.......))))).((((.((((((((.((((((((.......)))).))))...)))))....(((.((((.....))))..((((((((.....))))))))..)))..)))....((((.....)))).(((.((((((....))))))...((((.....)))).....(((((((....))).)))).....))).)))).........((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((.bbbbb.)).)))...(((....ccc.)))..(((.CCC.)))(((.....))).....((((........))))................((((....))))........(((.(((.....)))BBBBB..(((....{{{))).))).((((..((((.....)))).((((}}}..))))...[[[[[[))))(((]]]]]]..)))...((((..........))))...(((.((((((....))))))...((((.....))))...aaaaaaaaa.((((....))))....)))..AAAAA.AAAA..((((...<<<))))...>>>..)))))))....