|
|
|
GGGGAUGUUACGGAUUCGACAGGGAUAGUUCGAGCUUGAGUUGCGAGUCGGGGGGAUCGUCCUCGUUAUCAACGUCAAAGCCAAUAAUAACUGGCAAAGAAAAACAAAACCUAGCUUUCGCUGCCUAAUAAGCAGUAGCAUAGCUGAUCCUCCGUGCAUCGCCCAUGUGCUACGGUAAGGGUCUCACUCUAAGUGGGCUACACUAGUUAAUCUCCGUCUGAGGUUAAAUAGAAGAGCUUAAUCAGACUAGCUGAAUGGAAGCCUGUUACCGGGCUGAUGUUUAUGCGAAAUGCUAAUACGGUGACUACGCUCGUAGAUAUUCAAGUGCCGAUAUUUCUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCAUCUCCAUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(..(.((((((((..((((((((((<<.<...))))).............>.>>.................................((..(((((..........)))))..))..((((((((((((((.aaaaaa)))).))))..)))))).........AAAAAA....(((.((((((...[[[[[[)))))).)))..........]]]]]]..((((.(..(.((((.{{{{{{{))))..)..))).))............}}}}}}}...))))).....)))))))).).).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..............(((..(((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........((((..((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))...........((((((..((((((....))))))..)))))).)))))).))))......))))...)))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))....))).).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..((..(((((((((((((((..(((((....)))))((((((....((...((((........))))...))...........((((((((((......(((((((.((((.(((..((((((((((((((.......)))).))))..))))))....(((...((((((...(((..(((((((.....)))))))..)))...))))))...))))))))))......((((((....))))))..))))))))))))).))))....))))))...)))))))...))))))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((.((((.......))))...............((((........))))..................((....(((((.......)))))......)).((((((((((((((.......)))).))))..))))))..((.....))(((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))).............(((((..((((((....))))))..)))))..........................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((.((((.......))))...............((((........)))).................((((...((((.........)))...)..))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).............(((...(((..(((((((.....)))))))..)))...)))............((..(((....(((((....)))))....)))...))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(.((((((((..((((((((((.......)))))..............((((.(....).))))...............((((.....(((((.......)))))(((...))).(((((((((((((.....)))...)))))..)))))((((((...)))))).....)))).....(.((((((((....................)))))...((.(((((..((((((....))))))..)))))..))............))).).....))))).....)))))))).)...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(..((((((((..(((.((((((((((((((((((((.(....)))))).........((...((((........))))...))............((((..((((((.......))))).)...))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))..((.....))(((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...)))))..........((((((((..((((((....))))))..)))))).))......................)))))))...))))))))..))))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.((((((((((((((....(((((...)))))((((((.........((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((((...)))))))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))(((((((((((....))))))....))))))))))).))))....))))))....))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((..(((.(((((((((((((((.(((((.....)))))((((((.........((((........))))..................(((...(((((.......)))))))).((((.((((((((((((((.......)))).))))..))))))....(((...((((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))))...)))...((((((((..((((((....))))))..)))))).)).....))))....))))))...)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((...............................((((........))))........................(((((.......))))).........((((((((((((((.......)))).))))..))))))..........((((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))))............(((((..((((((....))))))..)))))..........................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))..............((((........))))................((((((((((.((.......))............((((((((((((((.......)))).))))..)))))).((((...)))).(((...(((.((((((((.....)))))))).)))...)))....((((.....)))).(...((((((....))))))...).....)))))).)))).............)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........((((..((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((((...)))))))))).....((((((((.....))))))))........))))).((((.....)))).....((((((....)))))).........)))))).))))......))))...)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((............)))))............(...(........................((.((((..........)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.........))))))))....................(((((((((..(((........)))..))))))).))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((............)))))............(...(........................((.((((..........)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.........))))))))....................((((((((...(((........)))...)))))).))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((..(((.((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((..((...(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))..)).((((((....)))))).........)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((((((((.....)))))).(((..........((((........))))................(((((((((((((.(....))))...........((((((((((((((.(....))))).))))..)))))).((((...))))((((...(((.((((((((.....)))))))).)))...))))...((((.....))))(((..((((((....))))))..)))....)))))).)))).....))).....)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......(((((((((((((((..(((((....)))))((((((.........((((........))))................((((((((((......(((((((.((((..............((((((.....))))))..((((((((((.....((((..((((((.......((((((((.....)))))))).......)))))).((((.....)))).)))).)))).)))))).)))).))))))))))))).))))....))))))...))))))))...))))))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((..(((.((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))...........((((((..((((((....))))))..)))))).)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((((..........)))))).((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))...........((((((..((((((....))))))..)))))).)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))...)))))))).(((.(((((.......)))))....))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((..(((.((((((((((((((.((.((((.....))))((((((.........((((........))))................((((((((((..((...(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..))))))((((.....))))))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))..)).((((((....)))))).........)))))).))))....))))))..))))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))((((((((...(((((((((..((((((((.((((((((((....((((.(((.((((.(......).)))).)))(((.((((..))))(...).)))..((((......).)))))))...)).)))))))))......((((.(...((..))..))))).(((((.((((((.....(.((((((((((((.....)))))))))))))..))))))((((((.((((.............))))...).)))))....((...........))..)))))....))))))).(..)))))))).)).))))))))...((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........(((...((((........))))................((((((((((.......(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).((((...)))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....)))))............(((((..((((((....))))))..)))))..)))))).)))).......)))...)))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((..(((.(((((((((((((((((((((.....))))))........(((...((((........)))).............(((((((((((((..((...(((((.(((((......((((((((((((((.......)))).))))..)))))).(((.....))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))....))))).((((.....))))..)).((((((....)))))).........)))))).))))....))))))...)))))))...))))))))..))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((....((((.....))))....(((.((((.....))))))).((((.....))))......))))))...((((........)))).(((...............)))..(((((.......))))).((((.((((((((.((((((((.......)))).))))...)))))....(((.((((.....))))..((((((((.....))))))))..)))..)))....((((.....)))).(((.((((((....))))))...((((.....)))).....(((((((....))).)))).....))).)))).........((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((.bbbbb.)).)))...(((....ccc.)))..(((.CCC.)))(((.....))).....((((........))))................((((....))))........(((.(((.....)))BBBBB..(((....{{{))).))).((((..((((.....)))).((((}}}..))))...[[[[[[))))(((]]]]]]..)))...((((..........))))...(((.((((((....))))))...((((.....))))...aaaaaaaaa.((((....))))....)))..AAAAA.AAAA..((((...<<<))))...>>>..))))))).... |