|
|
|
GGGGGUGAACUGGCUUCGACGGGGUGUGGAACGGUUAGCAAGGCGACUCGGAAUGGUACCUACGUACAGGACCAAACUUUACAAUUGCCAAUGACGAGCACUACGCUCCGGCUUUUGCAGCUGCAUAAAGUAGUUGUACAAAGCGGGGUCUGAACCCGGGCCCGGCAACAGAAGCUUUUAGCGGGGUUAAGCCGGAACUGUGUAGGCCGGUGUAAAUCCAGGGACACCCAGUUCUCCGAGGUAACGGGGGCUAUGUGGUCAGCCAGCCUGAGACGCCACAAAGCAGUAGGGUUGGCAAAAUGGUCGUGAUUCCUUCUAGCUUAAUACAUAUUUCGGACCGGGGUUCGACUCCCCGCACCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((.(.(((((((((((.(.[[[[.[.).))....].]]]]..............................((((((..((.(((((((((.....))))))))).))..))))))............(.(....).)((....))......................................................((((........))))(((.(...(.(.{{{{{{{{..)....)..).)))....}}}}}}}}.....))))).....)))).))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....((((((..((((((((((....((((....(((((...(((.((((.(((......)))))))...)))....)))))..)))).....))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......))))))....((((((....(((((..((....)).)))))..........((((.(((.....((((((((......(((((..((((((((((((((.....((......))....))))))))....))))))..........)))))........))))))))..)))))))....)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((((((((..(.(((.....(((((.......((((.(((......)))))))..........)))))...)))..)..))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......)))))...................((((((......((((.......)).))......)))))).(((((((.......(((.........((((((((...((((......)).)).)))))))).....................))).........)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(......((((....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))..).((((.......)))).))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(..((((((........((((((...((((....)))).................(((((......((((.....))))..(((((..(((((((.....)))))))...))))).((((((......))))))))))).....((((...........))))..((((((......((((.......)).))......)))))))))))).....((((((.(........((((((((.....((......))....)))))))).......).))...)))).))))))...).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((((((((..(.((((....(((((...((..((((.(((......)))))))..))......)))))..))))..)..))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......))))))..................((((((.((...((((.......)).))...)).))))))(((((((((....((((((..((((((((((((((...((((......)).)).))))))))....))))))..........))))))......))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.......(((..[[[[[[[[[)))..((((....(((((.......((((.(((......)))))))..........)))))..))))......]]]]]]]]]((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....)))))))....((((..(((...))).[[[[[..[[[[[..)))).....]]]]]...]]]]]..(((..[[[.....)))........]]]((((.[[[[[[.))))..........]]]]]]((((...((((.((((......))))....))))....))))..........(((((.[[[[[)))))..]]]]]......)))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((.(((((((((.((..((((.(((......)))))))..))......((((((((.((..((.((((((((((((((.(((((((((.....)))))))))....((.(((((((....))))))).)).((....(((...)))...)).))))))))...))))))))..)).........(((...)))....(((((......)))))(((.(((((((((.....)))....)))))).)))......))))))))...))))).....)))))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((((((((....{{{{{...(((.........((((.(((......)))))))............)))...........))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......)))))...............(((((...........)))))........................(([[[[[...))..............((((((((.....((......))....))))))))...................}}}}}.........]]]]]....(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((.(((((((((.....((((.(((......)))))))....................(..((.((((((((((((((.(((((((((.....)))))))))....((.(((((((....))))))).)).((....(((...)))...)).))))))))...)))))))).).................(..(((.(((((......))))))))..)......((((((((.....((......))....)))))))).....))))).....)))))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....((((((..((((((((((............((((([[[[[[.((((.(((......)))))))..........)))))...........))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......))))))....((((((((((((..((((((........(((((..........)))))))))))]]]]]].....(((((...((((((((((((((((...................))))))))....))))))))...)))))..))))))........(((((((..)))))))..)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.....(((((...........)))))..........................................((.((((.......)))).))........................((((((.(((..((((...........)))).....)))....))))))................(((((((.........)))))))............((((((((((.((........))..)))))))))).....)))))).....))).)))........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.....(((((...........)))))..........................................((.((((.......)))).))........................((((((.(((..((((...........)))).....)))....))))))................(((((((.........)))))))............(((((((((..((........))...))))))))).....)))))).....))).)))........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((((....((((((.(((((((((.(((.((((.(((......)))))))...((((((...........((.((.((((((((((((((..((..((((..(((((..((((.....((.(((((((....))))))).)).))))..)))))..)))).)).))))))))...)))))))))).)))))))))...(((((..(((((.(((......))))))))..))).)).((((((((...((((......)).)).)))))))).....))))).....)))))))))).....)))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(.((...(((((((((....((((((.(((((((((.....((((.(((......)))))))....................((.((.((((((((((((((((((((((((.....))))))))).).....(((((((....)))))))..........(((...)))......))))))))...))))))))))...........(((...)))....(((((......)))))....((((....[[[[[[[[...[[[[))))..]].]].]]]]]]]].....))))).....)))))))))).....))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((.((((............((((....))))..(((((............((((..........((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).....((((.......))))..((((.................))))...))))))))...))))))...(((((..........)))))....((((((......)))))).....))))..((((((((...................))))))))....)))))......)))))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((((....((((((.(((((((((.(((.((((.(((......)))))))....(((((...........((.((.((((((((((((((..((..((((..(((((..((((.....((.(((((((....))))))).)).))))..)))))..)))).)).))))))))...)))))))))).))))).)))..(..(((..(((((.(((......))))))))..)))..).((((((((...((((......)).)).)))))))).....))))).....)))))))))).....)))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.....)))....((((((.....((((.(((.(((((....(((((((.(((......)))))))...)))....))))).....((.((.((((((((((((((..((..((((..(((((..((((.....((.(((((((....))))))).)).))))..)))))..)))).)).))))))))...)))))))))).))).)))).....))))))....)))).((((..((((((.((((((....((((((((...((((......)).)).)))))))).....((........))...........))))))..((((((....)))))).)))))).))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....((((((..((((((((((..(.((((....(((((....(((((((.(((......)))))))...)))....)))))..))))..)..))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....)))))))(....).))))))....((((((((((((..(((.......(((((.(((.(((((.(((...)))....(((((......)))))(((.(((((((((.....)))....)))))).)))....))))).)))...)))))........)))..))))))........((((((....))))))..)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))(((((((((((((.(.............)).((((((((((.(.(.(((..(((((.(((....((.(((((((...(..)..(((((..(((.(((((((((((((.....))))))))).)))))))(((((((((((((..)))))))))))))(((...........)))..((((((((((..((((((....).)).))))))..)))))))((((...).)))...((.(((((((...........))..))))).)).)))))..)))))))..))...))))))))...)).).)).)))).))))))....(((((...)))))))))))).))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((((....((((((.((((((((......((((.(((......)))))))....................((.((.(((((((((((((..(((((((((.....)))))))))....((.(((((((....))))))).)).......................)))))))...)))))))))).....................(..(((((......))))).)..........((((((((.....((......))....))))))))......)))).....)))))))))).....)))))..))....((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((((....((((((.(((((((((.....((((.(((......)))))))..........((((((....((.((.((((((((((((((..((..((((..(((((..((((.....((.(((((((....))))))).)).))))..)))))..)))).)).))))))))...))))))))))................((((....(((((......)))))(((.(((((((((.....)))....)))))).)))....))))))))))...))))).....)))))))))).....)))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....)))..(((((.(((((..((((........)))).....((((.............))))...)))))...((((......((((.....)))).((((..(((((((((.....)))))))))......(((.......))).)))).))))....(((((.......(((((..(((((...........)))))...))))).((((.((((...((((((......))))))...(((((((((.....)))....))))))........)))).(((......))).....))))...)))))..........((((((....))))))..))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((.....))).(((((..((((.....aaa)))).....((((.............))))...)))))....AAA......((((.....)))).((((..(((((((((.....)))))))))......(((.......))).((({{{{{.......)))....((((......}}}}}..))))...))))<<<......)))).(((>>>..)))..(((......))).((((.[[[[[[.))))..........]]]]]]...(((..bbb))).......((((.....BBB...................ccc))))((((..CCC))))...))))))).... |