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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00331



RNA: TMR_00331
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.(..((((((........((((((...((((....)))).................(((((......((((.....))))..(((((..(((((((.....)))))))...))))).((((((......))))))))))).....((((...........))))..((((((......((((.......)).))......)))))))))))).....((((((.(........((((((((.....((......))....)))))))).......).))...)))).))))))...).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((((((((..(.((((....(((((...((..((((.(((......)))))))..))......)))))..))))..)..))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......))))))..................((((((.((...((((.......)).))...)).))))))(((((((((....((((((..((((((((((((((...((((......)).)).))))))))....))))))..........))))))......))))))))).(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((..((((((((((............((((([[[[[[.((((.(((......)))))))..........)))))...........))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....))))))).......))))))....((((((((((((..((((((........(((((..........)))))))))))]]]]]].....(((((...((((((((((((((((...................))))))))....))))))))...)))))..))))))........(((((((..)))))))..))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((....((((((.(((((((((.(((.((((.(((......)))))))...((((((...........((.((.((((((((((((((..((..((((..(((((..((((.....((.(((((((....))))))).)).))))..)))))..)))).)).))))))))...)))))))))).)))))))))...(((((..(((((.(((......))))))))..))).)).((((((((...((((......)).)).)))))))).....))))).....)))))))))).....)))))..))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....((((((.((((............((((....))))..(((((............((((..........((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).....((((.......))))..((((.................))))...))))))))...))))))...(((((..........)))))....((((((......)))))).....))))..((((((((...................))))))))....)))))......)))))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((..((((((((((..(.((((....(((((....(((((((.(((......)))))))...)))....)))))..))))..)..))))))))))((((((((((((((.....))))))))).))))).(((((((....)))))))(....).))))))....((((((((((((..(((.......(((((.(((.(((((.(((...)))....(((((......)))))(((.(((((((((.....)))....)))))).)))....))))).)))...)))))........)))..))))))........((((((....))))))..))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))(((((((((((((.(.............)).((((((((((.(.(.(((..(((((.(((....((.(((((((...(..)..(((((..(((.(((((((((((((.....))))))))).)))))))(((((((((((((..)))))))))))))(((...........)))..((((((((((..((((((....).)).))))))..)))))))((((...).)))...((.(((((((...........))..))))).)).)))))..)))))))..))...))))))))...)).).)).)))).))))))....(((((...)))))))))))).))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((....((((((.((((((((......((((.(((......)))))))....................((.((.(((((((((((((..(((((((((.....)))))))))....((.(((((((....))))))).)).......................)))))))...)))))))))).....................(..(((((......))))).)..........((((((((.....((......))....))))))))......)))).....)))))))))).....)))))..))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((((....((((((.(((((((((.....((((.(((......)))))))..........((((((....((.((.((((((((((((((..((..((((..(((((..((((.....((.(((((((....))))))).)).))))..)))))..)))).)).))))))))...))))))))))................((((....(((((......)))))(((.(((((((((.....)))....)))))).)))....))))))))))...))))).....)))))))))).....)))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....)))..(((((.(((((..((((........)))).....((((.............))))...)))))...((((......((((.....)))).((((..(((((((((.....)))))))))......(((.......))).)))).))))....(((((.......(((((..(((((...........)))))...))))).((((.((((...((((((......))))))...(((((((((.....)))....))))))........)))).(((......))).....))))...)))))..........((((((....))))))..))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((.....))).(((((..((((.....aaa)))).....((((.............))))...)))))....AAA......((((.....)))).((((..(((((((((.....)))))))))......(((.......))).((({{{{{.......)))....((((......}}}}}..))))...))))<<<......)))).(((>>>..)))..(((......))).((((.[[[[[[.))))..........]]]]]]...(((..bbb))).......((((.....BBB...................ccc))))((((..CCC))))...)))))))....