|
|
|
GGGGCUGAUUUUGGAUUCGACGGGAUUGGCGAAGCCCAAGGUGCAUGUCGAGGUGCGGUAGGCCUCGUAAACAAACCGCAAAAUAAUAGUCGCAAACGACGAACAAUACGCUUUAGCAGCUUAAUAACCUGCUUUAAAGCCUUAUCUCCUCAGCUUCCGCUCGUAAGACGAGGGCAAAGAUAAGUCACCCAAAACGAGAUCGUGUGGACGCCGCCGCUUUAGGAUCGAAACACUAAAUUAAAUAAAGCUAGUUUAUUCAUUGCGUGUCUGUCCGCUGUGAAUAAGCGAAAUUAAAGACUAGACUAAACAUGUAGUACUGAAGGUAGAGAAAUUUCGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCAGCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((......(((...((((((((((((((<<<<<<...))))).......>>>>>>.............................(((((((..(..........)..).))))))(((((((((((..(((...[[[[[)))..))))....))))))).........]]]]]....(((.....((...aaaaa.))......)))...........AAAAA..((((((((((.(((.{{{{{{{))).)))))))))).........}}}.}}}}...)))))...))))...))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((.......(((((.......)))))........)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))....................................................................................................................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((......(((((..(((((.((((..((((((((((((((...............))))))..((((..((((....)))).........((((((((((.........)))))..))))).))))..)))).(((....(((((...))))))))...))))...))))....(((....))).)))..)))))))........)))))..(((........(((.....((((((((((.(((........))).))))))))))....))).....(((((((......)))).)))..)))........)))))).((((((....)))))).))))))).... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................(((((((((((..................)))))....))))))...............................((((((.....................))))))..((((((((((((((........)))))))))))))).....................................................(((((.......)))))........... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....................................(((((.((((.........)))).................................................((((.........))))........(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))...............................((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))).............................................))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.......)))))))).....))))..(((......((((((.(....))))))).......)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((.....((.....((((.....)))).))..)))))))..................................................................((((((((((.(((........))).)))))))))).................................................(((((((((.......)))))..).))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.............(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........(((..(((((.........)))))....)))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))............))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((......(((...(((((((((.....((((((...............))))))...............................(..(((((.........)))))..)..(((((((((((((..(((........)))..))))....))))))).................((((....(((.........))..)...)))).............))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))...))))...))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.......)))))))).....))))..(((....((((((((.(....)))))))...))..)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((.....(((....((((.....)))))))..)))))))..........((....)).............(((((((..........).........))))))..((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))................(..........).....................(((((((((.......)))))..).))).... |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...........((((((((((((((.........))))).....................((((....)))).........((...(((((.........))))).....))(((((((((((..((..........))..))))....))))))).................((((....((((.......))).)....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))..........))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.........[[[[[[[..........)))))........]]]]]]].((((((.......[[[.....))))))........((((....))))......]]](((..[[[)))..........]]].......(((((((.[[[.(((....(((((...))))))))..)))))))...........]]].(((.((((......))))[[[[[...)))....]]]]].............((((((((((.(((.[[[[...))).))))))))))........]]]](((((((......)))).)))................(((.[[[[[))).....]]]]].......... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((.(((((..(((...(((((........(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........(((((((.(((..........))))))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))....(((..(((....))).))).)))))))).....))))).))).((((..((.....))..))))((((((((.(((........))).)))))))).(((((((....(((((((((......)))).))...))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................(((((([[[[...))))))........]]]].........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((..............................)))))))..................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))..............................((((((.........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((..(((...((((((...((..(((....)))..)).((((((.((...)).....))))))..........)))))).........(((((.(((((((((.........)))))..)))).(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).................((((...((((.((....)).))))...)))).................((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))........................))))).))).)))..........))))..(((((.......)))))))))))).... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(.(((.........(((.........(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((((((..((..........))..))))....)))))))....(((..(((....))).)))..))).........))).)........................((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..(((((......))))).))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.(((((((.....(((...))).........))))))).((((((...[[[[[[......))))))........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((....(((....)))......]]]]]]....)))))))....))))))((((((...((((...)))).((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))............................................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.............((((((((...........(((((((((..((..(((((...............))))).........((((....))))........(((....((((.........))))......(.((((((.((((..................)))).....)))))).)...............)))...........((((.........................))))..((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))...)))..........))))))))....((((.......)))).))))))..... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((((((.((((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........))))..))....((((((..(((.((((........)))).)))......)))))).................((((((((................)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....(((...(((.((((((((((..(.....))))))........((((.........((((....))))((.......(((((.((((.........))))...)))))(((((((((((.((((........)))).))))....)))))))...............))..))))........((((((.....(...........)...))))))..((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))....)))...)))....))))))))............................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((((((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........))))..))....((((((..(((.((((........)))).)))......)))))).................((((((((................)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....((((..(((.((((((((((..(.....))))))........((((.........((((....))))((.......(((((.((((.........))))...)))))(((((((((((.((((........)))).))))....)))))))...............))..))))........((((((.(...............)...))))))..((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))....)))..))))....))))))))............................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((.......((...(((.((((((((((.........))))).........(.(.........((((....)))).........((....((((.........))))......))(((((((((((.((((........)))).))))....))))))).................).)............((((.......................))))...((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))....)))...))......)))))))............................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((....))).((((((...(((.(((....(((((((..((.((((((...............))))))......(((((..................((((((((((.........)))).((((((((((((((.....(((..((.((....))))..)))..)))))))....(((..(((....))).)))........)))))))....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........)))))..))..)))))))((.((((((.........)))))))).))).))).))))))..))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((.(((.....{{{{........{{{...)))((((((.......)))))).......}}}...........((((....)))).........((((((((((.........))))..))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))....(((..(((....))).))).}}}}...[[[[[[)))))................]]]]]]..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..((((((....)))))).))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.(((((((...((((......))))......))))))).((((((...............))))))........((((....))))...............((((...(((((...((((((....(((((((((((..................)))))....)))))).............((((..((((......)))).....))))................))))))....)))))..))))..((((...((((.......)))).......))))....))))).........((((((.........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((......(((...(((....)))..)))(((((...............)))))...........................(((.....(((((.........))))).......(((((((((((..................))))....)))))))....(((.............)))........((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).......)))....)))))))............................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............(((..........)))..(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....((((.........))))......(.(((((((((((..(((........)))..))))....))))))).)...............)))))).........(((((.....................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))....)))......................................))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((....))).((((((...(((.(((....(((((((..((.((((((..(.........)..))))))......(((((..................((((((((((.........)))).((((((((((((((.....(((..((.((....))))..)))..)))))))....(((..(((....))).)))........)))))))....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........)))))..))..)))))))((.((((((.........)))))))).))).))).))))))..))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((...(((((....)))))...))))))).((.(((((((..((.((((((...............))))))......(((((..................((((((((((.........)))).((((((((((((((.....(((..((.((....))))..)))..)))))))....(((..(((....))).)))........)))))))....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........)))))..))..)))))))...))...(((.(((.......((..((((((....))))))))..))).))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..(((((((...(((..(((((.((((((((((((((..(.........)..))))))........((((....)))).........(((((((.(((..........)))))))))).......)))).(((..((.((....))))..)))...)))).).))))....(((....)))).)).))))(((((((((.(((...........)))...))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))............(((((((......)))).)))..))).....)))..))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.............))(((...)))((..))((((((.((..))))))))(((..))).).))))))..((((((((.(.((((..(((((.(((((.(((((......).))))...)))))(((((((.(.(.((((.((.(((..))))).)))))))))))))....(((...(((..)))..)))(((((...............)).)))((((((((......)))))))).).))))..)))).)..((((((..)).)))).....))))))))(.(((((..))))).)(((((((((...)))))))))..(((((.((..)))))))))))))).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((..(((((((..(..............((((......(((((..((...))......))))).......((((((...(((.(((.......((((((((((.........))))..))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))((..(......).))))))))..........((((...((..............)...).))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).....)........))))).))))...............)...))))))).....)))))))........))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....................((((....(((.(((((.((((((((.(((((...............))))).........((((....)))).........(((((.((((.........))))...))))).......)))).(((..((.((....))))..)))...)))).).))))....(((....))).)))....))))...................................((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......))))........................(((((......))))).))))))).... |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((..((.(((.(((.(((...)))...(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..............))).))).))..))...((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((....((.(((((.((((((((...((((((.(((..(((((((((...............))))).........((((....)))).........))))..)))))......)))))))))...)))..))))).)).(((..((.((....))))..))).............))))))((((((.((((...((...((......))..))..)))).............(((.(((((((((..(((........)))..)))))))))............(((((((......)))).)))..)))......))))))...(((((......))))).))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((.......)))..((((......)))).......)))....((((((...............))))))........((((....))))..........(((.(((((.........)))))...((((............))))..((((.........)))).)))...((((..........(((((((((((......)))).((((..........))))..(((((.......)))))......))).))))...((((.......))))........))))..((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))).)))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......(((((....))))).....)))))..((((.....((((.aaaaaa....)))).......AAAAAA........((((....)))).........((((((((((.........)))))....((({{{{{.......)))...((((}}}}}....)))).......<<<<..........<<<<<<<((((......)))).((((..........))))..<<<<<)))))..>>>>>(((((.>>>.>>>>...[[[[)))))..]]]]........>>>>..((((......)))).((((((.........))))))..(((((........))))).....)))). |