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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00332



RNA: TMR_00332
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((.......(((((.......)))))........)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).......................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((......(((((..(((((.((((..((((((((((((((...............))))))..((((..((((....)))).........((((((((((.........)))))..))))).))))..)))).(((....(((((...))))))))...))))...))))....(((....))).)))..)))))))........)))))..(((........(((.....((((((((((.(((........))).))))))))))....))).....(((((((......)))).)))..)))........)))))).((((((....)))))).)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................(((((((((((..................)))))....))))))...............................((((((.....................))))))..((((((((((((((........)))))))))))))).....................................................(((((.......)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................................(((((.((((.........)))).................................................((((.........))))........(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))...............................((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))).............................................)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.......)))))))).....))))..(((......((((((.(....))))))).......)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((.....((.....((((.....)))).))..)))))))..................................................................((((((((((.(((........))).)))))))))).................................................(((((((((.......)))))..).)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.............(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........(((..(((((.........)))))....)))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))............))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((......(((...(((((((((.....((((((...............))))))...............................(..(((((.........)))))..)..(((((((((((((..(((........)))..))))....))))))).................((((....(((.........))..)...)))).............))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))...))))...))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((.......)))))))).....))))..(((....((((((((.(....)))))))...))..)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((.....(((....((((.....)))))))..)))))))..........((....)).............(((((((..........).........))))))..((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))................(..........).....................(((((((((.......)))))..).)))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((...........((((((((((((((.........))))).....................((((....)))).........((...(((((.........))))).....))(((((((((((..((..........))..))))....))))))).................((((....((((.......))).)....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))..........))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.........[[[[[[[..........)))))........]]]]]]].((((((.......[[[.....))))))........((((....))))......]]](((..[[[)))..........]]].......(((((((.[[[.(((....(((((...))))))))..)))))))...........]]].(((.((((......))))[[[[[...)))....]]]]].............((((((((((.(((.[[[[...))).))))))))))........]]]](((((((......)))).)))................(((.[[[[[))).....]]]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.(((((..(((...(((((........(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........(((((((.(((..........))))))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))....(((..(((....))).))).)))))))).....))))).))).((((..((.....))..))))((((((((.(((........))).)))))))).(((((((....(((((((((......)))).))...))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((((([[[[...))))))........]]]].........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((..............................)))))))..................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))..............................((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.(((..(((...((((((...((..(((....)))..)).((((((.((...)).....))))))..........)))))).........(((((.(((((((((.........)))))..)))).(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).................((((...((((.((....)).))))...)))).................((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))........................))))).))).)))..........))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(.(((.........(((.........(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((((((..((..........))..))))....)))))))....(((..(((....))).)))..))).........))).)........................((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.(((((((.....(((...))).........))))))).((((((...[[[[[[......))))))........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((....(((....)))......]]]]]]....)))))))....))))))((((((...((((...)))).((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))............................................))))))...(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.............((((((((...........(((((((((..((..(((((...............))))).........((((....))))........(((....((((.........))))......(.((((((.((((..................)))).....)))))).)...............)))...........((((.........................))))..((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))...)))..........))))))))....((((.......)))).)))))).....
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((((((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........))))..))....((((((..(((.((((........)))).)))......)))))).................((((((((................)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....((((..(((.((((((((((..(.....))))))........((((.........((((....))))((.......(((((.((((.........))))...)))))(((((((((((.((((........)))).))))....)))))))...............))..))))........((((((.(...............)...))))))..((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))....)))..))))....))))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((.......((...(((.((((((((((.........))))).........(.(.........((((....)))).........((....((((.........))))......))(((((((((((.((((........)))).))))....))))))).................).)............((((.......................))))...((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))....)))...))......)))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((....))).((((((...(((.(((....(((((((..((.((((((...............))))))......(((((..................((((((((((.........)))).((((((((((((((.....(((..((.((....))))..)))..)))))))....(((..(((....))).)))........)))))))....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........)))))..))..)))))))((.((((((.........)))))))).))).))).))))))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((.(((.....{{{{........{{{...)))((((((.......)))))).......}}}...........((((....)))).........((((((((((.........))))..))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))....(((..(((....))).))).}}}}...[[[[[[)))))................]]]]]]..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..((((((....)))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.(((((((...((((......))))......))))))).((((((...............))))))........((((....))))...............((((...(((((...((((((....(((((((((((..................)))))....)))))).............((((..((((......)))).....))))................))))))....)))))..))))..((((...((((.......)))).......))))....))))).........((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((......(((...(((....)))..)))(((((...............)))))...........................(((.....(((((.........))))).......(((((((((((..................))))....)))))))....(((.............)))........((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).......)))....)))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((..........)))..(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....((((.........))))......(.(((((((((((..(((........)))..))))....))))))).)...............)))))).........(((((.....................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))....)))......................................)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((....))).((((((...(((.(((....(((((((..((.((((((..(.........)..))))))......(((((..................((((((((((.........)))).((((((((((((((.....(((..((.((....))))..)))..)))))))....(((..(((....))).)))........)))))))....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........)))))..))..)))))))((.((((((.........)))))))).))).))).))))))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((...(((((....)))))...))))))).((.(((((((..((.((((((...............))))))......(((((..................((((((((((.........)))).((((((((((((((.....(((..((.((....))))..)))..)))))))....(((..(((....))).)))........)))))))....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).........)))))..))..)))))))...))...(((.(((.......((..((((((....))))))))..))).))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..(((((((...(((..(((((.((((((((((((((..(.........)..))))))........((((....)))).........(((((((.(((..........)))))))))).......)))).(((..((.((....))))..)))...)))).).))))....(((....)))).)).))))(((((((((.(((...........)))...))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))............(((((((......)))).)))..))).....)))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((.............))(((...)))((..))((((((.((..))))))))(((..))).).))))))..((((((((.(.((((..(((((.(((((.(((((......).))))...)))))(((((((.(.(.((((.((.(((..))))).)))))))))))))....(((...(((..)))..)))(((((...............)).)))((((((((......)))))))).).))))..)))).)..((((((..)).)))).....))))))))(.(((((..))))).)(((((((((...)))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((..(((((((..(..............((((......(((((..((...))......))))).......((((((...(((.(((.......((((((((((.........))))..))))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))((..(......).))))))))..........((((...((..............)...).))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).....)........))))).))))...............)...))))))).....)))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................((((....(((.(((((.((((((((.(((((...............))))).........((((....)))).........(((((.((((.........))))...))))).......)))).(((..((.((....))))..)))...)))).).))))....(((....))).)))....))))...................................((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......))))........................(((((......))))).)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((..((.(((.(((.(((...)))...(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........((((((((((.........)))))..)))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..............))).))).))..))...((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((....((.(((((.((((((((...((((((.(((..(((((((((...............))))).........((((....)))).........))))..)))))......)))))))))...)))..))))).)).(((..((.((....))))..))).............))))))((((((.((((...((...((......))..))..)))).............(((.(((((((((..(((........)))..)))))))))............(((((((......)))).)))..)))......))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.......)))..((((......)))).......)))....((((((...............))))))........((((....))))..........(((.(((((.........)))))...((((............))))..((((.........)))).)))...((((..........(((((((((((......)))).((((..........))))..(((((.......)))))......))).))))...((((.......))))........))))..((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.......(((((....))))).....)))))..((((.....((((.aaaaaa....)))).......AAAAAA........((((....)))).........((((((((((.........)))))....((({{{{{.......)))...((((}}}}}....)))).......<<<<..........<<<<<<<((((......)))).((((..........))))..<<<<<)))))..>>>>>(((((.>>>.>>>>...[[[[)))))..]]]]........>>>>..((((......)))).((((((.........))))))..(((((........))))).....)))).