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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00334



RNA: TMR_00334
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.((((((((.........(((((......((((((........))))))...))))).........((((...((((....))))......)))))))))))).)).))))).....)))(((((((((((((..........)))))..........))))))))...................(((..((((((......))))))..)))...............................((((....)))).(((((((((........((.......)).........))))))))).................(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((..(((((.......(((((..................)))))..(.....(((.........................(((((....)))))....(.(((((((((((((..........))))))..........))))))).)...)))....)......(((..((((((......))))))..))).................(((((..((.(((........)))..))..)))))......................))))).....))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((......(.((((((......((((((........))))))...)))))).)......((((...((((....))))......)))))))))))).)).))))))....)))(((((((((((((..........)))))..........))))))))......((....))(....(((..((((((......))))))..)))....).............(.....((((((........))((..(((((((((....(..(((.......))).....)..)))))))))))...))))..).....(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..........((((((..((((((((((((((..................)))))..((((...((((....))))......)))).(((((((((....))))..)))))(((((((((((((..[[[[[[[[)))))..........)))))))).))))..]]]]]]]].........((((((......)))))).))))).........((((.....)))).))))))((((((..))))))(((((((((............................)))))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((..(((((((((((..........(((((....((((((........))))))........................((((....)))).........)))))((((((((((((.........(((((((((((((..........))))))..........))))))).....))))))..))))))..((((....))))))))))))))).)))))))..........(((((....((((..(((((....)))))(((((((((............................))))))))).....)))).)))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((....(((((((((((((((((((.((((((.(((((...........(((.((.........((((....)))).........((.((((((((....))))..)))).(((((((((((((..........)))))..........)))))))).....))......)).)))(((..((((((......))))))..)))...))))).....))).))))))))...(((((((....))))..((((.......))))....))).......))))))..))).)))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......(((......)))(((.....)))...((((((.(((((...)))))((((..(((...((((....((.((.........((((....)))).........((.((((((((....))))..)))).(((((((((((((..........)))))..........)))))))).....))......)).)).(((..((((((......))))))..)))....))))...))).)))).....)))))).((((....)))).(((((((((....((.....((....)).....))..))))))))).))).(((..(((((.((.(((......))))))))))..)))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((..(((((((((((..........((.(((.((((((((........))))).........(((((((.((......)).)))...(((.........(.(((((((((....))))..))))))((((((((((((..........)))))..........))))))))))...))))...)))))).))((((....))))))))))))))).)))))))........(..((((....((((...((((....)))).(((((((((...((....))((....)).........))))))))).....)))).))))..)(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((..(((((.(((((................)))))..((((((((..(((....).))..))))))).((((((((((..)))))..)))))((((((((((((((........))))))..........))))))))))))).)..((((..((.(((.((((((((......)))))((((((.(((..)))))))))((((((((.((((((........)))).)).)))))).)).......))))))))))))))))))..))).))))).))))))))))))).)).)))).))).....).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((..(((((((((((...............................................................((((....))))...........(((((((((....))))..)))))(((((((((((((..........)))))..........)))))))).................................))))))))))).)))))))......((((((((.((.........((((....)))).(((((((((............................)))))))))..............)).)))))))).........)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((..(((((((((((...(((....)))(((.(((..(((((((((..................)))))..((((...((((....))))......)))).(((((((((....))))..)))))(((((((((((((..........)))))..........)))))))).)))).......))))))...((((....))))))))))))))).)))))))......((((((((.((.(((.....((((....)))).(((((((((....((.....((....)).....))..)))))))))...........))))).)))))))).........)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((......))))..((((....(((((.......)))))...(((((..................)))))..((((...((((....))))......))))..((((.(((....)))...((((.....)))).((((..........))))...........))))..)))).(((((...((((.........((((((......))))))...((((..........)))).))))...((((...((((....)))).(((((((((............................))))))))).....)))).)))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((......))))..(((........((((((....((((((.aaaaa..))))))..........AAAAA.........((((....))))......(((......<<<<<))).>>>>>..(((..{{{)))bbbbbb))))))....BBBBBB.............}}}))).(((((....((((((((....ccc..))))...(((CCC..)))............)))).(((((..((((((...[[[[[)))).))..)))))..........]]]]].((((..((.((.......))..))..))))..)))))..(((((.......))))))))))))....