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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00337



RNA: TMR_00337
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))))...((((..((((((((..(((.(((((....)))))....((((..((((................))))..))))..))).((((...((((((...((((...(((((((((((.((((((......))).)))..(((((.........)))))....)))))))).)))...))))..))))))..))))..))))))))...))))..(((....(((((...(((((((.(((((....((((...)))).(((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).)))))..))))))))))))....)))))))).(((((.......)))))..)))))....
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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......(((((((...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(.((((((((((...((((.((((.(((........)))......(((((........))))).............)))).........((((.(((((.....))))).)))).......................(((((.........)))))...(((..((((((..(((((((.........)))))))..))))).)...............((((((((...........))))))))...........)))..((((((((((...................))))))))))..................))))......)))))))))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((.......))))))))))).((((((((((((.((((.(((((....))))).)))).))).(((((........)))))................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).................((((((((...........)))))))).............................(((.(((((((((..(((((.......)))))))))))))).))).........))))))))).........((((.(((((.......)))))....))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((((.......)))))..)))).(((......(((.((((.(((((....))))).)))).))).[[[[))).......]]]]................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((..........))))))).)))..(((....))).))))))(((((..(((((((..[[[[[[[)))))))..)))))........]]]]]]]............(((((((..................))))))).(((((((((((......[[[[[[[[[..)))))))))))......]]]]]]]]].........(((((.....))))).......((((.(((((.......)))))....))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......)))).((((..((((((((((..(((((((((((.((((..........)))).(((((........)))))................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).))))))).(((.....))).......(((((((..................))))))).(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).)))).....)))))))))).))))........(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((((((((..((((.(((((..............((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.(((((.....))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))..)))))...........(((((((...[[[[[[..))))))).........]]]]]]...................(((((((((..(((((.......))))))))))))))....)))).....)))))))))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))((((..((((((((((..((((((.(((((....))))).)))......(((((........)))))................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))............................(((((..........((.....)).)))))(.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).)))).....)))))))))).))))........(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((((((((..(((((..((((((..))))))...((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).))))....(((((((..........))))))).................))))))..((((((((......(((((((......................)))))))))))))))....(((((((..................))))))).(((((((((((.................)))))))))))..(((((......)))))))))).....)))))))))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.(((((......((((.........))))...........(...(..............................................................................(.((((.........))))..)........(((((.((.((((.........)))).)).)))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))...............))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.(((((......((((.........))))...........(...(..............................................................................(.((((.........))))..)........(((((.((.((((.........)))).)).)))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))...............))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((((((((......(((..(((((..........((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))...)))))...)))...((((((((...........)))))))).........((((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))...)))))))))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))((((..(((((((((((((.((((.(((((....))))).)))).))).(((((.(.....))))))................((((((..(.((((.((((((...)))))).)))))((((((((((..........))))))).)))..(((....))).))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).........(((.....)))(((((..[[[[[[[..)))))..(((...)))]]]]]]].(((((((((((.................)))))))))))..(((((......)))))..........)))))))))).))))........(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(..(((((((((......(((..(((((..........((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))...)))))...)))...((((((((...........)))))))).........((((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))...)))))))))..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(..((((((((.(((.((((.(((((....))))).)))).)))(((.((.............................((((((..(.((((.((((((...)))))).)))))((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).)).)))(((((.....((((((((...........))))))))..........(((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))))))))))))))..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(...((..))(((((((((.(((.(((((((.(((((..)))))...((.((((((.((((....((((..(((....)))))))...))))(((.(((((((((..((....((((((...)))))).((((((((((((((..((....))..)))))).)))..)))))))..).))))))).).)))......(((((((((........................)))))..)))))))))).)).((.(((((((....(.....(((......................)))..)...))))))).)).(((((.(((((((..))))))).)))))....))))))).)))))))))))).).((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(..(((((((((..........................((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))......................................................(((((.(((((((((((.................)))))))))))..((((........)))).)))))....)))))))))..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((.(..(((((((((......(((((((.............((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).))))))).........((((((((...........)))))))).........((((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))...)))))))))..)))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((((.......))))))))))....(((.........))).(((((....)))))...((((...(((((........)))))......))))............(((((..((((....))))...((((.....)))).(((..((....))..)))..))))).....(((((....))))).......(((((((.........))))))).(((((.............))))).....(((....))).((((....))))..........((((......((((((....))))))....(((.....))).....(((((......))))).)))).(((((.....))))).......((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((((.......)))))))))).((((((......<<<)))((((((....))).....((((...(((((........)))))......))))....))).....(((((..((((....))))...((((.....)))).(((..((....))..)))..))))).....(((((....))))).......(((((((.........))))))).(((((...aaaaa.....)))))...(((((....))))).(((....(((.....)))....((((.....{{{{))))..}}}}.))).(((.....))).....(((((......)))))..AAA.(((((.....)))))AA>>>.(((((...[[[)))))..]]].........))).