|
|
|
GGGGAUGUCCUGGUUUCGACAGGAUACUCUGGUCAUAUAAUAGCAGUGGUGUGGUAGACCAUAAUACUUCUAGGUUUGAUAAAAUGCAAACAAAAACGAAGAAAACACAAACGAAGUUCCAACAUUUAUGUUAAAUGCUGGACAAGCAAAUUACGCUUUCGCUUAAUUUGACUUAAAUACAAAUAUACGUUUGGCAAUUUUUAAUAGUCUUGGAAUCUGUUAAUUAUUGUACAUACCAAUUCCAAUAGAAAUUAUGAUCGUAAUAAAUAAUUUUGAAACUCAAUUACGGAUGUUAUAUUAGUCUUUUGAUAAUUUUAUUUAAUAUAGCAAAUUAGAAAAUUAUCUAAACUGUAGAAUUUAUAUGAUUCGGUAUUUUGGACGUGGGUUCGAUUCCCACCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((((((..aaaaaa...)))))....AAAAAA.......................................((((.((((((...)))))).)))).....((((((.((....)).))))))........(((((..................(((((((..<<<<<<<)))))))...))))).......>>>>>>>(.(((((((([.[[[[[[[..)))))))).)......]]]]]]].].(((((.(.(....(.{{{{{{{{{)..).))))))........}}}}}}}}}...)))))...))).)))))))).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.......)))))))...((((..((((((((..(((.(((((....)))))....((((..((((................))))..))))..))).((((...((((((...((((...(((((((((((.((((((......))).)))..(((((.........)))))....)))))))).)))...))))..))))))..))))..))))))))...))))..(((....(((((...(((((((.(((((....((((...)))).(((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).)))))..))))))))))))....)))))))).(((((.......)))))..))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((.......))))))))))...........(((.((((..((((....))))..)))).)))..((((........)))).................((((((....((((.((((((...)))))).))))..(((((((((.((....)).))))))).))..............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).............................((((....................))))....................(((((((((...((((.......)))).))))))))).........((((.......))))........(((.(((((.......)))))....))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......(((((((...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(.((((((((((...((((.((((.(((........)))......(((((........))))).............)))).........((((.(((((.....))))).)))).......................(((((.........)))))...(((..((((((..(((((((.........)))))))..))))).)...............((((((((...........))))))))...........)))..((((((((((...................))))))))))..................))))......)))))))))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((.......))))))))))).((((((((((((.((((.(((((....))))).)))).))).(((((........)))))................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).................((((((((...........)))))))).............................(((.(((((((((..(((((.......)))))))))))))).))).........))))))))).........((((.(((((.......)))))....))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((.......)))))..)))).(((......(((.((((.(((((....))))).)))).))).[[[[))).......]]]]................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((..........))))))).)))..(((....))).))))))(((((..(((((((..[[[[[[[)))))))..)))))........]]]]]]]............(((((((..................))))))).(((((((((((......[[[[[[[[[..)))))))))))......]]]]]]]]].........(((((.....))))).......((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......)))).((((..((((((((((..(((((((((((.((((..........)))).(((((........)))))................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).))))))).(((.....))).......(((((((..................))))))).(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).)))).....)))))))))).))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..((((((((((..((((.(((((..............((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.(((((.....))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))..)))))...........(((((((...[[[[[[..))))))).........]]]]]]...................(((((((((..(((((.......))))))))))))))....)))).....)))))))))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.......)))))((((..((((((((((..((((((.(((((....))))).)))......(((((........)))))................((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))............................(((((..........((.....)).)))))(.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).)))).....)))))))))).))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..((((((((((..(((((..((((((..))))))...((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).))))....(((((((..........))))))).................))))))..((((((((......(((((((......................)))))))))))))))....(((((((..................))))))).(((((((((((.................)))))))))))..(((((......)))))))))).....)))))))))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.(((((......((((.........))))...........(...(..............................................................................(.((((.........))))..)........(((((.((.((((.........)))).)).)))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))...............))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.(((((......((((.........))))...........(...(..............................................................................(.((((.........))))..)........(((((.((.((((.........)))).)).)))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))...............))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..((((((((((......(((..(((((..........((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))...)))))...)))...((((((((...........)))))))).........((((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))...)))))))))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.......)))))((((..(((((((((((((.((((.(((((....))))).)))).))).(((((.(.....))))))................((((((..(.((((.((((((...)))))).)))))((((((((((..........))))))).)))..(((....))).))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).........(((.....)))(((((..[[[[[[[..)))))..(((...)))]]]]]]].(((((((((((.................)))))))))))..(((((......)))))..........)))))))))).))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(..(((((((((......(((..(((((..........((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))...)))))...)))...((((((((...........)))))))).........((((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))...)))))))))..)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(..((((((((.(((.((((.(((((....))))).)))).)))(((.((.............................((((((..(.((((.((((((...)))))).)))))((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).)).)))(((((.....((((((((...........))))))))..........(((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))))))))))))))..)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(...((..))(((((((((.(((.(((((((.(((((..)))))...((.((((((.((((....((((..(((....)))))))...))))(((.(((((((((..((....((((((...)))))).((((((((((((((..((....))..)))))).)))..)))))))..).))))))).).)))......(((((((((........................)))))..)))))))))).)).((.(((((((....(.....(((......................)))..)...))))))).)).(((((.(((((((..))))))).)))))....))))))).)))))))))))).).((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(..(((((((((..........................((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..)))))......................................................(((((.(((((((((((.................)))))))))))..((((........)))).)))))....)))))))))..)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..((((.(..(((((((((......(((((((.............((((...(((((........)))))......))))......((((((....((((.((((((...)))))).)))).((((((((((.((....)).))))))).))).............))))))(((((..(((((((.........)))))))..))))).))))))).........((((((((...........)))))))).........((((((.(((((((((((.................)))))))))))..(((((......))))).))))))...)))))))))..)))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((.......))))))))))....(((.........))).(((((....)))))...((((...(((((........)))))......))))............(((((..((((....))))...((((.....)))).(((..((....))..)))..))))).....(((((....))))).......(((((((.........))))))).(((((.............))))).....(((....))).((((....))))..........((((......((((((....))))))....(((.....))).....(((((......))))).)))).(((((.....))))).......((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((.......)))))))))).((((((......<<<)))((((((....))).....((((...(((((........)))))......))))....))).....(((((..((((....))))...((((.....)))).(((..((....))..)))..))))).....(((((....))))).......(((((((.........))))))).(((((...aaaaa.....)))))...(((((....))))).(((....(((.....)))....((((.....{{{{))))..}}}}.))).(((.....))).....(((((......)))))..AAA.(((((.....)))))AA>>>.(((((...[[[)))))..]]].........))). |