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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00340



RNA: TMR_00340
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((.....((((((((((.........)))))...)))))................((((((.............((((((.......((((((....))))))))))))((.......)).....))))))(((((((((((..((.(....)..))..)))))))))))..........(((((((..((.......)))))))))................((((....((((((((......))))))))...))))........)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((...........(((((.........)))))..........................................................((((....))))...................................................................................................................................((((((........)))))).................)))))).......))))))))...((((((.....)))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((....((((((......(((((...(...........).)))))..........(((((..........((((.........))))((((((....)))))).......................)))))(((((((((((.................)))))))))))..........(((((((.............))))))).........((((.....))))..((((((((......))))))))..)))))).......)))))))......)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..(((((((((..((.(((((((.....((((((((((.((...)).)))))...)))))................((((((.............((((((.......((((((....))))))))))))((.......)).....))))))(((((((((((..(((((()))).))..))))))))))).........((((((((..(((.....)))))))))))............((.((((....((((((((......))))))))...)))).)).....))))))).))...))))))))))).(((((((...))))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((.....((((((((((.........)))))...))))).(((((.........(((((((.............(((((((.......(((((....)))))))))))).....(((.....))))))))))((((...((((((...(((((((...(((((((...(((....)))))))))).((((((.....)))))))))))))...))))))...)))).....((((((((......)))))))).......)))))...)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....((((((((((((((((((((((.((...)).)))))...))))).........(((......)))..........................(((((((....)))))))..(((((.......))))).((((....((((...((((((...(((((((...(((((((.............))))))).((((((.....)))))))))))))...))))))...)))))))).((((((((......))))))))...)))))).......))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....((((((((((((((((((((((.((...)).)))))...))))).........(((......)))...........................((((((....))))))...(((((.......)))))........(((((((((((.....(....)......))))))))))).........((((((((..(((.....)))))))))))........(((((...)))))..((((((((......))))))))...))))).......)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....((((((((((((((((((((((.........)))))...)))))................((((((.............(((((((.......(((((....))))))))))))................))))))(((((((((((.................))))))))))).........((((((((.............)))))))).....(((((((((..(((((..)))))...........)))))))))))))).......)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((....(((((((((((.........))))).......(((((.....(((((((((((((.........................(((((((....)))))))..(((((.......)))))..)))))))...))))))....((((.((((....(((((((.............)))))))....))))....))))........................))))).((((((((......))))))))..)))))).......)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((.....((((((((((.((...)).)))))...))))).(((((...((....(((((((.........................(((((((....)))))))..(((((.......)))))..))))))).(((...((((((...(((((((((............))))))))).((((((((..(((.....))))))))))).....))))))...))).))...((((((((......)))))))).......)))))...)))))))......)))))))))...((((((.....)))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...)))...(((((((((((...(((((((.....((((((((((.((...)).)))))...))))).(((((...((....(((((((.........................(((((((....)))))))..(((((.......)))))..))))))).(((...((((((...(((((((((............))))))))).((((((((..(((.....))))))))))).....))))))...))).))...((((((((......)))))))).......)))))...))))))).))...)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((.....((((((((((.((...)).)))))...))))).(((((...((....(((((((.....((((....(((((((((....))((((....)))).)))))))......))))......)))))))((((...((((((...(((((((...(((((((.............))))))).((((((.....)))))))))))))...))))))...))))))...((((((((......)))))))).......)))))...)))))))......)))))))))...((((((.....)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......)...((((((((((......((((((..(((((((((((((.((((((((((......))))).))))).)).......(((((..((((...)).))(((........)))(((((....)))))....((((((....).)))))..).)))).))))))))))((...((..))...))(((((((.............)))))))...(((((...))))).((((((......)))..))).(((((.(.((((((((((..)))))))))))).)))).....)..)))))).......))))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((..........(((((.........)))))..........................(((...............((((........((((((....)))))).))))..................)))...................................................((((((...(((.....))).))))))........................((((((((......))))))))...............)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((.....((((((((((.((...)).)))))...))))).(((((...((....(((((((.........................(((((((....)))))))..(((((.......)))))..))))))).(((...((((((...(((((((...(((((((.............))))))).((((((.....)))))))))))))...))))))...))).))...((((((((......)))))))).......)))))...)))))))......)))))))))...(((((((...))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((((.......))))))..........(((((((......)).)))))...)))...((((......))))....((((..............))))....(((.........))).((((((....)))))).....(((.......))).(((((....))))).((((.....)))).((((....))))..........((((((.(((((((..(((.....)))))))))).(((((((.((((.....))))..((((((((......))))))))....((((....)))).)))))))..))))))........((((((.....))))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((.......))))).(((............((((((.....((((.{{{{{...))))((((......}}}}}.))))........)))..........(((.........))).((((((....)))))).....(((.......))).(((((....))))).((((.....)))).((((....)))).((((.....)))).((((([[[[..)))))...)))(((((....)))))..((((.....))))..((((((((......))))))))....((((....))))]]]]........))).........((((((.....)))))).))))))....