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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00341



RNA: TMR_00341
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((..(((((...((((.......(((((.......((((((((((............)))))))..)))...((((((..........)))))).)))))(((((.......))))).(((((((((((((....((((....))))))))))))))))).......))))....)))))..)))))))))).(((((......)).....)))...((((..(((((((((..(((((((((.((((.((((((((.(((..........))))))..))).)).....)))))))))).)))...))))))...)))....))))....))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((.................................((((((((((............))))))))..))...((((((..........))))))....(((((((.......))))))).........(((.((..((((((((........(((((.....)))))))))))))..))))))))))))))..................................(((((((..(((((((((.((((...((((((.(((..........))))))..)))........)))))))))).)))...)))))))((((.......)))).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........................................(((((.........))))).....................((((((..........))))))......(((((.......)))))..........................................................................................................((((..(((.(.(((........))).))))..)))).....................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((...(((.(((((...(((((((((((.........).)))))))..)))..............((((.((.(..((..(((((((.......)))))))((((((((((((.(((........))).))))))))))))..................(((((...(((.......)))...)))))..........))..).)).))))...........((((((........................))))))....)))))....)))...)).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.(((((...........(..(((....))).)((((((((((............))))))))..))...((((((.(......).))))))....((((((((....).)))))))((((((((((((.(((.(....).))).))))))))))))................))))).)))))))))).(((((......()......)))..)).......(((((((..(((((((((.((((...((((((.(((....(....)))))))..)))........)))))))))).)))...)))))))((((.......)))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((.((((.(((.((.....)).))).)))).)))((((((((((............))))))))..))........))).........((((((...((((((((....).)))))))((((((((((((.(((........))).))))))))))))..........))))))..(((((...((((.....))))...)))))......(....)........((((((..(((((((((.((((.((((.....)))).....(((..(((....))).)))....)))))))))).)))...))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((........(((((.......((((...[[[[...((((((((............))))))))...........)))).........(((((((..(((((((.......)))))))((((((((((((....(((((..))))))))))))))))).........)))))))))))).))))))).((((((((..............))).(((((.......)))))..(((((((((.((((...((((.]]]]..................))))........)))))))))).)))....)))))(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.((((...................)))).))))))..........((((((((((.(((((...................((((..(((((((..(((((.......)))))...((((((((((((....(((((....)))))))))))))))))........)))))))..(((((...((((.....))))...))))).........((((.....)))).)))).......((((((...((((.....))))........))))))....................)))))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(...((((((.(.(((((.(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))((.((.(((.((((((...((((((((....).)))))))((((..((((((.(((........))).))))))..))))..........))))))))))).))......))))).)..))))))..............(((((.((((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))).)))))).......).)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.(((((((((((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))........((((((.(......).))))))))).((((((((....)).)))))).....))))((((((.((((....)))))))(((((((.....)))))))....))))))).)))))))))))((((((....)).....(((((...((.....))((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))..))))).....))))..))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((..((((......))))).))))).))))....(((((((((((((......)))))))))))..)).((((((((.(......).))))))))..(((((((((..)).))))))).).((..(((((.((..((((((((((((.(...........))).))))))))))..))))))))).(...((((((.(.((.....))).)))..)))....).((((((((((((((((((..((((.....((((((((((..))))))).))).((((..)).)))))).)))))).))))).)))))))(((((.....))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.(.((((..(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))((.((.(((.(((((((...(((((((....).)))))).((((..((((((.(((........))).))))))..)))).........)))))))))))).)).......)))).)..))))))..................((.(((((((..(((((((((.((((..........................................)))))))))).)))...)))))))))..............)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((..((..(..(((.(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))((.((.(((.((((((...((((((((....).)))))))((((..((((((.(((........))).))))))..))))..........))))))))))).))..)))..).))..)))...(((....(((((..((....)).(((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))).))))).......))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.(((.((.....)))))..(((...((....))..))).(((((((............))))))).............))).(((....)))...((((.((((((.......)))))).((((((.....((((.((((....)))))))).(((((.....)))))..........(((((...((((.....))))...))))).........((((.....)))).((((....(((((.....))))).(((((.((..........)))))))..............)))).))))))...))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.((.....))))).((((((((((.....(((((({{{{{{{))))))......}}}}}}}............)))).(((....))).......((((((((....)).)))))).......))).((((.((((....))))))))<<<<<<)))..>>>>>>....)))).(((((...((((.....))))...))))).........(((((...[[[[))))).....(((((.....))))).(((((.((..........))))))).((((....(((....)))]........)))).....(((]]]....)))..)))))))....