|
|
|
GGGGGCGACAUGGCUUCGACGUGGAUCGCGAAACCUGAGGUGCAUGCCGAGGUGCAGAUGACCUCGUAAAUCCAUCUGCAAACCAAAUAAACGCCAACGACGACGUUUACGCACUGGCCGCUUAAGCCGGCCGGCCUCUGAUCAGCAGCUCGCUUACAAGCGGCUGGUUGGGGGUAACCCAAUUGUAAGCUCGCGCUGAAGUCUGUCCGGGGCCGAAGCGCUAAAACCCAACGGAAUCGCCGUCCGUCUUCCCUGCCACUCGGGUAGCGUCCGGCUAAAUCAAUAGAGUGGAUACGCAUGUAGAACCGAUGGCAGAGGAUUUGCGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.......(((.(((.((((((((((.<<<<<<..))))).......>>>>>>..................................(((((((.......)))))))((((.(.......(.(((({{{{{{)))).)..).)))).........}}}}}}..(.(((((...((((.[[[[))))...))))).)........]]]]...((((.......(((...aaaaaa))).......))))..........AAAAAA....)))))....)))..))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((..(((((...((((.......(((((.......((((((((((............)))))))..)))...((((((..........)))))).)))))(((((.......))))).(((((((((((((....((((....))))))))))))))))).......))))....)))))..)))))))))).(((((......)).....)))...((((..(((((((((..(((((((((.((((.((((((((.(((..........))))))..))).)).....)))))))))).)))...))))))...)))....))))....)))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((.................................((((((((((............))))))))..))...((((((..........))))))....(((((((.......))))))).........(((.((..((((((((........(((((.....)))))))))))))..))))))))))))))..................................(((((((..(((((((((.((((...((((((.(((..........))))))..)))........)))))))))).)))...)))))))((((.......)))).))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........................................(((((.........))))).....................((((((..........))))))......(((((.......)))))..........................................................................................................((((..(((.(.(((........))).))))..)))).....................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......((...(((.(((((...(((((((((((.........).)))))))..)))..............((((.((.(..((..(((((((.......)))))))((((((((((((.(((........))).))))))))))))..................(((((...(((.......)))...)))))..........))..).)).))))...........((((((........................))))))....)))))....)))...)).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((...........(..(((....))).)((((((((((............))))))))..))...((((((.(......).))))))....((((((((....).)))))))((((((((((((.(((.(....).))).))))))))))))................))))).)))))))))).(((((......()......)))..)).......(((((((..(((((((((.((((...((((((.(((....(....)))))))..)))........)))))))))).)))...)))))))((((.......)))).))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((..[[[[.)))).....]]]]....(((((.........[[[[[[[[[[))))).......]]]]]]]..]]]...((((((..........))))))....(((((.......)))))...(((((((((((((.(((.[[[[[[[))).)))))))))))))........]]]]]]]..(((((...((((.[[[[))))...)))))..........]]]]......((((((..(((((((((.((((.((((.....)))).....(((..(((....))).)))....)))))))))).)))...))))))(((((.......))))).)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((.((((.(((.((.....)).))).)))).)))((((((((((............)))))))..)))........)))).((.(((.((((((...((((((((....).)))))))((((((((((((.(((........))).))))))))))))..........))))))))))).....((...(((((((..............)))..))))...)).((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........................................((((((((((............))))))))..))...((((((..........)))))).....((((((.......)))))).((((((((((((..(([[......))]]))))))))))))..................(((((...(((.......)))...)))))....................((((((..(((((((((.((((...((((((..((........))...)))..)))........)))))))))).)))...))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.(((.((((.(((.((.....)).))).)))).)))((((((((((............))))))))..))........))).........((((((...((((((((....).)))))))((((((((((((.(((........))).))))))))))))..........))))))..(((((...((((.....))))...)))))......(....)........((((((..(((((((((.((((.((((.....)))).....(((..(((....))).)))....)))))))))).)))...))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((........(((((.......((((...[[[[...((((((((............))))))))...........)))).........(((((((..(((((((.......)))))))((((((((((((....(((((..))))))))))))))))).........)))))))))))).))))))).((((((((..............))).(((((.......)))))..(((((((((.((((...((((.]]]]..................))))........)))))))))).)))....)))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((......(((((................))))).........(........................((.((((.......)))).))((((((..(((((((..........)))))))..))))))..................((((((.................)))))).................((((((((((..(((........))).)))))))))).................)..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(....(((((................))))).........(........................((.((((.......)))).))((((((..(((((((..........)))))))..))))))..................((((((.................)))))).................(((((((((...(((........)))..))))))))).................).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((....(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))..........((((((...((((((((....)).))))))((((..((((((.(((........))).))))))..))))..........)))))).)))).)))))))))))((((((....)).............(((..((.(((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...)))))))))..)))....))))..)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((.((((.(((...........))).)))).)))..(((((((((.........).))))))))............)))).....((.(((((((..((((((((....).)))))))((((((((((((.(((........))).)))))))))))).........)))))))))(((((...((((.....))))...)))))....................((((((..(((((((((.((((.((((.....)))).....(((..(((....))).)))....)))))))))).)))...))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.((((...................)))).))))))..........((((((((((.(((((...................((((..(((((((..(((((.......)))))...((((((((((((....(((((....)))))))))))))))))........)))))))..(((((...((((.....))))...))))).........((((.....)))).)))).......((((((...((((.....))))........))))))....................)))))))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(...((((((.(.(((((.(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))((.((.(((.((((((...((((((((....).)))))))((((..((((((.(((........))).))))))..))))..........))))))))))).))......))))).)..))))))..............(((((.((((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))).)))))).......).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((..(((.(((.((((.(((.((.....)).))).)))).)))((((((((((............)))))))..)))........)))...((((..(((((((....((((((....)).)))).(((((..((((((.(((........))).))))))..)))))........)))))))..(((((...((((.....))))...)))))...................)))).))).)))).((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).))))))))...(((...((((.((.(((......))))))))).))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))........((((((.(......).))))))))).((((((((....)).)))))).....))))((((((.((((....)))))))(((((((.....)))))))....))))))).)))))))))))((((((....)).....(((((...((.....))((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))..))))).....))))..)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((..((((......))))).))))).))))....(((((((((((((......)))))))))))..)).((((((((.(......).))))))))..(((((((((..)).))))))).).((..(((((.((..((((((((((((.(...........))).))))))))))..))))))))).(...((((((.(.((.....))).)))..)))....).((((((((((((((((((..((((.....((((((((((..))))))).))).((((..)).)))))).)))))).))))).)))))))(((((.....))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.(.((((..(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))((.((.(((.(((((((...(((((((....).)))))).((((..((((((.(((........))).))))))..)))).........)))))))))))).)).......)))).)..))))))..................((.(((((((..(((((((((.((((..........................................)))))))))).)))...)))))))))..............))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..((..(..(((.(((..((((..(((....))).))))(((((((............)))))))............)))((.((.(((.((((((...((((((((....).)))))))((((..((((((.(((........))).))))))..))))..........))))))))))).))..)))..).))..)))...(((....(((((..((....)).(((((((..(((((((((.((((.((((.....))))..((.(((..(((....))).))).)).)))))))))).)))...))))))).))))).......)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.(((.((.....)))))..(((...((....))..))).(((((((............))))))).............))).(((....)))...((((.((((((.......)))))).((((((.....((((.((((....)))))))).(((((.....)))))..........(((((...((((.....))))...))))).........((((.....)))).((((....(((((.....))))).(((((.((..........)))))))..............)))).))))))...))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((.((.....))))).((((((((((.....(((((({{{{{{{))))))......}}}}}}}............)))).(((....))).......((((((((....)).)))))).......))).((((.((((....))))))))<<<<<<)))..>>>>>>....)))).(((((...((((.....))))...))))).........(((((...[[[[))))).....(((((.....))))).(((((.((..........))))))).((((....(((....)))]........)))).....(((]]]....)))..))))))).... |