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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00343



RNA: TMR_00343
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((..(((..((((((((((........)))))............................................(((((((((........))))..((((((((.((((............))))((((....)))).))))))))...)))))......(((((((...((((((((....................))))))))(((((.((((((((........)))))))).)))))........)))))))......))))).....))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((.((((((((..(((..((((........))))..)))..)))))))).))).))))............((..((((.(.((((....)))).).))))....))((((((........))))))((((((((.((....((((....))))))((((....)))).)))))))).........((((.(((((((((((((...)))))))))))))...))))..........(((((.((((((((........)))))))).)))))............(((((...(((.......)))..)))))(((..(.......((((((........)))))))))).....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((....)).)))(((((...)))))(((((.(.((((((((........))))................((((...((((....))))...))))...(((((((((........))))..((((((((.......((((....))))..((((....)))).))))))))...))))).((((.(((((((((((((...)))))))))))))...))))..)))).((((((((.((..((((........))))..)).)))))............(((((...(((.......)))..))))))))).)))))....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...)))))))..((((((((((...)))))((..(.....((..)).((((((.((......).))))))).((..)))..))(((((.((.(.(.(((((((.((((((((........))))))))))(((..(((..))).(((((((((.(((((((.......))).)))))))).))))).((..((((((((((((...))))))))))))......((..))..))(((((((((((((((((......))))))))))))))).))..(((..))).))).))))).)).))((((.(((..)))))))))))).((((((((...)..)))))..)).)))).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(.((.(((((...))))).)).)...............((.((((..................(((...((((....))))...))).....((..((((........))))..((((((((.......((((....))))..((((....)))).)))))))).....))..((((.(((((((((((((...)))))))))))))...)))).)))).))..(((((.((..((((........))))..)).)))))............(((((...(((.......)))..)))))..............(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((..((((.(((((((((.((((.((..(((((....(((((........)))))...............((((...((((....))))...))))..))))).)).))))...........((((((((.......((((....))))..((((....)))).)))))))).........((((.((((((((((..(...)..))))))))))...))))...)))))))))...((((((((..((((.(((((..((.....))...)))))....(((((...(((.......)))..)))))..))))..))))))))....))))..))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....)))).....(((.((((.....))))...((((........))))...)))...................((((...((((....))))...))))...(((((((((........))))..((((((((.......((((....))))..((((....)))).))))))))...))))).((((.((((((((((((.....))))))))))))...))))..(((.....))).(((.(((((.((((((....))))))...(((................)))..............((((.....))))..))))).(((((.......))))).))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....))))))...(((((.(((...[[[[[))).(((....(((((.{{{{{..))))).......}}}}}...((((...((((....))))...))))...(((((((((........))))..((((((((.......((((....))))..((((....)))).))))))))...))))).((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))).((((.....))))]]]]]..))).(((((....)))))....(((............<<<.)))..............((((>>>..))))...(((.aaaaaa.)))....AAAAAA..)))))..