|
|
|
GGGGGCGUAAUGGUUUCGACGGGGGUAGCAUUGGCAGUAGUAGCCAGGCGAGAUCCCACCGGCUCGUUAAACGGUGGAACGGCUAUUAAGUGCCGACGAUAAUUUAGCUCUGGCUGCUUAAUUAAAAAGUAGCCCAUCCGUCUGGUCCUGGCCUGCGGGGACCAGUACCGGGUGUCAAAUCUAGCAGGCUACCGGCAAGGCCCCGGCCCGGGGGCCUGAAGGGAAUCUCAAGCGGGCUGGCCCGAGGGUAUCCGGUUUCCGGGAGACCCGACGGCGAGAUUGAAAACGGAAACUAUCCUGGUAGAAGCUACUGUGGAUGUACCUUCGGACGGGGGUUCGACUCCCCCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((.((((((((..(((((((((...{{{{{{.)))).....}}}}}}..................................((((((((.......))))))))((((((.(((((((([[[[[[[.))))))))...)))))).........]]]]]]].((..((.((((((aaaaaa))))))))..))..........AAAAAA...(((..((..((..<<<<<<<))....))..)))............>>>>>>>...))))).....)))))))).))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((((..((((((((.((((((.(((...((((((..........))))))..((((........))))............))).((((((((.......))))))))..(((((..((((..((((((((((..((....((((..(((..........)))..))))..(((((((......)))))))....))...)))..))))))).(((...((((..((((...))))...))))...)))..))))....)))))......))))))....))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((..((...((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).................((....(((((((......)))))))...))...((((...((((....)))).((((.(((((...)))).).))))......)))).............))..))))))....)))))))).))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......((((((((..(((((................................................................((((((.........))))))...................................................................................................................................................................))))).....)))))))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..((((.((((((((..((((((.((((.((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))....)))).)...(((..(((...(.((((((.(((((.((((...(((...(((....)))....)))..)))).)))))...))))).).))))..))).....................))))).....)))))))).)))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(..((..(((((((.(((((.((((((((.((((((..((.((((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).................((....(((((((......)))))))...)).((((((...(((((()))))).((((.(((((...)))).).))))......)))))).......))..))..))))))....)))))))).)))))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......((((((((((((..(((((...[[[[[[.)))))....]]]]]]..((((..[[[[[[))))......]]]]]]....((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))............))))...(((.[[[[[[[.)))..]]]]]]]......((((((.......[[[(((...((((.(((((...)))))..))))...))))))))).....]]]...((((....))))..)))))))).....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((((.((((((((.((((((..((.(((.((((..........))))))).((((........))))................((((((((.......))))))))(((((((((((((((........)))))))).).))))))((((.(((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))....((....))..)).)).)))))((.((((.(((((...)))))..))))..)))).))))))).........))..))))))....)))))))).))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((((.((((((((.((((((.......(((((({{{{{{....))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))..................((...[[[[[[[....))]]]]]]]..............}}}}}}..(((...((((.(((((...)))))..))))...))).....................))))))....)))))))).))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((..((...((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))(((((((((((((((........)))))))).).)))))).(...(((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))....((....))..)).)).)))))((.((((.(((((...)))))..))))..)))).)))..)..........))..))))))....)))))))).))))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((.((((((((..........((((((..........))))))...))))))))..))))))........(((((..((((((((.......))))))))((((((.(((((((([[[[....))))))))...))))))..............(((((((..(((((((]]]]..)))))))......((((((...(((((..))))).((((.(((((...)))))..))))......))))))................))))))).))))).........))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((............)))))..........(...(....................((.((((.......)))).)).((((((.(((.(((..........))).)))...))))))...................((((((((............))))))))..................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((............)))))..........(...(....................((.((((.......)))).)).((((((.(((.(((..........))).)))...))))))...................((((((((............))))))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((.(((((.((((((((.((((((.(((...((((((..........))))))..((((........))))............))).((((((((.......))))))))..((((((((((.((((((.....)).)))).)))))...((.(((((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))...(((...)))..)).)).)))))...((((.(((((...)))))..))))....)).)))))))..)))))......))))))....)))))))).))))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((.....(.((((((..........))))))).((((.((...))))))................((((((((.......))))))))((((((((((((((((.....).)))))))).).))))))(((.((((....(((((((....(((((((......))))))).................)).)))))...((((.(((((...)))))..)))).......))))))).............))))))....)))))))).))))))))))))...((((((...).))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((..........((((((((((...((((((..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))..............))))))...(((((((......))))))).............)))))))))).....((((.(((((...)))))..))))...........................))))))....)))))))).))))))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.((((.((...(((((((((((......((((((..........))))))..((((........))))...........)).))))))))).........((((((.((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).....((((.((((...((..((.((((((......))))))))..)).((((((...((((....)))).((((.(((((...)))))..))))......))))))......(....)...)))).)))).)))))))).))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((..((((((((...(((((.((.(((((.......)))))))...))))).((((((((((...((((((..((((........))))...........(((..((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))........)))...))))))...(((((((......))))))).............)))))))))).(((.((((.(((((...)))))..))))..)))))))))))...))).....(((((((((((...)))))).)))))..)))).(((((((((........))))))..))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((.(((((.((...(((((((((((...(((((((((..........))))))..((((........))))..)))......)).))))))))).........((((((.((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).....((((.((((...((....(((((((......)))))))...)).((((((...((((....)))).((((.(((((...)))))..))))......))))))......(....)...)))).)))).)))))))).))))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((...))..((((((((.(((((((((((((((.((((((.((.(.((((((((......)))))))).((((((((((((((((((....(...)...)).))).))))))..((..))))))).))(((.((((((((........))))))))...((((.(.....((((.((((((((((((.(((..)))).))))))))))).).)))...............))))))))..((((((((((((((..)))((......)))..)))))))))))))).)))))....)))))))))))))))))))))))..((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((.(((((.((((((((.((((((...............................((((........))))................((((((((.......))))))))(((((((((((((((.(....).)))))))).).)))))).......................(((((((......)))))))............................((((..((((...))))...))))..................(....)...))))))....)))))))).))))))))).))...(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((.((((..((((((((.((((((.(((...((((((..........))))))..((((........))))............))).((((((((.......))))))))..((((((((((.((((((.....)).)))).)))))...((((.(((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))....((....))..)).)).)))))...((((.(((((...)))))..))))....)).)))))))..)))))......))))))....))))))))..)))))))..))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))...((((((....(((((.......)))))...((((.((((((..........))))))..((((........))))......)))).(((..((((((((.......))))))))..(((((((((((((........))))))))..((((...((..........))...))))..(((((((......)))))))......((((((...((((....)))).((((.((((.....))))..))))......))))))....)))))..((((....)))).))).....((((......))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))...(((((((((..((((.......)))).(((((...{{{{{{.)))))....}}}}}}..((((...<<<<<))))......>>>>>.....((((((((.......))))))))..(((((..((((((.[[[[[[.))))))....((((............]]]]]]..))))..(((((((......)))))))......((((((...((((....)))).((((.((((.....))))..))))......))))))....)))))..((((....))))..)))....((((......))))...(((((.......))))).)))))).... |