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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00345



RNA: TMR_00345
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((..((((((((.((((((.(((...((((((..........))))))..((((........))))............))).((((((((.......))))))))..(((((..((((..((((((((((..((....((((..(((..........)))..))))..(((((((......)))))))....))...)))..))))))).(((...((((..((((...))))...))))...)))..))))....)))))......))))))....))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((..((...((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).................((....(((((((......)))))))...))...((((...((((....)))).((((.(((((...)))).).))))......)))).............))..))))))....)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((..(((((................................................................((((((.........))))))...................................................................................................................................................................))))).....)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.((((((((..((((((.((((.((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))....)))).)...(((..(((...(.((((((.(((((.((((...(((...(((....)))....)))..)))).)))))...))))).).))))..))).....................))))).....)))))))).)))).)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(..((..(((((((.(((((.((((((((.((((((..((.((((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).................((....(((((((......)))))))...)).((((((...(((((()))))).((((.(((((...)))).).))))......)))))).......))..))..))))))....)))))))).)))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((((((..(((((...[[[[[[.)))))....]]]]]]..((((..[[[[[[))))......]]]]]]....((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))............))))...(((.[[[[[[[.)))..]]]]]]]......((((((.......[[[(((...((((.(((((...)))))..))))...))))))))).....]]]...((((....))))..)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((((.((((((((.((((((..((.(((.((((..........))))))).((((........))))................((((((((.......))))))))(((((((((((((((........)))))))).).))))))((((.(((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))....((....))..)).)).)))))((.((((.(((((...)))))..))))..)))).))))))).........))..))))))....)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((..((...((((((..........))))))..((((........))))................((((((((.......))))))))(((((((((((((((........)))))))).).)))))).(...(((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))....((....))..)).)).)))))((.((((.(((((...)))))..))))..)))).)))..)..........))..))))))....)))))))).))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.(((((.((((((((.((((((.(((...((((((..........))))))..((((........))))............))).((((((((.......))))))))..((((((((((.((((((.....)).)))).)))))...((.(((((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))...(((...)))..)).)).)))))...((((.(((((...)))))..))))....)).)))))))..)))))......))))))....)))))))).))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((.....(.((((((..........))))))).((((.((...))))))................((((((((.......))))))))((((((((((((((((.....).)))))))).).))))))(((.((((....(((((((....(((((((......))))))).................)).)))))...((((.(((((...)))))..)))).......))))))).............))))))....)))))))).))))))))))))...((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((((.((((((((.((((((..........((((((((((...((((((..((((........))))................((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))..............))))))...(((((((......))))))).............)))))))))).....((((.(((((...)))))..))))...........................))))))....)))))))).))))))))))))...(((((......))))).)))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((..((((((((...(((((.((.(((((.......)))))))...))))).((((((((((...((((((..((((........))))...........(((..((((((((.......))))))))((((((.((((((((........))))))))...))))))........)))...))))))...(((((((......))))))).............)))))))))).(((.((((.(((((...)))))..))))..)))))))))))...))).....(((((((((((...)))))).)))))..)))).(((((((((........))))))..)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.(((((.((...(((((((((((...(((((((((..........))))))..((((........))))..)))......)).))))))))).........((((((.((((((.((((((((.(....).))))))))...)))))).....((((.((((...((....(((((((......)))))))...)).((((((...((((....)))).((((.(((((...)))))..))))......))))))......(....)...)))).)))).)))))))).))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((...))..((((((((.(((((((((((((((.((((((.((.(.((((((((......)))))))).((((((((((((((((((....(...)...)).))).))))))..((..))))))).))(((.((((((((........))))))))...((((.(.....((((.((((((((((((.(((..)))).))))))))))).).)))...............))))))))..((((((((((((((..)))((......)))..)))))))))))))).)))))....)))))))))))))))))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((((.(((((.((((((((.((((((...............................((((........))))................((((((((.......))))))))(((((((((((((((.(....).)))))))).).)))))).......................(((((((......)))))))............................((((..((((...))))...))))..................(....)...))))))....)))))))).))))))))).))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((((..((((((((.((((((.(((...((((((..........))))))..((((........))))............))).((((((((.......))))))))..((((((((((.((((((.....)).)))).)))))...((((.(((.((.(((((((.((.(((((((......)))))))....((....))..)).)).)))))...((((.(((((...)))))..))))....)).)))))))..)))))......))))))....))))))))..)))))))..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))...((((((....(((((.......)))))...((((.((((((..........))))))..((((........))))......)))).(((..((((((((.......))))))))..(((((((((((((........))))))))..((((...((..........))...))))..(((((((......)))))))......((((((...((((....)))).((((.((((.....))))..))))......))))))....)))))..((((....)))).))).....((((......))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))...(((((((((..((((.......)))).(((((...{{{{{{.)))))....}}}}}}..((((...<<<<<))))......>>>>>.....((((((((.......))))))))..(((((..((((((.[[[[[[.))))))....((((............]]]]]]..))))..(((((((......)))))))......((((((...((((....)))).((((.((((.....))))..))))......))))))....)))))..((((....))))..)))....((((......))))...(((((.......))))).))))))....