|
|
|
GGGGAUGUUCUGGCUUCGACGCUGGUAGCGAAACCUAAUGAUGCAUGUCAAGAGCGUGUGACUCUUGUAAAUCAACAUACAUUUAAAAUAGUCGCAAACGACGAAACUUACGCACUAGCAGCUUAAGGGCUGCUUAGGACGGCACAAAUUGCCUUUGGUUUGGUUGCUCUCCUAGAUGCGAAUGCACAAAGGAUAGCCAAAAUUAGCGUUGCGAUGAUUUUGGCGAAAUUCUUAGCAAAUCGUCCAAUCCAUCCUGACUGUCGGUUCGGUGCGGAUUAAAGCCAUAGACAGAAUCUAAGCAUGUAGAUUCAUAGAUGUAGUACUGGCGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCAUCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((........(.(.(((.((((((((((..[[[[[..)))))..........]]]]]..................................((((((((..))))))))(((((.((((..((.(.aaaaaa).))...)))).)))))............AAAAAA...((((((((((...{{{{..))))))))))..........}}}}...((((..(.(...((<<.<<<<))....).).))))..........>>>..>.>>...)))))...)))..).)......))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.......(((.((((((((((..(((..((((((....((((........)))).........((((....)))).....))))))...(((((((....)))))))(((((.((((.....))))..(((.(((((((((.((((...(((....)))...))))..((((((((((.........)))))))))).........))))).....)))).)))))))).(((((((((.............))))...)))))..)))..)))))))...))))))......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(........)..........................((((((.......)))))).......................((((....)))).........((...(((((((....)))))))(((((.(((((((((((....)))))))..)))).)))))...)(((.(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))).............................)..................(((((((......))))))).....................(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((................(((((.((((((.......)))))).......................((((....))))..............(((((........)))))..............................................................(.........................)...................(((...(((.((........)).).))...)))........................))))).................)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(.(((.(((..(((((((((((.......))))))...............................................(((((((((....)))))).)))...(((........(((((((((..((..((.....))..)).)))...))))))...((((((((((.........)))))))))).................((((...(((.((........)).).))...))))....)))...............))))).....)))))).)....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..............(((.((((((((((.......)))))).......)))).)))........((((....))))........(((((((((((((....)))))))(((((.(((((((((((....)))))))..)))).)))))...((((.(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))........................)))))).................(((((((......)))))))...........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((...[[[))))).))).................]]]....((((((((((....(((((........)))))....)))))))..........[[[[)))...(((((((....)))))))]]]]..(((.[[[[[[)))...]]]]]].((((..[[[[....))))........]]]]..((((((((((...[[[[..))))))))))..........]]]]...............(((((((..[[[[)))).))).....]]]].......(((((((.[[[[.)))))))....]]]].........(((.[[[[[)))....]]]]]........... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((......)).((((((.(((((.((.((((.((((((((((.......)))))).......)))).)))).......((((....))))........((..(((((((((....)))))).)))..))(((.....))).)).))))).))))))......(((((((.(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))...))).((((..((((......))))..))))....((((((.((((((((((......))))))).....)))..)).))))....(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....................(((((...{{{{{{)))))(((((........))))).....}}}}}}...............(([[.(((((((....)))))))(((((.(((((((((((....)))))))..)))).)))))...))....((...((((((.((((((((((.........))))))))))...)))))).))................................]]....................(((((((......)))))))..........))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((((((((.((.(((((....(((......((((((.......)))))).............))).......((((....))))............(((((((((....))))))).))...((((.....))))...))))).)).(((.((((...(((....)))...)))).)))....)))))))))).((((((((..((..........))))))))))..((....((..((((......))))..))))..))))))......(((((((......))))))).....................(((((.......)))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....................((((((.......))))))..........((((((((.....((((....))))........((((((((((((((..))))))))..((((((.........((((((......((((..........)))).....))))))...((((((((((.........))))))))))...............))))))........((((...))))...)))))).................(((((((......))))))).)))))))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((..(((.((((((.......(((((...............))))).........(...(.....................((((((........)))).)).....(((((((..........))))..)))............................((((((((.............)))))))).................(((((((((.(((........)))..)))))))))..................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((..(((.((((((.(.....(((((...............))))).........(...(.....................((((((........)))).)).....(((((((..........))))..)))............................((((((((.............)))))))).................(((((((((.(((........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.(((.....))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((((((((.(((((.(.......(((.((((((.......))))))[[[[[...)))..]]]]].....((((....))))............(((((((((....))))))).))...((((.....))))..)))))).)))(((.((((...(((....)))...)))).)))....)))))))))).((((((((................)))))))).((((.......((((......))))...)))).))))))......(((((((......))))))).....................(((((.......)))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....((((....))))........(((((((((((((....)))))))..((((((.........((((((......((((..........)))).....))))))...((((((((((.........))))))))))...............))))))......................)))))).................(((((((......))))))).)))))))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.(((.....))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((.(((......)))))..((((........((((.((((((((((.......)))))).......)))).))))........))))....(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).....)))))).((.....))..((((.((((....((((...((((((((((......))))))).....))).....))))....(((((.......))))).)))).)))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.(((.....))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((.(((((..(.....((..(..(((((((.(..((((((.((..))))))))..)).)))))))..)).(((........)))((..(((.(.(....(((((((((((..)))))))).))).((((.((((((......))))))))))((((((((..((((..))))..))))))))(((((((.............)))))))..)).)))..))..)).))))((((((..(((..........).))...)))))))))))).)))))((((((..((..))))))))..(........).(((.(((.((((((...)..)))).)...))).))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.((((...)))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((..((((((((........)))))..)))..)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((..((.....))..))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((......))))).)))....((((.((((....))))...(((((.......((((........)))).........((((....))))......)))))....((((((....)))))).))))..((((.....)))).(((((....((((((.....)).))))..)).))).(((.(((..........)))..(((((((...((..........)).)))))))...))).(((..((((......))))..))).....((((.(((.....)))..((((............)))).....))))....(((((.......))))).)))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((......))))).))).........((((....)))).(((..aaaaa))).((((..AA.AAA)))).........((((....))))........(((((((((((((....)))))).)))...((((.....))))<<<<<<<((({{{{{...)))..))))(((((.........)))))}}.(((}}}>>....)))...((((((.......>>>>>.))).))).(((...(((((.....)).)))...))).....((((((((..[[[)))).((((.....]]]....)))).....))))....(((((.......))))).)))))).... |