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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00346



RNA: TMR_00346
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.......(((.((((((((((..(((..((((((....((((........)))).........((((....)))).....))))))...(((((((....)))))))(((((.((((.....))))..(((.(((((((((.((((...(((....)))...))))..((((((((((.........)))))))))).........))))).....)))).)))))))).(((((((((.............))))...)))))..)))..)))))))...))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(........)..........................((((((.......)))))).......................((((....)))).........((...(((((((....)))))))(((((.(((((((((((....)))))))..)))).)))))...)(((.(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))).............................)..................(((((((......))))))).....................(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(.(((.(((..(((((((((((.......))))))...............................................(((((((((....)))))).)))...(((........(((((((((..((..((.....))..)).)))...))))))...((((((((((.........)))))))))).................((((...(((.((........)).).))...))))....)))...............))))).....)))))).)....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..............(((.((((((((((.......)))))).......)))).)))........((((....))))........(((((((((((((....)))))))(((((.(((((((((((....)))))))..)))).)))))...((((.(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))........................)))))).................(((((((......)))))))...........)))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((...[[[))))).))).................]]]....((((((((((....(((((........)))))....)))))))..........[[[[)))...(((((((....)))))))]]]]..(((.[[[[[[)))...]]]]]].((((..[[[[....))))........]]]]..((((((((((...[[[[..))))))))))..........]]]]...............(((((((..[[[[)))).))).....]]]].......(((((((.[[[[.)))))))....]]]].........(((.[[[[[)))....]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((......)).((((((.(((((.((.((((.((((((((((.......)))))).......)))).)))).......((((....))))........((..(((((((((....)))))).)))..))(((.....))).)).))))).))))))......(((((((.(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))...))).((((..((((......))))..))))....((((((.((((((((((......))))))).....)))..)).))))....(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((((((((((.((.(((((....(((......((((((.......)))))).............))).......((((....))))............(((((((((....))))))).))...((((.....))))...))))).)).(((.((((...(((....)))...)))).)))....)))))))))).((((((((..((..........))))))))))..((....((..((((......))))..))))..))))))......(((((((......))))))).....................(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....................((((((.......))))))..........((((((((.....((((....))))........((((((((((((((..))))))))..((((((.........((((((......((((..........)))).....))))))...((((((((((.........))))))))))...............))))))........((((...))))...)))))).................(((((((......))))))).)))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((..(((.((((((.......(((((...............))))).........(...(.....................((((((........)))).)).....(((((((..........))))..)))............................((((((((.............)))))))).................(((((((((.(((........)))..)))))))))..................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.(((.....))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((((((((((((.(((((.(.......(((.((((((.......))))))[[[[[...)))..]]]]].....((((....))))............(((((((((....))))))).))...((((.....))))..)))))).)))(((.((((...(((....)))...)))).)))....)))))))))).((((((((................)))))))).((((.......((((......))))...)))).))))))......(((((((......))))))).....................(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....((((....))))........(((((((((((((....)))))))..((((((.........((((((......((((..........)))).....))))))...((((((((((.........))))))))))...............))))))......................)))))).................(((((((......))))))).)))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.(((.....))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((.(((......)))))..((((........((((.((((((((((.......)))))).......)))).))))........))))....(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).....)))))).((.....))..((((.((((....((((...((((((((((......))))))).....))).....))))....(((((.......))))).)))).)))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.(((.....))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((.(((((..(.....((..(..(((((((.(..((((((.((..))))))))..)).)))))))..)).(((........)))((..(((.(.(....(((((((((((..)))))))).))).((((.((((((......))))))))))((((((((..((((..))))..))))))))(((((((.............)))))))..)).)))..))..)).))))((((((..(((..........).))...)))))))))))).)))))((((((..((..))))))))..(........).(((.(((.((((((...)..)))).)...))).)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((.((((((((((......))))))..)))).)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((.((((...)))).))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((...........((((......((((((.......))))))...))))...((((((((.....(((......(((((......((((..(((((((....)))))))(((((..((((((((........)))))..)))..)))))..))))..(((...((((((.((((((((((.((...)).))))))))))...)))))).)))..))))).(((((..((..((.....))..))...))))).........))).(((((((......))))))).)))))))).)))..)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((......))))).)))....((((.((((....))))...(((((.......((((........)))).........((((....))))......)))))....((((((....)))))).))))..((((.....)))).(((((....((((((.....)).))))..)).))).(((.(((..........)))..(((((((...((..........)).)))))))...))).(((..((((......))))..))).....((((.(((.....)))..((((............)))).....))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((......))))).))).........((((....)))).(((..aaaaa))).((((..AA.AAA)))).........((((....))))........(((((((((((((....)))))).)))...((((.....))))<<<<<<<((({{{{{...)))..))))(((((.........)))))}}.(((}}}>>....)))...((((((.......>>>>>.))).))).(((...(((((.....)).)))...))).....((((((((..[[[)))).((((.....]]]....)))).....))))....(((((.......))))).))))))....