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GGGGGUGUAAUGGCUUCGACAGGCACUGGAUUUAAUAAAUUGCAGUGGUUGGUAACCUAAAACCAUCUAGGCUUUUUUAAACGGAAACUUAGAAACUUCUGAAGACAAGAAACUUGAUCUUCAAUUUGUGAUGAACUCACAAACACAACAAAAUCUACUAUUUGCUUAAUAAAUCGUAGUCAGGCGAAUAUAUUAGUUUCAAAUAUUUGCUUUGUCGCUUAGGAACUAUGCCUUAACUAAAGUAGCUAAGUUAAGUGUUAAAUAAUUGCUACUCAAAUUUAUUGACAUUUGUUAAUUAGAUAAAUAAAUGGGUCUUUCACUUAAUUAACUAAACUUGUAGACAUUUAUUAAUGAAAGUGUGUGGACCGGGGUUCGAUUCCCCGCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((....)))).......((((((((((..((((((.(((........))).((((((.(((((.....)))))))))))......((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))...........((((.(((((.....))))).)))).(((((((((((...........)))))))).)))..((.(((...))).))(((((((..........)))))))............))))))..))))))))))((((((((.........))))))))(((((..(((((.(((((.((((..((....)))))))))))..)))))...)))))((((......)))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........................................((((........)))).(((((................))))).......((((((((((...)))).)))))).(((((((.....))))))).......................................(((((((((...........)))))))))......................((((....[[[[[...))))..............]]]]].............((((((((.........))))))))(((((..(((((.(((((.((((..........)))))))))..)))))...)))))((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............(((((....(((((((((.....(((((..........)))))((((((................))))))......((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))..........(((((.......(((((((((((((((.((((((((((...........))))))))))............))))))..........((((((.....................))))))...))))))))).....(((((((((.....................))))))))).......))))).)))))))))....)))))......(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((((((((..........((((..((..(((.((((........)))).))).))...))))....((((((((((......((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))..........)))).(((((((((.((........)).)))))))))....)))))).......))))).))))....((((....((((............((((..((((((((((..((((........))))..))))))))))....))))...........(((((..(((((.(((((.((((..((....)))))))))))..)))))...))))).))))....))))..)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.....(((....))).........((((((((((.((((((((((........))))((((((.(((((.....)))))))))))......((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))...........((((.(((((.....))))).)))).(((((((((((.((......)))))))))))).)...(((((..(((....[[[[[....)))..)))))]]]]]............))))))).))))))))).((((((((.........))))))))(((((..(((((.(((((.((((..........)))))))))..)))))...)))))((((......)))).)))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..............(((((....((((((((((((((((((((((..(((((.....((((((.(((((.....)))))))))))......((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))...........((((.(((((.....))))).))))..((((((((((...........))))))))))......)))))......((((............((((..((((((((((..((((........))))..))))))))))....))))..........))))..........))))))))...))))))...))))))))....))))).......((((......)))).)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((..((((..((((....((((((((....(((.((((((((........)))..((((((..........(....)...((((((..((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))...............(((((((((.((........)).)))))))))....))))))................)))))).))))))))(((((((..........)))))))))))))))...))))((((..((((((((((....))))).))))).........(((((..(((((.(((((.((((..((....)))))))))))..)))))...))))).))))))))..))..)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((..((((..((((....((((((((....(((.((((((((........))).(((((((..........(....)...((((((..((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))...............(((((((((.((........)).)))))))))....))))))................)))))))))))))))(((((((..........)))))))))))))))...)))).(((...........((((((((.........))))))))(((((..(((((......(((......))).((((....)))).)))))...))))))))..))))..))..)))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......))))).(((((((((((((((...))))).)))))))))).(((((((((.(.((((((..(((........))))))))).).)).((((((((((...)))).))))))(((((((((..)).))))))).(..((((..((((....(........)...))))..(((((........)))))((((..)))).))))..).)))))))(.((((((((((..((......)))))))).))))(((((.............))))).(((..))).(((...)))((((((((..(((.................((..)))))))))))))....)...((.(((((.((((((...)..)))))....))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((..................................................................................((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))................(((((((................)))))))..............................................................................................(((....))).................(((((..(((((................................)))))...))))).......))......)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((..((((..((((....((((((((....((..(((.((((........)))).))).)).............(((((((..((((.((((((((((...)))).)))))).(((((((.....)))))))...........((((.(((((.....))))).))))..(((((.......(((((((........((......))...))))))))))))......))))..)))))))...))))))))...))))((((..((((((((((....))))).))))).........(((((..(((((.(((((.((((..((....)))))))))))..)))))...))))).))))))))..))..)))))))).... |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((....(((......))).(((((((.....)))).))).(((.(((........))).((((((.((((.......)))))))))).)))..((((((............))))))...(((((.....))))).))))............((((.....))))..((((......)))).((((.((((..((((.......))))..((((((..............))).))).)))).(((.(((...........)))..((((.....)))).(((((((.....)))))))...(((((.....)))))........))).)))).((((((........))))))(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((....(((..[[[[))).(((.(((.....)))(((.bbbbbb.))).((((.BBBBBB.))))...((((.....))))..)))....((((..{{{..))))..(((.}}}.)))..(((((aaa..))))).))))..(((...((((ccccccccc........))))..CCCCCCCCC.(((....AAA)))..)))...]]]]((((((.........ddddd))).((((((....DDDDD<<<<<<<<....))))))...>>>>>...>>>.(((((.....))))).....(((((.....)))))..................((((....))))..)))..(((((.(((((.......)))))....))))).. |
