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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00352



RNA: TMR_00352
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((.........((((....((((((((((.((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((((..((......)).))...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).)))))))......)))).........)))))....((((......)))).))))))...).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((..((((....)))).((((.......(((((......)))))((((...(((((((....((((.((((.....((((...(((..(((...))).(((...((((.....))))(((((.(((((((....((((((..((((((....(((........)))..))))))...)))))).((((((....)))))).)))))))))))).....))))))...((((..(((((........))))))))).....))))....))))))))...((((((.......))))))...)))))))..)))).(((.(((((((((((((...((((((.....((((..................))))...))..))))........)))))))))))))))).))))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)))))((((....))))............................(((((..(((..........))).)))))...........(((.((.....)).)))....(...((.....(((((.((.((((((.(.......)))))))..)).)))))......))..).(((((((((..((((((....)))).))))))))))).....................((((.((((((.((.(.((((((.((((.............(((((...(((((((((.......)))))..............................(((...........................))).......))))...)))))...............)))).)))))).).)).)))))).))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((............(((....((((((.........(((.....................)))............(((.((.....)).))).........................(((..............))).......................(((((((((...................))))))))).....................((((..(((((........)))))))))........................((((((.......))))))...................................................................))))))......)))............))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((.........((((....((((((((((((.....))))))....((((.......((((((.............................(((((.....)))))........(((.((((.....)))))))))))))..((((....(((....(((((((((..((.(((......))))))))))))))...))).........))))..((((..(((((........)))))))))..............((((((..(((.((((((.(.((((((...(.(.(.......).).)....)))))).)))))))....)))..)))..))).....)))).....))))))......)))).........)))))....((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)))))(((((())))))........................(((.(((((..(((.((.....))))).))))))))........(((.(((...))).)))...(((..((...(.(((((.((.((((((.((.....))))))))..)).))))).)....)).)))(((((((((..((((((....)))).))))))))))).....................((((.((((((.((.(.((((((.((((.............(((((...(((((((((.......)))))............................(((((((.......................))))))).....))))...)))))...............)))).)))))).).)).)))))).))))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((.........((((....((((((((((.((((((((..(((.(((...)))))).))))............(((.(((...))).)))....(((..(((((((((((.((.(((((.((((...)))))))))..)).))))).(((..(((...(((((((((......(((((...)))))))))))))).....)))..)))........((((..(((((........)))))))))..............))))))))).((((((.......))))))...((((.....((((((((..((((......)))).))))..))))...))))...)))).))).)))))))......)))).........)))))....((((......)))).))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((...................[[[[....[[[[[[[.......(((((...................)))))...........(((.(((...))).)))...(((.......)))........(((((.((.......)))))))...................)))(((((((((..((..(({{{.))}}}))))))))))).((((((..............((((..(((((........)))))))))........................((((((.......)))))).)))))).............((((((((((((((................................]]]]]]]......]]]]..........)))))))))))))).........))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((.........((((....((((((((((.((((((((..(((.(((...)))))).)))))...........(((.(((...))).)))....(((..(((((((((((.((.(((((.((((...)))))))))..)).))))).(((..(((...(((((((((..((.(((......))))))))))))))...)).)...)))........((((..(((((........)))))))))..............))))))))).((((((.......))))))...((((.....((((((((..((((......)))).))))..))))...))))....))).))).)))))))......)))).........)))))....((((......)))).))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((((..))))).((((...(((((.(((((((.(((((((...(((((((.......(((...(((............))).((((............))))...((((((......(((((.(((((((...)))))))....((((((((((((........(((((((((......(((((...))))))))))))))....................)))))....))))))).....))))).................))))))))).((((((.......))))))))))))).....(((((.......[[[[[[[[[[....))))).)))))))...............)))))))....................]]]]]]]]]].))))).))))..))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((((((.(((((((d((...aaaa....aaaaaaa.aa)D))))))(((((kk.kkkk)))))...eeeee(..cccc...cc(..ii..i(llllll(..{{{{{{.{{{{{{{{{{{))))))))))((((((((.KKKK(()EEEEE}}}}}bbb(..gg....ggggggggg)))))(((((((((AA.))GGGGGGGGGffffffff.)))))))))..)BBB.(((((((.)II....))))))))A.....ICCC)C...}}}}}}.mmm((((((.)LLLL.))))))FFFFFFFF.....((((((.hhhhhhhhhhhhh(CC.}}}}}}..jj.))))))...GG.[[[[[.AAAAAAA....LLAAA))))..KK...)JJHHHHHHHHHHHHH]]]]]..)))))))).MMM
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.((.((((((.(.......(((((.................)))))........(...(...................................................................................................((.((((.........................)))).))....((((...(((..........))).))))................(((((((..........)))))))..............(((((((((...(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((.........((((....((((((((((.((((((.((((((........(((.((((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((((..((......)).))...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).)))))))......)))).........)))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.........((((....((((((((((.((((((((..(((.(((...)))))).)))))...........(((.(((...))).)))....(((..(((((((((((....(((((.((((...))))))))).....))))).(((.((((...(((((((((........(((...)))..)))))))))...)).))..)))........((((..(((((........)))))))))..............))))))))).((((((.......))))))...((((.....((((((((..((((......)))).))))..))))...))))....))).))).)))))))......)))).........)))))....[[[[.)))))]]]].))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((.........((((..(.((((((((((.((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((...(..((....))..)...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).))))))).)....)))).........)))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((.......)).))))..))....(((....(((((((.(((((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((((..((......)).))...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...(((((.....((((......))))..))))).))))))).((......))....)))))))......)))((.......)))).(((((((((.......)))))...))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.((.....(((....))).((((..(.((((((((((.((((((.(((((((.......(((.(((((.....((((...(((..(((...))).(((...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((...(..((....))..)...))))))...)))))(.((((((....))))))))))))))))))).....))))))...((((..(((((........))))))))).....))))....))))))))...((((((.......)))))))))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).))))))).)....))))......)).)))......((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((....)))))...((((((..(...(((((..((..))))))).(((((((((((((((..........((((((((...(((((..(..(((.((((.(..((.(((.((.((((......))))((((......))))((((((.((((((((.(((((..)).)))((((((((...)..((((...)))).)))))))......((((.............))))...))))))))))).))))))))))..))))))))).)))))(((.(.((..))))))))))))))))))))..))))...)))))(((((((((((((((((.((.((...(................)(((((..)))))..(......).).)))))))))))))))))))).)))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........................((((....((((((((((.((((...((((((........(((..(((..............(((.(((...))).)))........................((((..............)))).......................(((((((.....................)))))))......................((((..(((((........)))))))))..............))).)))...((((((.......)))))).)))))).................((......)).......................)))).))).)))))))......)))).................................))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((.........((((....(((((((.(((((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((...(..((....))..)...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...(((((.....((((......))))..))))).))))))).((......))....)))))))......)))).........)))))....((((......)))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).((((....)))).((((.........(((.((........))))).(((.......))).....(((((..............................(((((.....)))))........((((.(((.....))))))).)))))....)))).........(((((((((......((((.....))))))))))))).((((((........((((.((.......(((........))).(((..........)))....))))))...((((((.......)))))).))))))......(((((.......(((((((((.......................))))).((((....))))...))))........))))).((((.((((.......))))....))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).((((....))))..((((.((.....{{{.{{.)))))).}}}}}.....(((.....)))...((((((.........................(((.(((((.....))))).....(((.[[[[))))))....]]]].))))))..(((((((.........aaaaaaaa)))...((((.....))))AAAAAAAA................))))..((((..(((((.bbbbb..))))))))).............BBBBB......((((((.cccc..))))))...(((((((...<<<<<<....))).(((((((..............>>>>>>...))))))).CCCC......................)))).((((.((((.......))))....))))....