|
|
|
GGGCCUGACAAGGUUUCGACUGGUCGAUGGACAACUGAACAGCGGGCGAGUGUUGGCCGCACUUCUACUCUGAGUGAACGCGGCAACUGAUAAACGCAACCGACACGGAUGCAACGGUGACCGACGCCGAGAUCGAGGCCUUCUUUGCUGAAGAGGCUGCCGCUCUCGUCUGAAGGAACCAGCCUGGCUCAGCGUGCUGCUGUGCAGCGGCCAGGCUUCAUCUCUAACAGCAGCGAACGGACAUGAGGGAGCGCAAACCCUCGUCCCAAACAUCAUGAAUGCGUCGCACGGGCUCCAGCGUCAGGGGCCAGAGGUGGGAAACGGUGUGAAACUCCUGUCCUGGGGAUCACCGACCGAUACGCCAAACCAGGACUACGCCCGUAGAACGCAGUGAGAAAGACACCAGGACAGGGGUUCGAGUCCCCUCAGGUCCACGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((...(.......((..(..((((((((((...[[[[[.....))))).........]]]]]....................................................(...(..(.((((((..((((((...((.(((..))).))...))))))...)))))).)..)...)....................................................................................................................(.((((((((...(((.{{{{{{{)))))))..)))).)........}}}}}}}...)))))..)..)).........)...)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((.........((((....((((((((((.((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((((..((......)).))...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).)))))))......)))).........)))))....((((......)))).))))))...).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((..((((....)))).((((.......(((((......)))))((((...(((((((....((((.((((.....((((...(((..(((...))).(((...((((.....))))(((((.(((((((....((((((..((((((....(((........)))..))))))...)))))).((((((....)))))).)))))))))))).....))))))...((((..(((((........))))))))).....))))....))))))))...((((((.......))))))...)))))))..)))).(((.(((((((((((((...((((((.....((((..................))))...))..))))........)))))))))))))))).)))))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)))))((((....))))............................(((((..(((..........))).)))))...........(((.((.....)).)))....(...((.....(((((.((.((((((.(.......)))))))..)).)))))......))..).(((((((((..((((((....)))).))))))))))).....................((((.((((((.((.(.((((((.((((.............(((((...(((((((((.......)))))..............................(((...........................))).......))))...)))))...............)))).)))))).).)).)))))).)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((............(((....((((((.........(((.....................)))............(((.((.....)).))).........................(((..............))).......................(((((((((...................))))))))).....................((((..(((((........)))))))))........................((((((.......))))))...................................................................))))))......)))............))....(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((.........((((....((((((((((((.....))))))....((((.......((((((.............................(((((.....)))))........(((.((((.....)))))))))))))..((((....(((....(((((((((..((.(((......))))))))))))))...))).........))))..((((..(((((........)))))))))..............((((((..(((.((((((.(.((((((...(.(.(.......).).)....)))))).)))))))....)))..)))..))).....)))).....))))))......)))).........)))))....((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)))))(((((())))))........................(((.(((((..(((.((.....))))).))))))))........(((.(((...))).)))...(((..((...(.(((((.((.((((((.((.....))))))))..)).))))).)....)).)))(((((((((..((((((....)))).))))))))))).....................((((.((((((.((.(.((((((.((((.............(((((...(((((((((.......)))))............................(((((((.......................))))))).....))))...)))))...............)))).)))))).).)).)))))).)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((.[[[))))..)))..]]]....((((..[[[[[....)))).....]]]]].........((((((..((((....(((.(((...))).)))..(((((.....)))))..))))...[[[[[...(((.....)))))))))........]]]]]....(((((((((......[[[[[[[[.....))))))))).........]]]]]]]]....((((..(((((........)))))))))..................(((...[[[[[[.)))...]]]]]]......((((..(((((...[[[[[[[[[[[[[[....)))))....................((((....))))..................]]]]]]]]]]]]]]....)))).)))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((.........((((....((((((((((.((((((((..(((.(((...)))))).))))............(((.(((...))).)))....(((..(((((((((((.((.(((((.((((...)))))))))..)).))))).(((..(((...(((((((((......(((((...)))))))))))))).....)))..)))........((((..(((((........)))))))))..............))))))))).((((((.......))))))...((((.....((((((((..((((......)))).))))..))))...))))...)))).))).)))))))......)))).........)))))....((((......)))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((...................[[[[....[[[[[[[.......(((((...................)))))...........(((.(((...))).)))...(((.......)))........(((((.((.......)))))))...................)))(((((((((..((..(({{{.))}}}))))))))))).((((((..............((((..(((((........)))))))))........................((((((.......)))))).)))))).............((((((((((((((................................]]]]]]]......]]]]..........)))))))))))))).........)))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((.........((((....((((((((((.((((((((..(((.(((...)))))).)))))...........(((.(((...))).)))....(((..(((((((((((.((.(((((.((((...)))))))))..)).))))).(((..(((...(((((((((..((.(((......))))))))))))))...)).)...)))........((((..(((((........)))))))))..............))))))))).((((((.......))))))...((((.....((((((((..((((......)))).))))..))))...))))....))).))).)))))))......)))).........)))))....((((......)))).)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......(((((..))))).((((...(((((.(((((((.(((((((...(((((((.......(((...(((............))).((((............))))...((((((......(((((.(((((((...)))))))....((((((((((((........(((((((((......(((((...))))))))))))))....................)))))....))))))).....))))).................))))))))).((((((.......))))))))))))).....(((((.......[[[[[[[[[[....))))).)))))))...............)))))))....................]]]]]]]]]].))))).))))..)))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.(((((((d((...aaaa....aaaaaaa.aa)D))))))(((((kk.kkkk)))))...eeeee(..cccc...cc(..ii..i(llllll(..{{{{{{.{{{{{{{{{{{))))))))))((((((((.KKKK(()EEEEE}}}}}bbb(..gg....ggggggggg)))))(((((((((AA.))GGGGGGGGGffffffff.)))))))))..)BBB.(((((((.)II....))))))))A.....ICCC)C...}}}}}}.mmm((((((.)LLLL.))))))FFFFFFFF.....((((((.hhhhhhhhhhhhh(CC.}}}}}}..jj.))))))...GG.[[[[[.AAAAAAA....LLAAA))))..KK...)JJHHHHHHHHHHHHH]]]]]..)))))))).MMM |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.((.((((((.........(((((.................)))))........(...(...................................................................................................((.((((.........................)))).))....((((...(((..........))).))))................(((((((..........)))))))..............((((((((((..(((........))).))))))))))...............))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.((.((((((.(.......(((((.................)))))........(...(...................................................................................................((.((((.........................)))).))....((((...(((..........))).))))................(((((((..........)))))))..............(((((((((...(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.........((((....((((((((((.((((((.((((((........(((.((((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((((..((......)).))...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).)))))))......)))).........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((((((((.........((((....((((((((((.((((((((..(((.(((...)))))).)))))...........(((.(((...))).)))....(((..(((((((((((....(((((.((((...))))))))).....))))).(((.((((...(((((((((........(((...)))..)))))))))...)).))..)))........((((..(((((........)))))))))..............))))))))).((((((.......))))))...((((.....((((((((..((((......)))).))))..))))...))))....))).))).)))))))......)))).........)))))....[[[[.)))))]]]].)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.........((((..(.((((((((((.((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((...(..((....))..)...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).))))))).)....)))).........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((.......)).))))..))....(((....(((((((.(((((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((((..((......)).))...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...(((((.....((((......))))..))))).))))))).((......))....)))))))......)))((.......)))).(((((((((.......)))))...)))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((.((.....(((....))).((((..(.((((((((((.((((((.(((((((.......(((.(((((.....((((...(((..(((...))).(((...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((...(..((....))..)...))))))...)))))(.((((((....))))))))))))))))))).....))))))...((((..(((((........))))))))).....))))....))))))))...((((((.......)))))))))))))))...((((((((..((((......)))).))))..))))..........)))).))).))))))).)....))))......)).)))......((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((....)))))...((((((..(...(((((..((..))))))).(((((((((((((((..........((((((((...(((((..(..(((.((((.(..((.(((.((.((((......))))((((......))))((((((.((((((((.(((((..)).)))((((((((...)..((((...)))).)))))))......((((.............))))...))))))))))).))))))))))..))))))))).)))))(((.(.((..))))))))))))))))))))..))))...)))))(((((((((((((((((.((.((...(................)(((((..)))))..(......).).)))))))))))))))))))).))))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........................((((....((((((((((.((((...((((((........(((..(((..............(((.(((...))).)))........................((((..............)))).......................(((((((.....................)))))))......................((((..(((((........)))))))))..............))).)))...((((((.......)))))).)))))).................((......)).......................)))).))).)))))))......)))).................................)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((.........((((....(((((((.(((((((((.((((((........((((.(((.((..(((......(((.(((...))).)))...((((.....))))(((((.(((((((.....(((((..((((((...(..((....))..)...))))))...)))))..((((((....)))))).))))))))))))...)))..))....((((..(((((........)))))))))..............)))))))...((((((.......)))))).))))))))...(((((.....((((......))))..))))).))))))).((......))....)))))))......)))).........)))))....((((......)))).)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....)))).((((....)))).((((.........(((.((........))))).(((.......))).....(((((..............................(((((.....)))))........((((.(((.....))))))).)))))....)))).........(((((((((......((((.....))))))))))))).((((((........((((.((.......(((........))).(((..........)))....))))))...((((((.......)))))).))))))......(((((.......(((((((((.......................))))).((((....))))...))))........))))).((((.((((.......))))....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....)))).((((....))))..((((.((.....{{{.{{.)))))).}}}}}.....(((.....)))...((((((.........................(((.(((((.....))))).....(((.[[[[))))))....]]]].))))))..(((((((.........aaaaaaaa)))...((((.....))))AAAAAAAA................))))..((((..(((((.bbbbb..))))))))).............BBBBB......((((((.cccc..))))))...(((((((...<<<<<<....))).(((((((..............>>>>>>...))))))).CCCC......................)))).((((.((((.......))))....)))).... |