RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00353

RNA: TMR_00353
Rfam family: tmRNA

			GGGGAUGUCAUGGAUUUGACAGGAUAUCUUUAGUACAUAUAAGCAGUAGUGUUGUAGACUAUAAAUACUACUAGGUUUAAAAAAACGCAAAUAAAAACGAAGAAACUUUUGAAAUGCCAGCAUUUAUGAUGAAUAAUGCAUCAGCUGGAGCAAACUUUAUGUUUGCUUAAUAACUACUAGUUUAGUUAUAGUAUUUCACGAAUUAUAGAUAUUUUAAGCUUUAUUUAUAACCGUAUUACCCAAGCUUAAUAGAAUAUAUGAUUGCAAUAAAUAUAUUUGAAAUCUAAUUGCAAAUGAUAUUUAACCUUUAGUUAAUUUUAGUUAAAUAUUUUAAUUAGAAAAUUAACUAAACUGUAGAAAGUAUGUAUUAAUAUAUCUUGGACGCGAGUUCGAUUCUCGCCAUCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(.((((((((((..((((((((((..{{{{{{....)))))....}}}}}}........................................................................(((((....(((........)))....))))).(((((((.............((((.....[[[[[[[)))))))))))...........]]]]]]](.((((((((..aaaaaaa..)))))))).)......AAAAAAA(.(....(((((.....<<<<<<<<<.))).))..).).......>>>>>>>>>...))))).....))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((...((((((((((..(((((.(((((((..(((((((..((((.(((.(((((((........................)))))))...(((((.....(((((.......)))))))))).((((((.....)))))).......))).))))....))))))).....))))..))).......((((((((....................))))))))..((((((....(((((((..................)))))))...)))))).....(((((((((((((((((((...))))))))))..)))))))))))))).....))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........))))))))).(((.................................((((((((((((.....(((((.......))))))))))(((((((.....)))))))..(((((((......)))))))..))))))).....(.(.......((((((((.....((......)).....))))))))........).).(((((((..................)))))))..........)))((((((((((((((((((((...)))))))..))))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((......(((((((..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.((...((((((.....(((((((((..........)))))))))............................................(((((.....(((((.(...).))))))))))(((((((.....)))))))......((((.((((((((((.........................((((((((....................))))))))..((((((((...........))))))))....(((((((......((((((((((...............))))))))))..)))))))....))))))))))))))....))))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))((((((((..(((((((((((....(((((((((((.....)).))))))))).(((((....)..........................((((((((((((.....(((((.......)))))))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).))))))))....(((((..(((.((((((((.....(((....))).....))))))))....))))))))(((((((..................))))))).........))))((((((((((((((((((((...)))))))..))))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..((((....))))...........(((((....)))))((((..[[[[)))).(((((.......)))))]]]]((((((((.....)))))))).(((((((......)))))))........(((..(((((((((..[[[[[[[[))))))))).))).......]]]]]]]]............(((((((.............[[[..)))))))..]]]........(((((((((((((...................))))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))((((((((..(((((((((.((((((((((((((..........)))))))))..)))))...................((((...)))).(((((((((((.....(((((.......)))))))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).)))))))...(((((((......((((((((.....(((....))).....)))))))).......)))))))....((((((((((((.(((...))).))))).))))))).....((((((((((((((((((...))))))))))..)))))))).(((......)))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))......................................(((((.(((((.....(((((.......))))))))))(((((((.....)))))))..(((((((......)))))))...)))))................((((((((....................))))))))..............((((.[[[[[[[[[[.........))))]]]].]]]]]]....((((((((((((((((((((...)))))))..))))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((......)).((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..(((......))).............((.....)).((((((((((((.....(((((.......)))))))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).))))))))..(((((((......((((((((.....(((....))).....)))))))).......)))))))....((((((((((((..(.....)..))))).)))))))...((((((((((((((((((((...)))))))))..))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))((((((........................)))))).((((((((((((.....(((((.......)))))))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).)))))))).......((((((((((((((((....................))))))))............(((((((..................)))))))..))))))))...((((((((((((((((((((...))))))))..)))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.[[.[[[[[[[[..[[[[[[[[[[[..(((((((((((.aaaaa(.gg))))))))).)GGAAA.......))..[[[[(...((((...))))dddddddddddd))))))))(((.eeeeee.)))DDDD(((((((()DDDD))))))))(((...((.ffffffffff(AADDDD]]]]hhhh(((((((((iiiiiiiiii)))))))))..EEEEEE...IIIIIIII))((((((((..<<<<<<<..))))))))((((bbbb>>>>>>>bbbbbbbbbbb(.{{{{{{{{{)))).)BBBBBBBBB}}}}}}}}}..BB)FFFFFFFFFFBBBB..]]]]]]]]]]].]]]]]]]]II.cccccHHHH)))CCCCC)))))))..]]
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.(((((......((((..........))))...........(...(............................................................((.((((.......)))).))..........((((((..(((..(((..........))).)))...))))))...............................(((((((.............))))))).................((((((((((..((........)).))))))))))................))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.(((((.(....((((..........))))...........(...(............................................................((.((((.......)))).))..........((((((..(((..(((..........))).)))...))))))...............................(((((((.............))))))).................(((((((((...((........))..)))))))))................)).))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..............(((((((....(((((....))))).....(((((.....(((((.......))))))))))...........))))))).......((((.((((((((((..((((((....(((((((......((((((((.....(((....))).....)))))))).......))))))).....))))))........((((((((.....((((((((((...............)))))))))).))))))))....))))))))))))))...))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))((((((((..(((((((((((....((((((((((((...))).)))))))))..((((....))))............((((...))))((((((((((((((.(([[[[[..)))).]]]]]))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).))))))))..(((((((..((((((((((((.....(((....))).....))))))))...)))))))))))....((((((((((((.(((...))).))))).)))))))...((((((((((((((((((((...)))))))))..))))))))))).........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..............(((((((....(((((....))))).....(((((.....(((((.......))))))))))...........))))))).......((((.((((((((((..((((((...((((((((......((((((((.....(((....))).....)))))))).......))))))).)...))))))........((((((((.....((((((((((...............)))))))))).))))))))....))))))))))))))...))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....)).((((.....((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..............(((((((....(((((....))))).....(((((.....(((((.......))))))))))...........))))))).......((((.((((((((((..((((((....(((((((......((((((((.....(((....))).....)))))))).......))))))).....))))))........((((((((.....((((((((((...............)))))))))).))))))))....))))))))))))))...))))))))))).))))))))...(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((....(((((((((((..........)))))))))..((((....))))))................(((((((((((((((((.....(((((.......)))))))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).)))))))......(((((.....((((((((.....(((....))).....))))))))..((((((....(((((((..................)))))))...))))))....(((((((((((((((((((.....)))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))((((((((.(((((((((((..((((..))))(((.((((....(.((((((..((((((((.(((.....((((((.(((.(((...))).((((((..)))))).(((((.(....)))))).....(((((((.....))))))).((((((((......))))))).)((((((..)))))))))...))))))..))).)))).)))))))))).)((..((......)..)..)))))))))((((((((((((.((......))))))).)))))))(..((((((((((((((((((((...))))))))..))))))))))))..).((..)))))))))))))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..............((.....................(((((((.((((.....(((((.......))))))))).(((((((.....)))))))..(((((((......)))))))..)))))))...............((((((((.....((......)).....))))))))..............)).........(((((...........)))))............(((((((((.(((((((((...)))))))))...)))))))))..........))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((((((((((....(((((((((..........)))))))))..............((((...................((((((((((((.....(((((.......)))))))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).)))))))).......(((((...((((((((.....(((....))).....))))))))..((((((((...........))))))))...))))).))))........((((...((((((((((((((((((((...))))))))))..))))))))))...))))..))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......)))))........(((.......)))..(((((((((..........)))))))))..((((....))))...........(((((....))))).((((....))))...((((.......)))).(((.((((((((.....))))))))..((((((......)))))).)))..((((....(((((((((..........)))))))))...(((((........)))))..((((((...........)))))).)))).(((.(((......)))..(((((.....)))))...(((((((.....)))..(((........))).)))).)))..((((((....))))))..((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.<<<<.)))).....>>>>....(((........{{{{{{{{{))).......}}}}}}}}}..((((....)))).....(((...(((((....)))))..(((....)))))).((((.......)))).(((.((((((((.....))))))))..((((((......)))))).)))..((((.....((((((((.....[[[[[))))))))....(((((...]]]]])))))..((((((....aaaaa..)))))).)))).....AAAAA.........(((((.....)))))...(((((((.....)))..(((........))).)))).(((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))....))))))....

---