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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00358



RNA: TMR_00358
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).....((((..((((((((((.(((....)))..((((((((((...(((..((((.....(((((((((((((.......)))))))))))))..))))...((....((((((((((......))))))))))........((..(((((((((((((((((.......)))))..)))))))..)))))...))..))...)))..)))))))))).)))))))).)).....))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((....(((.((((((((((..((..((((....))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....))))))).((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)).(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((.....((((((((((......)))))))))).....)).))))).(((((((((((((((.......)))))..)))))))))..)....................)).....))))))))))..)))..)))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((..........((((((((......((((....))))........................................................................................................................(((((((((((.........)))))))))))..................((((((..........))))))....................................................................................)))))))).........)))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((....((((((((((((((..((((((((....))))...........(((......)))..................(((((((..((((.......)))).....))))...((((((.........((((..(............)..)))).(((((((((((((.......)))))))))))))...............(((((((((........)))))))))..........))))))((((((.....(((.........)))...))))))...........)))........)))).....)))))))))).))))..)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..(((((.(..((((((((((((((.((((((((((())))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))(((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((.....((((((((((......)))))))))).....)).)))))(((((((((((((((((.....))))))..)))))))))..)).................)))))....)))))))))).))))).))))).))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((....[[[[[[[.....)))))..]]]]]]]((((....))))..(((((....((((....))))..............((((.[[[[[[[.........)))).......]]]]]]](((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))((((((((((((.[[[[[[[[))))))))))))......]]]]]]]].((((((((((.[[[[.))))))))))........]]]]...(((((((((.....[[[[[[[[......)))))))))..........]]]]]]]]............)))))........(((.....))).(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.....((((((............)))))).((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).)))))).((((((((((((((((((.......)))))))))))))...))))).......((((((((((......)))))))))).................((((((((....((((((((((...(((.........)))..)).))))))))....)))..))))).))))))))..(((.....))).(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((........((((((((((......((((....))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))...........................................(((((((((((((.......)))))))))))))...............((((((((((......))))))))))...............(((((((((.(([[.........))]].)))))))))..............................)))))))))).......)))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((.....((((((............)))))).((((....))))...(((((((..((......................))..))))))).)))))))))..............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))......(((((((((((((.......)))))))))))))...............((((((((((......))))))))))..............(.(((((((((((((.......)))))..))))))))...).........(...........)........))))))))..(((.....))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....(((((((............)))))))(((((..)))))...(((((((.((((....)))).................))))))).)))))))))).............(((((((((............((((((((((.................(((((((((((((.......)))))))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))...............((((((((((((((((...)))))))..)))))))))..............))))))..)))))))))))))))))))..(((.....))).(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((.(((((............))))).........(...(....................................................................((.((((............)))).))..((((((..((((.......))))..))))))................((((((((..........))))))))...............(((((((((.(((.........)))...))))))))).................))...))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((.(((((............))))).........(...(....................................................................((.((((............)))).))..((((((..((((.......))))..))))))................((((((((..........))))))))...............(((((((((.(((.........)))...))))))))).................))...))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.....(((((.((((...(((.....(((((...((((....)))).....((....((((....))))...................(((((((.((((.......))))....))))))).)).((((((.(((((((....))).)))).))))))...))))).(((((..(((.......)))..))))).))).)))))))))....((((((((((......))))))))))........(((((...((((((((((((((((((((..((....))..))))))))).....(((((.....((((((....)).)))).)))))....))))))))))))))))....)))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))......((((((((((((((....).)))))))))))))....((((((.....((((((((((......)))))))))).....)))).))(((((((((((((((((([[[..))))))..))))))))..))))......(((]]]......))).......))))))))..(((.....))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((....((((((((((((((.(((((((((....)))).........(((((((..................(((((...(((((((.((((.......))))....)))))))......)))))..(((((((......))))))).....((((((((((((((((((.......)))))))))))))...))))).......((((((((((......))))))))))........)))))))((((((((((((((((...)))))))..))))))))).....................)))))....)))))))))).))))..)))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.((((.........((((((((((((((......((((....)))).((((..(((.((((....))))...............(...(((((((.((((.......))))....)))))))..).((((((.(((((((....))).)))).))))))..))).((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.((....((((((((((......))))))))))............((((((((((((((((..(...)..))))..))))))))..)))).......))))))))...))))...)))))))))).)))).....((....))...))))..)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((.((((....)))).................))))))).))))))))))...........((((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...(((((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.((....((((((((((......))))))))))............(((((((((((((((((.......)))))..))))))))..)))).......)))))))).........))).)))))))).)).)))).((((.(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.(((((((((.((((...(((.....(((((...((((....)))).......(((.((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))))).((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))))((((((..(((.......)))..))))))))).)))))))))((((((((((((((......)))))))))).................(((((((((((((((((((..((....))..))))))))).....(((((.....((((((....)).)))).)))))....))))))))))))))))))..)))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(........)((...)).....((((((((((((.(((((((((..)))))..((((..(((((........)).((((((((((.......((((((((.(((.(((..))))))....))))))))((..)).))))))))))........(((((..)))))((((((..(((.((..)))))..))))))..)))))))(.((((((.(((....((((((((........)))))))).(((..)))((.((((((((((((..((((((......).)))))))))))))..))).).))).)))))))))))))....))))))))))))(((((.....)))))(((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((..................((((((((((......((((....))))...........(((......)))....................((((((.((((.......))))....)))))).....((((((.(((((((....))).)))).))))))......((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))..............(.((((((((((((..(...)..))))..))))))))...)...........))))))..........))))))))))...........................)))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((....((((((((((((((......((((....)))).((((..(((.((((.....(((((((...............))))))).((((.......))))...))))........(((((..(((((((....))).))))..)))))..))).((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))............((((((((((((((((..(...)..))))..))))))))..)))).........))))))...))))...)))))))))).))))..)))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))..(((((.........))))).....(((......)))...((((....((((.....(((((((...............))))))).((((.......))))...)))).....((((..((.......))..))))....((((.........)))).)))).(((....)))..(((....))).(((((.....)))))..((((((((((......))))))))))........((((.....))))......(((((((((..((....))..)))))))))...(((...((((...............))))...(((.....)))))).(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........)))))..(((((.........))))).....((((....))))...((((....((((.....(((((((........[[[[...))))))).((((.......))))...)))).....((((..((.......))..))))....((((.........)))).))))((((....)))).(((....)))..(((((((.....))).((((((((((]]]]..))))))))))........((((.....))))..)))).((((((((..((....))..))))))))....{{{.......((((..((....))..))))..{{{.))).}}}}}}.(((((.......)))))...........