|
|
|
GGGGAUGUUUUGGGUUUGACAUAAUGCUGAUAGACAAACAGUAGCAUUGGGGUAUGCCCCUUACAGCGCUAGGUUCAAUAACCGACAAAGAAAAUAACGAAGUGUUGGUAGAUCCAAAUUUGAUCAUUAACCAACAAGCAAGUGUUAACUUUGCUUUUGCAUAAGUAGAUACUAAAGCUACAGCUGGUGAAUAGUCAUAGUUUGCUAGCUGUCAUAGUUUAUGACUCGAGGUUAAAUCGUUCAAUUUAACCUUUAAAAAUAGAACUUGUUGUUUCCAUGAUUGUUUUGUGAUCAAUUGGAAACAAGACAAAAAUCCACAAAACUAAAAUGUAGAAGCUGUUUGUUGUGUCCUUUAUGGAAACGGGUUCGAUUCCCGUCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.(...(..((((((((((.(((((((((..aaa.))))...AAA.................................................................................(....(((.........)))....).....(((((((((((((<<<<<<<))))))))))))).......>>>>>>>.((((((((((.{{{{.))))))))))........}}}}...((((((((.((((.[[[[[[[[))))...))))))))..........]]]]]]]]...)))))....)))))))))).)...).)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).....((((..((((((((((.(((....)))..((((((((((...(((..((((.....(((((((((((((.......)))))))))))))..))))...((....((((((((((......))))))))))........((..(((((((((((((((((.......)))))..)))))))..)))))...))..))...)))..)))))))))).)))))))).)).....))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....(((.((((((((((..((..((((....))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....))))))).((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)).(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((.....((((((((((......)))))))))).....)).))))).(((((((((((((((.......)))))..)))))))))..)....................)).....))))))))))..)))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((..........((((((((......((((....))))........................................................................................................................(((((((((((.........)))))))))))..................((((((..........))))))....................................................................................)))))))).........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....((((((((((((((..((((((((....))))...........(((......)))..................(((((((..((((.......)))).....))))...((((((.........((((..(............)..)))).(((((((((((((.......)))))))))))))...............(((((((((........)))))))))..........))))))((((((.....(((.........)))...))))))...........)))........)))).....)))))))))).))))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..(((((.(..((((((((((((((.((((((((((())))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))(((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((.....((((((((((......)))))))))).....)).)))))(((((((((((((((((.....))))))..)))))))))..)).................)))))....)))))))))).))))).))))).))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((....[[[[[[[.....)))))..]]]]]]]((((....))))..(((((....((((....))))..............((((.[[[[[[[.........)))).......]]]]]]](((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))((((((((((((.[[[[[[[[))))))))))))......]]]]]]]].((((((((((.[[[[.))))))))))........]]]]...(((((((((.....[[[[[[[[......)))))))))..........]]]]]]]]............)))))........(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....((((((............)))))).((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).)))))).((((((((((((((((((.......)))))))))))))...))))).......((((((((((......)))))))))).................((((((((....((((((((((...(((.........)))..)).))))))))....)))..))))).))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((........((((((((((......((((....))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))...........................................(((((((((((((.......)))))))))))))...............((((((((((......))))))))))...............(((((((((.(([[.........))]].)))))))))..............................)))))))))).......)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((.....((((((............)))))).((((....))))...(((((((..((......................))..))))))).)))))))))..............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))......(((((((((((((.......)))))))))))))...............((((((((((......))))))))))..............(.(((((((((((((.......)))))..))))))))...).........(...........)........))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....(((((((............)))))))(((((..)))))...(((((((.((((....)))).................))))))).)))))))))).............(((((((((............((((((((((.................(((((((((((((.......)))))))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))...............((((((((((((((((...)))))))..)))))))))..............))))))..)))))))))))))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((.(((((............))))).........(...(....................................................................((.((((............)))).))..((((((..((((.......))))..))))))................((((((((..........))))))))...............(((((((((.(((.........)))...))))))))).................))...))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((.(((((............))))).........(...(....................................................................((.((((............)))).))..((((((..((((.......))))..))))))................((((((((..........))))))))...............(((((((((.(((.........)))...))))))))).................))...))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.....(((((.((((...(((.....(((((...((((....)))).....((....((((....))))...................(((((((.((((.......))))....))))))).)).((((((.(((((((....))).)))).))))))...))))).(((((..(((.......)))..))))).))).)))))))))....((((((((((......))))))))))........(((((...((((((((((((((((((((..((....))..))))))))).....(((((.....((((((....)).)))).)))))....))))))))))))))))....)))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))......((((((((((((((....).)))))))))))))....((((((.....((((((((((......)))))))))).....)))).))(((((((((((((((((([[[..))))))..))))))))..))))......(((]]]......))).......))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....((((((((((((((.(((((((((....)))).........(((((((..................(((((...(((((((.((((.......))))....)))))))......)))))..(((((((......))))))).....((((((((((((((((((.......)))))))))))))...))))).......((((((((((......))))))))))........)))))))((((((((((((((((...)))))))..))))))))).....................)))))....)))))))))).))))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.((((.........((((((((((((((......((((....)))).((((..(((.((((....))))...............(...(((((((.((((.......))))....)))))))..).((((((.(((((((....))).)))).))))))..))).((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.((....((((((((((......))))))))))............((((((((((((((((..(...)..))))..))))))))..)))).......))))))))...))))...)))))))))).)))).....((....))...))))..)))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((.((((....)))).................))))))).))))))))))...........((((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...(((((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.((....((((((((((......))))))))))............(((((((((((((((((.......)))))..))))))))..)))).......)))))))).........))).)))))))).)).)))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((((((((.((((...(((.....(((((...((((....)))).......(((.((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))))).((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))))((((((..(((.......)))..))))))))).)))))))))((((((((((((((......)))))))))).................(((((((((((((((((((..((....))..))))))))).....(((((.....((((((....)).)))).)))))....))))))))))))))))))..)))).))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(........)((...)).....((((((((((((.(((((((((..)))))..((((..(((((........)).((((((((((.......((((((((.(((.(((..))))))....))))))))((..)).))))))))))........(((((..)))))((((((..(((.((..)))))..))))))..)))))))(.((((((.(((....((((((((........)))))))).(((..)))((.((((((((((((..((((((......).)))))))))))))..))).).))).)))))))))))))....))))))))))))(((((.....)))))(((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..................((((((((((......((((....))))...........(((......)))....................((((((.((((.......))))....)))))).....((((((.(((((((....))).)))).))))))......((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))..............(.((((((((((((..(...)..))))..))))))))...)...........))))))..........))))))))))...........................)))..))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....((((((((((((((......((((....)))).((((..(((.((((.....(((((((...............))))))).((((.......))))...))))........(((((..(((((((....))).))))..)))))..))).((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))............((((((((((((((((..(...)..))))..))))))))..)))).........))))))...))))...)))))))))).))))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))..(((((.........))))).....(((......)))...((((....((((.....(((((((...............))))))).((((.......))))...)))).....((((..((.......))..))))....((((.........)))).)))).(((....)))..(((....))).(((((.....)))))..((((((((((......))))))))))........((((.....))))......(((((((((..((....))..)))))))))...(((...((((...............))))...(((.....)))))).(((((.......)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((........)))))..(((((.........))))).....((((....))))...((((....((((.....(((((((........[[[[...))))))).((((.......))))...)))).....((((..((.......))..))))....((((.........)))).))))((((....)))).(((....)))..(((((((.....))).((((((((((]]]]..))))))))))........((((.....))))..)))).((((((((..((....))..))))))))....{{{.......((((..((....))..))))..{{{.))).}}}}}}.(((((.......)))))........... |