|
|
|
GGGGAUGUUUUGGGUUUGACAUAAUGCUGAUAGACAAACAGUAGCAUUGGGGUAUGCCCCUUACAGCGCUAGGUUCAAUAACCGACAAAGAAAAUAACGAAGUGUUGGUAGAUCCAAAUUUGAUCAUUAACCAACAAGCAAGUGUUAACUUUGCUUUUGCAUAAGUAGAUACUAAAGCUACAGCUGGUGAAUAGUCAUAGUUUGCUAGCUGUCAUAGUUUAUGACUCGAGGUUAAAUCGUUCAAUUUAACCUUUAAAAAUAGAACUUGUUGUUUCCAUGAUUGUUUUGUGAUCAAUUGGAAACAAGACAAAAAUCCACAAAACUAAAAUGUAGAAGCUGUUUGUUGUGUCCUUUAUGGAAACGGGUUCGAUUCCCGUCAUCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.(...(..((((((((((.(((((((((..aaa.))))...AAA.................................................................................(....(((.........)))....).....(((((((((((((<<<<<<<))))))))))))).......>>>>>>>.((((((((((.{{{{.))))))))))........}}}}...((((((((.((((.[[[[[[[[))))...))))))))..........]]]]]]]]...)))))....)))))))))).)...).)))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).....((((..((((((((((.(((....)))..((((((((((...(((..((((.....(((((((((((((.......)))))))))))))..))))...((....((((((((((......))))))))))........((..(((((((((((((((((.......)))))..)))))))..)))))...))..))...)))..)))))))))).)))))))).)).....))))..(((((.......)))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....(((.((((((((((..((..((((....))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....))))))).((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)).(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((.....((((((((((......)))))))))).....)).))))).(((((((((((((((.......)))))..)))))))))..)....................)).....))))))))))..)))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((..........((((((((......((((....))))........................................................................................................................(((((((((((.........)))))))))))..................((((((..........))))))....................................................................................)))))))).........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....((((((((((((((..((((((((....))))...........(((......)))..................(((((((..((((.......)))).....))))...((((((.........((((..(............)..)))).(((((((((((((.......)))))))))))))...............(((((((((........)))))))))..........))))))((((((.....(((.........)))...))))))...........)))........)))).....)))))))))).))))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..(((((.(..((((((((((((((.((((((((((())))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))(((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((.....((((((((((......)))))))))).....)).)))))(((((((((((((((((.....))))))..)))))))))..)).................)))))....)))))))))).))))).))))).))(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((....[[[[[[[.....)))))..]]]]]]]((((....))))..(((((....((((....))))..............((((.[[[[[[[.........)))).......]]]]]]](((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))((((((((((((.[[[[[[[[))))))))))))......]]]]]]]].((((((((((.[[[[.))))))))))........]]]]...(((((((((.....[[[[[[[[......)))))))))..........]]]]]]]]............)))))........(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.....((((((............)))))).((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).)))))).((((((((((((((((((.......)))))))))))))...))))).......((((((((((......)))))))))).................((((((((....((((((((((...(((.........)))..)).))))))))....)))..))))).))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((........((((((((((......((((....))))...........((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))...........................................(((((((((((((.......)))))))))))))...............((((((((((......))))))))))...............(((((((((.(([[.........))]].)))))))))..............................)))))))))).......)))))...(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((.....((((((............)))))).((((....))))...(((((((..((......................))..))))))).)))))))))..............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))......(((((((((((((.......)))))))))))))...............((((((((((......))))))))))..............(.(((((((((((((.......)))))..))))))))...).........(...........)........))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....(((((((............)))))))(((((..)))))...(((((((.((((....)))).................))))))).)))))))))).............(((((((((............((((((((((.................(((((((((((((.......)))))))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))...............((((((((((((((((...)))))))..)))))))))..............))))))..)))))))))))))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((.(((((............))))).........(...(....................................................................((.((((............)))).))..((((((..((((.......))))..))))))................((((((((..........))))))))...............(((((((((.(((.........)))...))))))))).................))...))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((.(((((............))))).........(...(....................................................................((.((((............)))).))..((((((..((((.......))))..))))))................((((((((..........))))))))...............(((((((((.(((.........)))...))))))))).................))...))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.....(((((.((((...(((.....(((((...((((....)))).....((....((((....))))...................(((((((.((((.......))))....))))))).)).((((((.(((((((....))).)))).))))))...))))).(((((..(((.......)))..))))).))).)))))))))....((((((((((......))))))))))........(((((...((((((((((((((((((((..((....))..))))))))).....(((((.....((((((....)).)))).)))))....))))))))))))))))....)))).))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((..(((....................)))..))))))).)))))))))).............((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))......((((((((((((((....).)))))))))))))....((((((.....((((((((((......)))))))))).....)))).))(((((((((((((((((([[[..))))))..))))))))..))))......(((]]]......))).......))))))))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....((((((((((((((.(((((((((....)))).........(((((((..................(((((...(((((((.((((.......))))....)))))))......)))))..(((((((......))))))).....((((((((((((((((((.......)))))))))))))...))))).......((((((((((......))))))))))........)))))))((((((((((((((((...)))))))..))))))))).....................)))))....)))))))))).))))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.((((.........((((((((((((((......((((....)))).((((..(((.((((....))))...............(...(((((((.((((.......))))....)))))))..).((((((.(((((((....))).)))).))))))..))).((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.((....((((((((((......))))))))))............((((((((((((((((..(...)..))))..))))))))..)))).......))))))))...))))...)))))))))).)))).....((....))...))))..)))).))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((((((((....(((((((............)))))))((((....))))...(((((((.((((....)))).................))))))).))))))))))...........((((((((((.((((((.(((((((....))).)))).))))))...(((((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.((....((((((((((......))))))))))............(((((((((((((((((.......)))))..))))))))..)))).......)))))))).........))).)))))))).)).)))).((((.(((((.......)))))....))))... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((((((((.((((...(((.....(((((...((((....)))).......(((.((((....))))...................(((((((.((((.......))))....)))))))))).((((((.(((((((....))).)))).))))))...)))))((((((..(((.......)))..))))))))).)))))))))((((((((((((((......)))))))))).................(((((((((((((((((((..((....))..))))))))).....(((((.....((((((....)).)))).)))))....))))))))))))))))))..)))).))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(........)((...)).....((((((((((((.(((((((((..)))))..((((..(((((........)).((((((((((.......((((((((.(((.(((..))))))....))))))))((..)).))))))))))........(((((..)))))((((((..(((.((..)))))..))))))..)))))))(.((((((.(((....((((((((........)))))))).(((..)))((.((((((((((((..((((((......).)))))))))))))..))).).))).)))))))))))))....))))))))))))(((((.....)))))(((((...)..)))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..................((((((((((......((((....))))...........(((......)))....................((((((.((((.......))))....)))))).....((((((.(((((((....))).)))).))))))......((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))..............(.((((((((((((..(...)..))))..))))))))...)...........))))))..........))))))))))...........................)))..))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....((((((((((((((......((((....)))).((((..(((.((((.....(((((((...............))))))).((((.......))))...))))........(((((..(((((((....))).))))..)))))..))).((((((((..(((.......)))..))))))))..((((((.......((((((((((......))))))))))............((((((((((((((((..(...)..))))..))))))))..)))).........))))))...))))...)))))))))).))))..)))))...(((((.......)))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))..(((((.........))))).....(((......)))...((((....((((.....(((((((...............))))))).((((.......))))...)))).....((((..((.......))..))))....((((.........)))).)))).(((....)))..(((....))).(((((.....)))))..((((((((((......))))))))))........((((.....))))......(((((((((..((....))..)))))))))...(((...((((...............))))...(((.....)))))).(((((.......)))))........... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((........)))))..(((((.........))))).....((((....))))...((((....((((.....(((((((........[[[[...))))))).((((.......))))...)))).....((((..((.......))..))))....((((.........)))).))))((((....)))).(((....)))..(((((((.....))).((((((((((]]]]..))))))))))........((((.....))))..)))).((((((((..((....))..))))))))....{{{.......((((..((....))..))))..{{{.))).}}}}}}.(((((.......)))))........... |