RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00361

RNA: TMR_00361
Rfam family: -

			GGGGGUGUUUUGGUUUUGACAAUUAAAAAAAAUUUCUAAGAUGCAGUGGUUUGGUAGACCAUAAUACCGAAAUAAUCAAAACGCAAAAAAUUCAAAAAAAUCUCCAAACGAAGCAAAAAUUGAUUACCCAUUUUUAUCAUAUAACCAAUUAAAUUUUGCAUACGUUUAAUCAAUUUAUUAUAAUAUAUCCUUAAAAAUUUAAAUUUUAUCAUGUAUACGGGCCUCCCAUUUCUGUAACUUGAAAAAUAUUUAAAUUUAGAUAAUCAAACUUAUCAAACUUAUAAGAUUAUCCUCCUUUCAAUUUAUUAUAAUAUAUCCUUAAAAAUUUAAAUUUUAUCAUGUAUACGGGCCUCCCAUUUCUGUAACUUGAAAACUGUCGACUCUAUUAAUUUUUUUUAUUUGGAUCGGGGUUCGAUUCCCCGCACCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............(((.((((((.((((..((.(.((((((.(.(({{{.)).)..............}}}............................................................................................(.(((((.(..............).))))).).(((((................((...(<<...<<)...))))))).............>>...>>(.......(...[...[[....).......).......]]...]........(....((......a...a.aaa.))....)...........AAA.A...A...)))))..).).))..)))).)))))).)))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..(((((((((((..((((..(((((..(((((((........)))))))....((((...((((((.........((((....(((((..((((((..(((((.....................)))))..))))))...))))).....))))......((((((.....((((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).)))...((...((((((..(((((((...................)))))))........))))))..))............))))))))))))))...))))))..(((...))).))).)))...))))..)))))...)).))..)))))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((..............((((((.................................................))))))(..((((((...................................))))))...)............((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............))))))))))..........................................................................))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((..................((((........))))........................................(...(((((.....................................)))))....)............(((((((((..........(((((((((....(((.((.((((((.........)))))))).))).....)))))))))...(((((.....................))))).............)))))))))...........................................................................))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((..((.(...((((.((((((.(((..........................................)))))))))...(((.((((......(((........(((((((..(.((((((((((............)))..((((((((((.........(((((((((((((.(((.(..((((((.........)))))).).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............))))))))))..........))))))).).)))).))).....)))......)))).))).........)))).....).))..))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((....(((..((((.((((((((........)).....................................))))))(..((((((.(((((.......................))))).))))))...)............((((((((((.(.......(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((....((((.......)))))))))))..........).)))))))))).........((((....)))).........((((((.........))))))........)))).....)))...))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((........(((((((((((........(((((..(((((((........)))))))((((((............(((......)))....(((((..((((((.((((((........((((...))))..)))))).))))))...)))))..........((((((...........(((((((((((((.(((....((((((.........))))))...))))))..)))))))))).(((((......)))))....)))))))))))).....((((((.((((....((((((...(((((.......)))))..))))))..(((...)))......)))).)))))))))))..........)))))))))))....))))((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((....(((.(((((..(((((((........)))))))..................................(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............))))))))))........(((((....))))).(((.((.((((((.........)))))))).)))..)))))....)))...))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((.(((((((((((........(((((....(((((........)))))....................................(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........((((((((((....(((.((.((((((.........)))))))).))).....)))))))))).(((((((....((((.......)))))))))))............))))))))))..............................((((((.........))))))........)))))..........))))))))))).)))....((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((.(((((((((((....((...((((..(((((((........)))))))..................................(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............)))))))))).........((........))..(((.((.((((((.........)))))))).)))..))))......))...))))))))))).)))....((((......)))).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((........[[[[[[[[[[[........[[[[[.((((((.................................................)))))).......[[[[[[[[[[................))))))..................]]]]]]]]]].................((((((((((((((........((((((.........))))))..((((((..............(((((((...................)))))))....))))))....................))))))))))))))........((((((.........))))))........]]]]]..........]]]]]]]]]]].......(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((.gg(hhhhhhhhhhh..hhhhhhhhh(.kkkkkkkkk(...eee.eee.eeeee..)))))))(((.{{{.{{{{{b(((((.....ppp(..ooo.oooooooooo...))))))((..mmmm..)B).aaa((()HHHHH.)OOOOOOOOOOOOOiiiiiiiina(..HHHHlllllllllllld()).l(jjjjj([[[[[[...)HH..)))...((((<(.ffffff.))N)AA(((((((.FF.)KKKKKKKKKMMMM.))))))A.((.)>))))(()IIIIIIIIFFFF...)A)DLLLLLLLLLLLL...)J)JJJJL]]]]]]...EEEEE.EEE..}}}}})).PPP.))...EEE.HHHHHHHHHGG}}}(((((((ccc)))))))...))))))))CCC.
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((....(((.(((((..(((((((........)))))))....((((...(((.((((((.(((.........(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............))))))))))............))).))))))...........(((...))).....)))...))))..)))))....)))...))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((([[[.[[[[[[[[[[[..[.[[[[[[[[[..(((((((........)))))))....))))))).))))..................(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).))))))))))((((((((....((((.......))))))))))).)..........))))))))))........(((((....))))).(((.((.((((((.........)))))))).)))..]]]].]]..]]]]..]]]]]]]]]]].]]]....((((......)).))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((.(((((((((((....(((.(((((..(((((((........)))))))....((((...(((.((((((.(((.........(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............))))))))))............))).))))))...........(((...))).....)))...))))..)))))....)))...))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((....(((.(((((((((((....(((.((((((((((((((........)))))))((((((............................(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))..........((((((...........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((......)))))....))))))))))))...))((((((.((((....((((((...(((((.......)))))..))))))..(((...)))......)))).)))))))))))....)))...))))))))))).)))))))((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(........)(((((((((((((((((.(((((((((((((((((((........))))(((...))).)))).)))(((((((.((((((((..(((((((.((((((...((.............))...............)))))).).))))))...).((((((((((((((.......(((((((((((((.((((((.(((((...........))))))))))).))).)))))))))).((((((((((.............))))))))))(........)))))))))))))))......))))))))))))))..(..).....(((...))).....))))))))))).................))))))))))))))....(((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((.(((((((((((.........((((..(((((((........)))))))....(((.........((((..............(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............)))))))))).................)))).........((((((.........))))))...)))..))))...........))))))))))).)))....((((......)))).))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((.(((((((((((....(((.(((((..(((((((........)))))))...............((((((.(((.........(((((..((((((.((((((.....................)))))).))))))...)))))........((((((((((.........(((((((((((((.(((.((.((((((.........)))))))).))).))).)))))))))).(((((((...................)))))))............))))))))))............))).)))))).(((.((.((((((.........)))))))).)))..)))))....)))...))))))))))).)))....((((......)))).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((......((((......))))...........((((((.....))))))...))))))...........(((((...........((((...................)))).......((((.............)))).)))))..((((.((((......)))).............(((((....)))))...)))).((((((.........))))))...(((((..((((((....))))))......(((((.......)))))..........)))))..(((..............))).(((....)))..........((((((.........))))))..((((......)))).((((...............))))..((((.......)))).)))))))....

---