RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00372

RNA: TMR_00372
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((((((((..........((((....((((((...(((((((....))))))).........(((((((.........(((..(((...........))))))((((((((((......))))))))))..)))))))))))))..))))(((((((((...(((((..(((.......)))..))))).(((((((..................))))))).)))))))))..(((((((((((..(((...........)))..)))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..(((((((((...................(((((....(((((((....)))))))........((((((((..(((..........)))................(((((((((........)))))))))..)))))))))))))......(((((((((..............................(((((....................)))))....))))))))).(((((((((((((.(((.((.....)).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((..((((((((((............(((((....((((((......))))))........((((((((..(((..........)))................((((((((((......))))))))))..))))))))))))).((((((.((...........)).)))))).))))))((((....((((((..................))))))......)))).....((((((((((((.(((...........))).)))))))))))))))).....))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..(((((((((((((.......))))....(((((....(((((((....)))))))........((((((((..(((.((....)).)))................((((((((((......))))))))))..)))))))))))))......(((((((((..............................((((((..................))))))....))))))))).(((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((((((((((((...........((((.[[[[..))))....]]]].....(((((((....)))))))...........((((...(((..........)))..))))..........((((((((((......)))))))))).(((((.((((((...[[[[[[)))))).))))).....]]]]]].....(((((((...........)))))))..............(((((((((((.....[[[[[[[[[[[[....)))))))))))....]]]]]]]]]]]]...............)))))))))))))))...(((((.......)))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((((((((......(((((((((((.((((((((.(((((((....)))))))...........((((...(((.((....)).)))..))))..........((((((((((......))))))))))......)).)))))).))).))).)))))..(((((........))))).(((((((...........)))))))...............................(((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))).))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..(((((((((...................((((((...(((((((....)))))))..........(((([[..(((..........)))...))...........((((((((((......))))))))))..]]..)).))))))...(((..{{{..............))).......................................................}}}...(((((((((((((.(((.((.....)).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((((((((..............(((.((((((((.(((((((....)))))))...........((((...(((.((....)).)))..))))..........((((((((((......))))))))))......)).)))))).)))..(((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))...................)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((.......(((((((((((((..........)))).....(((((((....)))))))........((((((((..(((..........)))................((((((((((......))))))))))..)))))))).))))))))).(((((((((......(((((((.......(((((((...........)))))))..............(((((((((((.....................)))))))))))...........))))))))))))))))....)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.(((((..................................(...(...........................................................((.((((......)))).))....((((((..((((.........))))..))))))................(((((((...........)))))))..............((((((((((.......................))))))))))............))..)))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.(((((..(...............................(...(...........................................................((.((((......)))).))....((((((..((((.........))))..))))))................(((((((...........)))))))..............((((((((((.......................))))))))))............)).))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((((((((..............(((.((((((...(((((((....))))))).........(((((((..(((.((....)).)))................((((((((((......))))))))))..))))))))))))).)))..(((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))...................)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....))).(((((((((((((((..((((((((((..............(((.((((((((.(((((((....)))))))...........((((...(((..........)))..))))........(.((((((((((......))))))))))).....)).)))))).)))..(((((((((.(((((((...)).))))).(((((((...........)))))))....(((....))).....)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((....(((((.......)))))...(((((....(((((((....)))))))........((((((((..............((((...)))).........((((((((((......))))))))))..)))))))))))))....(((((............(((((((.......(((((((...........)))))))..............(((((((((((.....................)))))))))))...........))))))))))))..))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((((((..((((((((((..............(((.((((((...(((((((....))))))).........(((((((..(((.((....)).)))................((((((((((......))))))))))..))))))))))))).)))..(((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))...................)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....((((((((.(((((((((((((((..((((.((((((((((..((((((....((........(((((((....)))))))...........((((...(((.((....)).)))..))))....))....((((((((((......))))))))))..)).)))).)))))))))).(((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))...................))))))))).(((((((((((((.(((.(((...))).))).)))))))))))))........))))..)))))))))))))))....))))))))))))).((........)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((.(((((((((((((((((((..((((((((((..........((((..(.((((((...(((((((....))))))).........(((((((..(((.((....)).)))................((((((((((......))))))))))..))))))))))))).)))))(((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))...................)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..))))))))))))))).((....)))))).)))..))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(..((((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((......)..)))).)))((((((........))))))((((((.(((((((...((((.......).)))..)))).(((.............)))((((((((.((((((((((((((..)).))))..)))).)))).)))(((((...).))))(((......)))...((((((...(((........))).)))))))))).)))).))))))(((((((((((((((((((...))))))))))))))))))).))))...).))))))))))))))))))))).(((..)))))))))))..))).)))).)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((((((((..((((((((((...............((.((((((...(((((((....))))))).........(((((((..(((..........)))................((((((((((......))))))))))..))))))))))))).))...(((((((((....................((((((.............))))))...................)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..)))))))))))))))....((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..(((((..((((..((((((((((..............(((.((((((...(((((((....))))))).........(((((((..(((.((....)).)))................((((((((((......))))))))))..))))))))))))).)))..(((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))...................)))))))))..((((((((((((.(((.(((...))).))).))))))))))))))))))...))))..))))..)))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.((.......)))))))..((((.....))))...(((((.......))))).(((((....)).)))(((.....))).(((.((((........)))).....(((....)))..))).......((((.......))))..((((.....))))..((((....)))).(((....))).((((...((((....))))......(((((((...........)))))))...))))...((((((.....((((....))))..((((.......)))).))))))......((((.((......))))))..................(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((.((.......))))))...((((.....))))...(((((.<<<<..)))))...>>>>bbbbb(((((((....)))))))...(((........))).))))....(((.(((.....)))....((((BBBBB..))))..))).......((((......))))..((((..(((.((((....))))(((.....))).....(((((((...{{{{{{..))))))).........}}}}}}.......(((....))).(((((.....aaaaaa...)))))...AAAAAA.)))......(((((.[[[........))))).....]]](((((.......)))))......)))).

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