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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00375

RNA: TMR_00375
Rfam family: tmRNA

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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((.(......(.(((((((((.((((((((....))))...........(((......)))..................((.((((.....)))).(((((..(((........))).....)))))...(((((.(...........).)))))...))..........(((((((.((((.......).))).)))))))..((((((((..........))))))))...............((((((((((....(((....)))...)))))))))).....................))))....))))))))).).....).)))))...(((((.......)))))))))))).
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((..(((...)))..)))..(((((((((.....(((.[[[[[)))............]]]]]...(((((.......(((......)))))))).(((....[[[[[)))......]]]]](((.(((((...(((..........)))...)))))...)))((((((((..(((.[[[[[[)))..)))))))).......]]]]]]..((((......[[[[[[...[[[[))))..]]]]]]]]]]..(((((((((.....[[[[[[[[...[[[)))))))))....]]]...]]]]]]]]...........))))))))).....(((.....))).(((((.......)))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((...))))))).((((((((((((((((((((....))))...........(((......))).........(((......))).(((.....)))..((((.........)))).(((.(((....)))..)))...((((((......)).)))).(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((((...((((((((..........))))))))....)))))))))..((((((((((....(((....)))...)))))))))).....................))))))...)))))))).))..(((.....))).(((((.......)))))))))))).
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((...))))))))..(((((((((.....(((((..)))))((((((...((((((.................(((((...((((((((((........((((((.(((........)))....)))))).......[[[[[[[.....))))))))))(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((((...((((((((..........))))))))....)))))))))..)))))))))))...((((((((........]]]]]]]..........))))))))....)))))).)))))))))......)))))).....(((((.......)))))))))))).
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((((((((...))))))))((((((((((((((((((((....))))...........(((......))).........(((......)))((((..[[[)))).(((.]]].......))).......(((.............{{{{{{...)))}}}.}}}.(((((((((((((.......)))))))))))))...(((((((((...((((((((..........))))))))....)))))))))..((((((((((....(((<<<<)))...))))))))))...........>>>>......))))))...)))))))).))..aaa)))).AAA.(((((.......)))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((((((...)))))))).......(((((....((((....))))...)))))..............................((((..((((((((.....(((((.........)))))................(((((.((((...........)))).(((((((((((((.......))))))))))))).((((((((......((((((((..........))))))))...........(((((.((((...(((((..(((((........)))))..)))))...)))))))))..)))))))).)))))...))))))))..))))......(((((.......)))))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((..((.....))..)).((((((((((((((((((((....))))....((.(((.(((......)))..................((((((((.((.(((..(((((((.(...(((.......(((((...(((.((....)).)))...))))).(((((((((((((..(((.......)))..))))))))...))))).)))...).)))))))))).))..........................((((((((((....(((....)))...))))))))))...))))))))...)))))..))))))...)))))))).))...)))))).....(((((.......)))))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((..((.....))..)))((((((((((((((((((((....)))).....(((.(((((...((((..((((((......(((((((((((((((((((.......))))(((........))).........(((.((....)).)))....))))))))))((((((((..(((.......)))..))))))))...(((((((((...((((((((.(......).))))))))....)))))))))..)))))......)))))))))).))))).)))...........................))))))...)))))))).))...)))))).....(((((.......)))))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((...))).....(((((((((((.((........))...(.(((((..(((((((...))))((.(((((...((....)).)))))..))(..(..(((((((.(((..(......)..)))))))))))..).(((((((((((..))))).))).)))(((((..))))).((((((((((((((((((((((.(((...........))))))))))).)..)))))..))))))))(((.............))).((((((((.(((((.(.((...)).).))).)))))))))))).))))))).))))))))))))))))))))).....((((((...)..)))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((..(((...)))..)).((((((((((((((((((((....))))...........(((......))).................((((((((((........((((((.(((........)))....))))))...((....))........))))))))))((((((((..(((.......)))..))))))))...(((((((((...((((((((..........))))))))....)))))))))..((((((((((....(((....)))...)))))))))).....................))))))...)))))))).))...)))))).....(((((.......)))))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((..((.....))..)).((((((((((((((((..(((..(((((....((((...(((......)))............(((..((((((((((..((....((((((.(((........)))....))))))...((....))...))...))))))))))((((((((..(((.......)))..))))))))....)))...)))).))))).....((((((...((((......))))))))))..((((((((((....(((....)))...))))))))))................)))..))))))...)))))))).))...)))))).....(((((.......)))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((.(((((.....))))).........(((((....(((......)))...)))))............)))......(((.........))).(((.....)))..((((.........)))).(((.............)))...((((((......))).))).(((((((((((((.......))))))))))))).(((((((..(((.(((......)))))).....((((......)))).((((.....))))........((((((((.........................)))))))).))))))).((((..............))))......(((((.......))))).)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((......(((.(((((.....)))))[[[[.....(((((....((((....))))...)))))...[[[[[....))).............((((....((((.....)))).((((.........)))).(((..]]]]]......)))...((((((......))).)))...............((((.....))))))))(((..<<<<<<.))).(((.aaa..)))....AAA.((((>>>>..))))>>]]]]..((((((((((.......{{{{{.....))))))))))..........}}}}}.........((((((....))))))...))))...((((.(((((.......)))))....))))

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