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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00376



RNA: TMR_00376
Rfam family: tmRNA

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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((((.........((..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................))..........))))).))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((((((.....(((((((..((((.....((((.........(((.(((((((...............................((((.((((........))))..))))................(((((....)))))))))))).)))....(((((((((((.........)))))))).)))))))..........(((((((((.........)))))))))............(((((((((((((((..............)))))))))))))))..................)))).....)))))))......)))))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((((((((.((((((((((((((.....(((........)))))..((((((((....))))).............(((...(((((((((........))).))))))...)))..........(((((....)))))(........)(()).(((((((((((.........)))))))).)))..)))...(((((....)))))....((((...((((((()))))))..))))(((((((((((((((..............)))))))))))))))...................)))))...)))))))..))))))))))(((((.(((((.......)))))....)))))..
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((....((.((((((((((.(((((((((((((....(((((........))))).((((((((((.......))))).........(((...(((((((((........))).))))))...)))..........((((((...((((.....)))))))))).(((((((((((.........))))))).)))).)))))........((((((((((......).)))))))))............(((((((((((((((..............)))))))))))))))..................))))))...)))))))..)))))))))).))))))((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((((((((((.(((((((((((((....(((((........))))).((((((((((.......))))).........(((...(((((((((........))).))))))...)))..........(((((....((((.....)))).))))).(((((((((((.........)))))))).))).)))))........((((((((((......).)))))))))............(((((((((((((((..............)))))))))))))))..................))))))...)))))))..)))))))))).))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((...............))))(((((((((((((((...............))))))...(((((....)))))((((((((...........((((((...............))))))[[[[[[[..[[[[...((((((..((((((.....(((((((...(((((((((((.........)))))))).)))...(((((..)))))...)))))))))))))..((((((..)))))).))))))[[[[[[[[[[[[[[))))))))......]]]]]]]]]]]]]]..........]]]].........]]]]]]]....)))))))))..........(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((............((.((((((((((.(((((((((((((....(((((........)))))...(((((((((.((((((.............(((...(((((((((........)))).)))))...)))..........(((((....)))))))))))...(((((..(((.(((((...(((((((...(((....))).))..))))).))))).)))....)))))..........))))))...))).(((((((((((((((.....[[[[[[[[[))))))))))))))).....]]]]]]]]]....))))))...)))))))..)))))))))).))...(((((.......))))))))..))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((.......((((((((((.(((((((((((((....(((((........))))).((((((((((.......))))).........(((...(((((((((........))).))))))...)))..........(((((...((((((...))))))))))).(((((((((((.........)))))))).))).))))).(((....((((((((((..[[[[).)))))))))....))).]]]](((((((((((((((..............)))))))))))))))((((...)))).......))))))...)))))))..))))))))))...)))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((((((((((.(((((((((((((....(((((........))))).(((((((((((.....(((((((..............((((((...............))))))................(((((....))))).....(((((....)))))........))))))).....)))))...))))))........(((((((((.........)))))))))............(((((((((((((((..............)))))))))))))))..................))))))...)))))))..))))))))))......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((............((.((((((((((.(((((((..(..(((((((.(((........((((.(((((((((((.((..(((((((........(((...(((((((((........))).))))))...))).......(((..(((....((((((........)))))).)))..)))...)))))))..)).))))...)))))))........((((((((((......).)))))))))......))))..(((((((((((((((..............))))))))))))))).........)))...)))))))..)..)))))))..)))))))))).))...(((((.......))))))))..))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((...((((....((.((((((((((.(((((((((((((.((((((.((.(......))).))))))((((((((.((((.............(((...(((((((((........)))).)))))...)))..........(((((....)))))))))((((.(((((..(((.(((((...(((((((...(((....))).))..))))).))))).)))....))))).(((......)))......))))(((((((((((((((..............)))))))))))))))........))))))))..))))))...)))))))..)))))))))).))))))((((.......))))))))..))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(..(((((((((((((((.(((((..)))))))))).(((.(......))))...))..(((.((.((....(((((.(...(((((((((.((((((((((((...............))))))))))))))))(........).))))).((..(((((.(((((.((((((((((((...........))))))).))).))(((((..)))))...)))))(.(((((..(((((((..)))))).))))))((((((((((((((..............))))))))))))))(((.......))).).)))))..))).))))).((((((...))))))...)))))))).)))))))..))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((...........((.((((((((((.(((((((((((((.......................(((((.......((..(((((((........(((...(((((((((........))).))))))...)))..........(((((....)))))...........................)))))))..))..........)))))........((((((((((......).)))))))))............(((((((((((((((..............)))))))))))))))..................))))))...)))))))..)))))))))).))....((((.......))))))))..))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((........((.((..((((((((((.(((((((((((((..((..(...........((((.(((((((((((.((..(((((((...((((.(((...(((((((((........))).))))))...)))..........(((((....))))).)))).((((....)))).........)))))))..)).))))...)))))))........((((((((((......).)))))))))......))))..(((((((((((((((..............))))))))))))))).........)..))....))))))...)))))))..)))))))))))).)).(((((.......))))))))..))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((...(((......)))...((((....)))).))).((((((.....))))))...(((....)))(((((.......)))))...............(((((((((........))).))))))...)))......(((((((((....))))).)))).((((((...(((((((((((.........))))))).))))...((((....))))...)))))).(((((...(((((....)))))..))))).(((((((((((((..............))))))))))))).((((.....))))..(((((.......)))))..(((.......)))(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((...(((......)))...((((....)))).)))).((((.aaaaa.))))...AAAAA.((((.(((((.......)))))...............(((((((((........))).))))))...)))).........(((((....))))).....(((.(((((..((((((((((..{{{{{..))))))).))).......}}}}}..(((......))))))))<<<(((((....)))))..))).(((>>>..))).(((.....)))..(((..[[[[[.)))....((((.....))))..(((((..]]]]])))))..((((..bbbb.))))....(((((BBBB...)))))....)))....