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GGGGCUGAACGGUUUCGACUUCGAGCAUCGAAUCCAGGGAAGCGUGCCGGUGCAGGCAAGAGACCACCGUAAGCGUCGUUGCAACCAAUUAAGCGCCGAUUCCAAUCAGCGCGACUACGCCCUCGCUGCCUAAGCGACGGCUGGUCUGUCAGACCGGGAGUGCCCUCGGCCCGGAUCCUGGCAUCAGCUAGAGGGACCCACCCACGGGUUCGGUCGCGGGACCUGUGGGGACAUCAAACAGCGACUGGGAUCGUCAUCUCGGCUUGUUCGUGUGACCGGGAGAUCCGAGUAGAGACAUAGCGAACUGCGCACGGAGAAGCCUCGAGGACAUGCCGUAGGACCCGGGUUCAAUUCCCGGCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................((((((.........................)))))).................(((((((((((.......)))))))))))...........................((((((.............))))))........................................................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.(((((.........))))).)).............(((..............)))........................((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.....))))).)))))))).......((((((........(((((((.(((((((((................(((((((((((.......)))))))))))...............................(((((.((((((((.................................)))))))).)))))........)))))..)))).)))))))....))))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((........((((...))))..............(((......)))......))........(......)...........((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.....))))).)))))))).......((((((((......(((((((.(((((((((.......(.....((.(((((((((((.......))))))))))).................)).....)(..((((((((.((((((((.(((((...)))).)..................)))))))).)))))..))))..)))))..)))).)))))))..))))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((.(((........((((....((.(((....(((((((((((..((((..(((..........))).))))..........((((.(((....))).))))(((((.((..(((((.....)))))..))))))).(((((((((((...........))))).).)))))....(((...........((((((((((((....))).)))))))))..........))).(((.(((((....((((((.............))))))))))).))).........))..)))).)))))......))).))....))))....))).)))..............))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((..(((...(((((((....(((((((((((..(((...(((..........)))..)))..........))))))((....))((((((..(((.((.(((((((.........)))))))..((((((.....(...((....).)......)))))))...))))).........((((((((((((....).)))))))))))...........))).)))(((((.((.....(((..(......)).))..)))))))..((((............)))))))))......)))))))....))))))))............................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.....(((((((...................((((......))))........((((..((((..((((..........((((............))))..((((....((((((..........((((((..((((((.(((((...........)))))...))))))))))))...........(((((((((((.......))))))))))).........))))))...(((((....((((((.............)))))))))))..)))).......))))...))))))))......)))))))....))))).((((....)))).........))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............................(((.......((((((((.((((..(((..........))).))))..........((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.....))))).))))))))((((((.(((((...........)))))...)))))).........((((....(((((((((((.......)))))))))))...........................)))).....(((((((((.....................))).))))))))))).))).....)))....................................))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(....)..........((((((....(((((((((((..(((...(((...(....).)))..)))..........))))))..........((...........((.((((.........)))).))...(((............(((((.......................))))).....((((((((((.........)))))))))))))........)).....(((((.((........................)))))))..((((............)))))))))......)))))).................................))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((....)))).))))...((.(((((....((((((.(.((((.((..(((.(....).(((((((...((......((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.....))))).)))))))).........))((((.(((.((((((((((((((((....)))))..((((((......)))))))))).)))).)).).))).)).))...))))))))))..))(((.((..(((((.(((((((((((((.....))).)).......(((....))))))))))).)))))..)).))).))))...).)))..)))....)))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.((((.(((((.((.((...((.(((..(((((((((((((..(((...(((...(....).)))..)))..........))))))..........))))).)).(.(((.((((((((...(...((((....((((((..((((...........))))....))))))..)))).).))).....((((((((((.(....)..)))))))))).........)))))...)))...)((.((...((........))....)))..)((((.((((............))))...))))....))).)).))...)))).)))...)))).......))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............................(((.........((..........................................((((.(((....))).))))......(((.(((((.....))))).)))............)).............((((((.(((((((((......((.(..(((.(((((((((((.......))))))))))).................)))..).))..((((((((.((((((((..(((.....)))....................)))))))).)))))..)))...)))))..)))).))))))......)))..))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((....)).((.((.((((....((.(((....(((((((((((..((((..(((..........))).))))..........((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.....))))).))))))))((((((.(((((...........)))))...))))))...(((.....(.....(((((((((((.......))))))))))).....)....))).(((.(((((....((((((.............))))))))))).))).........))..)))).)))))......))).))....)))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.....((((((((.((.......((......((((......)))).....)).((((..((((..((((..........((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.....))))).)))))))).(((...(((((......)))))..(((((((((((....))))).....(((.(((((((((((.......)))))))))))....(((.((((((((((((((....))))))).))))).)).)))..))).))))))......)))...))))...)))))))).)).)).))))))....))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((.(((....)))(((.((..((....))..))))).((((............))))....((((.((((....))))...((((............))))....))))..(((((.....)))))...((((((.....))))))......(((((.(((((((.(((((....)))))..((((((......)))))).))).))))..((((...........))))......((((....)))).(((((.((((......))))...((((.((((............))))...)))).))))).)))))....))))).....(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((....((((.{{{{)))).....((((...aaaa.)))).AAAA..))))).((((..((((.((((....))))...((((...}}}}.....))))....))))....(((.....))).)))).(((((.....)))))bbbbbbbb.))))))).....(((((....))))).(((((((.[[[..)))...((((....))))(((]]]........))).(((...ccc)))...((((((....<<<<<....))))))..>>>..((((.......>>CCC))))..((((..................)))).((((....))))...))))BBB.BBBBB.... |
