|
|
|
GGGGGCGACCUGGUUUCGACGGGGGCAUUGAAGUUCGAGACGCGUGCCGAGCUUGUCAGGUAGCUCGUAAAUUCAACCCGGCAAAGACACAAAAGCCAACGACAACGUUGAGCUCGCGCUGGCUGCCUAAAAACAGCCCAUAGUGCGCGGUCCCCCCGCCCUCGGCCUGUGGGGUUGGGACAGACCGUCAUAAUGCAGGCUGGCUGCCGAGGGUGCCUGGACCCGAGGUGGCGAGAUCUUCCCAGGACCGGCUCUGAGUAUCCCGUCCGUGGGAGCCUCAGGGACGUAGCAAAUCGCGGACUACGCACGUAGGGUCGAAGAGCGGACGGCUUUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(...((((..(((.((((((((((.{{{{.{{..))))).........}}.}}}}...............................(((((((((((........)))))...))))))..(((((...(((((..<<<<<<))))).))))).............>>>>>>..((((((..((((.aaaaa))))..)))))).........AAAAA....(.(((..(..(((.[[[[[[[)))...)..))).).........]]]]]]]...)))))....)))...))))..)..)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((.......))))(((...(((..(((((.(((((.((((((.((((.((((((((((...((((((..(((............))).........))))))...)))..)))))))........((((...(((((((((((((((((.........)))))).(((((.(((..(((........)))..((((((..((((......))))..))))))....)))))))))))))).(((((((..(((((....)))))..))))))).(((........))).....)))))...)))).........))))))..)))))))))..))))))))..))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................((((..........))))...........................((((((((....))))).)))......(((((........)))))(...(((((.(((((............(((((........................)))))...((((((..((((......))))..))))))................((.(((((((..(((((....)))))..))))))).))...........))))).)))))...)..........................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...................................((((...................................................................................................................................................................................................................................................................)))).............................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((((..(((.(((((((((((........))))))..........((((.............(((((((....))))).)).....((((...........((((((((.....((((((.(((.(((((........))))).)))...))))))....)))..)))))((((((..(((........)))..)))))).........))))..))))(((((((..((((......))))..))))))).(((........)))......)))))....)))...)))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((....(((((...((..........)(((((........))))))....))))))))).............((((((((....))))).)))......(((((........)))))(...(((((.(((((.........(((((((((.((((......)))).......)))))))))((((((..((((......))))..))))))................((.(((((((..(((((....)))))..))))))).))...........))))).)))))...)..........(.....).........(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......(((((((....[[[[[......)))))))..]]]]](((((.....[[[))))).........]]].......(((.....((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))..)))))))).(((.[[[[[[[[))).....(((.....))).....]]]]]]]]((((((..((((.[[[[[))))..)))))).........]]]]].....(((((((..(((((....)))))..))))))).(((((......[[[..)))))..]]]...(((...........[[[.....)))(((((.......))))).]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((..((((((((..(((((...((((..((.((.((....)).)).))..))))....))))))))..............((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))..(((((...(((((........))))).)))))...)))))..))).))))((.((((((..((((......))))..)))))).))....((....)).((.(((((((..((((......))))..))))))).))..((.....))...((((....)))).(((..(((((.....)))))..)))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................(((((........)))))...........................((((((((....))))).))).......((((........))))..........(((([[....((((..<<<<<<<.))))........)))).......>>>>>>>.((((((..((((......))))..))))))............(((....{{{{{{{..{{{{.)))..}}}}..}}}}}}}..............]].......................................(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((......((((....(((((...((((..((.((.(......).)).))..))))....))))))))).............((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))(((((.(((.(((((........))))).)))...)))))..........((((.((((((..((((......))))..)))))).)).))...)))))..((.(((((((..((((......))))..))))))).))..((.....))...((((....)))).(((..(((((.....)))))..)))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.......)))).........(((((((((((((((((((((........))))))....((((((..(((............))).........))))))..(((((((((((........)))))...))))))((((((((((([[[[[[[[...))))).(((((.....((((((....(((((.....]]]]]]]].)))))........))))))......))))))))))).(((((((..((((((..))))))..))))))).....)))...))))..(((((..))))).((((.........))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((........(((((................))))).........(...(........................((((((........)))).)).......((((((.(((.((((........))))..)))..)))))).................((((((((..........))))))))...................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....)))..))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(......(((((................))))).........(...(........................((((((........)))).)).......((((((.(((.((((........))))..)))..)))))).................((((((((..........))))))))...................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....)))..))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((.......))))(((...(((..(((((.(((((.((((((.((((.....((((.....(((.((((.((...........((((((((....))))).))).(((.(((((((.......((((((((.(((.((((((.(((.(((((........))))).)))...))))))))).)))..)))))(((((....(((.(((((....(((((......))))).))))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..))))).....)))).))))))..)).)))).))))))).))))))..)))))))))..))))))))..))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((...((((....(((((.((((((........................)))).)).)))))))))....)))......((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))(((((.(((.(((((.(.....)))))).)))...))))).........(((((.((((((..((((......))))..)))))).)).)))..))))).....((((((((.(((((....)))))).))))))).................((((....)))).((((.(((((.....)))))).)))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((..((((...((((....(((((...((((.....((((..........)))).))))....)))))))))....))))........(((((....)))))....(((((((((((........)))))...)))))).)))))))))...........((((((.(((((....(((((.............((((((..((((......))))..))))))....(((((....((((..(((((((..(((((....)))))..))))))).(((((...........))))).......)))))))))...)))))...((((((....)))))).)))))....)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((..((((...((((....(((((...((((..((.((.((....)).)).))..))))....)))))))))....)))).....((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...)))))).)))))))))(((((((((..((.((.(((.(((.....)))......))).)).)).)))))))))..........(((((((((.((...((...(((((.((((((((....((((((((..((.(((.(.(..((((((........).)))))..).)))).)).....))))))))..)))))).)).))))))).)).)))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((.((....)).)))........(((((..........((((((........))))))....(((.((((.((...........((((((((....))))).))).(((.(((((((.......((((((((.(((.((((((.(((.(((((........))))).)))...))))))))).)))..)))))(((((....(((.(((((....(((((......))))).))))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..))))).....)))).))))))..)).)))).)))...))))).))))).((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((.......))))(((...(((..(((((.(((((.((((((.((((.....((((.....(((.((((.((...........((((((((....))))).))).(((..(((((........)))))..((((.((((((((((((((.........)))))).((((((((.((((......)).)))))((..((..((((......))))..))..)).......))))))))))(.(((((((..(((((....)))))..))))))).)..........))).)))))))..)).)))).))))))).))))))..)))))))))..))))))))..))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(....)))))((..(((((...((((.(.(..((((........))))))))))....)))))))(.......).(.(((((.(((((....)))))(((.(((((((((((((...)).))).)))..))))).(((((...(((((((((.((........))..(((.(((((........))).))))))))))))))...)))))((........))).))(((..)))(((.(.(((((...(((((..)))))...)))))...((((((.......)..))))).((((...........))))))))))))).)..((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......................................................................................((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))....................................................((.((..((..((((......))))..))..)).))...........(((.(((((((.....((((((((..............(((((...........)))))................))))))))...))))).)).)))...........))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((....(((((...((((..((.((.((....)).)).))..))))....))))))))).......(((...((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...)))))).(((((...((((((((((.(((((((((......)))).)))))..((......)).))))))))))...)))))....))).))))).....)))))..((.(((((((..(((((....)))))..))))))).)).........((((.((((....)))).((((((..(((..((.....))..)))...))))))..))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((.......)))).(((.((..((.....)).))))).(((((........))))).............(((..............(((((....))))).(((......))).)))........))))...(((..((((((((((((.........))))))..((((.....((((((...((((.....))))...((((......))))...))))))......)))).)))))).(((((((..(((((....)))))..))))))).(((.((..............)))))..((((((((.(((.....)))))))...(((((.......))))).)))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((.{{{{{.))))((((((((....)))}}...)))))..(((..}}})))..................((((.............(((((....))))).(((aaaaa.)))))))........)))).....AAAAA.(((.(((((((...bbbbbbb))).)))).......((((...BBBBBBB))))((((..((((..cccc)))).((((CCCC..))))...dddd.)))).DDDD....(((((<<<.))))).......>>>[[[.[[.......)))....]]]]]..((((((((.(((.....)))))))...(((((.......))))).))))...... |