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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00383



RNA: TMR_00383
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................((((..........))))...........................((((((((....))))).)))......(((((........)))))(...(((((.(((((............(((((........................)))))...((((((..((((......))))..))))))................((.(((((((..(((((....)))))..))))))).))...........))))).)))))...)..........................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................................((((...................................................................................................................................................................................................................................................................)))).............................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......((((..(((.(((((((((((........))))))..........((((.............(((((((....))))).)).....((((...........((((((((.....((((((.(((.(((((........))))).)))...))))))....)))..)))))((((((..(((........)))..)))))).........))))..))))(((((((..((((......))))..))))))).(((........)))......)))))....)))...)))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((....(((((...((..........)(((((........))))))....))))))))).............((((((((....))))).)))......(((((........)))))(...(((((.(((((.........(((((((((.((((......)))).......)))))))))((((((..((((......))))..))))))................((.(((((((..(((((....)))))..))))))).))...........))))).)))))...)..........(.....).........(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......(((((((....[[[[[......)))))))..]]]]](((((.....[[[))))).........]]].......(((.....((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))..)))))))).(((.[[[[[[[[))).....(((.....))).....]]]]]]]]((((((..((((.[[[[[))))..)))))).........]]]]].....(((((((..(((((....)))))..))))))).(((((......[[[..)))))..]]]...(((...........[[[.....)))(((((.......))))).]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((..((((((((..(((((...((((..((.((.((....)).)).))..))))....))))))))..............((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))..(((((...(((((........))))).)))))...)))))..))).))))((.((((((..((((......))))..)))))).))....((....)).((.(((((((..((((......))))..))))))).))..((.....))...((((....)))).(((..(((((.....)))))..)))(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((......((((....(((((...((((..((.((.(......).)).))..))))....))))))))).............((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))(((((.(((.(((((........))))).)))...)))))..........((((.((((((..((((......))))..)))))).)).))...)))))..((.(((((((..((((......))))..))))))).))..((.....))...((((....)))).(((..(((((.....)))))..)))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......)))).........(((((((((((((((((((((........))))))....((((((..(((............))).........))))))..(((((((((((........)))))...))))))((((((((((([[[[[[[[...))))).(((((.....((((((....(((((.....]]]]]]]].)))))........))))))......))))))))))).(((((((..((((((..))))))..))))))).....)))...))))..(((((..))))).((((.........))))))))))))(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((.......))))(((...(((..(((((.(((((.((((((.((((.....((((.....(((.((((.((...........((((((((....))))).))).(((.(((((((.......((((((((.(((.((((((.(((.(((((........))))).)))...))))))))).)))..)))))(((((....(((.(((((....(((((......))))).))))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..))))).....)))).))))))..)).)))).))))))).))))))..)))))))))..))))))))..)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((...((((....(((((.((((((........................)))).)).)))))))))....)))......((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))(((((.(((.(((((.(.....)))))).)))...))))).........(((((.((((((..((((......))))..)))))).)).)))..))))).....((((((((.(((((....)))))).))))))).................((((....)))).((((.(((((.....)))))).)))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((..((((...((((....(((((...((((.....((((..........)))).))))....)))))))))....))))........(((((....)))))....(((((((((((........)))))...)))))).)))))))))...........((((((.(((((....(((((.............((((((..((((......))))..))))))....(((((....((((..(((((((..(((((....)))))..))))))).(((((...........))))).......)))))))))...)))))...((((((....)))))).)))))....))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((..((((...((((....(((((...((((..((.((.((....)).)).))..))))....)))))))))....)))).....((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...)))))).)))))))))(((((((((..((.((.(((.(((.....)))......))).)).)).)))))))))..........(((((((((.((...((...(((((.((((((((....((((((((..((.(((.(.(..((((((........).)))))..).)))).)).....))))))))..)))))).)).))))))).)).))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((.((....)).)))........(((((..........((((((........))))))....(((.((((.((...........((((((((....))))).))).(((.(((((((.......((((((((.(((.((((((.(((.(((((........))))).)))...))))))))).)))..)))))(((((....(((.(((((....(((((......))))).))))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..))))).....)))).))))))..)).)))).)))...))))).))))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((.......))))(((...(((..(((((.(((((.((((((.((((.....((((.....(((.((((.((...........((((((((....))))).))).(((..(((((........)))))..((((.((((((((((((((.........)))))).((((((((.((((......)).)))))((..((..((((......))))..))..)).......))))))))))(.(((((((..(((((....)))))..))))))).)..........))).)))))))..)).)))).))))))).))))))..)))))))))..))))))))..)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.(....)))))((..(((((...((((.(.(..((((........))))))))))....)))))))(.......).(.(((((.(((((....)))))(((.(((((((((((((...)).))).)))..))))).(((((...(((((((((.((........))..(((.(((((........))).))))))))))))))...)))))((........))).))(((..)))(((.(.(((((...(((((..)))))...)))))...((((((.......)..))))).((((...........))))))))))))).)..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......................................................................................((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...))))))....................................................((.((..((..((((......))))..))..)).))...........(((.(((((((.....((((((((..............(((((...........)))))................))))))))...))))).)).)))...........)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((....(((((...((((..((.((.((....)).)).))..))))....))))))))).......(((...((((((((....))))).)))(((((((((((........)))))...)))))).(((((...((((((((((.(((((((((......)))).)))))..((......)).))))))))))...)))))....))).))))).....)))))..((.(((((((..(((((....)))))..))))))).)).........((((.((((....)))).((((((..(((..((.....))..)))...))))))..)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((.......)))).(((.((..((.....)).))))).(((((........))))).............(((..............(((((....))))).(((......))).)))........))))...(((..((((((((((((.........))))))..((((.....((((((...((((.....))))...((((......))))...))))))......)))).)))))).(((((((..(((((....)))))..))))))).(((.((..............)))))..((((((((.(((.....)))))))...(((((.......))))).)))).)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((.{{{{{.))))((((((((....)))}}...)))))..(((..}}})))..................((((.............(((((....))))).(((aaaaa.)))))))........)))).....AAAAA.(((.(((((((...bbbbbbb))).)))).......((((...BBBBBBB))))((((..((((..cccc)))).((((CCCC..))))...dddd.)))).DDDD....(((((<<<.))))).......>>>[[[.[[.......)))....]]]]]..((((((((.(((.....)))))))...(((((.......))))).))))......