|
|
|
GGGGGCGACCUUGGUUUCGACGGGGGUUGCGAAGCAGAUGCGGGCAUACCGGGGUCUCAGAUUCCCGUAAAACACUGAAUUCAAAUAGUCGCAAACGACGAAACUUACGCUUUAGCCGCUUAAGGCUAGCCGUUGCAGCAGUCGGUCAAUGGGCUGUGUGGUGAAAGCCACCGCAACGUCAUCUUACAUUGACUGGUUUCCAGCCGGGUUACUUGGCAGGAAAUAAGACUUAAGGUAACUGGUUUCCAAAAGGCCUGUUGGUCGGCAUGAUGGAAAUAAGAUUUUCAAAUAGACACAACUAAGUAUGUAGAACGCUUUGUAGAGGACUUUCGGACGGGGGUUCGAUUCCCCCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((((.(((..((((((((((..<<<<..))))).......>>>>.................................((((((......)))))).((((((.((((((.[[[[[[[))))))(((((....))))).))))))........]]]]]]]..((((((.(((.{{{{{{{{))).))))))........}}}}}}}}.(((((..(...(((.aaaaaaa)))....).)))))...(((....))).AAA.AAAA...))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((((.(((.(((((((((((........)))))........((((........((((....))))....((((...((((((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.((((((...)))))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).))))....))))..))))...))))...............))))))....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...............(((((((.............(((.....))).........)))))))....................((((....)))).............(((((......)))))............(((((((((((((((.(((((((.....))))))).................((.((((((.((((((...)))))).)))))).))........................)))))))))))))))....................................................................((((((........))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....((((...((.((((((.(((..........))).....................((((....))))..............((((......))))...((((((..(((((........))))).(((((....))))).)))))).................((((((.((((((...)))))).))))))............................(((........)))....................................))))))....))..))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((((.(((..((((((((((........)))))............................................((((((......))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))((((........))))..((((((.(((.........))).)))))).........))......(((((..(...(((........)))....).))))).........................))))).....))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........(.....(((((((((((...)).(((.(((.....)))..)))...)))))))))...................((((....))))....)...((..((((((......))))))).)......(.(((((((((((((((.(((((((.....)))))))...(((........)))((.((((((.((((((...)))))).)))))).))......((..((..))..))....)))))))))))))))..).((((((.....))))))..............(((.........)))..................((((((........))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((....[[[[[[[[[.........(((....))))))))))))...]]]]]]]]]...................((((....)))).........(((.(((((......)))))...[[[[[)))...(((((....))))).(((((....))))).]]]]]((((..[[[[..))))..((((((.((((((...)))))).))))))..........]]]]...(((((((....(((.....[[[)))....)))))))..............]]]...................................(((((.[[[[[)))))...]]]]].......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((....)).))))).(((((((........(((((((((((........)))))....................((((....)))).......(((((..((((......)))))).))).....(((((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))..((((((.((((((...)))))).)))))).(((((..((....)))))))......))))))))))))))).)).(((((((...)))))))...............)))))).....))))))).(((....)))....(((((......))))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........................................(((..........))).....................((((....)))).............(((((......)))))............(((((((((((((((..(((((....)))))......((((........))))..((((((.((((((...)))))).))))))...........................))))))))))))))).....................................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((....)).))))).(((((((........(((((((((((........)))))....................((((....)))).......((((..(((((......))))))).)).....(((((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))..((((((.(((((.....))))).)))))).(((((..((....)))))))......))))))))))))))).)).(((((((...)))))))..(((......))).)))))).....)))))))...............(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..)))......((((((((((((((........((((((.((((((...))))))(((((.................((((....)))).....)))))..((((((......))))))..((((.....(((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))(((...)))((((((...)))))).((((((.................))))))....)))))))))))))))....(((((((...)))))))........))))...)))))).....))))))))).(((((((((..)))))))))....)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((.bb(.aaaaaaaaaaaaaa(.iiiiii{((gg)})))))))...(((((((((.(l.((ccccc)L.(((([[)GG)I..(((((...kkk..kkk((((((ddddd.)))))).)))))..)I.(((((((((((((((.(((((((..KKK)))))))..(((j((ffffff)J)))Cnnnnnnn(((.mmmmmmmm))).((((((KKK.hhh.MMMMMMMM.))))))....))))))))))))))).<<<NNNNNNNHHH))))>>>.II.)F......DDDDDFFFFF)...)AAAAAAAA.ee.]]CCCC)))))))))))AA.IIAAAABB))))).EE. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.......(((((............)))))........(...(....................((.(((......))).)).((((((..((((..........))))................))))))...................((((((((.........))))))))...................((((((((((.(((........))).)))))))))).....................))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.(.....(((((............)))))........(...(....................((.(((......))).)).((((((..((((..........))))................))))))...................((((((((.........))))))))...................(((((((((..(((........)))..))))))))).....................)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((((.((....)).))))))))...(((((.(((.(((((((((((........)))))........((((........((((....))))....((((..(((((((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.((((((...)))))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).)))).))).))...))))...))))...............))))))....))))))))...(((.....((.((((((........))))))))))).)). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..........)))))((((((((........(((((((((((((...)).)))))....................((((....)))).......((((..(((((......))))))).)).....(((((((((((((((((((((((((.....))))))).)((((........))))..((((((.((((((...)))))).)))))).(((((..........)))))......))))))))))))))).)).(((((((...)))))))..(((......))).)))))).....))))))))(((....)))....(((((......))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............((((((((((((((........(((((((((((........)))))....................((((....))))............((((((......))))))..((((.....(((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))..((((((.((((((...)))))).))))))...........................)))))))))))))))....(((((((...)))))))........))))...)))))).....))))))))).((((((((....))))))))....)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((((.((....)).))))))))...(((((.(((.(((((((((((........)))))........((((........((((....))))....((((..(((((((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.((((((...)))))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).)))).))).))...))))...))))...............))))))....))))))))...(((.....((.((((((........))))))))))).)). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.((....)).))))))))...(((((.(((.((((((.((((((...)))))).((((.....((....))....((((....)))).....))))...((((((......))))))..((((.....((((..(((((((((.(((((((.....)))))))..((.((((((..((.....((((((.((((((...)))))).))))))..))..)))))).))............)))))))))..))))....(((((((...)))))))........))))...))))))....))))))))........))).((((((((........))))))..))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....))).....((((((((((((((((((((.(((.(((.((((((...)))))).)))..................((((....)))).............(((((......))))))))(((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).)))))(((((...((.((((((.((((((...)))))).)))))).))(((((((((...(((...)))....))))(((((((.......(((((((...)))))))....))).))))))))))))))....))))))))).(((((..(....)..))))).....))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..)))....(((((((((((.(..((..))..))))...((((..........)))).(((.(..(((..)))).)))(((((((...((...(((.((((..)).))...)))...)).((((((.((((.(((((((((..(((((((((...).)))).)))..........)))))))))).(((((.((((((...)))))).)))))..((((((..((((((..))))))..)))).))((((((((((.(...(((((.....))))).))))))).)))).....)))))))))).))))).))..))))))))..((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....................((((((((..............(((((........)))))....................((((....)))).............(((((......)))))............((((..(((((((((..((((((.....))))))......(((((..........((((((.((((((...)))))).)))))).......)))))...............)))))))))..))))....(((((((...)))))))..........................))))))))..............(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..(((((((((((.((..(((......(((((........))))).......)))...)).....((((....))))...(((((.......((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.(((..(...)..))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).))))....(((((((...)))))))............))))).........)))))))....))))..))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....)))....(((....)))...(((.......))).(((....(((((........)))))....................((((....)))).........)))..((((......)))).(((..(((.((((((........))))))(((((....))))).)))..((((........)))).))).....(((((.....))))).((((((...((.....)).....))))))....((((....)))).........((((......))))........((((...(((.........))))))).((((..........(((((.......)))))..))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).(((...(((....)))((aaaaa....))((((....[[[.))))..(((((]]].........)))))......((((....)))).........AAAAA.(((......)))..((((.(((.((((((........))))))(((((....))))).)))..((((........)))).((.<<<<..))..bbbbbb)))).BBBB...(((((...BB>>>>.))))).(((..((((....)))).......((((((.....))))))..............(((.........))))))..........((((.{{{{{{.))))...}}}}}}.....))). |