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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00384



RNA: TMR_00384
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((((.(((.(((((((((((........)))))........((((........((((....))))....((((...((((((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.((((((...)))))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).))))....))))..))))...))))...............))))))....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...............(((((((.............(((.....))).........)))))))....................((((....)))).............(((((......)))))............(((((((((((((((.(((((((.....))))))).................((.((((((.((((((...)))))).)))))).))........................)))))))))))))))....................................................................((((((........)))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((((.(((..((((((((((........)))))............................................((((((......))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))((((........))))..((((((.(((.........))).)))))).........))......(((((..(...(((........)))....).))))).........................))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........(.....(((((((((((...)).(((.(((.....)))..)))...)))))))))...................((((....))))....)...((..((((((......))))))).)......(.(((((((((((((((.(((((((.....)))))))...(((........)))((.((((((.((((((...)))))).)))))).))......((..((..))..))....)))))))))))))))..).((((((.....))))))..............(((.........)))..................((((((........)))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((....[[[[[[[[[.........(((....))))))))))))...]]]]]]]]]...................((((....)))).........(((.(((((......)))))...[[[[[)))...(((((....))))).(((((....))))).]]]]]((((..[[[[..))))..((((((.((((((...)))))).))))))..........]]]]...(((((((....(((.....[[[)))....)))))))..............]]]...................................(((((.[[[[[)))))...]]]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((....)).))))).(((((((........(((((((((((........)))))....................((((....)))).......(((((..((((......)))))).))).....(((((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))..((((((.((((((...)))))).)))))).(((((..((....)))))))......))))))))))))))).)).(((((((...)))))))...............)))))).....))))))).(((....)))....(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........................................(((..........))).....................((((....)))).............(((((......)))))............(((((((((((((((..(((((....)))))......((((........))))..((((((.((((((...)))))).))))))...........................))))))))))))))).....................................................................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((....)).))))).(((((((........(((((((((((........)))))....................((((....)))).......((((..(((((......))))))).)).....(((((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))..((((((.(((((.....))))).)))))).(((((..((....)))))))......))))))))))))))).)).(((((((...)))))))..(((......))).)))))).....)))))))...............(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..)))......((((((((((((((........((((((.((((((...))))))(((((.................((((....)))).....)))))..((((((......))))))..((((.....(((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))(((...)))((((((...)))))).((((((.................))))))....)))))))))))))))....(((((((...)))))))........))))...)))))).....))))))))).(((((((((..)))))))))....))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((.bb(.aaaaaaaaaaaaaa(.iiiiii{((gg)})))))))...(((((((((.(l.((ccccc)L.(((([[)GG)I..(((((...kkk..kkk((((((ddddd.)))))).)))))..)I.(((((((((((((((.(((((((..KKK)))))))..(((j((ffffff)J)))Cnnnnnnn(((.mmmmmmmm))).((((((KKK.hhh.MMMMMMMM.))))))....))))))))))))))).<<<NNNNNNNHHH))))>>>.II.)F......DDDDDFFFFF)...)AAAAAAAA.ee.]]CCCC)))))))))))AA.IIAAAABB))))).EE.
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((((.((....)).))))))))...(((((.(((.(((((((((((........)))))........((((........((((....))))....((((..(((((((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.((((((...)))))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).)))).))).))...))))...))))...............))))))....))))))))...(((.....((.((((((........))))))))))).)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..........)))))((((((((........(((((((((((((...)).)))))....................((((....)))).......((((..(((((......))))))).)).....(((((((((((((((((((((((((.....))))))).)((((........))))..((((((.((((((...)))))).)))))).(((((..........)))))......))))))))))))))).)).(((((((...)))))))..(((......))).)))))).....))))))))(((....)))....(((((......))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((((((((((........(((((((((((........)))))....................((((....))))............((((((......))))))..((((.....(((((((((((((((.(((((((.....)))))))..((((........))))..((((((.((((((...)))))).))))))...........................)))))))))))))))....(((((((...)))))))........))))...)))))).....))))))))).((((((((....))))))))....))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((((.((....)).))))))))...(((((.(((.(((((((((((........)))))........((((........((((....))))....((((..(((((((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.((((((...)))))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).)))).))).))...))))...))))...............))))))....))))))))...(((.....((.((((((........))))))))))).)).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.((....)).))))))))...(((((.(((.((((((.((((((...)))))).((((.....((....))....((((....)))).....))))...((((((......))))))..((((.....((((..(((((((((.(((((((.....)))))))..((.((((((..((.....((((((.((((((...)))))).))))))..))..)))))).))............)))))))))..))))....(((((((...)))))))........))))...))))))....))))))))........))).((((((((........))))))..)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....))).....((((((((((((((((((((.(((.(((.((((((...)))))).)))..................((((....)))).............(((((......))))))))(((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).)))))(((((...((.((((((.((((((...)))))).)))))).))(((((((((...(((...)))....))))(((((((.......(((((((...)))))))....))).))))))))))))))....))))))))).(((((..(....)..))))).....)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..)))....(((((((((((.(..((..))..))))...((((..........)))).(((.(..(((..)))).)))(((((((...((...(((.((((..)).))...)))...)).((((((.((((.(((((((((..(((((((((...).)))).)))..........)))))))))).(((((.((((((...)))))).)))))..((((((..((((((..))))))..)))).))((((((((((.(...(((((.....))))).))))))).)))).....)))))))))).))))).))..))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................((((((((..............(((((........)))))....................((((....)))).............(((((......)))))............((((..(((((((((..((((((.....))))))......(((((..........((((((.((((((...)))))).)))))).......)))))...............)))))))))..))))....(((((((...)))))))..........................))))))))..............(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..(((((((((((.((..(((......(((((........))))).......)))...)).....((((....))))...(((((.......((((((..((((((((((((((...((((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))......)))))))..((((((.(((..(...)..))).))))))..))))....))))).)))).......)))))...)).))))....(((((((...)))))))............))))).........)))))))....))))..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....)))....(((....)))...(((.......))).(((....(((((........)))))....................((((....)))).........)))..((((......)))).(((..(((.((((((........))))))(((((....))))).)))..((((........)))).))).....(((((.....))))).((((((...((.....)).....))))))....((((....)))).........((((......))))........((((...(((.........))))))).((((..........(((((.......)))))..)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....))).(((...(((....)))((aaaaa....))((((....[[[.))))..(((((]]].........)))))......((((....)))).........AAAAA.(((......)))..((((.(((.((((((........))))))(((((....))))).)))..((((........)))).((.<<<<..))..bbbbbb)))).BBBB...(((((...BB>>>>.))))).(((..((((....)))).......((((((.....))))))..............(((.........))))))..........((((.{{{{{{.))))...}}}}}}.....))).