|
|
|
GGGGGCGAUCCGGUUUCGACGUGGGUUGCAAAGCAGCGCAGGGCAUACCGAGGUUCAGUACCCUCGUAAAACAGCUGAAAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACGCUUUAGCCGCUUAAUCCGGCUAAACUCCACACCGGUGGGCCUCAACGCCGGGUCUGGCAACAGACAGUGGAGUCAUUAACGAGGAUCGCGUUUUGCAGGGUUACUUUGCAGAGCGCUAAAAAAUAGGUAACUCGCCUGUCAUCAGCCUGCCGGUUGGCGGAUGCCAGGUCAAAUUAAAUAACAUGGCUAAGUAUGUAGAACUGUCUGUAGAGGACUUGCGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((..(((..(((((((((([[[[[[..))))).......]]]]]]...............................((((((((.......))))))))((((((.((((((..<<<<..))))))(((((....))))).))))))........>>>>...((((((((((aaaaaaaaa))))))))))........AAAAAAAAA(((((......(((.{{{{{{{)))......)))))...(((.)))}}}.}}}}...))))).....))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..(((.(((((.(((((...)))))....(((((...(((((..(((....((((......((((........))))........))))..)))..)))))..(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))........(((...(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....))))))......))))))))..)))))))))).(((((............)))))...))))).)))..((((.....))))...)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.........((((((.......(((..(((.(((((((((((........)))))......(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).......(((..(((((((((((((((...))))))))))))).........))...)))(((((.((((.(((.(....).))).)))).))))).....................))))))....))).)))......))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.......(((..(((.......(((((........))))).....................((((....)))).............((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))..................((((.((...(((........)))...)).))))................................))).)))......))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((..(((..(((((.............(((((............................................((((((((.......))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).......)))))...((((((((((((.....))))))))))))..................((((.((((.(((........))).)))).))))......................))))).....))).))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.........(((((((.....((((.((((.(((((((((((........)))))(.....(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....).(((.((((((((((((((((...))))))))))))).........)))..)))(((((.((((.(((.((())).))).)))).))))).....................))))))....))))))))....)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((........[[[)))))))......]]]..(((.....[[[[[))).....]]]]]......(((............((((....))))............[[[[[[)))......]]]]]](((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))......((((....(((((((((((((...)))))))))))))........[[[...)))).(((....)))]]].(((.[[[[)))...]]]].............(((((......))))).(((..((((((((.....))))))))[[[[[)))....]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.......((.(((((...))))).))......)))).(((((.....((((((....................((((....)))).............((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((((....).)))))))))))........((....)).(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((((.((((..((((((((((........))))).....................((((....))))............(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............(((((((((((((...))))))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).))))).....................))))).....)))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.......((.(((((...))))).))......)))).(((((.....((((((.......(............((((....)))).........)...((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((((.....))))))))))))........((....)).(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...(((((((((((((.........(((((......((((.........((((((.....(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...(((((((((((((...)))))))))))))..............)))))))))...))))))))..))))))))))((((.................))))...............((((((((.....))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((..kkkkkkkk(...{{{{.{d.(([[[[[[)D)).((((((..ffffff......))))))......a(((((....))))iii..iii.))((((((((.lllll.))))))))a()}..aaaaaaaaa(.bb...))))))))(((((ggggggggg)A<<<<(()AFFFFFF.cc(((((((((((((eee)))))))))))))EEE....AAA)}}}}KKKKKKKK..j(.)AAAAAIIIIjjjjjj.)))))hhh...LLLLL.....))>>>>..]]]]]].)JGGGGGGGGG.BB(((((((((JJ)))))))))..IIAJJJJCC)))))HHH. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((.......)))).)).((((((..(((((........)))))................))))))...............((((((((.............)))))))).................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((.......)))).)).((((((..(((((........)))))................))))))...............((((((((.............)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..((((.....((((.((((.(((((((((((........)))))......((((...........((((....))))....(((..((.....(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))........(((...(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....))))))......))))))))..)))))..))..)))...............))))..))))))....))))))))....))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((..........(((((...))))).........)))).(((((.....((((((.....(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((((.....)))))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((.((((.......(((((........))))).....................((((....)))).....(((((......(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....)))))).........)))))..)))))..((((.................))))......)))))..))))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.....(.((.(((((...))))).)).)....))))..((((.(((.((((.....((((.............((((....)))).....((((((((...(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))........(((...(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....))))))......))))))))..)))))..((((.((...........)).)))).))))..))))..)))).....))))...)))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((((.........))))))))...((((.((((.((((((.(((.........((((((....................((((....))))............(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...(((((((((((((...)))))))))))))..............))).((((.((((.(((........))).)))).))))......................))))))....))))))))......)).((((.((.(((......)))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.....(.((.(((((...))))).)).)....)))).(((((..(((((((((....................((((....))))((.........((((((((.......))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))))....)))))....(((((((((((((...))))))))))))).........))))....(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((((.((((((((((...))))).))((((.((.(.(.((((((((..(......)..))))))).).)).))))).)..)).)))))))).)..)(((((((((...)..)))))))).....((...(((((((((..((.(((((((....(((((((((.((((((............(((((((((((((...)))))))))))))...........))))))(((((.(((((((((......))))))))).)))))((..(((..)))..))...((..)).....)))))))))...)))))))))...).))))))))....)).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.....(.((.(((((...))))).)).)....)))).....................................((((....)))).....((((........................(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))........(((.......))).........................................................)))).........................(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((........((((((....((((.((.(((..((((............((((((....................((((....))))............(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((..(...)..)))))))))).........)))).)))))))))...)))))))))))..(((((..((((.((...........)).))))..........(((((((((((((.....))))))))...))))).....))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((....)).)))).(((........))).(((....(((((........))))).....................((((....)))).........))).((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............((((((((((((.....))))))))))))......((((((.....)))))).....(((....))).(((....))).(((((............)))))..............((((((((.....)))))))).((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)).)))))).....(((((((.((((....((((([[[[[[..))))).......]]]]]]........((((....))))............(((((((.......))))))){{{{{{{.{{{{{{.))))...}}}}}}(((((....))))).}}}}}}}....((((.......)))).((((((.....))))))..))))......((((((.....)))))).....(((....))).(((....))).(((((.........<<<))))).....>>>......((((.....)))).)))....(((((.......))))).)))))).... |