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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00395



RNA: TMR_00395
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.........((((((.......(((..(((.(((((((((((........)))))......(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).......(((..(((((((((((((((...))))))))))))).........))...)))(((((.((((.(((.(....).))).)))).))))).....................))))))....))).)))......))))))))).(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((..(((..(((((.............(((((............................................((((((((.......))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).......)))))...((((((((((((.....))))))))))))..................((((.((((.(((........))).)))).))))......................))))).....))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.........(((((((.....((((.((((.(((((((((((........)))))(.....(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....).(((.((((((((((((((((...))))))))))))).........)))..)))(((((.((((.(((.((())).))).)))).))))).....................))))))....))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((........[[[)))))))......]]]..(((.....[[[[[))).....]]]]]......(((............((((....))))............[[[[[[)))......]]]]]](((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))......((((....(((((((((((((...)))))))))))))........[[[...)))).(((....)))]]].(((.[[[[)))...]]]].............(((((......))))).(((..((((((((.....))))))))[[[[[)))....]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.......((.(((((...))))).))......)))).(((((.....((((((....................((((....)))).............((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((((....).)))))))))))........((....)).(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.......((.(((((...))))).))......)))).(((((.....((((((.......(............((((....)))).........)...((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((((.....))))))))))))........((....)).(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...(((((((((((((.........(((((......((((.........((((((.....(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...(((((((((((((...)))))))))))))..............)))))))))...))))))))..))))))))))((((.................))))...............((((((((.....))))))))(((((.......))))))))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((((..kkkkkkkk(...{{{{.{d.(([[[[[[)D)).((((((..ffffff......))))))......a(((((....))))iii..iii.))((((((((.lllll.))))))))a()}..aaaaaaaaa(.bb...))))))))(((((ggggggggg)A<<<<(()AFFFFFF.cc(((((((((((((eee)))))))))))))EEE....AAA)}}}}KKKKKKKK..j(.)AAAAAIIIIjjjjjj.)))))hhh...LLLLL.....))>>>>..]]]]]].)JGGGGGGGGG.BB(((((((((JJ)))))))))..IIAJJJJCC)))))HHH.
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((.....((((.((((.(((((((((((........)))))......((((...........((((....))))....(((..((.....(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))........(((...(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....))))))......))))))))..)))))..))..)))...............))))..))))))....))))))))....))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((..........(((((...))))).........)))).(((((.....((((((.....(((............((((....)))).........)))(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((((.....)))))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((.......(((((........))))).....................((((....)))).....(((((......(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....)))))).........)))))..)))))..((((.................))))......)))))..))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.....(.((.(((((...))))).)).)....))))..((((.(((.((((.....((((.............((((....)))).....((((((((...(((((....(((((...(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))........(((...(((((((((((((...)))))))))))))......((((((.....))))))......))))))))..)))))..((((.((...........)).)))).))))..))))..)))).....))))...)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((((.........))))))))...((((.((((.((((((.(((.........((((((....................((((....))))............(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...(((((((((((((...)))))))))))))..............))).((((.((((.(((........))).)))).))))......................))))))....))))))))......)).((((.((.(((......)))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.....(.((.(((((...))))).)).)....)))).(((((..(((((((((....................((((....))))((.........((((((((.......))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))))....)))))....(((((((((((((...))))))))))))).........))))....(((((.((((.(((........))).)))).)))))...........(((((......))))).)))))((((((((.....))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((((((.((((((((((...))))).))((((.((.(.(.((((((((..(......)..))))))).).)).))))).)..)).)))))))).)..)(((((((((...)..)))))))).....((...(((((((((..((.(((((((....(((((((((.((((((............(((((((((((((...)))))))))))))...........))))))(((((.(((((((((......))))))))).)))))((..(((..)))..))...((..)).....)))))))))...)))))))))...).))))))))....)).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.....(.((.(((((...))))).)).)....)))).....................................((((....)))).....((((........................(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))........(((.......))).........................................................)))).........................(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((........((((((....((((.((.(((..((((............((((((....................((((....))))............(((((((.......)))))))(((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))).....))))))...((((((((((..(...)..)))))))))).........)))).)))))))))...)))))))))))..(((((..((((.((...........)).))))..........(((((((((((((.....))))))))...))))).....)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((....)).)))).(((........))).(((....(((((........))))).....................((((....)))).........))).((((((.......)))))).(((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))))..............((((((((((((.....))))))))))))......((((((.....)))))).....(((....))).(((....))).(((((............)))))..............((((((((.....)))))))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)).)))))).....(((((((.((((....((((([[[[[[..))))).......]]]]]]........((((....))))............(((((((.......))))))){{{{{{{.{{{{{{.))))...}}}}}}(((((....))))).}}}}}}}....((((.......)))).((((((.....))))))..))))......((((((.....)))))).....(((....))).(((....))).(((((.........<<<))))).....>>>......((((.....)))).)))....(((((.......))))).))))))....