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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00398



RNA: TMR_00398
Rfam family: tmRNA

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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..((((((((.(...((((.((((.((((((.(((.(((.....((((((.(((.................((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))..))).))))))...((((((.((((((...)))))).)))))).........)))..)))(((((.((((.(((.((())).))).)))).))))).....................))))))....))))))))...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((..(((..((((........))))..)))..))))).)))....((((((.........(((...)))...((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))......))))))...((((((....[[[[[[[[[....))))))........]]]]]]]]](((((.((((.(((.[[[[...))).)))).)))))..............]]]]..(((.[[[[[.))).(((....)))..]]]]]...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(.((((((((..(((..((((........))))..)))..))))).))))...((((((.........(((...)))...((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))......))))))...((((((.(((((.....))))).)))))).......((((((...))))))......((((((.(.....)....((((.(((.........))).))))...............((((.....))))..))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((.........(((((......((((.(((.....((((((.........(((...)))...((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))......))))))...((((((.((((((...)))))).)))))).........)))..)))))))))...))))))))..))))).....)))))))...............(((...............)))......(((((((((..))))))))).........)))))))....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((..[[[[[((((....hhh.hhhh(jjjjjj.jj.jjj(dddddddd.)))).....((((........eeeeee....ee(bb....b(kkk(((((((((ff(...{{)))))))).gggg.ggggggggg(.iii..iiiiii(cccccc.))))...))))))))((((()}}..)CC.)CCCCII)I)DDD.[[[[[[[[[)III<<(..aaaDDDDDJJJII)JJJJ..JJ.)IGGGGGGGGGGGGGKKKBBBEE))))).)>>.......EEEEEE.JJHHHH))..HHH]]]]]]]]]((((((((FF))))))))..AAA]]]]])))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((.....((((.((((.(((((((((((........))))).......(((((..((((....((((....))))........((.((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).......)).((((.((((((.((((((...)))))).)))))).......((((((...))))))......))))...))))..)))))((((.(((.........))).))))...))))))....))))))))....))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((((..(((..((((........))))..)))..))))).)))))..((((((.(((..((.(((...))))).((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))..))).))))))...((((((.(((((.....))))).)))))).......((((((...))))))......((((((..(((.......((((.(((.........))).))))...........))).((((.....))))..))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((.((((.......(((((........)))))......((((((..((((....((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))...............((((((.((((((...)))))).)))))).......((((((...)))))).............))))..)))))).................(((((......)))))....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((.....((((.((((.(((((((((((........))))).......(((((..((((....((((....))))........((.((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).......)).((((.((((((.((((((...)))))).)))))).......((((((...))))))......))))...))))..)))))((((.(((.........))).))))...))))))....))))))))....))))..))...(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((.....((((.((((.(((((((((((........))))).......(((((..((((....((((....)))).........((((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))..........((((.((((((.((((((...)))))).)))))).......((((((...))))))......)))))).))))..)))))((((.(((.........))).))))...))))))....))))))))....))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((((((((.(..((........))...))))))))))).)))))..((((((((..(..((((.(..(((..(..(((....).))..)((...(.((((((((........)))))))))...).((((((........)..)))))).)))..))))).....).....))).)))))....((.(((..(((((.((((((((((..((..(((....))..(((((((((.((((((((........)))))))).))))).))))......((((.((..)).)))))..))..)))))))))))))))))).))(((((.....))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((.....((((.((((....................((((((.....................((((....))))...........((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))......))))))...((((((.((((((...)))))).))))))........((((.....)))).........................((((.(((.........))).)))).............))))))))....))))..))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((......((((.((((.(((((((((((........))))).......(((((..((((....((((....))))........((.((((((((........))))))))((((((.((((((........))))))(((((....))))).)))))).......)).((((.((((((.(((..(...)..))).)))))).......((((((...))))))......))))...))))..)))))((((.(((.........))).))))...))))))....)))))))).....)))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))......((((((........)))........(((((........)))))...............)))....((((....))))............(((((((........))))))).((((((.((((((........))))))(((((....))))).))))))........((((...((((((..((((.....))))..)))))).......(((((.....))))).......(((((.(((.(((.........)))..........(((((......)))))...)))((((.....))))..))))).(((((.......)))))..)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((.((((((((((........)))........(((((........)))))...............)))....((((....))))......)))).((((((((........)))))))).<<<<<<((((((aaaaa...))))))(((((....))))).(((.(((......)))AA..))).(((....)))....(((((..bbb)).)))...(((((.....)))))...(((.cccc.....)))CCCC.BBBAAA))...........{{{{)))...}}}}..(((..((((.....)))).>>>>>>...[[[)))....]]]..)))))))....