RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00404

RNA: TMR_00404
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((...........((.(((.......(((((((....((((((((((...<<<......)))))..........>>>................................(.....(.((((.......)))).).....)((((((.(.(((....[[[[[[..))).)...)))))).......]]]]]]...(((((((.(({{{{{{{..)).)))))))...........}}}}}}}(((((....((((((...aaaaaa....))))))))))).............AAAAAA...)))))......)))))))......))).))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................(((...(((..........)))..)))..........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....))))))))))))).(((.(.(((((.............)))))...))))..........................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((..((((((((((((....((((.....((((((((..(((...(((..........)))..)))..........))))))))))))))))))....))))))..)))(((((........((((((.((((((((((((((.........))))))).)))))))........((((((..((((....((((((((((.....(((.......)))...((((((((((((....))))))).)))))..))))))))))........((((............))))..))))...))))))..))))))))))).)))))((((.......)))).)))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........................................(((((............)))))............................................................................................((((((.......................))))))...(((((((((((.......)))))))))))...........................((((((.............))))))............................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((......((.((.((((...(((((((....(((((........(((.....................)))........................................((((((........))))))...((((((.(((((((.........)))))))..))))))................((((((((((.........))))))))))................(.(((((.............................))))).)....................)))))......)))))))...)))))).))...............))...)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((.....(((....((((..(((((((....((((....(((((...................(((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.........))))))).))))))).........(((....(((((((.(((.......))).)))))))....)))..)))))))..(((((....((((((.............)))))))))))..................)))))))))......))))))))))))))......))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........................((((((........(((((((((.....................................((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((.(.(((............))).)...))))))................(((((((.((((....).))).)))))))..................(((((....((((((.............)))))))))))..................)))))).))).....))))))................(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((.(((.(((...(((((((....((((((((((............)))))...(.(((.((((..........((((.((......)).))))(((.((((..(((((.....))))).)))))))((((((((((((((.........))))))).)))))))...(((...(((....(((((((.(((.......))).)))))))....)))...))).....(((((....((((((.............)))))))))))..)))).))).)..........)))))......)))))))...)))))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((.(((....((((..(((((((....((((....(((((...................(((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.((....))))))))).))))))).........(((.((.(((((((.((((....).))).)))))))))..)))..)))))))..(((((....((((((.((((....)))))))))))))))..................)))))))))......))))))))))))))))..))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................(((....((((((....(((((........((((...................))))..........((((.(((....))).))))(((...(((.(((((.....))))))))..)))((((((.(((((...((....))..)))))..))))))................((((((((((.........))))))))))...............((.(((((....(((((((..........).))))))))))).))...................)))))......))))))....))).........(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((..[[[[)))......]]]](((((((......(((...[[[[[)))...(((..........))).]]]]].........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((..[[[[[[.))))))).))))))).......]]]]]]...(((((((.[[[[[[[[[.....)))))))...........]]]]]]]]]...(((.((((((.(((......)))))))))..[[[[.[[[[.)))........]]]]...]]]]....)))))))...............(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((((((...........))))))....)))))....)))))).((((..(((((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.........))))))).))))))).))))...(((((((.(((((((.(((.......))).)))))))(((((((..(((...))))))).))).((((((.((........))))))))..((((.((((............))))...))))).))))))...))))).)))).....(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((........(((((((.........(([[[[[[............)).......................((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.........))))))).))))))).........((.....(((((((.(((.......))).))))))).....))...........(((((....((((((.............)))))))))))..................]]]]]].........)))))))..)))))........(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((...)))))))..(((((....(...((((((((((((...(((...(....).)))..)))...........(((.(((....))).))).(((((.(((.(((((.....)))))))))))))........(((.(...........).)))...(((((....))))).........(((((((((((....).))))))))))...............(((.(((((....(((((((.((....)).).))))))))))).)))..............)))))).))).)...))))).................(((((.......))))))))))))....
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((((((...........))))))....)))))....)))))).((((..(((((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.........))))))).))))))).))))...((((((..(((((((.(((.......))).)))))))(((((((..(((...))))))).))).((((((..(........).))))))..((((.((((............))))...))))..))))))...))))).)))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.((((((.......(((((((....((((((((((............)))))..((((((((((.........................))))).....))))).((((((............(((((((((((((((((((.........))))))).)))))))...........((((.(((((((.[[[[[[[[[[[[..)))))))....]]]....(((((((((((....))))))).....))))]]]]]]]]]......)))).))))).)))))).....)))))......))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..((((((.(((.((((...((((((....(((((((((((..((.((.(((..........))).))))..........((((.(........).))))(((.(((((.(((((.....))))))))))))).(((((((((((((.........))))))).))))))....(((..........(((((((.(((.......))).)))))))..........)))..((.(((((....((((((.............))))))))))).))..........)))..))).)))))......)))))).))))..))).)).........))))..))...)))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((....((((((....(((((.((.............)).....................................................((..(((((.((...............((((((.(((((...((....)).)))))...)))))).................(((((((((.........)))))))))))..............((.(((((......(((((..........).))))..))))).)).........)))))...)))))))......))))))....))).....................................
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(......(((((.................)))))........(...(...........................((.(((........))).))...((((((.(((((((.........)))))))..))))))..................((((((((.........))))))))....................(((((.(((....(((...........))).))))))))..................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.((....(((((((....(((((..((((..((((..(((..........))).))))..........))(...........).))............((((((........))))))...((((((..(...(...........)...)...)))))).......(........((((((((((((....).)))))))))))...............)(.(((((..(.(...(((..........).))).).))))).)((((............)))))))))......)))))))....))))))))...............................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.......(((((((....(((((..(.((..((((..(((..........))).))))..........))...............)............((((((........))))))...((((((..(...(...........)...)...))))))................((((((((((((....).)))))))))))..................(((((..(......((..........).)...).)))))..(...............)...)))))......)))))))......))))))...............................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((((((...........))))))....)))))....)))))).((((..(((((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....))))))))))))).(((((((((((((.........))))))).))))))..))))...((((((..(((((((.[[[[[[[[[[....)))))))..........((((((((((((....))))))).)))))..]]]]]]]]]]...((((.((((............))))...))))..))))))...))))).)))).....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((((((...........))))))....)))))....)))))).((((..(((((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.((....))))))))).))))))).))))...(((((((.(((((((.((((....).))).)))))))(((((((..(((...))))))).))).((((((.(((......)))))))))..((((.((((............))))...))))).))))))...))))).)))).....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.((((((.......(((((((...((((..(((((............)))))...)))).((((...........((((............))))....(((((.(((((.....))))))))))...((((((((((((((.........))))))).))))))).))))....((((.....))))..((((((((((....((((((((..............(((((((....)))))))))))))))))))))))))...((((.((((............))))...))))....))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((.((((((.......(((((((...(((((((..(((.(((....).)).........(((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....))))))))))))).(((((((((((((.........))))))).))))))..........(((.((.(((((((.(((.......))).)))))))))..)))..)))))))..(((((....(((((((.((....)).).)))))))))))..)))..))))).))...(((....))).....))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((((((...........))))))....)))))....)))))).((((..(((((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.........))))))).))))))).))))...(((((((.((((..((((((((((((....)(((.......)))....))))))))).((((..((((.(((((.((.((....))...))..))))).))))....))))...))..)))).)).)))))...))))).)))).....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.((..(((((........)..))))..))..(((((((((((......).).)))))..((.(((((((.((.(...........).))(((........)))....((.((((......).))))).((((((((((((((((.(..(((((((((((((((..)))).)...))).)))))..))...)))).((((((((((.(.((((((((..((((........))))..).)))))))..(((..))).)))))))))))).).)))).))))))).))))))))))))).(((..)))..(.(((..(((........)..))..))))....)))))))))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................................................................(..(.(......((......((..(...(................)...).........((....(......((((((.(((((((.........)))))))..))))))((.(((...(...(..(((((((.((.(....)..)).))))))).)..).....)))))((.(((((....((..((.............))))..)))))....))...)........))...)..).........)).......))....)...(((((.......))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..((((.(((((.............))))).....))))....)))))).(((...(((((...............((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....)))))))))))))((((((((((((((.........))))))).)))))))........(((((...(((((((...............)))))))............................(((((.............)))))......................................)))))...)))))..))).....(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).((.(((.(((...(((((((....(((((((((....(((...(((..........)))..)))..........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....))))))))))))).(((((((((((((.........))))))).))))))....(((...(((....(((((((.(((.......))).)))))))....)))...)))..((.(((((....((((((.............))))))))))).))..............)))).)))))......)))))))...)))))).))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(((((((((((...........))))))....)))))....)))))).((((..(((((((((...........((((.(((....))).))))(((.(((((.(((((.....))))))))))))).(((((((((((((.........))))))).))))))..))))...(((((((.((((....((((((((((.........(((...)))...((((((((((((....))))))).)))))..))))))))))........((((............))))..)))).)).)))))...))))).)))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((....))).(((((.......))))).....((((.((((..(((((............)))))...)))).(((...........)))......))))...((((......)))).(((((.....))))).((((((.((((((((((((((.........))))))).)))))))..((((....))))..((((((((.......))))..)))).((((...((((........)))).((((..((((((.............)))))).......((((............))))..))))......)))).))))))...((((...(((((.......)))))...))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....)))))).......((((((......[[[[[)))))).(((.(((.((.{(((....)))...{{{{{)))))..........((((...}}}}}....))))....(((((.(((((.....))))))))))})))(((((((((((((.........))))))).)))))).((((.....((((.....))))..((((.((.((....))))))))...((((........)))).(((...((((((....<<<<<....)))))).......((((.......>>>>>))))...))).......)))).]]]]]...((((...(((((.......)))))...))))....

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