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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00408



RNA: TMR_00408
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((((.(((((..(((((((................((((...........))))...............((((....))))........)))))))............((((((((.((((((......((..........)).......)))))).)))((((((((((.......))))).)))))..........)))))...(((((((....(((........)))....))).)))).....................)))))....))))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(.((((((((..(((.(((((((((((((((.(.((((..................((((...........)))).................(((((((..(((((....))))))))))))((....((.((((((.((((((..((.(((((....)))))....))..)))))).)))))).))))....(((((((((((((....)))))))..))))))..((((((((...((((((()))))))...)))).))))...............)))).)))))))...)))))))))..)))))))))))..)(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((((....(((....[[[[)))..]]]]...(((.[[[[..)))......]]]].................(((((((..(((((....))))))))))))(((((((((((.(((.[[[[[[))).)))...)))))))).........]]]]]]..(((...........[[[[[[[[[[[[)))...]]]]]]..]]]]]]..((((((((...(((((....)))))...)))).)))).................((((....)))).))))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((......(((((((((((((((.(((((((((...))))).......((((...........))))................((((((((..(((((....))))))))))))).....((.((((((.((((((.....(((((....)))))........)))))).)))))).)).)))).((((((((((((......))))))..))))))..((((((((...(((((....)))))...)))).)))).....................)))))))...)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((...((.(((((((((((((((.((((.((((...))))........((((...........))))................((((((((..(((((....))))))))))))).....((.((((((.((((((.....(((((....)))))........)))))).)))))).)).)))).((((((((((((......))))))..))))))..((((((((...(((((....)))))...)))).)))).....................)))))))...))))))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((((((((((.((((((((.......))))....))))..((((...........))))...........))))))(((((((..(((((....))))))))))))((((((((..(((...))).............))))))))...........))))).(((((((((((((.....)))))))..(((((..))))).(((((((.((((..........(((((((..)))))))...)))).................(((((..))))).))))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((((((((.((.((((..(((((((.........((((...........)))).................(((((((..(((((....))))))))))))(((((((((((.((.((....)))).)))...)))))))).........)))))))........(((....(((((.((((((......))))))...)))))..((((((((...(((((....)))))...)))).))))....)))........)))).))))))))...)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((.(((((((((...))))).......((((.(........)))))................((((((((..(((((....)))))))))))))........((((((.((((((.....(((((....)))))........)))))).))))))....)))).(((((((((((((....)))))))..))))))..((((((((...(((((....)))))...)))).)))).....................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((((..((((((((.......))))....))))..((((...........)))).........((((...((((((((..(((((....)))))))))))))........((((((.((((((.....(((((....)))))........)))))).)))))).........(((((((((((((....)))))))..))))))..((((((((...(((((....)))))...)))).))))...))))..........((((....)))).))))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((........((((.....))))..((((.((((((((((((((.((.((((..(((((((.........((((...........)))).................(((((((..(((((....))))))))))))(((((((((((.((.((....)))).)))...)))))))).........)))))))........(((....((((((((((((......))))))..))))))..((((((((...(((((....)))))...)))).))))....)))........)))).))))))))...))))))))..)))).)))).(((((((((.......)))).)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((((((((.((.((((..(((((((.........((((...........))))..((.............(((((((..(((((....))))))))))))(((((((((((.((.((....)))).)))...)))))))))).......)))))))........(((....(((((.((((((......))))))...)))))..((((((((...(((((....)))))...)))).))))....)))........)))).))))))))...)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))(((((((((....((((((((((.(((((.((((...((((.((((.((.((((((((..)))))))).))((.(((..(((((..((.((((((((..((((((..))))))))))))))))((((.((((((.((..)))))..)))....)))).......)))).)..).)).)).))))...).)))((((((((((........))))))..))))..).)))(..)((..)).(((((((...((.((((......)))).))...)))))))...)))))...).)))))))))...)))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.((((((((((((((.((.((((..................((((...........)))).................(((((((..(((((....))))))))))))(((((((((((.((.........)).)))...))))))))...............................(((((.((((((......))))))...)))))..((((((((...(((((....)))))...)))).))))...............)))).))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.((((((((((((((.((..(((..((.(((((........((((...........))))..............(((((((.....(((((....))))).......(((((((((((.((.((....)))).)))...)))))))).......)))))))......))))).))...((((((((((((......))))))..))))))..((((((((...(((((....)))))...)))).))))...............)))..))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....((((.....)))).((((.......))))..)))))....((((.....))))...(((.((((...........))))...((((..........)))).))).(((((....)))))......((((((.....)).))))..(((........((((......)))).....(((.....))).))).((((.......))))....((((....)))).(((((((.((((((((...(((((....)))))...)))).)))).................((((....)))).)))))))..............(((((((((.......)))).)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((.....)))).(((((....)).)))..)))))....((((.....))))...(((.((((...........))))..(((((..........)))))....(((((....)))))....)))<<<<<..)))>>.>>>(((((([[[[[[..((((......)))).....))))))..]]]]]].((((((.....))))))...((((....)))).((((((..((((((((...(((((.{{{)))))...)))).)))).............}}}.((((....))))..)))))).(((..........(((((((((.......)))).))))))))...