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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00409



RNA: TMR_00409
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............(((((((((((..(((.(((((....(((((((((([[[[[...))))).........]]]]]..............................................................................................................................................................................................................................))))).......))))).)))....)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((.((((((((((((((((.(((((...((((..(((((........)))))........((((((((.....................))))))))))))(((((...((((((((((((.((((((((((..((((....)))).)))))))........)))......((((((..(((.........((((((((((((...............((((....))))...)))))))...))))))))..)))))).................)))))))..)))))...)))))..))))).)))))..)))))))))))..)).(((.......))).))))))...).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((((((((((((((((((..(((((..(((((((.(((((((((((.((..((((((((..(((((((.....................)))))))..(((((.(((((.((((..(((..((((((((..((.......)))))))))))))))))))))).)))))..(((...((((((..((((......................)))).))))))...)))..)))))))))).)))))..)))))).....(((((................)))))....))))))).....)))))..)))..)))))))))))).((....))))))...)))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........(.((((((((((((((((.(((((...((((((.(((((((((((.((..(((((((.(((((((((.....................)))))))).(((((.((((.(((((..(((..((((((((.............)))))))))))))))))))).)))))........((((((.................................))))))........)))))))))).))))))..)))))...................................))))))......))))).))))..))))))))))))..).((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((((((.((((....(((((((((((........)))))........(((((((.......................))))))).(((((...((((((((........(((((((..((.......)))))))))....))))))))..)))))............................(((((((.((((....))))...(((....)))....)))))))((((...((((..((..................))..))))...)))))))))).......)))).))))..))))))))))))....((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((.((((((((((((((((.(((((..(((((((.(((((((((((.((..(((((((.(((((((((.......(((.......))).)))))))).(((((.((((.(((((..(((..((((((((...(((....))))))))))))))))))))))).)))))........((((((((((......................))))...))))))(....)..)))))))))).))))))..)))))......((....................)).....))))))).....))))).))))..))))))))))))..))((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..((((((((((((((((((((.(((((..((((((((((((........)))).........((((((((......((((.......)))))))))))).(((((.(((((.((((..(((..((((((((...(((....))))))))))))))))))))))).)))))......))))).))).......((((((((((((...))))..(((((..((((....))))...)))))((((((..(((((...........(((...)))......)))))..))))))..))))))))))))).))))..)))))))))))).........))))...)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((..((((((((((((((((((((.(((((..((((((((((((........)))))........((((((((.....................)))))))).(((((.(((((.((((..(((..((((((((.............)))))))))))))))))))).)))))...((((((..(((.........((((((((((((...............((((....))))...)))))))...))))))))..)))))).........((((.(......)))))...))))))).....))))).)))))..))))))))))).........))))..))..))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((((((.(((((..((((((((({{{{.{{{{{.{{.))((((.....(((((((.....................)))))))...((((..................((((((((......<<<.<<<)))))))).....[[[.....))))..........(((.......]]]..............>>>.>>>......)))............)))).}}.}}}}}...}}}}.................((...........))....))))))).....))))).))))..))))))))))))....((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((((((.(((((...(((((((((((........)))))........((((((((.....................)))))))).(((((.(((((.((....(((..((((((((.............))))))))))).)).))))).)))))...((((((..(((.........((((((((((((...............((((....))))...)))))))...))))))))..)))))).........((((.(......)))))...))))))......))))).)))))..))))))))))).....(((.......))).))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((.((((((...(((((((..(((((........)))))........((((((((.....................))))))))))))))).....((((((((((((((((((((.............)))))))).....................((((((.............(((((((((((((...............((((....))))...)))))))...))))))....)))))).................)))))))..)))))))))))................))))))))))))....((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((((((((.(((((..((((((((((((........)))).........((((((((.....................)))))))).(((((.(((((.((....(((..((((((((.............))))))))))).)).))))).)))))......))))).))).......((((((((.............(((((..((((....))))...)))))((((((..(((((..........................)))))..))))))..))))))))))))).)))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......((((((((((((((((((((.(((((..((((((((((((....<<<.)))))...(((..((((((((......((((.......)))))))))))).(((((.(((((.(.((..(((..((((((((((({{{.)))}}})))))))))))))).))))).)))))...[[[[[[..[[[.........[[[[[[[[[[[[.((((....))))..((((....)))))))]]]]]]]>>>]]]]]]]]..]]]]]].........((((.((...).)))))...))))))).....))))).)))))..))))))))))).....aaa.))))..AAA.))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((((............((((...(((((........)))))..........((((((((...(((((((...................)))))))...............((((((((.............))))))))...)))))))).))))............(((((......(((((((((....................((((....))))........((((((..(((((..........................)))))..))))))..))))))))))))))......))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((..((((((((((((((((((((.(((((..((((((((((((........)))).........((((((((.....................)))))))).(((((.(((((.((....(((..((((((((.............))))))))))).)).))))).)))))......))))).))).......((((((((.............(((((..((((....))))...)))))((((((..(((((..........................)))))..))))))..))))))))))))).)))))..))))))))))).........))))..))..))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....)))((((((((((((((((.(((((..((((((((((((........)))).........((((((((.....................)))))))).(((((.(((((.((....(((..((((((((.............))))))))))).)).))))).)))))......))))).))).........((((((.............(((((..((((....))))...)))))((((((..(((((..........................)))))..))))))..))))))..))))).))))..)))))))))))).....(((.....)))...))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((.((((((((((((((((.(((((..((((((((((((........)))).........((((((((.....................)))))))).(((((.((((((((((.....))))).(((((((..((((....)))).)))))))...))))).)))))......))))).))).......((((((((.............(((((..((((....))))...)))))((((((..(((((..........................)))))..))))))..))))))))))))).)))))..)))))))))))..))((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((.....(((((((((((((.(((..(((((.((((((((((((..((..)))))))..((((((((((((.....((((((((.....................(((((((((.....(((((..((((((((...((((..)))))))))))))))))..))))))))))))))))).((((((.......................(((((..)))))))))))))))).)))))))((((((..((((.....................))))((......))))))))))))))..).).)))).....))))))))))))))))((((....)).))..)).))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((((((.(((((..........(((((.(((((....................................................(((((.(((((............((((((((.............)))))))).......))))).)))))........................................................................)))))...)))))..............(((((......................))))).))))).)))))..))))))))))).....(((.......))).))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........((.((((((((((((((((.(((((...((((..(((((........)))))........((((((((.....................))))))))))))(((((...((((((((((((.((((((((((..((((....)))).)))))))........)))......((((((..(((.........((((((((((((...............((((....))))...)))))))...))))))))..)))))).................)))))))..)))))...)))))..))))).)))))..)))))))))))..)).(((.......))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....))))..((((.........))))......((((....))))..........((((..........))))..(((.....))).(((......((((............)))).((((....)))).))).(((((((..((((....)))).))))))).(((.((((.........))))...(((.((((....)))).))).(((.......)))..))).(((....))).....((((((.((((.....))))............((((((((.................)).))))))..)))))).............(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.........))))...(((([[[[[......))))..((((({{{{{...))))).......}}}}}.((((.....))))(((......((((......]]]]].)))).((((....)))).))).((((.......)))).(((.(((((...(((((.<<<<....)))))>>>>...)))))......((((..aaa)))).((((....))))..((((....)))).(((((.AAA.)))))..)))...............((((((((..(((.....)))....)).))))))...((((..(((.....))).))))....(((.......))).))))))))....