|
|
|
GGGGUAGUUCCGGAAUUCGACAGGUUAUUACAAGCAUGGAUUGCGUUCCCGUUUGUCGGGUUAAAGACUGCAGAUAUAACUGCAAAAAAUAAUGAACCAUCUUACGCAUUAGCUGCCUAAUCGCAGUAGCGUAGCCCUUUGUUGAGUCCACGGCAACAUUCUCGGCCUAAUUAGUGGAUUAGCUGCUGGCAUUUAUGUUCGGAAUAAAAGCAGUGAAACAAGAAUCGAACUAGCUCUCGAUUUGGAAGUUAGCAACCUAAUCUUGAGCGAAAUUACUUGUUAACUAUGAGCGUAGAUAUUUAUGUGAUUGGAUAAUUUGGACAUGGGUUCGACUCCCAUCUACUCCAUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....((((((((..((((((.((..)).)................................................(.(((.((((......))))))).)..(((...(((((.{{{{{{..))))).....))).......}}}}}}.....(((...(((...[[[[[[)))...))).............]]]]]]..((((..(..(.((..<<<<<<<<))..)..).))))........>>>>>>>>...))))).....)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((((.(((((((((......((((((..(((......))).)))))).((((.......(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).))))))))).))))))))).).))).)))...............(((((((..((((((...((((.......))))...)))))).......((.(((((((.((((..((((.((..........)).))))..)))).......((.((((.(((...((((((....))))))...))).))))..)).....))))))).))..))))))))).).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((..((((((((((...(((((...(((......)))..)))))...((((.....(((((......))))).....)))).))))...((((((....(((((......))))).)))))).....))))))(((((.....((((..(((((((((((....))))))..))))).(((((((((((........(((((((..(((((......((((((((......))).)))))........))))).......))))).))......)))))))))))....))))...)))))..)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((.((.((((((........((((.....))))........(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))............((((((.(............).......))))))..((((((....(((((.......)))))))))))..((((((..........((((..((((.((..(....)..)).))))..)))).......))))))..................))))))...)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.......(((((((..(((..........................................................((((....(((((......))))).))))..............................................................................................................................................................))).....)))))))........))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....(((((((((((((.((((.....))))........(((((......))))).........((....))..)))))...(((((......((((((((....((((..((((((..............))))))......)).))....))))))).).(((((.......))))).)))))..((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))..((((....))))..)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(..........(((((((((.(((((((((((.(((((((((.....))))........(((((......))))).................((((((....(((((......))))).))))))..........((((((((((..........)))......))))))).((((((....(((((.......)))))))))))..((((((..........((((..((((.((..(....)..)).))))..)))).......)))))).......)))))....))))))))..)))))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............((((.......(((.....)))...(((....[[[))).....]]](((((.[[[..)))))....]]]...))))....(((((....(((((......))))).)))))(((........[[[[[[[)))...................]]]]]]].((((((........[[[[.........))))))..]]]].(((((((........)))))))...(((((((((.[[[[[[.(((......))).)))))))))....((((((....))))))]]]]]]...........(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.....)).(((((((((....((((((((((((((((((.....))).........(((((......))))).......(((...))).((((((....(((((......))))).))))))..........((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))..((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))......)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....((((((((.((((.((((.....))))........(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))............(((((((((..........)))......))))))...((((.......................))))...((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))........))))....)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.....)).(((((((((....((((((((((((((((((.....))).........(((((......))))).................((((((....(((((......))))).))))))......((..((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))...))..(((((((........)))))))...(((((((((..((((..........)))).)))))))))..)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((....(((......(((((.((((.....))))........(((((......)))))...................)))))...)))..(((((((((.....(((((.........((((((((((..........)))......))))))).)))))....(((((((((((....................(((((((........)))))))...(((((((((.....................))))))))).))))))))))).....)))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(............).........(...(...........................(..((((......)))).)....((((((..((((.........))))....))))))................((((((((.............))))))))....................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(............).........(...(...........................(..((((......)))).)....((((((..((((.........))))....))))))................((((((((.............))))))))....................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....(((((((((((((((..(((((.(((........))))))))...(((((.........(((((.....(((((....(((((......))))).)))))(((....(((((.((((((((..........)))......))))))))))....)))......)))))........)))))..((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))......)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((...))).(((((((((.(((((((((((((((((((((.....))).........(((((......))))).......(((...))).((((((..(.(((((......))))))))))))....(((((.((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))..)))))(((((((....[[[[)))))))...(((((((((..((((...]]]]...)))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....(((((((((((((((......((((((........(((((......)))))......((((.......((((((....(((((......))))).))))))....((((((......)))))))))))))))).....(((((((((((.(((((((.....((((.........)))).........(((((((........)))))))....)))))))..)))))))..(((((......))))).)))).))))))))...))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....(((((((((((((((..(((((.(((........))))))))...(((((.........(((((.....(((((....(((((......))))).)))))(((....(((((.((((((((..........)))......))))))))))....)))......)))))........)))))..((((((..........((((..((((.((..(....)..)).))))..)))).......))))))......)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((..(((((((((......((((((..(((......))).)))))).((((((.....(((((......)))))....................(((....(((((......))))).))))))))).)))))))))...))).)))..))).((.......(((((((..((((((...((((.......))))...)))))).......((.(((((((.((((..((((.((..........)).))))..)))).......((.((((.(((...((((((....))))))...))).))))..)).....))))))).))..))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((....(((((((((((((((..(((((..((((.......(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))))))((((((.((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))..))))))...)))))..((((..((((.((..(....)..)).))))..))))...................)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(........)((((((((.((((((.((((......))))))))))......(((..((((((......))))).)..)))((..))(((((........))))).(((((((((..(((.(((.((..(((((...((..)))))))((((((.((((((......))))(((((((((((..)))))(..).....)))))).).)))))))...))))))))(((.((....)(((((((((.(.(((((......)))))).))))))))).))))..((((..))))))))))))))))))))).(.((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((..((((((..............................................(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))......))))))(((((............((((((((((....))))))..))))..(((((((((((...............................((((..((((.((..(....)..)).))))..))))..................)))))))))))...........)))))..))))))..((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((..(((((....((((..(((((((((..(((((.(((........))))))))...(((((.........(((((.....(((((....(((((......))))).)))))(((....(((((.((((((((..........)))......))))))))))....)))......)))))........)))))..(((((((((.......((((..((((.((..........)).))))..))))...))).))))))......)))))))...))..)))).....)))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((((........................))))..((((.((((.....))))........(((((......)))))......((((............)))).(((((......))))).)))).))))..(((((......))))).((((((.(((.(((((....)))))))).((((((....))).)))......)).))))...(((((.((((........))))..(((...........))).))))).((((......))))...((((....)))).((((((......))))))...((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..........[[[...........))))..((((.((((..<<<))))........(((((......)))))......((((.>>>........)))).(((((......))))).))))........(((((((((...))).....))))))......(((]]]...)))(((.((..((((.......))))..)))))....((((..((((.{{{{{{.))))..(((.}}}}}}....)))..)))).((((......))))...((((....)))).......(((..aaaaa........))).(((AAAAA..)))..))))))).... |