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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00411



RNA: TMR_00411
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.(((((((((......((((((..(((......))).)))))).((((.......(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).))))))))).))))))))).).))).)))...............(((((((..((((((...((((.......))))...)))))).......((.(((((((.((((..((((.((..........)).))))..)))).......((.((((.(((...((((((....))))))...))).))))..)).....))))))).))..))))))))).).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((..((((((((((...(((((...(((......)))..)))))...((((.....(((((......))))).....)))).))))...((((((....(((((......))))).)))))).....))))))(((((.....((((..(((((((((((....))))))..))))).(((((((((((........(((((((..(((((......((((((((......))).)))))........))))).......))))).))......)))))))))))....))))...)))))..)))))).(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((.((.((((((........((((.....))))........(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))............((((((.(............).......))))))..((((((....(((((.......)))))))))))..((((((..........((((..((((.((..(....)..)).))))..)))).......))))))..................))))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((.......(((((((..(((..........................................................((((....(((((......))))).))))..............................................................................................................................................................))).....)))))))........))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((....(((((((((((((.((((.....))))........(((((......))))).........((....))..)))))...(((((......((((((((....((((..((((((..............))))))......)).))....))))))).).(((((.......))))).)))))..((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))..((((....))))..)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(..........(((((((((.(((((((((((.(((((((((.....))))........(((((......))))).................((((((....(((((......))))).))))))..........((((((((((..........)))......))))))).((((((....(((((.......)))))))))))..((((((..........((((..((((.((..(....)..)).))))..)))).......)))))).......)))))....))))))))..)))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((((.......(((.....)))...(((....[[[))).....]]](((((.[[[..)))))....]]]...))))....(((((....(((((......))))).)))))(((........[[[[[[[)))...................]]]]]]].((((((........[[[[.........))))))..]]]].(((((((........)))))))...(((((((((.[[[[[[.(((......))).)))))))))....((((((....))))))]]]]]]...........(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.....)).(((((((((....((((((((((((((((((.....))).........(((((......))))).......(((...))).((((((....(((((......))))).))))))..........((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))..((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))......)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.....)).(((((((((....((((((((((((((((((.....))).........(((((......))))).................((((((....(((((......))))).))))))......((..((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))...))..(((((((........)))))))...(((((((((..((((..........)))).)))))))))..)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((....(((......(((((.((((.....))))........(((((......)))))...................)))))...)))..(((((((((.....(((((.........((((((((((..........)))......))))))).)))))....(((((((((((....................(((((((........)))))))...(((((((((.....................))))))))).))))))))))).....)))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...(.(..((((((((.....((((.(((.((((((......(............).........(...(...........................(..((((......)))).)....((((((..((((.........))))....))))))................((((((((.............))))))))....................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((....(((((((((((((((..(((((.(((........))))))))...(((((.........(((((.....(((((....(((((......))))).)))))(((....(((((.((((((((..........)))......))))))))))....)))......)))))........)))))..((((((..........((((..((((.((..........)).))))..)))).......))))))......)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((...))).(((((((((.(((((((((((((((((((((.....))).........(((((......))))).......(((...))).((((((..(.(((((......))))))))))))....(((((.((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))..)))))(((((((....[[[[)))))))...(((((((((..((((...]]]]...)))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((....(((((((((((((((......((((((........(((((......)))))......((((.......((((((....(((((......))))).))))))....((((((......)))))))))))))))).....(((((((((((.(((((((.....((((.........)))).........(((((((........)))))))....)))))))..)))))))..(((((......))))).)))).))))))))...))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((....(((((((((((((((..(((((.(((........))))))))...(((((.........(((((.....(((((....(((((......))))).)))))(((....(((((.((((((((..........)))......))))))))))....)))......)))))........)))))..((((((..........((((..((((.((..(....)..)).))))..)))).......))))))......)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..((((((..(((((((((......((((((..(((......))).)))))).((((((.....(((((......)))))....................(((....(((((......))))).))))))))).)))))))))...))).)))..))).((.......(((((((..((((((...((((.......))))...)))))).......((.(((((((.((((..((((.((..........)).))))..)))).......((.((((.(((...((((((....))))))...))).))))..)).....))))))).))..)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((....(((((((((((((((..(((((..((((.......(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))))))((((((.((((((((((..........)))......))))))).((((((...((((.......))))...))))))..))))))...)))))..((((..((((.((..(....)..)).))))..))))...................)))))))...)))))))).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(........)((((((((.((((((.((((......))))))))))......(((..((((((......))))).)..)))((..))(((((........))))).(((((((((..(((.(((.((..(((((...((..)))))))((((((.((((((......))))(((((((((((..)))))(..).....)))))).).)))))))...))))))))(((.((....)(((((((((.(.(((((......)))))).))))))))).))))..((((..))))))))))))))))))))).(.((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((..((((((..............................................(((((......)))))..................(((((....(((((......))))).)))))......))))))(((((............((((((((((....))))))..))))..(((((((((((...............................((((..((((.((..(....)..)).))))..))))..................)))))))))))...........)))))..))))))..((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..(((((....((((..(((((((((..(((((.(((........))))))))...(((((.........(((((.....(((((....(((((......))))).)))))(((....(((((.((((((((..........)))......))))))))))....)))......)))))........)))))..(((((((((.......((((..((((.((..........)).))))..))))...))).))))))......)))))))...))..)))).....)))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...((((........................))))..((((.((((.....))))........(((((......)))))......((((............)))).(((((......))))).)))).))))..(((((......))))).((((((.(((.(((((....)))))))).((((((....))).)))......)).))))...(((((.((((........))))..(((...........))).))))).((((......))))...((((....)))).((((((......))))))...((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..........[[[...........))))..((((.((((..<<<))))........(((((......)))))......((((.>>>........)))).(((((......))))).))))........(((((((((...))).....))))))......(((]]]...)))(((.((..((((.......))))..)))))....((((..((((.{{{{{{.))))..(((.}}}}}}....)))..)))).((((......))))...((((....)))).......(((..aaaaa........))).(((AAAAA..)))..)))))))....