|
|
|
GGGGGCGUUUUUGGAUUCGACGGGGAUAGUUCGAGCAUGGGUAGCGGGUAGUGGGGACGCGUCCGCUUUAUCAACGCUAACGCCAAAUUUAAACGGCAAACAACAAAACAACUACGCUUUAGCAGCUUAAUAACCUGCUUGCGUGCUCCUGCUUUGCAUCGCCCAUGUGCCAAGUUAGGGGCUCAACUUUAGUGGGCUACGCUGUCUAGUCUCCGCCUGAGGCUAGCUGAAGAAGACAAUCAGGCUGACCUGUGAGAAAGCCGGUUACGGGGCGGGCUUACAGGUGACAUUAAAACCGUGACUACACCCGUAGAAGCCUAUGUGGCGUUAUCUUUGGACACGGGUUCGACUCCCGUCGCCUCCAUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((....((((((((..((((((((((.{.{{...))))).......}}.}.....................................((.(.(((((.........))))).).))((((((((((.((((.<<<<<<)))).)))).)))))).........>>>>>>....(.((.(((((...aaaaaa))))))).)..........AAAAAA..((((...((....((([[[[[[[..)))..))..))))..........]]]]]]]...))))).....))))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((((..(((((((...(((.(((((.((...(((((...(((....)))..)))))...((((.(.((((((((............................((((...(((((.........))))).))))..((((((((.((((.......)))).))).)))))...........((((((((((..((.(((((...((((((......((.....))....))))))..(((((((((...(((........)))...)))))))))..............))))).)).)))...))))))).)))))))).).))))...)).)))))))))))))))..))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((.....((((((((.(((((((((..(((((((((((((......((((....(((..........))).......................(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).)))).))))))........)))))...)))).)))).(((...((((((...................))))))..(((((((((...(((........)))...))))))))))))............)))..))))))....))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((.....((((((((.((((((.....(((....)))........................................................(((((.........)))))...(.((((((((((.((((.......)))).)))).)))))).).....................((((((((.....)))))))).....................(((((((((...((((....)..)))...)))))))))....................))))))....))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...((.((((((((.((((((................................(((..........)))..................((...(((((.........))))).))..((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))........................(((((((.....)))))))..........................((((....(((........)))....))))........................))))))....))))))))..)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((.(..((((((((..(((...(((((..((((((((((..............(((..........)))..................((.(.(((((.........))))).).))(((((((.(((((((.....)))...)))).)))))))........))))))((.(..(..((((((((.....))))))))..)..).))............(((((((((...(((........)))...)))))))))...........)))).)).)))))).....)))))))).).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((....((((((((.((((((.((((((((())))).................(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).)))).))))))(((.......)))..........((((((((.....))))))))((((.........))))....(((((((((...((((....)..)))...)))))))))................))))))))))....))))))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..........((((....[[[[..))))........(((((...(((....)))..))))).]]]].....(((.[[[....)))...]]]................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.[[[[[[)))).))).))))))).........]]]]]]........((((((...[[[[[[)))))).............]]]]]]..(((((((((...(((..[[[[[[)))...)))))))))......................]]]]]]..(((.....))).......(((((.[[[[[)))))..]]]]].)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((.(((((..((((.....(((((.((((((((((((((......))))))..)))..)))))..(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).))).))))))).......(((((.....))))).((((((((.....))))))))((((.........))))....(((((((((...(((........)))...)))))))))..........)))))))))..))))).)).(((.....))).............(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((((.....((((((((.((((((.(((((....................((....))..............................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).)))).)))))).......................[[[[[[)).((((((]]]]]].............))))))..(((((((((...(((........)))...))))))))).................)))))))))....))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........((.(((((..((((.....(((((.((((((((((((((......))))))..)))..)))))..(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).))).))))))).......(((((.....))))).((((((((.....))))))))((((.........))))....(((((((((...(((........)))...)))))))))..........)))))))))..))))).)).(((.....))).............(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((.((((((((......(((((((((((((((((((.((((..))))..........)))))..(((..........)))...............(((((...(((((.........))))).)))))..)))))).......))))))))...........((((((.......))))))(((((((((((((((.....))))))))...............(((((.(((((((((....(((...[[[[[.))).)))))))))................((((....)))).)))))..)))))))))))))))....)))))))))..]]]]]))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((.............)))))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((.((((.......)))).)))..)))))).....................(((((((...........)))))))...................((((((((((..(((........)))..))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((.............)))))...........(...(........................((.((((.......)))).))....((((((.(((.((((.......)))).)))..)))))).....................(((((((...........)))))))...................(((((((((...(((........)))...)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.((((...(((((((...(((.(((..(((((...(((....)))..)))))...))).((((((.(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).)))).))))))......)))))).)))..))))))).(((...((((((......((.....))....))))))..(((((((((...(((........)))...)))))))))))).......(((((.((((....))))..(((.....)))............)))))..)))).)))...))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((.(((((..((((.[[[[((((((((((((((((((((......))))))..)))..))))).)(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.(....))))).))).))))))).......(((((.....))))).((((((((.....))))))))((((.........))))....(((((((((...(((........)))...)))))))))..........)))))))))..))))).)))(((.....))).............(((((]]]]...)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((....((((((((.((((((.((((....((((...........))))...((((........(((((...............(((((...(((((.........))))).)))))...............((((((.....(((((........)))))..))))))...)))))((((((((.....))))))))...............(((((..(((((((.........)))))))...)))))...))))...............))))))))))....))))))))...))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.((((...(((((((...(((.(((..(((((...(((....)))..)))))...))).((((((.(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).))).)))))))......)))))).)))..))))))).(((...((((((......((.....))....))))))..(((((((((...(((........)))...)))))))))))).......(((((.((((....))))..(((.....)))............)))))..)))).)))...))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((...((.(((.(((((((((((...(((..((..(((((...(((....)))..)))))...))..((((((.(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).))).)))))))......)))))).)))..)))))).((((...((((((......((.....))....))))))..(((((((((...(((........)))...)))))))))..............))))...))))).))).)).....)))))..))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.(((((((((((...(((.(((..(((((...(((....)))..)))))...))).((((((.(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).)))).))))))......)))))).)))..))))))(((((.(.((((((......((.....))....))))))..(((((((((...(((........)))...)))))))))............).)))))..))))).)))(((.....)))....)))..))))(((((.......))))).)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((.((((..((((.(((........).)).((((((((((.(((.(((.((((...................)))))))).).)...)))))).))))(((((((((((.((..))(((((.((...(((((((((.(((...........).))))).))))))(((((((((((.(((......)))(((((((.....))))))))))))))))))))).))))...).)))))..)))))(((((...((.(.............)))....)))))..))))..)))).)))))))...(((.(...........))))((((...)..))).)))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....................................((((...(((....)))..))))...............................................((((...(((((.........))))).))))((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))................................((((((...................))))))..(((((((((...(((........)))...))))))))).......................................................................))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.((((...(((((((...(((.(((..(((((...(((....)))..)))))...))).((((((.(((..........)))................((((...(((((.........))))).))))((((((((((.((((.......)))).))).)))))))......)))))).)))..))))))).(((...((((((......((.....))....))))))..(((((((((...(((........)))...)))))))))))).......(((((.((((....))))..(((.....)))............)))))..)))).)))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........(((((.......)).)))........((((...((((((......)))))).......)))).)))))......(((((...................)).))).(((((..........)).))).(((.........)))..((((..............)))).......(((((.....))))).((((((((.....)))))))).(((.........))).(((..(((((((.........)))))))..((((((((................))).((((....)))).)))))....)))........((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((..(((((.......)).)))....bbbb.(((((ccccc........))))).bbb....CCCCC...)))))..BBB.(((..................(((...(((((.........))))).)))(((....ddd..)))..((((.........<<<..))))..>>>....(((DDD..)))((((.((((...aaaaa.))))((((......AAAA....((((....[[[[[...))))..]]]]].....))))..A))))..........)))...((((....))))..BBBB..(((.........{{{{{)))(((}}}}}..)))..))))))).... |
