RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00419

RNA: TMR_00419
Rfam family: tmRNA

			GGGGGUGUUACGGUUUCGACUAGGAAGUGAAAAAUUGAUUGCAUGCGGAGGAUAUCGGUUGGCCUCCUAAAAAAACCGGUAAAACAAUAAAUGCUAACAAUAGCAAUAAAAUUGCAAAAGUUGACUUCCAGGAAGGGACUUUUGCUAGAGCUGCGUAAGACCUAACAGUCUUGGUAGCCCGAUAGUCUGAAACUGGACCGAGGGUUUUAGAAUCUAUCGUCAUUUUCUUGGUAUGAAUUCUUUUUCUCGCCGCUUCUAGGGAAAAGUUUUCAAGAUUAAAUGAAGCAAACUAACUUCGAUUGUUGCGUUCUGCAUAGGAGUUAGGGAUUUUACAGAACGAUAAGCAUGUAGUGGUCAAUUCGUAAUUUGCCAAGGACGAGAGUUCAAUUCUCUCCACCUCCAAUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((.((.(((.(..(((((((((((((((((((..[[[[[[[..)))))......]]]]]]].....................................................................(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((..<<<<<<)))))))))..)))))).......>>>>>>..(((.(.(((((((....aaaaa.))))))).).)))...........AAAAA...((((((((...((...{{{{{{{))..))))))))........}}}}}}}....)))))...)))))))))..).)).).)).))...(((((.......))))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((((((((..((((((.((((.(((..((...(((((.(((((((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..)))))).....))))).)))))...))..))).))))...)))))).((((...))))..........)))))...((((((((...(((........)))..)))))))).(((((((((............))))).))))....))))))..)))..(((.((((((...)))))))))........))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((((((((((.....((...(((((.........((((((((.............))))))))..........(((((....))))).......)))))..))..)))))).....(((....((((((..((((............))))..)))))))))..))))).)))))))....(((((((...(((((..(((((.....(((((((((((..((((((((...........))))))))..)))).......(((((....(((.(((.....((((((((((((..(((((........)))))))))))).).))))...))))))...)))))....)))))))))))))).))))))))))..)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....................((((((((((((((......((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))(((((((((((.....((..(((((((.(..........))))))))..)))))))..))))))......((((((((...(((........)))..))))))))...................))))))...)))))))))))))............(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((.((........(((((((.(((((((((((...........)))))................................................................................................................(((((((((((((((........)))))))))..))))))................(.................................).........................................................................))))))....))))))).........)).))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........................((((((((((((((......((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((........)))))))))))..........((((((......))))))...((((....(((........)))...))))...(((((((..(.((((((.........(((..((((((((...........))))))))..)))......)))))).)....(((((((....(((........)))...))))))))))))))............)))))...))))))))).................(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((..((....)).))))((((((((((((((......((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..(((((.))))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))(((((((((((.....((..((((((((...........))))))))..)))))))..))))))......((((((((...(((.(....).)))..))))))))...................))))))...)))))))))))))............(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............(((((((((...................(((((.[[[[[[[[..)))))......]]]]]]]]..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))....))))))))).((((..((((((((....[[[[[..))))))))..)))).........]]]]]...((((((((...(((..[[[[[[)))..)))))))).........]]]]]]............((((.((((...)))).)))).(((.[[[[[)))....]]]]].))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((..((((((.((((.(((..((...(((((.((((.((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))......)))).)))))...))..))).))))...)))))).)))).((((.((........))))))...((((((((...(((........)))..))))))))......((((............)))).(((.(((........)))))).....(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........................(((((((((((((((((((.[[[[[[[[..)))))......]]]]]]]]..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))((((((.((.....((((..((((((.((..........))))))))..))))))...))))))......((((((((...(((..{{{{{{)))..)))))))).........}}}}}}....))))))...)))))))).................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..(((.....)))..))..........(((((((.((...((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))........))....((((..(((((.(((..........))))))))..)))).........((((........))))........(((((((..(((((........))))))))))))....)))))))..((.(((........)))))......(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(((((.........)))))((((((((((((((......((((((((.............))))))))..........(((((....))))).((((((((((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))((((((((((((.........((((((((..........))))))))...))))))..))))))......((((((((........[[[[[[[....)))))))).)))))))]]]]]]]....)))))))))...))))))))))............(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((.(((.((((((........(((((...............))))).........(.........................................................((.((((............)))).)).......((((((.(((.(((..........))).)))...)))))).................((((((((.................))))))))...................((((((((((..(((........))).))))))))))...............)..))))))....))).)).......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((.(((.((((((.(......(((((...............))))).........(.........................................................((.((((............)))).)).......((((((.(((.(((..........))).)))...)))))).................((((((((.................))))))))...................(((((((((...(((........)))..)))))))))...............).)))))))....))).)).......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((.((((..((((((.((((.(((..((...(((((.(((((((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..)))))).....))))).)))))...))..))).))))...)))))).)))).........(((((..(((((........)))))..((((.(((((((..(((((........))))))))))))...)))).....)))))....)))))).......(((.((((((...))))))))).)))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((.....))))............((((((((.(((((((((((((.............)))))))).{{{{{{..((((((....))))).)....(((((((((((..((((...)))).))))))))).)).(((((.((((((.(...)))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..)))))).....)))))....((((..((((.((((..........))))))))..))))........(((((....[[[[)))))}}}}}}.(((((((..(((((.]]]]...))))))))))))....))))))))(((.((((.....).)))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((((....(..(........)..)...(((....((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......)))))))))))))).))))).)))))))....(((((..((.((((...(((((.....(((((((.(((..((((((((...........))))))))..)))..(((((..(((((........)))))..((((.(((((((..(((((........))))))))))))...)))).....)))))...........))))))))))))..))))))..))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..((..((..((((..((((((.((((.(((..((...(((((.(((((((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..)))))).....))))).)))))...))..))).))))...)))))).)))).))...)).(((((..(((((........)))))..((((.(((((((..(((((........))))))))))))...)))).....))))).............)).(((..(((((.......)))))..)))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((((((.((((.(((..((...(((((.(((((((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))..(((((((.((((((......))))))))))).(((((((((((((((........)))))))))..))))))))...))))).)))))...))..))).))))...)))))).)))).........(((((..(((((........)))))..((((.(((((((..(((((........))))))))))))...)))).....)))))...))))))).......(((.((((((...)))))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.............).)..(((((((((.(((((((((((.....(((((...(.((..))).))))).....(((((((.(((((....))))).))..))))((((((.(..((((...))))..)))))))(((..(((((((...).).).)))).....))).)(((((((((((((((........)))))))))..))))))(((((((((((....((..)).((((((((........)))))))).....)))))..))))))((((.............)))).(((((((..(((((........)))))))))))))))))))))))((((.(((........)))))))..(((..))))))))))))..)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((((.((((((.((..((((...((((........((((((((.............)))))))).........))))...)))).((((.....)))).....)).))))))....................(((((.((((((......))))))))))).....)))).)))))))....(((((..((.(((....(((((.....(((((((((((..(((((...(..........)..)))))..)))).......(((((.....((((((((...................)))))))).(((.(((((............)))))..)))..)))))....))))))))))))...)))))..))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((((....(..(........)..)...(((....((((((((.............))))))))..........(((((....)))))........(((((((((..((((...)))).)))))))))....(((((.((((((......)))))))))))))).))))).)))))))....(((((..((.((((...(((((.....(((((((((((..((((((((...........))))))))..)))).......(((((.....((((((((...(((........)))..)))))))).(((..((((............))))...)))..)))))....))))))))))))..))))))..))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((.((....)))))................(((((...........)))))......))))).............(((((....)))))........(((..........(((.....))).((((....)))).))).((((((......))))))...((((....((((......))))...))))...(((((((((((.........))))).)).))))..(((((..........)))))......(((........))).(((.((...........))))).((((.....))))..(((((...((((............)))).((((.((........)))))).((((....))))...))))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((.((....)))))..........(((...(((((.[[[[[[[[..)))))......]]]]]]]]..........(((((....)))))....((((.....))))....(((.....))).((((....)))).)))....(((......))).(((....)))..(((.....))).))))).(((((....)))))....((((....<<<<<)))).......(((((...{{{{{{{))))).((((.....))))...(((((...}}}}}))))).....(((.....)))}}>>>>>.(((((...((((............)))).(((...............))).((((....))))...))))).)))))))....

---