RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00422

RNA: TMR_00422
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((((........))))))))))))).(((..((((..(((..((((.(((..(((((((.(((.((((((...........)))))).............((.((((((......)))))).)).((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....))))))))..))))))))))..))).))))..))).((.(((((((...((((.....((((.......))))..))))...))))))).))...))))..)))......(((((.......))))).))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.((((((((((((((.((((..((..((((.(((.((((((((..(((((((((...........)))))))..........(....((((((......))))))...)((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....))))))))..)).)))))))).))).))))..))(((((.((...((((((....))))..)))).)))))..))))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.((((((((((((((.(((((.......)))))..........(((((......)))))....................((((.....((((........))))....))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))....................(((....................)))..................(((...((.....(((.........)))....))...))).......................))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..((..((((((((..(((((.....((((((((..............((((........)))).....................(((((...(((((......))))).....((((((((.((((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))..).)))))))).....))))).........)))..........(((........))).........)))))........))))).....))))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((..((((((((..(((.((((((((((((((.((((..((..((((.(((.((((((((.((((((((((...........)))))))..........(.((.((((((......)))))).)))((((((((.((((((((.....())))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))..).))))))))..))))))))))).))).))))..))(((((.((...(((((((())))))..)))).)))))..))))))))))...))))))))..))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((.(((...)))((((.....((((((((.((((((((((...........))))).................((((((......))))))....((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....))))))))))))))))))))).....))))....(((((.(((........)))............))))).....)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((.((((((((((((((.((((.(((..((((.(((.(((((((.(((((......)))))....................((((.((.((((((......)))))).))))))((((((.(((((((.......)))))))...)))))).........((((((((...((((((((((......))))))))))...))).)))))......))))))).))).))))..))).))))(((........))).......................))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((..(((((((((((((((((((.(((..((((.(((.(((((((((([[..........))......................((....((((((......))))))...))(((((((..(((((((.......)))))))....((((((..........))))))...((((((((((......))))))))))....)))))))...]].)))))))).))).))))..))).))))(((........)))......................)))))))...)))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((((((.(((..((((.(((.(((((((((((((......))))).........................((.((((((......)))))).)).((((((((..((((((.(......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....)))))))).....)))))))).))).))))..))).))))(((........)))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((.((((((((.......(((((.......))))).....(((((((..(((((((...........)))))))........(((((..((((((......))))))....((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....)))))))).....)))))................(((((.(((........)))............)))))....)))))))....))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((............)))))..........(...(...........................((((((........)))).))....((((((..(((((((.......)))))))....)))))).....................(((((((........)))))))....................((((((((((...(((.........)))..))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((............)))))..........(...(...........................((((((........)))).))....((((((..(((((((.......)))))))....)))))).....................(((((((........)))))))....................(((((((((....(((.........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((.((((((((((((.((((((......((((.(((.((((((((.((((.......................................((((((......))))))....((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....)))))))).)))))))))))).))).))))....(((((.((.....((((....))))....)).)))))..))))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((((((.(((..((((.(((.((((((((((((([[[[[[)))))......]]]]]]...........(.((.((((((.(...))))))).)))((((((((..((((((.((....))))))))...(((((((..........)))))))..(((((((((((...).))))))))))....)))))))).....)))))))).))).))))..))).))))(((........)))...(((((.......)))))..)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((......((((((((.....((((((......((((.............(((((......))))).....................(((((..((((((......))))))....((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....)))))))).....)))))........))))....(((((.....((((............))))..)))))..)))))).......)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....)).((((.....(((((((..((((.((((((((((((((.((((......((((.(((.((((((((.((((.......................................((((((......))))))....((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....)))))))).)))))))))))).))).))))....(((((.((.....((((....))))....)).)))))..))))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((((((.(((..((((.(((.((((((((.(((((.................................(.((.((((((......)))))).)))(((((((((((((((((.......)))))))....((((((..........)))))))).((((((((((......))))))))))....))))))))))))))))))))).))).))))..))).))))(((........)))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((((..(((((((((((((.((((.(((((.(....)))))).((((((((((((.(((...))))))..((.(........).))....((((((((....)))).))).)....(((((((((((((...(((.((((..)))).)))..(((((((..........)))))))...(((((((((......))))))))).).))))))))))..)).)))))))))((..))..(..)(((((..(.(((((((((..))))..)))))))))))......))))...).))))))))).)))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((.(((((......((((.(((.((((((((.((((.......................................((((((......))))))....((((((((..((((((.........))))))...(((((((..........)))))))..((((((((((......))))))))))....)))))))).)))))))))))).))).))))....(((((..(......((......)).....)..)))))..))))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((((((.(((..((((.(((.((((((((.(((........................................((((((......))))))....((((((((..(((((((.......)))))))...(..((((..........))))..)..((((((((((......))))))))))....))))))))..))))))))))).))).))))..))).))))(((........)))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......(((....((((aaaaa)))...AAAAA.((((.....)))).(((((....))))).(((.....))).(((((....{{{....)))))....(((((...(((((((((((......)))))).((((.((((..bbbbb))))))))..BBBBB........<<<<<.....)))))>>>>>}}}.[[[[[[[[[[..))))]]]]]]]]]]...)))))....((((....)))).......)))))..(((((.....((((............))))..)))))....(((......ccc)))....(((..CCC))).(((.(((((.......)))))....)))....

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