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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00423



RNA: TMR_00423
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((........(((((..(((((.......(((((((.............))))))).........((((..........))))...........((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).))))))).))))))................(((((((((.((....))..))))))))).................(((.((((((..(((((....)))))..)))))).))).....................))))).....))))).........)))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((.(((((..(((((.......(((((((.............))))))).......................(((.....)))....((((((......)))))).(((((.(((((((...........)))))))..)))))....((((((......(((((((((.((....))..))))))))).................(((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))...))))))............))))).....)))))..))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((.(((((.((((((.......(((((((.............)))))))......(((((((.((....)).))))).)).......((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).))))))).))))))......((((..(((.(((((((((.((....))..)))))))))........)))..))))(((.(((((((.((((((()))))))).)))))).))).....................))))))....)))))..))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((.(((....))).(((.....)))......[[[[[[[..)))))))....]]]]]]].....((((((((..........))))).)))......((((((......)))))).(((((((((((((...[[[[[[..))))))).))))))........]]]]]]..(((((((((...[[[[[[..))))))))).........]]]]]]..(((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))....................((((((.........))))))........(((((.[[[[[)))))..]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((....(((((((((((..((((.((((((..((..(((..(((....))).)))..)).......((((((.((((.(((.....)))....((((((......)))))).(((((((((((((...((....))))))))).))))))..............)))).)))))).)))))).)))))))...((.........))......(((.((((((..(((((....)))))..)))))).))).....((...((((((....)).)))).)).))))).)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((((((.(((....((((..((((.((((((..((..(((..(((....))).)))..)).......((((((.((((.(((.....)))((((((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).))))))))).)))).......))))...)))).)))))).)))))).))))))))...(((((.((....((....(((.((((((..(((((....)))))..)))))).))).....)).............((((((.((....))))))))...)).)))))..)))...))))))))))).)))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.......(((((.((((((.......(((((((.............)))))))..............((((..((((((((..........((((((......)))))).....(((((((((...........))))))))))))))))).((((((......(((((((((...........)))))))))............((((.....((((((..(((((....)))))..)))))).))))..))))))...)))).....))))))....)))))........))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((((((.(((....((((..((((.((((((..((..(((..(((....))).)))..)).......((((((.((((.(((.....)))((((((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).))))))).)))))).......))))...)))).)))))).)))))).))))))))...(((((.((....((....(((.((((((..(((((....)))))..)))))).))).....)).............((((((.((....))))))))...)).)))))..)))...))))))))))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((..((((...((.(((..(((((........(((..(((((((.((.(((....))).)).........))))))).))).......))))).))).))..))))...))))((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).))))))).))))))......(((..(((..(((((((((.((....))..)))))))))..........(((((((((..((((((..(((((....)))))..)))))).........((..((.(((.....((((((.((....))))))))...))).))..)).)))))))))......)))..)))..)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((((((.((((((((.((((((.(....)(((((((.............)))))))..............((((..((((((((.(.(((....((((((......)))))).))))(((((((((..((....)).))))))))))))))))).((((((..(((.(((((((((.((....))..))))))))).........(((....)))..((((((..(((((....)))))..)))))).)))...))))))...)))).....))))))....))))).(.((((.....)))).))))...))))))))))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.......................((((.(....).(((((((...(......)..)))))))...(.((((((((.(.......)))))).))).)((((((((((......)))))).((((((((((((((........).))))))).))))))(((..)))((((((..(((......))))))))))))).((((((((..(((....((((.((((.((((((((((((((..)))))))))))))).))))))))...)))..))).))))))))).)))))))...))).(((..)))((..))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((..............((((..((((.((((((..(...(((..(((....))).)))...).......((((((.((((............((((((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).)))))))).))))).......))))...)))).)))))).)))))).)))))))).............(((....)))..........)))))))))(((((((((.((((((((...................((((((.........))))))...........))).))))).))))))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((..((...((.....((((..((((.((((((..((..(((..(((....))).)))..)).......((((((.((((.(((.....)))((((((((((......)))))).(((((((((((((..((....)).))))))).)))))).......))))...)))).)))))).)))))).))))))))..)).....(((.(((....))).)))..))..)))))))))(((((((((.((((((((....((........))...((((((.((....))))))))...........))).))))).))))))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((....)))))))...(((((..((((...........)))).((((.....)))).....((((............))))..........)))))....(((((((((......)))))).(((((((((((((...........))))))).)))))).......))).((((....(((((..((.......))))))).((((.............))))..((((((..(((((....)))))..)))))).(((............)))..((((....)))).)))).....((((.....))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((...........)))))...((((....aaaaa...))))..AAAAA..)))........((((........{{{{))))........}}}}....((((..((((((......)))))).[[[[[((((....))))..))))....((((((]]]]]....)))))).((((....(((((....<<<<<<...))))).((((.......>>>>>>))))..((((((..(((((....)))))..)))))).(((............)))..((((....)))).)))).....((((.....))))...(((((.......))))))))))))....