|
|
|
GGGGCUGAUUCAGGAUUCGACAGGAUCAAGAAGGCUUGUGGAGCAUGCCGUGGGGCGGUUGGCCACGUAAAAAGCCGCAAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUUCGCACUAGCAGCUUAAUAACCUGCUAGCGCACUUCUACCCUAGCUUCCGCUUGUAAGACGGGGAAUCAUAGAAGUUCAAACCCAAACGAGAUAGCGAGGGAACCUUUGACUAGAGAGGUGAACCGCGAAAUAGAAUUCUGGUAUGUAUUUACAUGGCGUGUCUGUUCGCAGUGUACUUACGAGAAUAAAGAUAGACUAAGCAUGUAGCGCCUAUGGUUGGAUUGCUCUUGGACGCGGGUUCAAAUCCCGCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((.(((...((((...((.(((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>..............................((.((.((((.........)))).)).))(((((((((((..(((...[[[[[)))..)))).....)))))))..........]]]]]...(((.....(((((..{{{{{{)))))....)))..........}}}}}}..(((........(((.aaaaaaa)))........))).........AAAAAAA...)))))...).))...))))...))).)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((......)).....((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).((((..((((..(((........)))..)))).......))))....................((......((((........)))).....))........................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((..(((((....)))))..))))))))(((((((...(((.((((((((((((((.(((((..((((..........((((....))))......(((((.(((((((.........)))))))..(((((((.(((..(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..)))..)))...((......)))))))))....))))).........)))).....)))))..(((((((((((((...(((....)))..))))..))))..((.......)).)))))..))))).))))))))))))..(((((.......)))))..))))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((.........)))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((...........((..(((((..................................................................((((.........))))......(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))...........))))))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((..(((((....)))))..))))))).(((((((............((................))...........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).))((((((((((.......((.........))))).....)))))))..........................((((((......))))))...............................((((.(((........)))................................))))............................(((((.......)))))..))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...............((.((((((......((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....................................................................(((..(((((.(((........))).)))))..)))...................))))))....))...............))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((.......((.((((((.((((((..((((((((((............))))))..............................((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....)))).........(((.....((((((......))))))....)))........(((((.((..(....(((((.(((........))).))))).).)).))))).............)))))...)..)))))))).......)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((..(((((....)))))..))))))))(((((((..((((((((((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).))((((((((((.......((.........))))).....)))))))..................((..((..((((((......))))))...)))).......................((((((....((((((((...((......))..)))......)))))....))))))...))))))))................(((((.......)))))..))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((..............((.(((((((((((.........)))))......................(......)................(((((.........))))).....(((((((((((.(((..........)).))))).....)))))))................................(((((..(.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....))..............)))))............................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((..(((((....)))))..))))))))(((((((....(((((.[[[[[[..))))).....]]]]]].........((((....)))).....((((((.(((((((.........)))))))...(((((((((((..(((...[[[[[)))..)))).....)))))))..........]]]]]...))))))..((((((......))))))..((((.(((......))))))).((((..(((((.(((.[[[[[[[))).)))))..))))........]]]]]]]..((((..((((.......))))...)))).(((((.[[[[[)))))..]]]]]..))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((..(((((....)))))..))))))).(((((((.((..(((((((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..))).)))).((((((......))))))((((((((.......(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).((((..((((((.((((.......)))).)))).))..))))...))).)))))....)))))))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((<<..((..(((((....)))))..))..))).{{..(((...((.....((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))...........................(((((........))))).........................(((..(((((.(((.[[[....))).)))))..))).............]]]..................)).................(((((.......)))))>>)))))}}.. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((..........(.(((((...((..(((....)))..)).((((((.((...))....))))))..........)))))..........(((((.(((((((((.........)))))))))..((((((((((..(((........)))..)))).)....)))))....................(((....((((((......))))))...)))...................((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))......................................))))).))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((..(((((....)))))..))))))).(((((((..(.(.....((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....((((......(((..................)))...))))..))).)))).((((((......)))))).......).......(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).)))))..(((....((((.(((.........))).)))).....))).....(((((.......)))))).))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((((((..........(((((((((((((((((((((..(((((((((..........)))...........((((....)))).....((((((.(((((((.........)))))))...(((((((.......(((((.........))))).....)))))))..................))))))..((((((......)))))).)))))).........................))))))))))...))))))).....................................))))...)))))))....)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((......))).(((((((((............))))))..........(((.......))).......((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....))).........................((((((......................)))))).((((..(((((.(((........))).)))))..)))).............................(((.(((......)))..))).............................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...................((...)).((((((..((..(((((..............)))))..................(((.........((....))............................(((...................)))............)))..............((((............((((((...((....))...........)).)))).............(((........))).........)))).............))..))))))....................)))))............................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))...((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((.................))))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(.((((((((.(....(....(((.((((((((((..(.....)))))).........((............))................((....((.(.........).))....))(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))......(............................((((..((....))............)))))...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....)))....).....)))))))))..)............................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))...((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((.................))))))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(.((((((((.(....((...(((.((((((((((..(.....)))))).......((((............))................(.....((.(.........).)).....)(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))..................(((.............(......)(....)))).............))...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....)))...)).....)))))))))..)............................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((.........(....((..((((((((((..(.....)))))).........((............))................(........((..........)).....)(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))..................(((.............(......)......)))..................((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))....).........)))))............................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((..(((((....)))))..)))..((...((((((.((((((((((((((.(((.(((...................((((....))))...((((((((.(((((((.........))))))).)).......((((..(((........)))..)))).......)))))).........)))...((((((((....))))).)))....))).))))))........(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............((.....)).)))))))).....)))))).))..(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((..(((((....)))))..)))......................((((((............)))))).........((((....))))(((...)))...(((((((.........)))))))....(((((([[[..[[[....[[[[[..............))))))...........]]]]]..]]]..]]].((((((......))))))..........((((({{{{{.{{{.......{{{{.{{{..))))).}}}.}}}}...}}}.}}}}}.((((..((((((.((((.......)))).)))).))..))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((........(((((...((((.......((((((((....((((((............)))))).........((((....))))......(((((.(((((((.........)))))))..(((((((...((((......(((((........((((.......))))........)))))....(((((....))))).)))))))))))....))))).........))))))))..(((((((....(((((((.......................)))))))....))))))).)))).))))).......))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((...................((((............))))((((((............)))))).................................(((((((.........)))))))...(((((((((((..................)))).....)))))))..................(((......(((((......))))).....))).......................(((((.(((........))).)))))....................(((......)))..................)))))).............................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((........((....))..(((((..((..(((((..............)))))...........(((.........................((..........))......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)))................................................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))).....................)))))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((..(((((....)))))..)))..((...((((((.((((((((((((((.(((.(((...................((((....))))...((((((((.(((((((.........))))))).)).......((((..(((........)))..)))).......)))))).........)))...((((((((....))))).)))....))).))))))........(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............((.....)).)))))))).....)))))).))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((((((((((....)))))....((((..((...(((((((((((.((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..))).)))).((((((......))))))...))))).......(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............)))))).))))))....))))))))).)).(((.(((((.......)))))....))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((.((.(((((.((.....))))))).))(((.((((((((((((((.(((.(((...................((((....))))...((((((((.(((((((.........))))))).)).......((((..(((........)))..)))).......)))))).........)))...((((((((....))))).)))....))).))))))........(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............((.....)).)))))))).....)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((((((((((..))))))))))))))))(((((((.((..(((((...(((((((.(((...................(((.(((.((..((..))..))..((((((((......).)))))))...(((((((....(....(((.(......))))...)...)))))))(((((..(.((((........)))))...)))))(((.((..((..))((((..(..((..))..).(((((..)))))..(((......))).))))..((((((.............)))))).)).))).(((...)))...((...)))))))))))))).)))).)))))))))))))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.(.(((((.((....(.(.........((((......((((((.((...))....)))))).......(((((.....((.(.(.......((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))((............))).)))...........(.(..(.......................)..).)..(((..(.....(((........))).....)..))).............))))).)))))...).........).....).)))))....).......)))))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((................................(((((((..................................((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....((((.................................))))..))).))))..............................................................................................................))))))).........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((..(((((....)))))..))......(.(..((((((...((.((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).((((((((((..(((........)))..)))).....)))))).......))..........(((.....((((((......))))))....)))..................(((..(((((.(((........))).)))))..)))...................))))))..).).....((......))........(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((..(((((....)))))..))).......((((((.((((((((((((((............)))))).......(((((...............(((((.(((((((.........)))))))..((((((..((((.(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..))).))))...((......)).))))))....))))).....(((((.(((.((((.......(((........)))...)))).))).))))).......))))).((.....)).)))))))).....)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.......(((((....))))).....)))).((((((..((((....))))...(((..........)))...........((((....)))).....)))))).(((((((.........)))))))..(((((((..........(((.........))).((((.......)))).................(((((....))))).....))))))).((((.............)))).(((....))).((((.((((.((((.((....))..)))).....))))...(((.((..(((.....))).)))))..))))..((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |