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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00427



RNA: TMR_00427
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............(((((.(((...((((...((.(((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>..............................((.((.((((.........)))).)).))(((((((((((..(((...[[[[[)))..)))).....)))))))..........]]]]]...(((.....(((((..{{{{{{)))))....)))..........}}}}}}..(((........(((.aaaaaaa)))........))).........AAAAAAA...)))))...).))...))))...))).)))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................((......)).....((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).((((..((((..(((........)))..)))).......))))....................((......((((........)))).....))........................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((..(((((....)))))..))))))))(((((((...(((.((((((((((((((.(((((..((((..........((((....))))......(((((.(((((((.........)))))))..(((((((.(((..(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..)))..)))...((......)))))))))....))))).........)))).....)))))..(((((((((((((...(((....)))..))))..))))..((.......)).)))))..))))).))))))))))))..(((((.......)))))..)))))))..
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((((.........))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((...........((..(((((..................................................................((((.........))))......(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).................................((((((......................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))).....))...........))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((..(((((....)))))..))))))).(((((((............((................))...........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).))((((((((((.......((.........))))).....)))))))..........................((((((......))))))...............................((((.(((........)))................................))))............................(((((.......)))))..)))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((...............((.((((((......((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....................................................................(((..(((((.(((........))).)))))..)))...................))))))....))...............))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((.......((.((((((.((((((..((((((((((............))))))..............................((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....)))).........(((.....((((((......))))))....)))........(((((.((..(....(((((.(((........))).))))).).)).))))).............)))))...)..)))))))).......)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((..(((((....)))))..))))))))(((((((..((((((((((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).))((((((((((.......((.........))))).....)))))))..................((..((..((((((......))))))...)))).......................((((((....((((((((...((......))..)))......)))))....))))))...))))))))................(((((.......)))))..)))))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((..............((.(((((((((((.........)))))......................(......)................(((((.........))))).....(((((((((((.(((..........)).))))).....)))))))................................(((((..(.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....))..............)))))...............................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((..(((((....)))))..))))))))(((((((....(((((.[[[[[[..))))).....]]]]]].........((((....)))).....((((((.(((((((.........)))))))...(((((((((((..(((...[[[[[)))..)))).....)))))))..........]]]]]...))))))..((((((......))))))..((((.(((......))))))).((((..(((((.(((.[[[[[[[))).)))))..))))........]]]]]]]..((((..((((.......))))...)))).(((((.[[[[[)))))..]]]]]..)))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((..(((((....)))))..))))))).(((((((.((..(((((((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..))).)))).((((((......))))))((((((((.......(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).((((..((((((.((((.......)))).)))).))..))))...))).)))))....))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((<<..((..(((((....)))))..))..))).{{..(((...((.....((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).((((((((((..(((........)))..)))).....))))))...........................(((((........))))).........................(((..(((((.(((.[[[....))).)))))..))).............]]]..................)).................(((((.......)))))>>)))))}}..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..........(.(((((...((..(((....)))..)).((((((.((...))....))))))..........)))))..........(((((.(((((((((.........)))))))))..((((((((((..(((........)))..)))).)....)))))....................(((....((((((......))))))...)))...................((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))......................................))))).))))))...(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((..(((((....)))))..))))))).(((((((..(.(.....((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....((((......(((..................)))...))))..))).)))).((((((......)))))).......).......(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).)))))..(((....((((.(((.........))).)))).....))).....(((((.......)))))).)))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((((..........(((((((((((((((((((((..(((((((((..........)))...........((((....)))).....((((((.(((((((.........)))))))...(((((((.......(((((.........))))).....)))))))..................))))))..((((((......)))))).)))))).........................))))))))))...))))))).....................................))))...)))))))....)))))).(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((......))).(((((((((............))))))..........(((.......))).......((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....))))))).....))).........................((((((......................)))))).((((..(((((.(((........))).)))))..)))).............................(((.(((......)))..)))..............................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...................((...)).((((((..((..(((((..............)))))..................(((.........((....))............................(((...................)))............)))..............((((............((((((...((....))...........)).)))).............(((........))).........)))).............))..))))))....................)))))...............................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))...((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((.................))))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))...((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((.................))))))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(.((((((((.(....((...(((.((((((((((..(.....)))))).......((((............))................(.....((.(.........).)).....)(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))..................(((.............(......)(....)))).............))...((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....)))...)).....)))))))))..)............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((.........(....((..((((((((((..(.....)))))).........((............))................(........((..........)).....)(((((((((((.((((........)))).)))).....)))))))..................(((.............(......)......)))..................((((((((((((((........))))))))))))))...................))))).....))....).........)))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..(((((....)))))..)))..((...((((((.((((((((((((((.(((.(((...................((((....))))...((((((((.(((((((.........))))))).)).......((((..(((........)))..)))).......)))))).........)))...((((((((....))))).)))....))).))))))........(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............((.....)).)))))))).....)))))).))..(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..(((((....)))))..)))......................((((((............)))))).........((((....))))(((...)))...(((((((.........)))))))....(((((([[[..[[[....[[[[[..............))))))...........]]]]]..]]]..]]].((((((......))))))..........((((({{{{{.{{{.......{{{{.{{{..))))).}}}.}}}}...}}}.}}}}}.((((..((((((.((((.......)))).)))).))..))))....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((........(((((...((((.......((((((((....((((((............)))))).........((((....))))......(((((.(((((((.........)))))))..(((((((...((((......(((((........((((.......))))........)))))....(((((....))))).)))))))))))....))))).........))))))))..(((((((....(((((((.......................)))))))....))))))).)))).))))).......))))))).(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((...................((((............))))((((((............)))))).................................(((((((.........)))))))...(((((((((((..................)))).....)))))))..................(((......(((((......))))).....))).......................(((((.(((........))).)))))....................(((......)))..................))))))..............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((........((....))..(((((..((..(((((..............)))))...........(((.........................((..........))......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)))................................................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))).....................)))))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..(((((....)))))..)))..((...((((((.((((((((((((((.(((.(((...................((((....))))...((((((((.(((((((.........))))))).)).......((((..(((........)))..)))).......)))))).........)))...((((((((....))))).)))....))).))))))........(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............((.....)).)))))))).....)))))).))..(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((((((((....)))))....((((..((...(((((((((((.((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..))).)))).((((((......))))))...))))).......(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............)))))).))))))....))))))))).)).(((.(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((.((.(((((.((.....))))))).))(((.((((((((((((((.(((.(((...................((((....))))...((((((((.(((((((.........))))))).)).......((((..(((........)))..)))).......)))))).........)))...((((((((....))))).)))....))).))))))........(((((.(((.((....((((.(((........))).)))))).))).))))).............((.....)).)))))))).....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((((((((((..))))))))))))))))(((((((.((..(((((...(((((((.(((...................(((.(((.((..((..))..))..((((((((......).)))))))...(((((((....(....(((.(......))))...)...)))))))(((((..(.((((........)))))...)))))(((.((..((..))((((..(..((..))..).(((((..)))))..(((......))).))))..((((((.............)))))).)).))).(((...)))...((...)))))))))))))).)))).))))))))))))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.(.(((((.((....(.(.........((((......((((((.((...))....)))))).......(((((.....((.(.(.......((.(((((((.........))))))).))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))((............))).)))...........(.(..(.......................)..).)..(((..(.....(((........))).....)..))).............))))).)))))...).........).....).)))))....).......)))))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((................................(((((((..................................((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).......((((.(((....((((.................................))))..))).))))..............................................................................................................))))))).........)))))..(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((..(((((....)))))..))......(.(..((((((...((.((((((............)))))).........((((....)))).........((.(((((((.........))))))).)).((((((((((..(((........)))..)))).....)))))).......))..........(((.....((((((......))))))....)))..................(((..(((((.(((........))).)))))..)))...................))))))..).).....((......))........(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..(((((....)))))..))).......((((((.((((((((((((((............)))))).......(((((...............(((((.(((((((.........)))))))..((((((..((((.(((....(((((.....(((((((.......))))...)))..)))))..))).))))...((......)).))))))....))))).....(((((.(((.((((.......(((........)))...)))).))).))))).......))))).((.....)).)))))))).....)))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.......(((((....))))).....)))).((((((..((((....))))...(((..........)))...........((((....)))).....)))))).(((((((.........)))))))..(((((((..........(((.........))).((((.......)))).................(((((....))))).....))))))).((((.............)))).(((....))).((((.((((.((((.((....))..)))).....))))...(((.((..(((.....))).)))))..))))..((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................