|
|
|
GGGGCUGCACUGGUUUCGACGCGGGUACGGACGCGCAGUGGGGCAUGCCGAGCUUAGUGUGCUCGUAAAACUGACUAAAACAAACUAACUGCAAACGACGAACGUUUCGCACUCGCUGCUUAAUAACCAGUGAGCCCUACAACAGCAGGCCGAUGGGCUGGGCAAGGGGUCUUUAGCGCAAGUUGAAGGCUCCCGGCUGUAGGGUCAUACACAUCGGCUGGCCUGGUACCGGGCACCUUGGUAUCAGGCGAGACAAUAGGAUGCUGGCAACCUGUAUAGCGUGCUGCUGCGCGAUACGGGAAGUGAGACUCAAAUCAGACGGCUAAGCAUGUAGAACUACGCGAAGAAGGCUUGCGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCAGCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((.((((..((((((((((<<<<<..)))))........>>>>>.................................(((((((.........)))))))(((((((.((((..{{{{{{{.)))).((..(((((.((((((....)))))).)))))..))))))))).......}}}}}}}..((((((((((.aaaa.aaa))))))))))........AAA.AAAA..(..((......(((.[[[[[[[)))......))..)............]]].]]]]...))))).....)))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((..((((.((((((..((...(((((((....(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))).((((((.........)))))))))))))..(((((((((((((.((((((.....((((((((((....)))))))))))))))).(((......))).)))))))).(((((((((((((...)))))))))))))............)))))))...)))))).(((((((((((...(((..(((........)))..)))...))))..))))))).......))))..))).))))))....((((((....))))))..)))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....((((((.(((....(((((.........(((((.......)))))......................))))).((((.....))))))).))))))........)))))))))))))).........((((((((.....(((..((((((((((((....))))))))))))..))).............)))))))).(((((((((((((...))))))))))))).................((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))....................................................(..(((((.......))))).....)..... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....................................((((.(((((.......)))))........................((((((((.....))))).)))(((((((.........)))))))((((((..(....((((....)))))(((..((((((................))))))..)))))))))................(((((((((((((...)))))))))))))..............((.((..(((((((.(((((....))))).)))))))..)).))....................))))............................(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.(((...((((((........(((((..................................................(((((((.........)))))))((((((..((((..........))))(((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))).....)))))......((((((((((.........))))))))))..............((.((..(((((((.((((......)))).)))))))..)).))...................))))))...))).))))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....((((((.(((....(((((.((((((((.((())).)))))))).......................))))).((((.....))))))).))))))........))))))))))))))....(((((((((((((((((.(((..((((((((((((....))))))))))))..)))....)))).....)))))))).(((((((((((((...)))))))))))))............)))))((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))....................................((...........))(((((((((.......)))))..).))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....(((........)))((((((((......(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))))))))))).....))))))))))))))....((((.[[[[[[[[.))))(((..((((((((((((....))))))))))))..)))(((......))).]]]]]]]].(((((((((((((...)))))))))))))...........((((((((..(((((((..(((((....))))))))))))...(((........)))....))).)))))...(((...(((((.......)))))...[[[[[))).....]]]]].......... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).........................(((((((.....))))).)).(((((((.........)))))))((((((.......((((....)))).(((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))).......((((..((.(((((((((((((...))))))))))))).)).......))))((.((..(((((((..(((((....))))))))))))..)).))...................))))))...))).))))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....((({{......)))((((((.((((((([[......)))))))]]........................((((((((.....))))).)))}})))))).....))))))))))))))....((((.((((((((...((.<<..((((((((((((....))))))))))))))>>..............)))))))).(((((((((((((...))))))))))))).............))))....(((((((.(((((....))))).)))))))...........................................................(((((.......)))))........... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((........)))(.(((...(((((((((((.......))))).........................(((((((.....))))).)).(((((((.........)))))))((((((.......((((....))))..((..((((((((((((....))))))))))))..)).)))))).........(...((.(((((((((((((...))))))))))))).))........)..((.((..(((((((..(((((....))))))))))))..)).))...................))))))...))).)((((.......)))))...(((((......))))).))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.......((((........)))))))))..(((((((((((.......))))).....((((.............................(((((((.(((((((.........)))))))(((((((.[[[[[[[[[[[[[.(((((.....(((((((((((....))))))))))))))))))))))).......]]]]]]]].(((((((((((((...)))))))))))))............]]]]]....(((((((..(((((....))))))))))))..))))))).....))))........)))))).......(((((.......)))))...(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.....(((((...............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))((((((...(((..........))).......................................))))))..................((((((((.........))))))))...................((((((((((..(((........)))..))))))))))..................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(...(((((...............)))))........(...(....................((.((((.........)))).))((((((...(((..........))).......................................))))))..................((((((((.........))))))))...................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....(((........)))((((((((......(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))))))))))).....))))))))))))))....((((.[[[[[[[[.))))(((..((((((((((((....))))))))))))..))).............]]]]]]]].(((((((((((((...))))))))))))).........(((.(((((((((((.....((((((((((((......((.((..((.....))..))...)).....))).))))...))))).....))).))))....(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.....{{{.)))............[[[[[[(((((...<<<<)))))........................((((((((.....))))).))).[[[[[[......)))]]]]]].((((((.....(.((((....)))))(((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))..>>>>.((((.....(((((((((((((...)))))))))))))..........)))).......(((((((..(((((....))))))))))))..........................]]]]]].......((((......}}}))))...((((((....)))))).))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....((((((.........((((.((((((((........)))))))).....))))...................(((((.....)))))...))))))........))))))))))))))......(((((((....(((((.....((((((((((((....))))))))))))........(((((.......(((((..(((((((((((((...))))))))))))).............)))))...(((((((..(((((....))))))))))))......)))))........))))).....((((....)))).......)))))))....(((((........))))).......... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((.(.((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))).))).).))))))))..........(.((.(((((((((((((...))))))))))))).)).)........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).))))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((.(((.((......)).))).))).((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((...((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))).)))...))))))))............((.(((((((((((((...))))))))))))).))..........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).)))).......)).((....(((((.......)))))..))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((.....(((........)))((((((((......(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))))))))))).....))))))))))))))......((((((((...((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))...(((((...((((((.(((.(((((((((((((...))))))))))))).)).).....)))).))((..(((((((..(((((....))))))))))))..))..)))))........)))))...)..(((....)))........)))))))(((((((((........))))).).))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((.............)))).))))))))(..).(((((.......))))).....(((((........))...(((((((((..(((..)))))..((((((((......).))))))).)((((((((((((.((((((((.(......(((((((((((((..))))))))))))).(((((..)))))..))))))))))))..))))(((((((...))))))).(((((...........)).)))((((((((((.(((((......))))).))))))))))...((((......))..))......)))))((((.(......)))))))))))..(((((.((..)))))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((...((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))))))....))))))))............((.(((((((((((((...))))))))))))).))..........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).))))......)))))))...(((((......))))).))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((...((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))))))....))))))))............((.((((((((((((....).))))))))))).))..........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).))))......))..)))...(((((......))))).))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((((.(((((....)).)))....((((((((((....(((((.......)))))...........................(((((.....))))).)).))))))))......))))))))))))....(((((.((((....))))......((((((((((((....))))))))).))).)))))..((((.........)))).((((((((((((.....))))))))))))......(((((.((....)).)))))....(((((....))))).((((...............................))))......(((((.......)))))...(((((........))))).......... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((..[[[[.))((((.dddd....))))DDDD.]]]].....((((((((<<<<<..)))).....>>>>>....................(((.....))).((((...(((((.........))))).((((.....bbbb.((((....)))).(((..ccc)))((((((....))))))(((.CCC.)))bbb))))..BBB......BBBB(((((....))))).....aaaaaa..))))........AAAAAA)))).((((((...(((((....))))).))))))...(((...............{{{......(((....)))(((.((....)))))....{{{{{.)))...}}}}}.}}}....... |