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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00429



RNA: TMR_00429
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((..((((.((((((..((...(((((((....(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))).((((((.........)))))))))))))..(((((((((((((.((((((.....((((((((((....)))))))))))))))).(((......))).)))))))).(((((((((((((...)))))))))))))............)))))))...)))))).(((((((((((...(((..(((........)))..)))...))))..))))))).......))))..))).))))))....((((((....))))))..))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.....((((((.(((....(((((.........(((((.......)))))......................))))).((((.....))))))).))))))........)))))))))))))).........((((((((.....(((..((((((((((((....))))))))))))..))).............)))))))).(((((((((((((...))))))))))))).................((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))....................................................(..(((((.......))))).....).....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.(((...((((((........(((((..................................................(((((((.........)))))))((((((..((((..........))))(((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))).....)))))......((((((((((.........))))))))))..............((.((..(((((((.((((......)))).)))))))..)).))...................))))))...))).))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.....((((((.(((....(((((.((((((((.((())).)))))))).......................))))).((((.....))))))).))))))........))))))))))))))....(((((((((((((((((.(((..((((((((((((....))))))))))))..)))....)))).....)))))))).(((((((((((((...)))))))))))))............)))))((..(((((((.(((((....))))).)))))))..))....................................((...........))(((((((((.......)))))..).)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.....(((........)))((((((((......(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))))))))))).....))))))))))))))....((((.[[[[[[[[.))))(((..((((((((((((....))))))))))))..)))(((......))).]]]]]]]].(((((((((((((...)))))))))))))...........((((((((..(((((((..(((((....))))))))))))...(((........)))....))).)))))...(((...(((((.......)))))...[[[[[))).....]]]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).........................(((((((.....))))).)).(((((((.........)))))))((((((.......((((....)))).(((..((((((((((((....))))))))))))..))))))))).......((((..((.(((((((((((((...))))))))))))).)).......))))((.((..(((((((..(((((....))))))))))))..)).))...................))))))...))).))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((........)))(.(((...(((((((((((.......))))).........................(((((((.....))))).)).(((((((.........)))))))((((((.......((((....))))..((..((((((((((((....))))))))))))..)).)))))).........(...((.(((((((((((((...))))))))))))).))........)..((.((..(((((((..(((((....))))))))))))..)).))...................))))))...))).)((((.......)))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......((((........)))))))))..(((((((((((.......))))).....((((.............................(((((((.(((((((.........)))))))(((((((.[[[[[[[[[[[[[.(((((.....(((((((((((....))))))))))))))))))))))).......]]]]]]]].(((((((((((((...)))))))))))))............]]]]]....(((((((..(((((....))))))))))))..))))))).....))))........)))))).......(((((.......)))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.....(((........)))((((((((......(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))))))))))).....))))))))))))))....((((.[[[[[[[[.))))(((..((((((((((((....))))))))))))..))).............]]]]]]]].(((((((((((((...))))))))))))).........(((.(((((((((((.....((((((((((((......((.((..((.....))..))...)).....))).))))...))))).....))).))))....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.....{{{.)))............[[[[[[(((((...<<<<)))))........................((((((((.....))))).))).[[[[[[......)))]]]]]].((((((.....(.((((....)))))(((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))..>>>>.((((.....(((((((((((((...)))))))))))))..........)))).......(((((((..(((((....))))))))))))..........................]]]]]].......((((......}}}))))...((((((....)))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.....((((((.........((((.((((((((........)))))))).....))))...................(((((.....)))))...))))))........))))))))))))))......(((((((....(((((.....((((((((((((....))))))))))))........(((((.......(((((..(((((((((((((...))))))))))))).............)))))...(((((((..(((((....))))))))))))......)))))........))))).....((((....)))).......)))))))....(((((........)))))..........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((.(.((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))).))).).))))))))..........(.((.(((((((((((((...))))))))))))).)).)........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((.(((.((......)).))).))).((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((...((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))).)))...))))))))............((.(((((((((((((...))))))))))))).))..........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).)))).......)).((....(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((.....(((........)))((((((((......(((((.......)))))........................((((((((.....))))).))))))))))).....))))))))))))))......((((((((...((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))...(((((...((((((.(((.(((((((((((((...))))))))))))).)).).....)))).))((..(((((((..(((((....))))))))))))..))..)))))........)))))...)..(((....)))........)))))))(((((((((........))))).).)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((.............)))).))))))))(..).(((((.......))))).....(((((........))...(((((((((..(((..)))))..((((((((......).))))))).)((((((((((((.((((((((.(......(((((((((((((..))))))))))))).(((((..)))))..))))))))))))..))))(((((((...))))))).(((((...........)).)))((((((((((.(((((......))))).))))))))))...((((......))..))......)))))((((.(......)))))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((...((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))))))....))))))))............((.(((((((((((((...))))))))))))).))..........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).))))......)))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((.....((((.(((...(((((((((((.......))))).....((((................(((((((.....))))).)).((((((.........(((((..((((((((...((.((((....))))..))..((((((((((((....))))))))))))....))))))))............((.((((((((((((....).))))))))))).))..........)))))...(((((((..(((((....)))))))))))).)))))).......))))........))))))...))).))))......))..)))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((((((.(((((....)).)))....((((((((((....(((((.......)))))...........................(((((.....))))).)).))))))))......))))))))))))....(((((.((((....))))......((((((((((((....))))))))).))).)))))..((((.........)))).((((((((((((.....))))))))))))......(((((.((....)).)))))....(((((....))))).((((...............................))))......(((((.......)))))...(((((........)))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((..[[[[.))((((.dddd....))))DDDD.]]]].....((((((((<<<<<..)))).....>>>>>....................(((.....))).((((...(((((.........))))).((((.....bbbb.((((....)))).(((..ccc)))((((((....))))))(((.CCC.)))bbb))))..BBB......BBBB(((((....))))).....aaaaaa..))))........AAAAAA)))).((((((...(((((....))))).))))))...(((...............{{{......(((....)))(((.((....)))))....{{{{{.)))...}}}}}.}}}.......