RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00430

RNA: TMR_00430
Rfam family: tmRNA

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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((........................(((((...........)))))...............................................)))).................................((((.((((...)))).)))).....((((((.((((...................)))).....))))))............................................................................................................................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.((((.((((..((((((((.........(..((((((((((.....)..)))))))))..).............((.......)).......(.(((((.......))))).)....................))))))))((((((...((....))(.(((....))).)(((((.(((((.....))))).)))))..))..)))))))).))))))))......(((((((..........)))))))...........((((......((.((.((...((((..(...)))))..)).)).)).......))))........(((((((((.(..............).)))))))))..(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((...(((((((((((((..((((.((..(((((((((.((....)))))))))))..))...))))......(((((((.((.........(((((.......)))))...........)).)))))))))))))))))).))))))))....((((.......))))((((((.(((((.....))))).)))))..)..(((((.((((....))))..)))))(((((((....)))))....))....((((..............))))...........))..))))))))....((....))................(((((((((..(((..........))))))))))))(((((((.......)))))..).)......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.....)))((((((((((............(((((((((..[[[[...)))))))))........]]]]....((((((((............(((((..[[[..)))))..]]].........)))))))))))))))))).((((...)))).(((......[[[))).(((((.(((((.....))))).)))))]]]..(((((.((((....))))..)))))..(((((....))))).((((.....[[[[..))))........]]]].......(((..[[[[[[[)))....(((....))).........]]]]]]].....((((.....))))......((((....)))).(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.(((((...((((((((((((...((((.((..(((((((((.((....)))))))))))..))...)))).....((((((((.((.........(((((.......)))))...........)).))))))))))))))))).))))))))))).(((((((((.((((((((((((.(((((.....))))).))))...)).))))))((((....))))((.((((..(((((....)))))...)))))).((((..............)))).....(((((....))))).)).)).)))))........(((.....))).(((((((((..(((..........))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((...(((((((((((((...........(((((((((.........)))))))))......................................(((.......))).......................))))))))))).)))))))).................((((((((.(((((.....))))).)))))..)))((...................[[))..(((((....))))).....]]............................................................................(((((((((..((............)))))))))))..(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((((((...(((((((((((((....((..(..(((((((((.((....)))))))))))..)....))...........................(((((.......))))).((...........)).....))))))))))).))))))))))..((((.......((((.(((((.(((((.....))))).))))).....))))..((((....))))..(((((..(((((....)))))...))))).........(((.....((.((((........)))).)).......))).))))..........((.....))..(((((((((..((............)))))))))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((.......(((((((((((.............(((((((.........)))))))((((((......................(((.......(((((.......))))).))).........))))))..))))))))))).((((...))))....((((..((((((.(((((......[[[[[[[....))))).....))))))........]]]]]]]((((((((((..........)))))))..........)))..........)))).....))))))((((((.......(((....))).........))))))(((((((((..................)))))))))..(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((.(((llllllllll(nnnnnnnnnnnn(((((.[[[[[[[[[.[[[[[[[[[..[[[(.dddddd...ddddd(.aaaaa(....cc)))))))).nnnnnn({{{.))))))<<<..)DDDDD.(()LLLLLLLLLL)AAAAA.mmm)NNNNNN.)]]]..))jjjjjj.((((fffffffffg.((kkkk..]]]]]]]]].)G)).....)KKKK)F..((((((((NNNNNN.hhh))))))))HHH.)))...eee(DDD..iiiiii}}}.JJJJJJ.DDD)))))))).)F]]]]]]]]]....)EEE...((((.(((((((((CCFFF.NNNNNNIIIIII)))))))))..bbbbb))))>>>BBBBB.FFFF.MMM..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..(((((((.......((((.(((.((((((.........(((((................))))).........(...(.......................................................((.((((.........)))).))....((((((.(((.((((...........)))).))).....)))))).................((((((((..........))))))))..................((((((((((...(((..........))).)))))))))).................))..))))))....))).)))).....))))).)))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..(((.((((((((..((((((.(((.((((((((..(((((.......((((.((((....((((((((.((.........(((((.......)))))...........)).))))))))..(((.((((.(((.....))).)))).)))....(((((((((.(((((.....))))).)))))..)))).))))))))....((((..(((((..(((((....)))))...)))))....))))................)))))..((((.......)))))))))))).))).....(((.....))).....)))))).....)))))))).)))))))).))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((((((...(((((((((((((..((((.....(((((((((.((....))))))))))).......)))).........................(((((.......)))))(((...........)))....))))))))))).)))))))))).((((.............(((((.(((((.....))))).)))))...........((((....))))(.(((((..(((((....)))))...))))))........((((.((.((.((((........)))).))))....))))..))))........(((.....))).(((((((((..(((..........))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((.((((((.(.(.(((((((((((((((((..)))).((((((.(........)))))))((((((.......(((((....))))).........((((((((.((((......).)))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))...((((..)))))))((((.((((.......))))).)))..(((((..(..(((....(((...)))(((..(((((....))))).((((..))))).))(((((((.(...((.(.((.............)).)))....).(.(((..)).)))))))))(..).(((((((((..((((........)))))))))))))..((((((.....)))))))))..))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....................................(((((((((.........)))))))))....................................(((((.......))))).............................................................(((((.(((((.....))))).)))))..........................((((..(((((....)))))...))))............................................................................(((((((((..((............)))))))))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.((((((.((((((((((((...((((.....(((((((((.........))))))))).......)))).....(((((((..((.........(((((.......)))))...........))..))))))))))))))))).))......(((((.((..((.((((...(((((..((((.....))))..)))))...(((((((.((((....))))..))))).))..)))))))))))))....)))))))))...((((......((.((.((...((((.......))))..)).)).)).......))))........(((((((((..(((..........))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...........)))).(((....((((.(((....))).(((((((.........))))))).......((((.......))))....((((..........)))).)))).((((.(((...........)))...)))).)))..(((((....))))).((((.......)))).(((((.(((((.....))))).)))))..((((((((.((((....))))..)))))....(((....))).))).((((.....((((..((((......((((........)))).((((.................)))).))))..............(((.......))).)))).((((....)))).(((((.......))))).....))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.[[[.[[[[..)))).....]]]]]]].(((....))).((((((..((....)).)))))).(((((.((((.......))))....(((((.......bbbbb..)))))BBBBB...{{{{......))))).....}}}}...(((((....))))).((((.......)))).(((((.(((((.....))))).)))))..aaa(((((.((((....))))..)))))..(((((....)))))...((((...((((<<<<<.........))))........(((>>>>>..))).))))..............)))..............((((.....))))......((((....)))).(((((.......))))).......AAA.

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